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日本牛鼻炎B病毒的检测及基因分析
牛鼻炎 B 病毒 (BRBV)（属：口蹄疫病毒，科：小核糖核酸病毒科）是牛呼吸道疾病综合征的重要病原体。尽管全球都有关于 BRBV 的报道，但日本菌株的基因组数据尚未登记。在此，我们旨在分析日本 BRBV 的遗传特征。在 66 头牛的鼻拭子中，有症状和无症状的牛分别在 7/10 和 4/56 中检测到 BRBV。宏基因组测序和桑格测序确定了两种日本 BRBV 菌株 IBA/2211/2 和 LAV/238002，它们与已知的 BRBV 菌株具有显著的遗传相似性，并表现出独特的突变和重组事件，表明受区域环境和生物因素影响的动态进化。值得注意的是，LAV/238002 的领导基因位于不同的进化谱系中，与其他 BRBV 菌株有显著差异。基于前导蛋白氨基酸序列的系统发育分析表明，两株日本毒株与其他BRBV毒株处于明显不同的分支，表明存在显著的遗传多样性。该研究结果有助于我们深入了解日本BRBV毒株的遗传组成，丰富其遗传多样性和进化机制的认识。
D1.3 突变和基因编辑 - 生物信件
• 前导序列：位于 CRISPR 基因座一端的非编码序列（长度为 80-500 个核苷酸），有助于启动 RNA 转录并整合新的入侵者基因组（间隔物）。 • 间隔物：与入侵者（即病毒物质）相匹配的短而独特的 DNA 序列，本质上是原核生物免疫系统的记忆。 • 重复序列：分隔每个间隔物的短而相同的 DNA 序列。它们有规律地间隔开来，通常是回文结构（从 5' 和 3' 方向对称），这就是 CRISPR 这个首字母缩略词的由来“成簇的、有规律间隔的、短回文重复序列”。 位于 CRISPR 阵列附近的是 cas 基因，它们是编码区，用于编码蛋白质复合物的合成，如 Cas 蛋白（因此得名 CRISPR-Cas 系统），Cas 蛋白是一种能够消化 DNA 的核酸酶。当病毒入侵原核生物时，与病毒遗传物质相匹配的 CRISPR 阵列会转录成单个向导 RNA (sgRNA)，该 RNA 会与 Cas 蛋白结合并引导其朝向病毒的遗传物质。当 sgRNA 检测到匹配的病毒 DNA 时，Cas 蛋白会裂解/切割 DNA，从而有效地阻止病毒感染。
电动汽车实时鲁棒生态自适应巡航控制策略
摘要 — 本研究通过一种计算效率高的鲁棒控制策略解决了联网电动汽车的生态自适应巡航控制问题。该问题在空间域中采用非线性电力传动系统模型和运动动力学的真实描述来制定，以产生凸最优控制问题 (OCP)。OCP 通过一种新颖的鲁棒模型预测控制 (RMPC) 方法解决，该方法处理由于模型不匹配和前导车辆信息不准确而引起的各种干扰。RMPC 问题通过半正定规划松弛和单线性矩阵不等式 (sLMI) 技术解决，以进一步提高计算效率。使用实验收集的驾驶周期评估所提出的实时鲁棒生态自适应巡航控制 (REACC) 方法的性能。通过与标称 MPC 进行比较来验证其鲁棒性，标称 MPC 会导致速度限制约束违规。所提出方法的能源经济性优于最先进的时域 RMPC 方案，因为可以将更精确拟合的凸动力传动系统模型集成到空间域方案中。与传统恒定距离跟随策略 (CDFS) 的额外比较进一步验证了所提出的 REACC 的有效性。最后，验证了 REACC 可以借助 sLMI 和由此产生的凸算法实现实时实现。
二元响应隶属度分析的可识别等级谱方法
隶属等级 (GoM) 模型是用于多变量分类数据的流行个体级混合模型。GoM 允许每个主体在多个极端潜在概况中拥有混合成员身份。因此，与限制每个主体属于单个概况的潜在类别模型相比，GoM 模型具有更丰富的建模能力。GoM 的灵活性是以更具挑战性的可识别性和估计问题为代价的。在这项工作中，我们提出了一种基于奇异值分解 (SVD) 的谱方法来进行具有多元二元响应的 GoM 分析。我们的方法取决于以下观察：在 GoM 模型下，数据矩阵的期望具有低秩分解。对于可识别性，我们为期望可识别性概念开发了充分和几乎必要的条件。对于估计，我们仅提取观测数据矩阵的几个前导奇异向量，并利用这些向量的单纯形几何来估计混合成员分数和其他参数。我们还在双渐近状态下建立了估计量的一致性，其中受试者数量和项目数量都增长到无穷大。我们的谱方法比贝叶斯或基于可能性的方法具有巨大的计算优势，并且可以扩展到大规模和高维数据。广泛的模拟研究表明我们的方法具有卓越的效率和准确性。我们还通过将我们的方法应用于人格测试数据集来说明我们的方法。
