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研究论文基于基因组规模的 CRISPR-Cas9 敲除筛选促进退出幼稚多能性的基因
干细胞和再生医学面临的两个主要问题是多能性的退出和向功能性细胞或组织的分化。这两个问题的答案对于干细胞和再生医学研究的临床转化具有重要意义。尽管越来越多的研究揭示了多能性维持的真相，但多能细胞自我更新、增殖和向特定细胞谱系或组织分化的机制尚不清楚。为此，我们充分利用了一项新技术，即基因组规模的 CRISPR-Cas9 敲除 (GeCKO)。作为一种在基因组特定位点引入靶向功能丧失突变的有效方法，GeCKO 能够首次以无偏向的方式筛选促进小鼠胚胎干细胞 (mESC) 退出多能性的关键基因。本研究成功建立了基于GeCKO的模型，用于筛选多能性退出的关键基因。我们的策略包括慢病毒包装感染技术、lenti-Cas9基因敲除技术、shRNA基因敲除技术、二代测序、基于模型的基因组规模CRISPR-Cas9敲除分析（MAGeCK分析）、GO分析等方法。我们的研究结果为大规模筛选多能性退出基因提供了一种新方法，为细胞命运调控研究提供了一个切入点。
CASEREPO RT Endostar 联合阿帕替尼成功实现难治性卵巢癌的长期无进展生存：病例报告和 L
背景：卵巢癌是妇科肿瘤中常见的恶性肿瘤，卵巢癌的标准治疗是手术和以紫杉醇、铂类为主的化疗，但传统化疗受到耐药及全身副作用的限制，探索难治性卵巢癌的有效治疗方案势在必行。病例介绍：患者，52岁女性，初诊时以下腹部膨胀、游走性疼痛为主要症状，经腹腔镜探查及活检后，免疫组化显示卵巢低分化腺癌（cT3NxM1，IV期，腹膜及腹壁转移），二代序列检测出ERRFI1（T187A，外显子4）突变。结果：患者接受一线化疗（紫杉醇、奈达铂加阿瓦斯汀），随后以吉非替尼维持治疗，获得15个月的无进展生存期（PFS）。在病情进展和二线治疗失败后，患者接受恩度联合阿帕替尼治疗 14 个周期，无长期不良事件，PFS 为 14 个月。结论：我们认为 ERRFI1 基因可能是吉非替尼的潜在靶点。重要的是，恩度联合阿帕替尼值得推荐用于难治性卵巢癌的维持治疗。关键词：卵巢癌，抗血管生成治疗，恩度，阿帕替尼，吉非替尼
加州大学戴维斯分校
HER2+/HR+乳腺癌是一种特殊分子类型的乳腺癌，现有治疗方法易产生耐药，需要“精准治疗”。吡咯替尼是一种泛HER-1激酶抑制剂，可用于HER2阳性肿瘤，而SHR6390是一种CDK4/6抑制剂，可以抑制ER+乳腺癌细胞周期进展和癌细胞增殖。在癌细胞中，HER2和CDK4/6信号通路可能不是冗余的，SHR6390与吡咯替尼联合抑制两条通路可能对HER2+/HR+乳腺癌产生协同抗癌作用。在本研究中，我们确定了双药联合使用的协同作用及其潜在的分子机制。我们发现SHR6390和吡咯替尼联合使用在体外协同抑制了HER2+/HR+乳腺癌细胞的增殖、迁移和侵袭。两药联合应用可诱导HER2+/HR+乳腺癌细胞株G1/S期阻滞及凋亡；两药联合应用可延长异种移植模型体系中肿瘤复发的时间。通过二代RNA测序技术及吡咯替尼耐药细胞株富集分析发现，FOXM1与诱导HER2靶向治疗耐药有关。在HER2+/HR+乳腺癌细胞株中，两药联合应用可进一步降低FOXM1磷酸化，从而在一定程度上增强抗肿瘤效果。这些结果提示SHR6390与吡咯替尼联合应用可能通过调控FOXM1来抑制HER2+/HR+乳腺癌的增殖、迁移和侵袭。
临床牙花尿酸的图像质量评估 -
