Accellix数据的手动门控通常从分析在整个数据采集范围内收集的事件的FSC开始,并使用FSC-A的双变量图到高峰时间,从而产生时间门(图1A)。然后,使用信号残差参数(图1B)将内部对照珠与事件库分开,并通过CD45阳性鉴定细胞(未显示)。在健康人血中发现的典型细胞子集的大小是众所周知的。根据这些信息,使用了与这些细胞集匹配的微球(流式细胞仪尺寸校准套件,CAT#F13838,Thermofisher Scientific)。这些微球不会荧光,而是根据FSC特性易于识别(图1C)。
• Marken 是一家市值 10 亿美元的领先专业临床供应链公司,为全球制药和医疗保健行业提供服务。服务包括中央实验室标本物流、仓库存储和配送、直接面向患者的服务、第四方物流管理、报关、试剂盒制造和临床配送项目管理。Marken 在全球 45 个地点为 150 多个国家的 49,000 个研究站点提供服务。该公司于 2016 年 12 月被 UPS 收购。2007 – 2010 Patheon(现为 ThermoFisher)总裁、首席执行官兼董事
血浆样品。根据制造商的说明,使用人IP-10 proquantum Immuno-aysay(Thermofisher Scientific)4测量等离子IP-10水平。浓度从标准曲线分析中推断出来。对于差异表达,我们在线性混合效应模型上进行了方差分析。用于吸毒时间相互作用的F检验p值<0.05被认为是显着的。学生的t检验是在药物和安慰剂的AUEC(效应曲线)之间进行的。使用Pearson的相关性进行了前Quantum分析结果与以前的蛋白质组学发现(Somascan®Assayv4.1,somalogic)5之间的比较。分析是在R(版本4.1.2)中进行的。
成年大鼠用cacodylate缓冲的戊二醛 - 丙甲甲醛灌注。用于ASP制备,将皮层样品(1-3 mm)定向MPREP/S胶囊,加载到ASP上,所有制备试剂均在ASP阶段的Microwell板中等分。ASP通过在编程时间内将连续的试剂吸入每个胶囊来执行协议(图1,表1)每隔几秒钟就通过温和流动提供的搅动。然后将胶囊中的环氧浸润的样品从ASP中取出,并在60℃下固化过夜。手动制备在小瓶中进行,并在扁平模具中固化[2]。用T1 BSE检测器在高真空下,在2.0 kV,0.1 na下成像的热燃料体积块。从70 nm的部分摄入的体积约为60 x 60 um x 20 UM。摄入的体积约为60 x 60 um x 20 UM。
暴露于传感器时的细胞凋亡。caspase-3/7分析(Cellevent™caspase-3/7绿色检测试剂,热泡器)由荧光底物组成,该基材具有与DNA结合染料共轭的四个氨基酸肽(DEVD)。在凋亡细胞中caspase-3/7的激活时,Devd肽被裂解,产生6-氨基硫化蛋白,染料与DNA结合,产生明亮的荧光反应。响应的强度与caspase-3/7活性的量成正比。该测定法对caspase-3/7激活高度特异性,可用于通过活细胞荧光成像监测其激活。由于裂解的试剂标记了caspase 3/7阳性细胞的核,因此污渍可用于评估
自2017年以来,Stevenage集群中的细胞和基因公司在私募股票基金的筹款中吸引了超过50磅的英镑,以加速先进疗法的商业化。在过去三年中的私人投资水平可与剑桥和牛津生物科学的每一个投资相媲美校园的先进疗法校园充满了能力,需求需要额外的研发和制造空间,并在Stevenage周围及其周围的生产空间仍然很高吸引了伦敦大学的几个伦敦大学纺纱,包括自来水的培训,包括自来水的高等教育,包括较高的自动驾驶员:•吸引了较高的自动驾驶员• 2,Aglaris,Rentschler ATMP,Kadans Science合作伙伴在国际贸易部确保国家认可为英国的细胞和基因疗法卓越中心生命科学办公室作为生活科学机会区的确保认可
(Cytiva)。LNP 货物是编码工程 AsCas12a 核酸酶和 gRNA 的 mRNA,重量比为 1:1。通过 RiboGreen 测定法(ThermoFisher Scientific)评估 LNP 的包封率大于 80%,多分散性指数 (PDI) <0.2,通过 Zetasizer 分析(Malvern Panalytical,型号 ZSU3205)评估平均直径大小 <105 nm。• 细胞培养处理:用指定浓度的包封 AsCas12a mRNA 的 LNP 处理细胞,并在转染后 72 小时分离 gDNA。原代人肝细胞 (PHH) 的转染包括重组人载脂蛋白 E。进行基于扩增子的下一代测序 (NGS) 以确定编辑百分比。 • 小鼠眼内体内编辑:通过前房内注射将 LNP 递送至每只 hMYOC Y437H(具有 Y437H 突变的人类肌动蛋白基因)敲入小鼠的一只眼中。注射后一周,解剖眼球,从前房分离 mRNA。采用基于转录本的 RT-ddPCR 检测来测量剩余 hMYOC mRNA 的程度。 • 小鼠肝脏内体内编辑:通过尾静脉静脉注射将 LNP 递送至 hMYOC Y437H 小鼠。注射后一周,解剖肝脏,分离 gDNA,并进行基于扩增子的 NGS 以确定编辑百分比。 • 体外结合亲和力测量:将标记的未修饰的向导与重组工程 AsCas12a 和浓度不断增加的修饰“测试”向导混合,在室温下孵育 3 小时,然后在硝酸纤维素印迹膜 (Cytiva) 和 Hybond N+ 膜 (Cytiva) 上进行双重过滤分离。在每个膜上定量荧光标记的未修饰向导,并计算结合的未修饰向导的百分比。标记的未修饰向导的结合百分比降低是由于来自修饰的“测试”向导的结合竞争。
