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基于线粒体 DNA 和超保守元件的北美鹿之间的关系，以及对线粒体-核不一致的评论
（Carr 等人，1986 年）。Hopken 等人（2015 年）发现，在太平洋西北地区的一小块区域内，线粒体DNA 控制区序列将大多数（但不是全部）白尾鹿和黑尾鹿分开。基于线粒体DNA Cyt b 序列的美洲鹿属和种的系统发育无法将黑尾鹿和白尾鹿分开，它们共享几种线粒体DNA单倍型（Gutiérrez 等人，2017 年）。然而，地理采样的范围很有趣。Gutiérrez 等人（2017 年）使用的 O. hemionus 样本代表了广泛的范围，包括 8 个亚种（hemionus、crooki、sheldoni、fuliginatus、inyoensis、peninsulae、californicus、eremicus）。相比之下，Gutiérrez 等人使用的 O. virginianus 样本(2017) 代表了该范围的一小部分，其中有一个来自奇瓦瓦州的 O. v. couesi 样本，没有 O. v. clavium 样本。他们的线粒体 DNA 树将大多数黑尾鹿 (O. h.
控制深度保守的植物干细胞调节剂的顺式调节区域的极端重组
（未通过同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可就不允许重复使用。该预印本版的版权持有人于2023年12月20日发布。 https://doi.org/10.1101/2023.12.20.572550 doi：Biorxiv Preprint
布氏锥虫中 RNA–DNA 混合相互作用蛋白的免疫沉淀揭示了保守和新的活性，包括控制抗原变异逃避免疫所需的表面抗原表达
摘要 RNA-DNA 杂交是基因组的表观遗传特征，可提供多种且不断增长的活动范围。通过表征与杂交相互作用的蛋白质，可以了解这些功能，但迄今为止，所有这些分析都集中在哺乳动物身上，这意味着尚不清楚在其他真核生物中是否也发现了类似的 RNA-DNA 杂交相互作用物。非洲锥虫是 Discoba 类群的单细胞真核寄生虫，在核心生物学的几个方面与其哺乳动物宿主存在显著差异。在这里，我们表明 DNA-RNA 杂交免疫沉淀结合质谱法在 T. brucei 哺乳动物和昆虫感染细胞中恢复了 602 个推定的相互作用物，其中一些提供在哺乳动物中也发现的活动，一些提供谱系特异性的活动。我们证明，三种因子（两种假定的解旋酶和一种 RAD51 旁系同源物）的缺失会改变布氏锥虫的核 RNA-DNA 杂交和 DNA 损伤水平。此外，每种因子的缺失都会影响寄生虫抗原变异免疫存活机制的运作。因此，我们的工作揭示了 RNA-DNA 杂交对布氏锥虫生物学的广泛贡献，包括宿主免疫逃避中的新功能以及可能对真核基因组功能至关重要的活动。
Viperin免疫力通过保守的脚手架上的连续创新在生命之树中演变
。CC-BY-NC 4.0国际许可证的永久性。是根据作者/资助者提供的预印本（未经同行评审的认证）提供的，他已授予Biorxiv的许可证，以在2023年9月13日发布的此版本中显示此版本的版权持有人。 https://doi.org/10.1101/2023.09.13.557418 doi：Biorxiv Preprint
人脑中丘脑皮质连通性的系统发育保守的轴