DinG、RecG 和 RecQ 解旋酶的作用
摘要：富含鸟嘌呤的 DNA 可以折叠成高度稳定的四链 DNA 结构，称为 G-四链体 (G4)。它们最初是在端粒和致癌基因启动子的序列中发现的，可以改变 DNA 代谢。事实上，G4 形成序列代表 DNA 聚合酶的障碍，对细胞生命有重要影响，因为它们可能导致基因组不稳定。为了了解它们在细菌基因组不稳定中的作用，将不同的 G-四链体形成重复序列克隆到大肠杆菌遗传系统中，该系统报告了当 G 道在复制过程中包含前导或滞后模板链时重复序列的移码和完全或部分缺失。这些重复序列在单链 DNA 中形成稳定的 G-四链体，但在天然超螺旋双链 DNA 中不形成。尽管如此，转录促进了 (G 3 T) 4 和 (G 3 T) 8 重复序列在所得 R 环中形成 G-四链体。根据遗传背景和序列结构形成的倾向，突变率相差 5 个数量级。此外，虽然体外方法表明细菌解旋酶可以分解 G4，但目前仍不清楚 G4 解旋在体内是否重要。在这里，我们表明 recG 突变会降低突变率，而结构特异性解旋酶 DinG 和 RecQ 的缺陷会增加突变率。这些结果表明 G-四链体的形成会促进细菌的遗传不稳定性，解旋酶在体内控制这一过程中起着重要作用。
通过 RNA 引导转座对 Anabaena sp. PCC 7120 进行基因组工程改造
摘要：在基因组工程中，传入 DNA 的整合依赖于分裂细胞产生的酶，这一直是提高 DNA 插入频率和准确性的瓶颈。最近，据报道，使用 CRISPR 相关转座酶 (CAST) 的 RNA 引导转座在大肠杆菌中非常有效且具有特异性。在这里，我们开发了 Golden Gate 载体来在丝状蓝藻中测试 CAST，并证明它在鱼腥藻属菌株 PCC 7120 中有效。含有 CAST 和工程转座子的相对较大的质粒通过使用自杀或复制质粒的结合成功转移到鱼腥藻中。编码靶标前导链但不编码反向补体链的单向导 (sg) RNA 与 sgRNA 中包含的原间隔子相关基序 (PAM) 序列有效。在对两个不同靶位点进行分析的六种病例中，有四种的插入位点位于 PAM 之后正好 63 个碱基处。复制质粒上的 CAST 具有毒性，可用于治愈质粒。在分析的所有六种情况下，只有由从左到右元素的序列定义的转座子货物被插入目标位点；因此，RNA 引导的转座是由剪切和粘贴引起的。没有内源转座子通过暴露于 CAST 酶而重新动员。这项工作为通过 RNA 引导的转座在丝状蓝藻中进行基因组编辑奠定了基础，无论是在培养中还是在复杂群落中。关键词：鱼腥藻、CRISPR 相关转座子 (CAST)、基因组工程、RNA 引导的转座、minion 测序、从头基因组组装 ■ 简介
引文：Pietra D、Brisci A、Rumi E、Boggi S、Elena C、Pietrelli A、Bordoni R、Ferrari M、Passamonti F、De Bellis G、Cremonesi L 和 Cazzola M. Dee
对于 HRM 检测，采用补充表 S1 中报告的优化内含子引物。PCR 在 20 μ L 中进行，其中包含 100 ng DNA、0.5 单位 HotStart Taq 聚合酶以及 1x 缓冲液（Qiagen，德国希尔登）、1.5 mM MgCl 2、800 μ M dNTP、300 nM 每种引物和 1x EvaGreen（Idaho Technologies，犹他州盐湖城）作为插入染料。循环和 HRM 分析在 Rotor-Gene ™ 6000 实时分析仪上进行，采用以下热方案：95°C 持续 15 分钟（一个循环）；95°C 持续 30 秒，55°C 持续 30 秒，72°C 持续 30 秒（50 个循环）；72°C 持续 10 分钟（一个循环）；熔化温度从 85°C 升至 95°C，每秒上升 0.1°C。使用相关的 Rotor-Gene ™ 6000 系列软件 (v1.7.87) 分析数据。标准化条在前导范围的 88°C 和 88.5°C 之间，在尾随范围的 92.5°C 和 93°C 之间，置信阈值为 90%：如果 HRM 图超出了指定参考基因型的置信范围，则软件会将样本识别为变异。图 S1A 显示了健康受试者和 3 名 MPN 患者的 DNA 样本的 HRM 图谱，这些样本先前已通过微电子微芯片分析进行了基因分型（未显示数据）。患者 PV02_113 为 MPL (W515K) 纯合子（TGG>AAG 转换），其 HRM 曲线相对于野生型序列向左移向较低温度，这与纯合变体导致熔解温度 (Tm) 降低的预期一致。患者 PV04_494 为 MPL (W515A) 纯合子（TGG>GCG 转换）等位基因