目标：骨骼微结构的详细可视化对于评估计算机断层扫描（CT）中的腕骨骨折至关重要。本研究旨在与第三代二代双源CT扫描仪（EID-CT）相比，使用基于尿尿酸的临床摄氏光子计数检测器（PCD-CT）来评估CT系统的成像性能（PCD-CT）。材料和方法：两个CT系统均用于检查具有辐射剂量等效扫描方案的8个尸体手腕（低/标准/全剂量成像：CTDI VOL = 1.50/5.80/8.67 MGY）。所有手腕都用2种不同的光子计数CT（标准分辨率和超高分辨率）的操作模式进行扫描。使用可比的重建参数和卷积内核进行重新格式化后，3位放射科医生以7分制对图像质量进行了主观评估。为了估计间的可靠性，我们报告了类内相关系数（绝对一致，2向随机效应模型）。信噪比和对比度与噪声比率，以提供对图像质量的半定量评估。结果：与在标准分辨率模式下的全剂量PCD-CT相比，在超高分辨率模式下进行标准剂量PCD-CT检查的主观图像质量优越（P = 0.016）和全剂量EID-CT（P = 0.040）。在超高分辨率模式下低剂量PCD-CT和标准剂量扫描之间在标准分辨率模式下（P = 0.108）或EID-CT（p = 0.470）之间确定了差异。标准分辨率PCD-CT和EID-CT的观察者评估在全剂量和标准剂量扫描中提供了相似的结果（P = 0.248/0.509）。类内相关系数为0.876（95％置信区间，0.744 - 0.925； p <0.001），表明可靠性良好。（所有P's <0.001）。（所有P's <0.001）。
4467例NSCLC患者EGFR突变NGS与ARMS-PCR综合分析
摘要 背景 通过比较扩增阻滞突变系统PCR（ARMS-PCR）与二代测序（NGS）对非小细胞肺癌（NSCLC）靶基因突变的检出率及类型，阐述非小细胞肺癌检测的特点和应用优势，为临床医生有效选择相应检测方法提供依据。方法与材料 选取重庆医科大学附属第一医院2016年1月至2020年10月肺癌靶基因病例，共纳入样本4467例，经病理活检确诊为NSCLC。样本来源包括手术切除、支气管镜活检、转移性活检、血液、痰液、胸腔积液细胞学检查。其中ARMS-PCR技术检测3665例，NGS技术检测802例。比较不同NSCLC样本中ARMS-PCR与NGS技术对EGFR基因突变（包括外显子18、外显子19、外显子20、外显子21等）的检出率及突变类型。结果ARMS-PCR检测出的EGFR基因总突变率为47.6%,NGS检测出的EGFR基因总突变率为42.4%,两种方法对EGFR基因总突变检测结果存在显著差异（P<0.001）。在不同外显子上,两种方法检测到的EGFR突变率不同,ARMS-PCR检测的外显子19的突变率明显高于NGS检测,而外显子20和21的突变率均明显低于NGS检测,且NGS检测出的多重突变率为16.3%,高于ARMS-PCR检测出的2.7%,具有统计学差异。结论NGS技术对耐药患者用药具有指导作用，但NGS技术虽然可以检测出一些罕见位点，但其重要性和指导意义尚不明确，且罕见突变数量较少，尚需进一步研究新的生物标志物和技术，以期早期诊断、指导用药、评估治疗预后。
细菌与氮动态的关系
背景和目标：细菌群落在氮循环中起着至关重要的作用。氧化池是废水的天然处理系统，旨在促进某些细菌物种的生长和活性，从而去除水中的污染物。这些池塘中的氮循环涉及细菌通过生物过程转化氮化合物。某些细菌物种的存在或不存在会极大地影响这些池塘中氮循环的效率。本研究调查了氧化池中细菌与氮动力学（废水处理的关键组成部分）之间的关系。这项工作旨在确定氧化池中的细菌群落组成，研究细菌在氧化池中转化和去除废水中氮化合物的作用，并评估环境因素对氧化池中微生物群落和氮动力学的影响。这项研究是在泰国碧武里皇家发起的 Laem Phak Bia 环境研究与开发或 LERD 项目的氧化废水处理中进行的。方法：采集1~5个氧化塘水面30 cm深处的废水样品，分析温度、溶解氧、生化需氧量、硝酸盐、氨、凯氏氮等水质参数。采用Illumina Miseq二代测序技术对采集样品中的细菌16S核糖体核糖核酸进行检测。采用相关性检验进行统计分析。结果：氧化塘的温度、生化需氧量（1~5个塘）和溶解氧（2~5个塘）均在标准值范围内。5个氧化塘共鉴定出15个细菌门，其中变形菌门数量最多，占细菌总数的47.56%。结论：Novosphingobium 属（变形菌门）、Ammonia-11 属（疣微菌门）和 Vicinamibacteraceae 属（酸杆菌门）与氨、硝酸盐和总凯氏氮的关系最密切（R 2 = 0.9710、0.986、0.8124）。细菌种群是影响氮营养和水质的关键因素。Novosphingobium 参与去除废水中的氨，疣微菌门充当反硝化菌，而 Vicinamibacteraceae 可提高总凯氏氮水平。
