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World File Search System二磷酸
酿酒酵母基因组必需基因的有效靶向突变
摘要 通过等位基因置换进行基因定点突变是功能基因组分析和代谢工程的重要内容，但传统的通过选择标记对必需基因进行定点突变的方法存在很大挑战，因为第一步必需基因敲除将导致致死的表型。本文利用CRISPR/Cas9系统，发展了一种两端选择标记（Two-ESM）方法对酿酒酵母中的必需基因进行定点突变，成功构建了酿酒酵母必需基因ERG20（编码法呢基二磷酸合酶）的单突变和双突变体，突变效率达100%。此外，与传统方法相比，Two-ESM方法显著提高了突变效率，简化了遗传操作程序。通过动态调控突变基因的表达和整合模块的优化，进一步提高了基因组整合和突变效率。这种 Two-ESM 方法将有助于构建酵母功能基因组分析和代谢通量调控所需的必需基因的基因组突变。
线粒体丙酮酸转运的丧失会引发心脏糖原的积累和心力衰竭
非标准缩写和首字母缩写2-DG，2-脱氧葡萄糖； kg，α-ketoglutarate; ADP，腺苷二磷酸； AMP，单磷酸腺苷； ATP，三磷酸腺苷； Angii，血管紧张素II； Cr，肌酸； DHAP，二羟基丙酮磷酸盐；粮农组织，脂肪酸氧化； FBP，果糖双磷酸酯； G6P，6-磷酸葡萄糖； GSD，糖原储存疾病； KD，生酮饮食； Kegg，基因和基因组的京都百科全书； LF，低脂； MPC，线粒体丙酮酸载体； NAD+和NADH，氧化和还原烟酰胺腺嘌呤二核苷酸； NADP+和NADPH，氧化和减少烟酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸盐； PCR，磷酸盐； PEP，磷酸烯醇丙酮酸； P/M，丙酮酸/苹果酸； R5p，5磷酸核糖； RT-QPCR，逆转录定量PCR，SEDO7P，SEDOHEPTULOSE 7-磷酸盐； UDP，尿苷二磷酸盐； UHPLC，超高性能液相色谱
面包小麦的野生相对timopheevii
小麦（Triticum aestivum）是最重要的食品作物之一，迫切需要增加其生产以养活不断增长的世界。triticum timopheevii（2n = 4x = 28）是一种同种二磷酸小麦野生物种，其中包含许多在小麦改善的预育前期计划中被利用的A T和G基因组。在这项研究中，我们报告了基于PACBIO HIFI读取和染色体构象捕获（HI-C）的T。Imopheevii登录PI 94760的染色体规模参考基因组组装。组件包含9.35 GB的总尺寸，其重叠群为42.4 MB，并包括线粒体和质体基因组序列。基因组注释预测了166,325个基因模型，其中包括70,365个基因，具有高置信度。DNA甲基化分析表明，G基因组的平均甲基化碱基比A T基因组更多。总而言之，T。timopheevii基因组组装为基因组知情发现农艺安全基因的粮食安全基因提供了宝贵的资源。
小麦 Sal1 基因家族的 CRISPR-Cas9 基因编辑
摘要：高度保守的 Sal1 编码一种双功能酶，具有肌醇多磷酸-1-磷酸酶和 3 ′ (2 ′)，5 ′-二磷酸核苷酸酶活性，已被证明在被破坏时会改变植物的非生物胁迫耐受性。精确的基因编辑技术被用于在六倍体面包小麦中产生 Sal1 突变体。带有三个向导 RNA (gRNA) 的 CRISPR（成簇调节间隔短回文重复序列）Cas9 系统被用于灭活 Bobwhite 小麦基因组中的六个 Sal1 同源基因。所产生的所有 Sal1 基因均被禁用的突变小麦植株茎更细，生物量略有减少，在缺水条件下衰老更慢，但在干旱条件下产量没有提高。我们的结果表明，多重 gRNA 能够有效地对六倍体小麦中的 Sal1 基因家族进行靶向基因编辑。这些 Sal1 突变小麦植株将成为进一步研究该基因家族在小麦中功能的资源。
