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ggbio：基因组数据可视化工具包
ggbio 是一个基于 ggplot2() 的 Bioconductor 包，利用 Bioconductor 定义的丰富对象及其统计和计算能力，提供灵活的基因组可视化框架，将图形语法扩展到基因组数据中，尽力向用户提供高质量、高度可定制的图形。
成像和蛋白质组学工具包用于研究细胞器接触位点
细胞器接触位点是通过分子绑扎复合物并置两个异源膜的区域。这些接触位点在轨道间通信和细胞功能整合中很重要。但是，可视化这些微小的焦点并识别接触位点蛋白质组一直具有挑战性。近年来，已经开发出基于荧光的方法来可视化细胞器的动态物理相互作用，而接近标记方法的方法有助于在接触位点促进蛋白质组织。在这篇综述中，我们解释了这些接触站点记者的设计原理：一种基于内源性系和/或绑定络合物如何定位到接触位点的双轨相互作用机制。我们将联系站点记者分为三类：（i）单蛋白系统，（ii）带有细胞器接近的活性报告信号的两个组件系统，以及（iii）接触站点蛋白质组的记者。我们还突出了具有高时间空间分辨率的高级成像分析，以及用于检测接触位点的机器学习算法的使用。
离散优化量子算法中的编码权衡和设计工具包：着色、路由、调度和其他问题
具有挑战性的组合优化问题在科学和工程领域无处不在。最近，人们在不同的环境中开发了几种量子优化方法，包括精确和近似求解器。针对这一研究领域，本文有三个不同的目的。首先，我们提出了一种直观的方法来合成和分析离散（即基于整数）优化问题，其中问题和相应的算法原语使用与编码无关的离散量子中间表示 (DQIR) 来表示。与以前的方法相比，这种紧凑的表示通常可以实现更高效的问题编译、不同编码选择的自动分析、更容易的可解释性、更复杂的运行时过程和更丰富的可编程性，我们通过一些示例对此进行了演示。其次，我们对几种量子比特编码进行了数值研究；结果显示了许多初步趋势，有助于指导为特定硬件集和特定问题和算法选择编码。我们的研究包括与图着色、旅行商问题、工厂/机器调度、金融投资组合再平衡和整数线性规划相关的问题。第三，我们设计了低深度图派生部分混合器 (GDPM)，最多 16 级量子变量，证明了紧凑（双