A3A 和 eA3A 表达。A3A 表达构建体 (Addgene #109231) 之前已有描述,可用于纯化 A3A 作为融合蛋白 (MBP-A3A-His),可进一步加工以生成分离的 A3A 结构域。32,33 对于 eA3A (A3A-N57G),N57G 突变是通过 Q5 定点诱变 (New England Biolabs, NEB) 引入的。A3A 和 eA3A 构建体的细菌表达之前已有详细描述。 33 将纯化的 MBP-A3A-His、MBP-eA3A-His 或分离的 A3A 在 50 mM Tris-Cl(pH 7.5)、50 mM NaCl、10% 甘油、0.5 mM DTT 和 0.01% Tween-20 中透析过夜,并使用 BSA 标准曲线确定蛋白质浓度。基于 SwaI 的脱氨酶对 ssDNA 和嵌合底物的活性。5'-荧光素 (FAM) 荧光标记的底物 S35-dC 或具有单个靶核糖胞嘧啶的匹配底物(在其他 DNA 骨架中)(S35-rC)由 Integrated DNA Technologies (IDT) 合成,以及相关产品对照(S35-dU 和 S35-rU)。在最佳 A3A 反应条件(最终为 20 mM 琥珀酸:NaH 2 PO 4:甘氨酸 (SPG) 缓冲液 pH 5.5,0.1% Tween-20)下,用 6 倍稀释的未标记 A3A(从 1 µM 到 4 pM)处理 100 µM 寡核苷酸。反应在 37 ˚C 下进行 30 分钟,然后终止(95 ˚C,10 分钟)。然后加入 200 nM 互补链并退火。加入 SwaI (NEB),在室温下消化过夜。加入甲酰胺上样缓冲液,样品加热变性(95 ˚C,20 分钟),然后在 50 ˚C 下在 20% 变性 TBE/尿素聚丙烯酰胺凝胶上运行。使用 Typhoon 成像仪(GE Healthcare)上的 FAM 滤光片对凝胶进行成像。使用 ImageJ 中的面积量化工具进行定量分析。720 碱基对 ssDNA 底物的合成。为了生成 ssDNA,使用 720 bp gBlock 基因片段 (IDT) 作为模板 (补充图 2a),并使用 Taq 聚合酶 (NEB) 进行扩增,采用指数后线性 (LATE) PCR 反应方案,该方案采用相对于磷酸化的反向引物过量的正向引物。32 对反应物进行纯化 (NucleoSpin、Fisher),然后在 37 ˚C 下用 核酸外切酶处理 1 小时以降解磷酸化链,然后进行热失活 (90 ˚C,10 分钟)。然后将产物在 2% 琼脂糖凝胶上运行,并使用凝胶 DNA 回收试剂盒 (Zymoclean) 回收 ssDNA。通过乙醇沉淀进一步纯化 ssDNA,并使用 Qubit ® 荧光计 (ThermoFisher) 测量其浓度。对于一个重复,ssDNA 以大分子寡核苷酸 (IDT) 的形式获得,并通过乙醇沉淀进一步纯化。720 聚体 RNA 底物的合成。使用 720 bp 基因块 (IDT) dsDNA 作为模板,在推荐条件下使用 TranscriptAid Enzyme Mix (ThermoFisher) 通过体外转录生成 RNA,并在 37 ˚C 下孵育两小时。然后通过苯酚-氯仿提取和乙醇沉淀纯化 RNA。将样品重新悬浮在无核酸酶的水中,并进一步用 MspI、XbaI 和 AclI 限制性酶 (NEB) 处理以消化任何剩余的 DNA 模板。在 37 ˚C 下孵育 1 小时后,使用 RNA Clean and Concentrator-5 试剂盒 (Zymo Research) 纯化 RNA。为了进一步确保完全去除模板 DNA,在 37 ˚C 下用 DNase I (Ambion) 处理 RNA 30 分钟。重复纯化 (RNA Clean and Concentrator-5),并使用 Qubit ® 荧光计测量纯化 RNA 的浓度。通过“预测二级结构网络”预测 720 聚体中几个中尺度区域的二级结构