Athboy Fairgreen 游乐场开发 - consult.meath.ie
• 行人可通过 Athboy 的 Fair Green 沿线现有入口和人行道进入新游乐场。 • 将在游乐区周边安装 1.2 米高的安全顶焊网围栏，镀锌并采用绿色粉末涂层，如图所示。 • 5 公园内无需重新种植 5 棵小树/半成熟树 – 无需移除成熟树木 • 所有相关的现场工程 该提案旨在将现有游乐场（位于 Town Parks, Clifton, Athboy）搬迁至 Fairgreen, Athboy。由于缺乏往返公共区域的能见度以及缺乏被动监视，当前游乐场的位置存在一些问题，这导致了有关该地点反社会行为等的报告/投诉。拟议的游乐场将包括第 8 部分申请文件中包含的指示性设备图中所示的一些游乐设备。为了最大限度地利用现有游乐场设备，米斯郡议会将评估现有游乐场场地内现有游乐场设备的可用性，经认证适合重复使用的任何设备都将转移到 Fairgreen 的新拟议位置（需获得规划批准）。游乐场将用 1.2 米高的金属栅栏围起来。拟议的工程包括移除拟议游乐场占地面积的现有土壤，并用前导石地基和铺面重新建造。将提供透水表面以排出地表水。Fairgreen 边界内不需要重新安置 5 棵小树/半成熟树。其位置需与 Fairgreen 的受托人商定，Fairgreen 内的成熟树木不会受到拟议开发的影响。拟议的开发已根据《欧盟栖息地指令》（指令 92/43/EEC）第 6(3) 条和《2000-2022 年规划和发展法》进行了适当的评估筛选。根据 2001-2024 年规划和发展条例第 81 条，米斯郡议会根据第 120(1)(b)(i) 条进行了初步审查，认为拟议的开发项目不太可能对环境产生重大影响，并且不需要进行环境影响评估。总之，在 Fairgreen 镇中心提供游乐场将提供急需的社区设施。
已发表版本的引用 (APA)：KORA 研究组、南特遗传性心律失常转诊中心、Barc、J.、Tadros、R.、Glinge、C.、Chi
布鲁格达综合征 (BrS) 是一种与年轻成人猝死有关的心律失常疾病。除了编码心脏钠通道 NaV1.5 的 SCN5A 外，易感基因仍然很大程度上未知。在这里，我们进行了一项全基因组关联荟萃分析，包括 2,820 例无关的 BrS 病例和 10,001 例对照，并在 12 个基因座（10 个新基因座）上确定了 21 个关联信号。单核苷酸多态性 (SNP) 遗传力估计值表明存在强大的多基因影响。基于 21 个易感性变异的多基因风险评分分析表明，不同患者亚组中常见风险等位基因的累积贡献不同，以及与一般人群中心脏电特征和疾病的遗传关联。心脏转录因子基因座的优势表明转录调控是 BrS 发病机制的一个关键特征。此外，对编码微管正端结合蛋白 EB2 的 MAPRE2 进行的功能研究表明，微管相关的运输对 NaV 1.5 表达的影响是一种新的潜在分子机制。总之，这些发现拓宽了我们对 BrS 遗传结构的理解，并为其分子基础提供了新的见解。BrS 是一种心脏疾病，其特征是心电图 (ECG) 右胸前导联的标志性 ST 段抬高和年轻成人猝死风险增加 1,2。据报道，大约 20% 的病例存在 SCN5A 中的罕见编码变异，SCN5A 编码心脏钠通道 NaV 1.5，该通道是钠电流 (I Na) 的基础 3,4。导致该疾病的其他易感基因仍然很大程度上未知。在一项对 312 名 BrS 患者进行的全基因组关联研究 (GWAS) 中，我们之前确定了三种常见的易感性变异，并提供了复杂遗传结构的证据 5 。