基准研究Scrna-Seq中的差异表达方法:Squair,J.W.,Gauter,M.,Kathe,C。等。(2021)自然通信https://doi.org/10.1038/s41467-021-25960-2
摘要 蛋白质是细胞中的关键分子,其丰度不仅在基因表达水平而且在转录后水平受到广泛调控。在这里,我们描述了一种酵母基因筛选方法,该方法能够系统地表征蛋白质丰度调控在基因组中的编码方式。该筛选方法结合了 CRISPR/Cas9 碱基编辑器来引入点突变,并对内源性蛋白质进行荧光标记以方便流式细胞仪读数。我们首先使用单个 gRNA 以及正向和负向选择筛选对酵母中的碱基编辑器性能进行了基准测试。然后,我们研究了 16,452 种基因扰动对代表各种细胞功能的 11 种蛋白质丰度的影响。我们发现了数百种调控关系,包括 GAPDH 同工酶 Tdh1/2/3 与 Ras/PKA 通路之间的新联系。许多已识别的调节因子特定于这 11 种蛋白质中的一种,但我们还发现了一些基因,这些基因在受到扰动时会影响大多数测试蛋白质的丰度。虽然更具体的调控因子通常作用于转录,但广泛的调控因子往往在蛋白质翻译中发挥作用。总的来说,我们的新筛选方法为蛋白质调控网络的组成部分、规模和连通性提供了前所未有的见解。
尽管通货膨胀退还,但金融市场的定价表明,维持价格稳定将比大流行前更高的实际利率。这种转变反映了两个关键观察。首先,随着地缘政治分散,气候变化和劳动稀缺的构成上行风险,通货膨胀持续下行风险的时代可能已经结束。第二,全球经济正在从“储蓄过多”转移到“债券过剩”,财政赤字和中央银行资产负债表归一化,降低了债券的便利率,逆转了在2010年代期间权重的关键驱动力,因此在2010年代降低了R*。对货币政策有三个影响:较高的R*要求仔细监控何时停止限制;资产负债表政策可能会通过便利收益率影响R*,从而降低其效果;随着过量流动性的下降,按需弹性提供储量是最佳的。
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由于化学污染对淡水生态系统和生物多样性构成了持续威胁,因此要进行创新的方法来解决与此类污染物相关的生态风险。这项研究预测了基于方程式的化学物质对中位数和效应浓度(L(e)C50)的时间依赖性的长期影响,并具有关键的身体RESI适当的概念。以这种方式,该方法可以预测任何给定时间点的物种灵敏度分布。扩展了方法,以预测平均物种丰度关系(MSAR)作为生物多样性的指标。为了测试和验证METS的那言,使用了六个案例研究的数据,该案例研究使用了六个淡水节肢动物的短期和长期暴露于咪二藻虫的数据。使用物种(PAF)及其相对(1-PAF)的物种的分数(1-PAF)用于验证MSAR框架本身。预测的慢性LC50值的准确性依赖于物种。但是,除一种物种外,所有预测的慢性LC50值仅基于急性数据的拟合的95%置信区间(CI)。预测和计算的MSAR之间的平均差异在2%至6%之间。预测的MSAR通常低估了伊idacloprid的影响。然而,所有预先调查的MSAR均相似或低于计算出的1-PAF,其CI涵盖了计算出的MSAR。因此,研究发现所提出的方法可用于预测化学污染物的长期影响。
图2:此数字描述了繁殖力转移权衡。面板A显示了繁殖力(黑色曲线)和传输(蓝色曲线)作为在资源分配轴x上的主机位置的函数。黑色和蓝色的垂直线分别表示最佳的繁殖力(X F)和免疫(Xβ)的位置。Optima之间的距离,| x f -xβ| ,固定权衡强度,如面板b所示。参数:x f = 0,σf = 1,f max = 1,σβ= 1,βmax = 1,qβ= 1,qβ= 1,xβ= 2在面板A和xβ= 1上。3,1。8,2。3,2。9和3。5在面板上b。
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