酪氨酸激酶抑制剂的全球研究趋势
背景：酪氨酸激酶抑制剂（TKI）在多种肿瘤的治疗中取得了革命性的成果，每年都有大量关于该主题的研究发表，一些已发表的综述为我们了解TKI提供了很大的价值，但对TKI研究的知识结构、文献计量分析和可视化结果的研究尚不足。目的：本文旨在通过共词分析和文献可视化的方法，探究TKI研究的知识结构、热点和演变趋势，帮助该领域的研究者全面了解现状和趋势。方法：从Web of Science中检索2016年至2020年发表的所有关于TKI的学术论文，通过统计论文中的关键词，通过提取关键词间的共现关系生成共词网络，然后通过计算整体网络和局部网络的网络指标，对社区进行细分，识别TKI研究的子方向。绘制了关联网络拓扑结构，包括TKIs子方向内和子方向之间的网络，揭示不同子方向之间的关联和结构。此外，我们结合关键词的爆发权重和持续时间来检测关键词爆发，以揭示TKIs研究重点的变化。最后，生成演化脉络和战略图以揭示TKIs研究趋势。结果：从5584篇论文标题中获得6782个独特词（总频率26,175）。最后，经讨论，以10为阈值，选取296个高频词，总频率占比65.41%（17,120/26,175）。对爆发学科的分析发现，TKIs研究的爆发词数量每年都在变化，尤其是在2019年和2020年，例如HER2、吡咯替尼、二代测序、免疫治疗、ALK-TKI、ALK重排。通过网络计算，TKIs共词网络分为6个社区：C1（非小细胞肺癌）、C2（靶向治疗）、C3（慢性粒细胞白血病）、C4（HER2）、C5（药代动力学）、C6（ALK）。脉络图显示出非小细胞肺癌脉络、慢性粒细胞白血病脉络、肾细胞癌脉络、慢性淋巴细胞白血病脉络等几个清晰且连续的演变趋势。在战略图中，C1（非小细胞肺癌）为核心方向，位于第一象限，C2（靶向治疗）正好位于第一与第四象限的交界处，即C2处于发展阶段；C3（慢性粒细胞白血病）、C4（HER2）、C5（药代动力学）均尚未成熟，位于第三象限。结论：通过共词分析和文献可视化，揭示了2016年至2020年TKIs研究的热点、知识结构和发展趋势。TKI研究主要集中于针对不同肿瘤的靶向治疗，
大疱性表皮松解症诊断的基因组
关于 EB 的诊断和分类。 J Am Acad Dermatol. 2008；58：931---50。 6. Oliveira ZN、Périgo AM、Fukumori LM 和Aoki V. 遗传性大疱性表皮松解症的免疫学映射。胸罩皮肤科。 2010；85：856---61。 7. Has C, He Y.研究技术变得简单：大疱性表皮松解症的免疫荧光抗原图谱。 J Invest Dermatol。 2016；136：e65---71。 8. Takeichi T、Liu L、Fong K、Ozoemena L、McMillan JR、Salam A 等人。全外显子组测序提高了诊断性大疱性表皮松解症实验室的突变检测能力。 Br J 皮肤病学。 2015；172：94---100。 9. Tenedini E、Artuso L、Bernardis I、Artusi V、Percesepe A、De Rosa L 等。基于扩增子的下一代测序：大疱性表皮松解症分子诊断的有效方法。 Br J 皮肤病学。 2015；173：731---8。 10. Has C、Küsel J、Reimer A、Hoffmann J、Schauer F、Zimmer A 等。靶向二代测序在大疱性表皮松解症诊断中的地位。 Acta Derm Venereol。 2018；98：437---40。 