此预印本版的版权持有人于2023年12月6日发布。 https://doi.org/10.1101/2023.09.26.23296131 doi:medrxiv preprint
细菌病原体,如结核分枝杆菌 ( Mtb ),利用转录因子来使其生理适应宿主内的不同环境。 CarD 是一种保守的细菌转录因子,对 Mtb 的生存至关重要。与通过结合特定 DNA 序列基序来识别启动子的传统转录因子不同, CarD 直接与 RNA 聚合酶结合,以在转录起始期间稳定开放复合中间体 (RP o )。我们之前使用 RNA 测序表明,CarD 能够在体内激活和抑制转录。然而,尽管结合任何 DNA 序列,CarD 如何在 Mtb 中实现启动子特异性调控结果仍不清楚。我们提出了一个模型,其中 CarD 的调控结果取决于启动子的基础 RP o 稳定性,并使用来自具有不同 RP o 稳定性水平的一组启动子的体外转录来测试该模型。我们表明,CarD 直接激活 MTB 核糖体 RNA 启动子 rrnA P3 (AP3) 的全长转录本产生,并且 CarD 的转录激活程度与 RP o 稳定性呈负相关。利用 AP3 的延伸 -10 和鉴别器区域中的靶向突变,我们表明 CarD 直接抑制形成相对稳定 RP o 的启动子的转录。DNA 超螺旋也会影响 RP o 稳定性并影响 CarD 调控的方向,这表明 CarD 活性的结果可受启动子序列以外的因素调控。我们的研究结果为 RNA 聚合酶结合转录因子(如 CarD)如何根据启动子的动力学特性发挥特定的调控结果提供了实验证据。
疫苗接种对于控制结核病(TB)至关重要,安全,更有效和可及的疫苗针对结核分枝杆菌(MTB)感染至关重要,以实现最终TB策略中设想的TB控制里程碑。TB疫苗的研发面临许多挑战,包括但不限于对最有用的抗原的不良知识,可以优先考虑作为潜在的候选疫苗,缺乏保护的定义相关性,以及对MTB感染的细胞在Vivo中的解剖学和细胞位置的不完全了解。与国立过敏和感染性疾病研究所(NIAID)合作,将新结核病疫苗(WGNV)的Stop TB TB合作伙伴工作组(NIAID)合作,汇总了TB疫苗R&D的进度,挑战和机遇。在本报告中,我们总结了会议的关键主题和讨论,强调了结核病疫苗研究的进度和差距。
结核病(TB)是由结核分枝杆菌(M.tb)引起的传染病,对人类健康构成重大威胁。根据世界卫生组织(WHO)2021年全球结核病年度报告,中国估计有结核病病例约78万,估计结核病发病率约为每10万人55例,在30个结核病高负担国家中,中国估计结核病发病率位居第三位,低于印度尼西亚和印度。中国结核病病原体阳性率仅为58%(World Health O,2022)。因此,快速、准确的临床诊断方法对提高结核病诊断水平、治疗结核病患者、防止结核病传播至关重要。目前,在结核分枝杆菌(M.tb)的通用检测临床诊断方法中,AFB涂片具有检测方法快捷、简便、费用低廉的优势,但病原体阳性率低,M.tb.结核分枝杆菌培养时间长,无法满足临床快速诊断的要求。基于结核分枝杆菌培养的表型药敏试验(DST)受到生物安全、培养时间长及使用抗结核药物后培养率下降的影响。结核分枝杆菌生长缓慢的特点使得该方法耗时长、且由于培养不良或微生物污染等原因导致结果不确定,不能满足临床快速诊断的要求。快速准确地检测结核分枝杆菌样本和快速诊断耐药结核病是有效控制耐药结核病流行的关键。结核分枝杆菌的耐药表型主要通过多个基因的染色体突变来确认(Gygli et al.,2017)。例如,编码RNA聚合酶b亚基的rpoB基因突变导致的利福平耐药是结核分枝杆菌中最常见的基因突变。Xpert MTB/RIF检测采用半嵌套PCR直接从痰中检测结核分枝杆菌和rpoB基因突变。Xpert MTB/RIF最初于2010年被WHO推荐用于结核病诊断,但对于细菌载量较低的样本,Xpert MTB/RIF的检测结果灵敏度较低。此外,该检测只能检测利福平耐药突变,而不能报告突变类型。随着近年来新一代测序(NGS)的快速发展,WHO推荐使用NGS检测结核分枝杆菌复合群(MTBC)的耐药相关突变,并有针对性地采用高通量测序