在这里，我们将最初的关联扫描扩展为一个大型荟萃分析，包括 2,820 例无关病例和 10,001 例具有欧洲血统的对照（补充表 1 和 2 及补充说明），测试了 6,990,521 个次要等位基因频率 (MAF) ≥ 0.01 的变异（图 1 和补充图 1 和 2）。共有 12 个基因座（10 个新基因座）达到了全基因组统计显着性阈值 P < 5 × 10 − 8（表 1 和补充图 3a-l）。条件分析发现，在 3 号染色体基因座处有 7 个额外的全基因组显著性关联信号，在 6 号染色体和 7 号染色体基因座处有一个额外的信号（表 1 和补充图 3m-u）。基于 SNP 的遗传力 (h2SNP) 分析表明，对 BrS 的易感性很大一部分可归因于常见的遗传变异。h2SNP 估计值范围从使用 LDSC6 的 0.17（se 0.035）到使用 GREML7 的 0.34（se 0.02），
DNA复制填字游戏答案
DNA中的氮基碱包括腺嘌呤，鸟嘌呤和胞嘧啶，而RNA含有尿嘧啶而不是胸腺素。解旋启动DNA合成，而聚合酶是负责通过在生长链中添加核苷酸来复制DNA的主要酶。DNA的糖磷酸主链由磷酸二酯键一起保持。一个称为复制起源的特定序列是染色体上DNA合成的起点。DNA的双螺旋结构具有主要和次要凹槽，这对于其功能很重要。双螺旋的每个转弯都有这些凹槽，从而允许复制过程发生。在DNA复制过程中，氮基碱的正确配对对于维持遗传信息的完整性至关重要。此过程发生在细胞分裂之前，涉及DNA双螺旋的放松形成两个模板链。领先链是连续合成的，而滞后链则形成短片段，然后通过连接酶将其连接在一起。在复制位点形成Y形结构是过程中的重要一步。RNA或DNA的引物序列是DNA合成的模板，并且在复制完成后必须去除这些引物。参与DNA复制的键酶包括解旋酶，聚合酶和连接酶。旋转酶放松双螺旋，而聚合酶为生长链增添核苷酸。连接酶将滞后链的短片段连接在一起。连接5'和3'时，会形成磷酸酯主链。与DNA复制有关的一些重要术语包括前导链，滞后链，复制的起源和滑动夹具蛋白。DNA复制过程对于忠实地从一代细胞到下一个细胞的遗传信息传播至关重要。仅在RNA中发现的化合物被称为** uracil **，而** okazaki碎片**请参阅滞后链上的短段或片段。DNA的基本三维形状是A **双螺旋**结构，而RNA是单链，不稳定的，并且可以离开细胞核。基因由DNA组成，代表遗传的基本物理和功能单位。通过破坏弱氢键解解酶的酶称为**解旋酶**。平行但在相反方向的两个侧面称为**反平行**。嘧啶由单个碳环组成，而核苷酸由磷酸盐，糖和氮碱组成。DNA是双链，稳定的，并且保持在核内。根据夏尔加夫的统治，鸟嘌呤总是与胞嘧啶配对。核糖是RNA核苷酸中发现的糖，而脱氧核糖是DNA核苷酸中存在的5-碳糖。氢键将DNA的两条链组合在一起，** primase **是负责放下RNA底漆的酶。互补意味着一侧可以与另一侧配对或补充另一侧。由重复核苷酸制成的长聚合物称为DNA。五个氮基是腺嘌呤，鸟嘌呤，胸腺嘧啶，胞嘧啶和尿嘧啶。双螺旋的“主链”是磷酸骨架。** DNA聚合酶**是促催化DNA分子合成的酶中的一种酶。嘧啶衍生物包括三个氮基碱 - 尿嘧啶，胸腺嘧啶和胞嘧啶 - 它们是DNA和RNA的基础。复制涉及半守则复制，其中双螺旋分裂为两个不同的链。嘌呤分子由四个氮原子和六个碳原子组成。嘧啶由一个六元环和两个氮原子和四个碳原子组成。核苷酸是DNA和RNA的构件。** DNA解旋酶**是一种在DNA复制中起重要作用的酶，而氢键在解螺旋酶放松时会破裂。这是文本的重写版本：** DNA结构** DNA的基本构件是由重复核苷酸组成的长聚合物。这些氮碱分为两个主要群体：嘌呤（腺嘌呤，鸟嘌呤）和嘧啶（胸腺胺，胞嘧啶，尿嘧啶）。酶，例如DNA聚合酶，促进了DNA分子的合成。**复制过程**在半守保持复制期间，双螺旋分裂为两个单独的链。这些链充当新DNA合成的模板。该双螺旋的“骨干”由磷酸盐组组成。**核苷酸特征**嘌呤（例如腺嘌呤和鸟嘌呤）由一个六元环组成，带有四个氮原子和六个碳原子，而嘧啶（例如胸腺胺和细胞儿童）具有两个六氮环，具有两个六氮气，带有两个硝基原子和四个碳原子的环。核苷酸是DNA和RNA的基本单位。**涉及的酶** DNA解旋酶通过放开双螺旋在复制过程中起着至关重要的作用，这最终导致链分离。**氢键**作为解旋酶放松DNA链，核苷酸之间的氢键被损坏，从而使链分开。