s2是从山的Ney Springs中分离出来的Shasta,加利福尼亚州,在最小培养基板上,其中包含20 mM多硫化物和10毫米乙酸盐(6)。S2在含有20 mm硫代硫酸盐和10 mm乙酸盐的液体最小培养基中进行有氧培养。详细的媒体说明可在此处找到:dx.doi.org/10.17504/protocols.io.bqjgmujw。S2在室温下孵育5天,以实现由先前的生长曲线确定的近似最大浊度(6)。DNA,并使用量子荧光计(美国Thermofisher Scientific,USA)进行定量。所有测序均由单个DNA准备。纳米孔库在高智能模式(280 bp/s)下使用R10.4.4的流动池(FLO-MIN114)用天然条形码24 V14试剂盒(牛津纳米孔技术,英国牛津,英国)进行测序。用孔雀鱼V.6.4.6进行,删除了质量分数<7的读数(7)。 在Seqcenter LLC(美国匹兹堡,美国)进行了 Illumina库准备和测序。 简要地,使用Illumina DNA准备套件制备库,并用10 bp独特的双指数进行条形码,并在Illumina Novaseq(2×150个测序)上进行测序。 使用BCL-Convert(v.4.0.3)进行反复式,质量控制和适配器修剪。 纳米孔序列> 2,000 bp用菲尔隆(V.0.2.1)(8)过滤质量,并去除了最差的10%的读取碱基。 过滤的长读数与Flye组装(v.2.9.1)(9)。 进行了四轮抛光。 质量评估和基因组统计数据,删除了质量分数<7的读数(7)。Illumina库准备和测序。简要地,使用Illumina DNA准备套件制备库,并用10 bp独特的双指数进行条形码,并在Illumina Novaseq(2×150个测序)上进行测序。使用BCL-Convert(v.4.0.3)进行反复式,质量控制和适配器修剪。纳米孔序列> 2,000 bp用菲尔隆(V.0.2.1)(8)过滤质量,并去除了最差的10%的读取碱基。过滤的长读数与Flye组装(v.2.9.1)(9)。进行了四轮抛光。质量评估和基因组统计数据Illumina读取的质量是用FastQC(v.0.12.1)(10)过滤的,所有读取的质量得分> Q30。简短的读数与Burrows -wheeler对准器(V.0.7.17)(11)对齐,并用Pilon(V.1.24,-fix all)(12)抛光组件。
a. 95% 乙醇(Sigma E7023 或同等溶液) b. 不含 DNase/RNase 的水(Life Technologies AM9937 或同等溶液) c. 去离子水/蒸馏水/Milli-Q 水 d. NaCl(Sigma S3014 或同等溶液) e. NaOH(Sigma S5881 或同等溶液) f. HCl(Sigma H1758 或同等溶液) g. 甘氨酸(Sigma G7126 或同等溶液) h. 10X PBS 组织培养 (tc) 级(Sigma P5493)稀释至 1X i. KCl(Sigma P9541 或同等溶液) j. 磷酸二氢钾(Sigma P9791 或同等溶液) k. 磷酸氢二钠(Sigma S5011 或同等溶液) l. 甘油(Sigma G5516 或同等溶液) m.无 DNase/RNase 微量离心管,不粘连、低吸附、硅化 0.5 ml(Life Technologies AM12350 或同等产品) n. 无 DNase/RNase 微量离心管 1.5 ml,不粘连、低吸附、硅化(Life Technologies AM12450 或同等产品) o. 无 DNase/RNase 微量离心管 2.0 ml,不粘连、低吸附、硅化(Life Technologies AM12475 或同等产品) p. 过滤屏障防气溶胶微量移液器吸头,无 DNase/RNase(0.2 – 1000 µl) q. Qiagen QIAamp 病毒 RNA 小量试剂盒(Qiagen 52904) r. Qiagen 收集管(Qiagen 19201) s. OneStep™ PCR 抑制剂去除试剂盒(Zymo Research D6030) t. 2.0 mL 微量离心管,不含 DNase/RNase(USA Scientific 1620-2799 或同等产品) u. OneStep RT-PCR 试剂盒(Qiagen 210210 或 210212) v. Ambion Superase·In RNase 抑制剂(20 单位/µl);Life Technologies AM2694 (2,500 U) 或 AM2696 (10,000 U) w. Eppendorf DNA LoBind Tubes 5.0 mL Fisher Scientific 0030108310 或同等产品 x. 15 ml 聚丙烯锥形管(Fisher Scientific 14-959-70C 或同等产品) y. 50 mM MgCl 2(BioRad 1708872 或同等产品)或 25 mM MgCl 2(ThermoFisher Scientific AB0359 或同等产品)z.内部对照 RNA(BioGX 目录号 750-0001 - 联系公司)aa. 所有 RTqPCR 检测的标准脱盐引物和 HPLC 探针(Integrated DNA Technologies 或同等公司)bb. RT-qPCR 阳性对照(甲型流感病毒的定量基因组 RNA