海藻分枝杆菌(M. Marinum)是一种无结核分枝杆菌(NTM),可以在水生动物和人类中引起感染性疾病。基于培养的病原体检测是诊断NTM感染的金标准。但是,这种方法是耗时的,对于挑剔的生物来说,阳性率低。牛津纳米孔奴才测序是一种新兴的第三代测序技术,可以直接以培养的方式序列DNA或RNA,并提供快速的微生物识别。进一步的好处包括低成本,短时间的时间,读取长度和小设备尺寸。纳米孔测序在评估耐药性,微生物的临床鉴定和监测感染性疾病方面起着至关重要的作用。使用纳米孔测序的一些关于结核分枝杆菌(MTB)的报告已发表,但是,关于NTM的报告很少,例如M. Marinum。在这里,我们报告了使用纳米孔测序诊断纳米孔测序。
在2019年冠状病毒疾病(Covid-19)的背景下,已经研究了结核病(TB)疫苗的芽孢杆菌Calmette-guérin(BCG),以防止与矛盾的结果相互矛盾的可能性。目前,已经进行了50多次临床试验,以评估BCG在预防COVID-19中的有效性,但结果显示出很大的差异。仔细检查数据后,发现一些试验已招募了患有活跃的结核病,潜在结核病感染或结核病病史的人。这一发现引起了人们对试验结果的可靠性和有效性的担忧。在这项研究中,我们探讨了将这些参与者纳入临床试验的潜在后果,包括受损的宿主免疫力,免疫疲劳以及通过持续的分枝杆菌感染对COVID-19的BCG疫苗保护效果的潜在掩盖。我们还为将来的临床试验提出了一些建议。我们的研究强调了从临床试验中排除具有活性或潜在结核病的个体的关键,评估BCG在预防COVID-19中的疗效。
摘要:结核病 (TB) 是一种由结核分枝杆菌引起的传染病,该结核分枝杆菌在人类肺泡巨噬细胞内复制。这种疾病在世界范围内导致大量发病率和死亡率。根据世界卫生组织的数据,2021 年有 140 万人死于这种疾病。这表明,尽管现代医学取得了进步、诊断技术得到了改进,并且药物敏感性测试也得到了发展,但结核病仍然是全球公共卫生的威胁。从这个意义上讲,宿主导向疗法可能为治愈结核病提供一种新方法,而 miRNA 的表达与各种炎症介质浓度的变化有关,而这些炎症介质的浓度是结核分枝杆菌感染病理生理学的原因。因此,施用 miRNA 可能有助于调节生物体的免疫反应。然而,直接施用 miRNA,如果没有充分封装,会使核酸暴露于胞浆核酸酶的活性中,从而限制其应用。树枝状聚合物是一类高度分支的分子,具有明确的结构和分支构象,可产生有利于物理固定的空腔和允许与目标分子发生化学相互作用的功能基团。此外,树枝状聚合物可以很容易地进行功能化,以靶向不同的细胞,其中包括巨噬细胞。从这个意义上讲,各种研究都提出了使用不同的细胞受体作为靶分子,将树枝状聚合物瞄准巨噬细胞,从而将药物或核酸释放到目标细胞中。基于这些考虑,本综述的主要目标是全面探索功能化树枝状聚合物作为 miRNA 和其他治疗剂进入巨噬细胞的递送载体的潜力。这项工作旨在深入了解功能化树枝状聚合物作为结核病治疗的创新方法的应用,重点关注它们靶向和递送治疗物质到巨噬细胞的能力。