使用Sigmoid Transformation的间隔。c，将转录组数据分配给丘脑种子。voxelwise估计在丘脑中提取了2,228个具有差异表达的基因的验尸基因表达的估计值。对于每个基因，每个种子点都分配给它所在的体素的表达值，以产生921 by-2228 by-by-gene矩阵。如上所述，每个基因的表达水平根据缩放的乙状结肠标准化为单位间隔。d，关节分解。通过主成分分析（PCA）将逐皮连通性和逐个基因矩阵串联并分解为一组正交因素。从最终的主组件（PC）中，第一台PC（PC1）解释了串联数据矩阵中差异的30.2％。对于每个PC，分数分别描述了丘脑和载荷中每个成分的表示，分别描述了每个皮质区域和基因的连通性强度和基因表达水平的贡献。
At-Hook是细胞谱系启动所需的SWI/SNF的进化保守的自动调节域
保守的整个真核生物，尚不清楚核小体重塑是否需要。我们在SWI/SNF的催化亚基中发现了At钩，通过调节催化亚基的固有DNA依赖性ATPase活性，而不影响SWI/SNF的DNA亲和力，可以通过调节固有的DNA依赖性ATPase活性来重塑。AT钩对于SWI/SNF调节很重要，如小鼠胚胎干细胞中的细胞谱系启动所需的所需，以及调节酵母中氨基酸生物合成的基因。at-hook
Squid Express保守的ADAR直系同源物，具有新的特征
小球形头足动物通过腺苷脱氨基表现出异常广泛的mRNA，但尚不清楚基本机制。由于作用于RNA（ADAR）酶的腺苷脱氨酶会催化这种形式的RNA编辑，因此头足类直系同源物的结构和功能可能会提供线索。最近的基因组测序项目提供了蓝图，以全面互补。我们实验室的先前结果表明，Squid表达了一个ADAR2同源物，具有两个名为SQADAR2A和SQADAR2B的剪接变体，并且这些消息经过广泛编辑。基于章鱼和鱿鱼基因组，转录组和cDNA克隆，我们发现在小卵形中表达了另外两个ADAR同源物。第一个与脊椎动物ADAR1直系同源。与其他ADAR1不同，它包含一个新型的N末端结构域，为641 AA，预测为无序，包含67个磷酸化基序，并且具有氨基酸组成，丝氨酸和碱性氨基酸的氨基酸组成异常高。编码sqadar1的mRNA本身是广泛编辑的。也存在于任何脊椎动物同工型的直系同源的sqadar/d-like酶。编码SQADAR/D类的消息未编辑。使用重组SQADAR的研究表明，仅在完美的双链dsRNA和鱿鱼钾通道mRNA底物上，只有SQADAR1和SQADAR2是活跃的腺苷脱氨酶。sqadar/d样对这些底物没有活性。对这些底物没有活性。总体而言，这些结果揭示了SQADARS中的一些独特特征，这些特征可能会导致头足类动物中观察到的高级RNA回收。
人类特异性保守元件缺失的功能和进化影响
结果：我们通过检查不同脊椎动物基因组中的保守区域并与可靠注释的人类特异性固定缺失重叠，确定了 10,032 个 hCONDEL。我们发现这些 hCONDEL 富含删除源自干羊膜动物的保守序列。与转录、表观基因组和表型数据集的重叠都暗示了神经元和认知功能的影响。我们使用 MPRA 在六种不同的人类细胞类型中表征了这些 hCONDEL，包括诱导多能干细胞衍生的神经祖细胞。我们发现 800 个 hCONDEL 显示出物种特异性的调节效应。虽然许多 hCONDEL 会扰乱活性增强子中的转录因子结合位点，但我们估计 30% 会创建或改善结合位点，包括激活剂和抑制剂。
保守元素中人类特异性缺失的功能和进化影响
结果：我们通过检查各种脊椎动物基因组的保守区域并与自信注释的人类特异性固定缺失重叠，从而确定了10,032个HCONDEL。我们发现，这些HCONDEL富含源自茎羊膜的保守序列。与转录，表观基因组和表型数据集重叠均暗示神经元和认知功能影响。我们在六种不同的人类细胞类型中使用MPRA表征了这些HCONDEL，包括诱导多能干细胞衍生的神经祖细胞。我们发现800个HCONDEL显示出物种特异性的调节作用。尽管许多HCONDELS扰动转录因子 - 有效增强子中的结合位点，但我们估计30％创建或改善了结合位点，包括激活剂和阻遏物。