前列腺癌的放射性核素治疗前列腺癌的放射性核素治疗
尽管在过去的20年中，前列腺癌的治疗发展方面取得了重大进展，但转移性前列腺癌仍然是致命的疾病。前列腺特异性膜抗原（PSMA）在前列腺癌细胞和转移性部位明显过表达，但血液 - 激进表达较低，但已成为该疾病的重要疗法靶标。b-发射和靶向PSMA的放射性核素治疗（RNT）均在临床发育中。这些代理中的几个已经显示出有希望的活动。但是，一部分患者患有原发性抗性疾病，并且次要抵抗总是发生。此外，这些疗法对健康器官的影响限制了其治疗窗口。阐明PSMA的生物学并表征PSMA靶向RNT的药代动力学和药效动力学特性以及耐药机制将促进旨在提高效率和安全性的治疗方法。在这篇综述中，我们概述了现有的PSMA靶向RNT和新型的RNT组合方法，例如具有新型Hormonal剂的那些（腺苷二磷酸二核酸糖） - 聚合酶抑制剂和免疫疗法，目前正在研究中。
流体剪切应力刺激 ATP 释放，而不调节肾内髓集合管中的嘌呤基因表达
缩写：ADPKD，常染色体显性多囊肾病；BB-FCF，亮蓝-FCF；CCD，皮质集合管；COX-2，环氧合酶-2；CX30，连接蛋白-30；CX30.3，连接蛋白-30.3；CX37，连接蛋白-37；DCPIB，4-(2-丁基-6,7-二氯-2-环戊基-茚满-1-酮-5-基)氧代丁酸；DCT，远曲小管；DTT，二硫苏糖醇；ENaC，上皮钠通道；GFR，肾小球滤过率；Gjb4 -/-，Gjb4 敲除；IMCD，内髓集合管；LRRC8，含 8 个富亮氨酸重复序列；Na +，钠；PBS，磷酸盐缓冲溶液； PC1，多囊蛋白-1；PC2，多囊蛋白-2；Pkd1 -/-，Pkd1 敲除；SDS，十二烷基硫酸钠；sgRNA，单向导 RNA；TBS，三羟甲基氨基甲烷缓冲溶液；TGF，管球反馈；UDP，尿苷二磷酸；VNUT，囊泡核苷酸转运蛋白；VRAC，容量调节阴离子通道；WT，野生型。
患者特异性支架引导的骨骼再生概念的临床翻译在四种长骨缺损
背景：创伤，感染或肿瘤切除后的骨缺陷对患者和克利尼亚人带来了挑战。迄今为止，自体骨移植（ABG）是骨再生的金标准。为了解决ABG的限制，例如有限的收获量以及过快的重塑和吸收，开发了脚手架引导的骨再生（SGBR）的新治疗策略。在大型至大大胫骨分段缺陷的良好特征绵羊模型中，三维（3D）印刷的复合支架显示了SGBR策略中临床上相关的生物相容性和骨导能的能力。在这里，我们报告了四个挑战性的临床病例，具有大型复杂的创伤后长骨缺陷，使用患者特异性SGBR作为成功的治疗方法。方法：给予知情同意后，计算机断层扫描（CT）图像用于设计患者特异性的可生物降解医学级的多丙酮酸二苯二甲酸 - 三磷酸二磷酸二磷酸二烷酸酯（MPCL-TCP，80:20 wt％）支架。使用物质模拟物进行分割CT扫描以产生缺陷模型，并使用Autodesk Meshmixer设计了脚手架零件。支架原型为3D打印，以验证稳健的临床处理和骨缺陷。最终的脚手架设计是根据食品药品和药物管理局（FDA）指南制造的。结果：四名患者（年龄：23 - 42岁）患有创伤后下肢大骨缺损（病例1：4 cm股骨远端，案例2：10 cm胫骨轴，案例3：复杂的Malunion股骨，情况4：案例4：不规则形状的远端胫骨）。给予知情同意后，通过植入装有ABG的定制MPCL-TCP脚手架（案例2：用Reamer-Irrigator-Aspirator-Aspirator-Aspirator System（RIA，ria，synthess®）收获的定制MPCL-TCP脚手架治疗患者。在所有情况下，脚手架均匹配实际的解剖缺陷，并且没有观察到围手术期的不良事件。案例1、3和4显示了骨向大蜂窝孔（孔> 2 mm）的骨质内生成的证据，并完全相互连接的支架结构，在最后一次放射线照相随访（植入后8 - 9个月）在骨末端的指示性骨桥末端末端。在植入后23个月的随访中，在情况2中实现了全面的骨再生和全重承重。结论：这项研究表明，指导骨再生原理为脚手架的骨组织工程的床边翻译。SGBR中的脚手架设计应具有组织特异性的形态学特征，该标志可以刺激并指导最初宿主响应的阶段，从而向整个再生。因此，脚手架提供了具有形态学和生物材料特性的物理细分市场，允许细胞迁移，