引言结核病 (TB) 仍然是一项严重的健康挑战,仅在 2021 年全球就造成约 150 万人死亡 (1)。结核分枝杆菌 (M . tuberculosis) 具有极强的人类适应性,通过尚不完全了解的免疫破坏机制在巨噬细胞内存活。肺巨噬细胞最初吞噬结核分枝杆菌会激活由种系编码的模式识别受体 (PRR) 组成的胞浆监视途径,导致 I 型干扰素 (IFN) 和促炎细胞因子产生增加、炎症小体活化和自噬 (2–4)。我们实验室和其他实验室的研究表明,结核分枝杆菌 DNA 和分枝杆菌衍生的环状二核苷酸可激活胞浆 DNA 传感途径 (5–8),从而驱动 I 型 IFN 的表达。虽然已经广泛研究了细胞浆病毒 RNA 在先天免疫感应中的作用,但细菌 RNA 对疾病发病机制的贡献尚不明确 (9)。最典型的 RIG-I 样受体 (RLR) 家族成员 RIG-I 和黑色素瘤分化因子 5 (MDA5) 包含一个中央 ATPase 含 DExD/H-box 解旋酶结构域和一个 C 末端阻遏物结构域,这两个结构域均参与 RNA 结合 (10, 11)。通过 RNA 结合激活后,2 个串联 caspase 激活和募集结构域 (CARD) 与衔接子线粒体抗病毒信号蛋白 (MAVS) 相互作用,介导 NF- κ B 和 IFN 调节因子 (IRF) 的诱导以及随后 IFN 刺激基因 (ISG) 的表达 (12–14)。尽管结构相似,RLR 检测的 RNA 种类往往不同,这些 RNA 种类往往具有病原体特异性,但不一定相互排斥 (11, 15)。越来越多的证据表明,RIG-I 在结核分枝杆菌感染的 I 型干扰素反应中起着非冗余作用 (16–18),它通过与特定的结核分枝杆菌 RNA 转录本结合,这些转录本利用分枝杆菌 ESX-1 分泌系统进入巨噬细胞胞质 (16)。我们最近发现,结核分枝杆菌 RNA 转录本能够通过与特定结核分枝杆菌 RNA 转录本结合,从而进入巨噬细胞胞质。
有两种自我注册的抗肿瘤疫苗可以在成年人群中施用,一种含有23种肺炎球菌多糖(PPV23)的血清型,另一种含有共轭多糖含有13种血清型蛋白质(PCV13)。 div>大多数工业化国家建议对老年人的普遍抗菌球菌疫苗接种,但关于最佳疫苗接种治疗的辩论很大。 div> div>选择疫苗的选择主要取决于有效性(即在随机对照测试中评估的保护作用)或两种针对肺炎肺炎肺炎和ENI的疫苗的有效性(即在观察研究中评估的保护作用)(在观察研究中评估的保护作用),并考虑了成本效率的预期。 div>
摘要:抗菌肽(AMP)可以直接杀死革兰氏阳性细菌,革兰氏阴性菌,分枝杆菌,真菌,包膜病毒和寄生虫。在浓度下,一些放大器和常规抗生素可以刺激细菌反应,从而提高其弹性,也称为刺激性反应。这包括刺激生长,流动性和生物膜产量。在这里,我们描述了刺激某些分枝杆菌生长的AMP的发现。肽14显示对结核分枝杆菌(MTB)的生长刺激作用,M。Bovis,M。Aviumsubsp。副结核病(MAP),M。Marinum,M。Avium-Intracellulare,M。Celatum和M. Abscessus。在低细菌接种物中,这种作用更为明显。与未处理的对照相比,肽从滞后相诱导更快的过渡到对数相,并在进入固定相之前将细菌保持更长的时间。在某些情况下,观察到分裂率的提高。使用MAP和75个肽的集合的初始屏幕显示13个具有激气作用的肽。对于MTB,筛选了25种人工肽的集合,发现13种可将阳性时间(TTP)的时间降低至少5%,从而改善了生长。一个天然存在的肽,11个天然发生的肽的片段和5种设计的肽,全部取自数据库APD3,并鉴定出另外44个肽,这些肽也将TTP降低至少5%。目前,在这项研究中鉴定出的肽正在商业用途,以改善人类和动物分枝杆菌诊断的恢复和培养。lasioglossin ll-iii(Bee)和ranacyclin e(青蛙)是最活跃的天然肽,人cathelicidin ll37 ll37碎片GF-17和猪cater依氏蛋白酶cathelicidin Protegrin-1片段是自然出现的肽的最活跃的片段。肽14显示10 ng/ml和10 µg/ml之间的生长活性,而稳定性优化的肽14D的活性范围为0.1-1 µg/ml。