11. Vahidnezhad H、Youssefian L、Saeidian AH、Touati A、Sotoudeh S、Abiri M 等人。多基因下一代测序面板可识别患有未知亚型大疱性表皮松解症的患者的致病变异：具有预后意义的亚分类。 J Invest Dermatol。 2017；137：2649---52。 12. Lucky AW、Dagaonkar N、Lammers K、Husami A、Kissell D 和 Zhang K. 一种用于诊断大疱性表皮松解症的综合下一代测序检测方法。小儿皮肤病学。 2018；35：188---97。 13. Mariath LM、Santin JT、Frantz JA、Doriqui MJR、Kiszewski AE、Schuler-Faccini L. 巴西大疱性表皮松解症的遗传基础概述：发现新的和复发的致病变异。临床遗传学。 2019；96：189---98。 14.Yiasemides E、Walton J、Marr P、Villanueva EV、Murrell DF。透射电子显微镜与免疫荧光成像在大疱性表皮松解症诊断中的对比研究。 Am J Dermatopathol。 2006；28：387---94。 15. Saunderson RB、Vekic DA、Mallitt K、Mahon C、Robertson SJ、Wargon O. 一项回顾性队列研究，评估与免疫荧光和
摘要书
1 德国海德堡大学医院病理研究所，2 德国癌症研究中心 (DKFZ)，临床合作单位神经病理学，3 德国癌症研究中心 (DKFZ)，癌症表观基因组学，4 慕尼黑工业大学病理研究所，5 海德堡大学医院胸科，诊断和介入放射学，6 海德堡大学医院普通、内脏和移植外科部，7 国家肿瘤疾病中心，肿瘤医学部电子邮件：stephanie.roessler@med.uni-heidelberg.de 背景和目标：详细了解不同形式的胆管癌发生的分子改变对于更好地理解胆管癌 (CCA) 至关重要，并可能为早期诊断和更好的治疗选择铺平道路。目前，世界卫生组织（WHO）的消化系统肿瘤分类已确认并详细描述了两种可能导致侵袭性胆道前体病变的主要亚型：微观胆道上皮内肿瘤（BilIN）和宏观可见的胆管内乳头状或管状乳头状肿瘤（IPNB和ITPN）。在本研究中，我们重点研究了IPNB和ITPN的分子改变，以更好地了解早期致瘤事件以及IPNB与ITPN之间的差异。方法：我们分析了一组临床病理学特征明确的胆道高级别导管内乳头状（IPNB）或管状乳头状（ITPN）肿瘤前体病变患者群（N=54），并将结果与独立的非IPNB/ITPN相关胆道前体病变群（N=294）进行了关联。采用二代测序、DNA拷贝数和全基因组甲基化分析方法对非肿瘤性胆道上皮、前体和侵袭性CCA的三联体样本集进行分析。结果：根据MUC1、MUC2、MUC5AC和CDX2的形态学和免疫组织化学分析，该队列包括44例（81.5%）IPNB和10例（18.5%）ITPN。解剖学上，ITPN多与肝内CCA有关，而IPNB多与远端CCA同时发生。IPNB/ITPN与小管型和大赛型肝内CCA的相关性相同。源自IPNB/ITPN的侵袭性CCA患者的预后优于没有IPNB/ITPN的CCA患者。在分子水平上，IPNB中最常见的突变基因是TP53、KRAS、SMAD4和CDKN2A；这些突变在肝外CCA中也很常见，而ITPN的突变明显较少。大多数突变在癌前病变和相应的侵袭性CCA之间是相同的，但ROBO2突变仅发生在侵袭性CCA中，而CTNNB1突变主要存在于癌前病变中。此外，IPNB和ITPN的DNA甲基化谱不同，潜在甲基化成分分析表明IPNB和ITPN可能有不同的细胞来源。结论：我们发现 IPNB 和 ITPN 具有不同的早期基因改变，IPNB 富含典型的肝外 CCA 突变，而 ITPN 表现出很少的基因改变并显示出不同的表观遗传特征，并且 IPNB/ITPN 可能代表肝内和肝外胆管癌变的一种独特的中间形式。