针对革兰氏阴性细菌的小分子LPXC抑制剂的最新进展（2014-2024）
在2024年，他在细菌优先病原体清单中增加了多种多药（MDR）革兰氏阴性细菌，并且MDR革兰氏阴性细菌的持续增加对公共卫生构成了严重威胁。尿苷二磷酸-3- O-（羟基羟基酯） - N-乙酰基葡萄糖胺脱乙酰基酶（LPXC）是与锌离子辅助的金属酶，这是外膜lipid lipid a in Gram conteria的合成的关键酶。LPXC在不同的革兰氏阴性细菌中是高度保守的，并且是同源的，这使LPXC成为对抗多药抗革兰氏阴性细菌的有希望的靶标。自芳唑啉LPXC抑制剂L-573，655的首次报道以来，已经合成和测试了大量针对革兰氏阴性细菌的小分子LPXC抑制剂，例如TU-514，CHIR-090，ACHN-975和TP0586532。但是，只有ACHN-975进入临床I期试验，并且由于安全问题而停产，到目前为止，尚无LPXC抑制剂。本文主要集中于过去10年中小分子LPXC抑制剂的结构优化，构象关系和动物毒性，尤其是在过去的5年中，以便为LPXC抑制剂的发展和临床研究提供思想。
携带核苷抗代谢物的寡核苷酸为...
rouridine）;阿拉伯核苷，例如阿拉伯派（Cytarabine，araC）[4]，吉西他滨或2'，2'-二氟 - Ro-2'-脱氧胞丁胺[5]（图1）和几种嘌呤[6]和氟达拉滨[7]。它们的作用机理涉及核苷-5'-单磷酸盐作为主要活性化合物的形成。核苷单磷酸可以转化为相应的核苷-5'-T-二磷酸，然后通过DNA或RNA聚合酶将其掺入DNA或RNA中，并明显地[8]。一方面，修饰的DNA或RNA产生突变产生非功能基因组[9]。另一方面，核苷-5'-单磷酸可以直接与涉及核苷酸代谢的酶相互作用，从而导致核苷酸池的修饰。这反过来将散发突变的DNA和RNA的量。对于Exmape，Floxuridine单磷酸盐与胸苷酸合酶的辅助中心反应，从而产生不可恢复的共价键[10，11]。这种自杀的共价反应抑制了这种酶，从而减少了核苷酸池中胸苷磷酸盐。这种还原引入了无胸腺氨酸的细胞死亡[12，13]。另外，FDU，ARAC和吉西他滨修饰DNA，并可以吸收DNA拓扑异构酶[14]。
用于生物研究的基因编码生物发光葡萄糖指示剂
还使用特异性引物插入了 MglB (D236A) 中的突变。通过重叠 PCR 连接每个扩增片段，并通过热融合法亚克隆到线性化质粒中 [14]。所选载体为用于细菌表达的 pRSET B、用于哺乳动物表达的 pcDNA3 和用于植物表达的 pRI201_AN。将叶绿体定位信号、核酮糖二磷酸羧化酶小链 1A (RBCS1a) [15] 序列通过 Gly-Gly-Ser-Gly-Gly 接头融合在 LOTUS-Glc 和 LOTUS-Glc (D236A) 的 N 末端。为了共表达 miniSOG2 和 LOTUS-Glc，我们将 LOTUS-Glc 和 miniSOG2 与可自裂解的 P2A 肽连接起来 [16]。使用热休克法对大肠杆菌 (E. coli) 菌株 XL10-Gold 进行转化，并在 2 mL LB 培养基中用 0.1 mg/ml 氨苄青霉素在 37 ◦ C 下培养单个菌落过夜。通过碱性-SDS 裂解从收集的细菌沉淀中进行小规模 DNA 制备。使用 BigDye Terminator v1.1 循环测序试剂盒 (Thermo Fisher Scientific) 通过染料终止子循环测序确认质粒序列。LOTUS-Glc 及其变体的 DNA 序列显示在注释 S1 中。