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World File Search System可再现的
Grandjean，J。等。 （2023）大鼠大脑中功能连通性分析的共识方案。自然神经科学，26（4），第673-681页。 （doi
动物模型中的无任务功能连接提供了一个实验框架，以检查在受控条件下的连接现象，并可以与在侵入性或终端程序中收集的数据方式进行比较。当前，动物采集是通过各种方案和分析进行的，这些方案和分析会妨碍结果比较和整合。在这里，我们介绍了标准装置，这是一个共有的大鼠功能磁共振成像采集方案，该协议在20个中心进行了测试。要使用优化的采集和处理参数来开发此协议，我们最初汇总了从46个中心从大鼠那里获取的65个功能成像数据集。我们开发了一种可再现的管道，用于分析具有不同协议获得的大鼠数据，并确定了与跨中心功能连通性的可靠检测相关的实验和处理参数。我们表明，标准化协议增强了相对于以前的采集而增强生物学上合理的功能连接模式。此处描述的协议和处理管道与神经成像社区公开共享，以促进互操作性和合作，以应对神经科学中最重要的挑战。
Flaminia Giacomini 博士
在量子理论的界面上理解引力的基本性质是理论物理学中一个重要的未决问题。最近，对引力量子系统的研究，例如在位置的量子叠加中准备的、以引力场为源的大规模量子系统，引起了广泛关注：量子光学实验正在努力在实验室中实现这种场景，测量与量子源相关的引力场有望提供一些有关引力性质的信息。在理论方面，量子信息工具用于解释结果。然而，关于这些实验可以得出关于引力量子性质的确切结论，仍然存在悬而未决的问题，例如，这种状态下的实验是否能够测试引力场的更多部分。在我的演讲中，我将介绍一个新的结果，其中非局域量子源产生的效应无法使用牛顿势再现，也无法作为经典广义相对论的极限。这些效应原则上可以通过进行干涉实验来测量，并且与引力子发射无关。确定比牛顿势能可再现的更强的引力量子方面，对于证明引力场的非经典性和规划新一代实验（在比迄今为止提出的更广泛的意义上测试引力的量子方面）至关重要。
baargin：用于自动分析细菌基因组数据的NextFlow工作流程，重点是抗菌抗性
抗菌耐药性（AMR）的出现和发展是一个全球健康问题，到2050年每年可能造成约1000万人死亡（汤普森，2022年）。对这些（多）抗性细菌菌株的基因组的研究对于理解抗性的出现和循环至关重要。在过去的几十年中，高通量测序技术已得到了认真的改进，并且一次对数百种细菌菌株的完整基因组进行测序变得更加负担得起。作为对应物，这些实验会产生大量数据，需要通过各种生物信息学方法和工具来分析重建基因组的工具，因此可以确定其特定特征以及AMR的遗传决定因素。为了自动化多种菌株的生物信息学分析，我们开发了一种名为Baargin的NextFlow（Di Tommaso等，2017）的工作流，称为Baargin（Nextflow中的细菌组装和抗菌抗性基因检测）https://github.com/ jhayer/baargin。它可以进行测序读取质量控制，基因组组装和注释，多层次序列键入和质粒鉴定以及抗菌耐药性决定因素检测以及pangenome分析。使用工作流管理系统NextFlow的使用使我们的工作流便携式，灵活并能够进行可再现的分析。
3D等离子分子纳米复合材料的电化学合成，用于原位标记的无分子检测
基于表面增强的拉曼s骨（SERS）分子检测的可靠性。因此，在热点处的3D散装溶液中，无限分子的精确放置仍然是获得超敏感和可再现的无标记 - 无分子检测的目标。已经提出了一些用于定位靶标分子的方法，包括使用生物感受器[4-6]增强分子相互作用并进行电动作用。[7-9]受体分子为靶分子提供了特定的结合位点。但是，由于受体和靶分子之间的结合事件高度依赖于靶分子在散装溶液中的分子扩散，因此使用这种被动扩散过程很难实现实时检测。对于基于溶液的检测系统，电动驱动被认为是一种有前途的方法，可以通过电溶剂在热点区域浓缩带电的小痣。[7-9]但是，由于纳米级热点与大型大型杂菌质量之间的大小不匹配，因此这些常规的SERS平台不能很好地适应对呼吸道病毒的无标记和快速检测。尽管可以通过电泳吸引≈100nm的病毒粒子颗粒，但由于其结构上的复杂性和较大的尺寸，它们可能不适合纳米级热点。
在微机械谐振器中产生混沌的动态方法
摘要 混沌系统具有复杂且不可再现的动力学，在自然界中随处可见，从行星之间的相互作用到天气的演变，但也可以使用当前的先进信号处理技术进行定制。然而，由于底层物理涉及动力学，混沌信号发生器的实现仍然具有挑战性。在本文中，我们通过实验和数值方法提出了一种从微机械谐振器生成混沌信号的颠覆性方法。该技术通过调节施加到非线性区域中谐振器的驱动力的幅度或频率，克服了控制微/纳米机械结构中屈曲的长期复杂性。混沌状态的实验特征参数，即庞加莱截面和李雅普诺夫指数，可直接与不同配置的模拟进行比较。这些结果证实，这种动态方法可转换到任何类型的微/纳米机械谐振器，从加速度计到麦克风。我们通过将现成的微隔膜转变为符合美国国家标准与技术研究所规范的真正随机数生成器，展示了利用混沌状态的混合特性的直接应用。这种原始方法的多功能性开辟了新的途径，将混沌的独特性质与微结构的卓越灵敏度相结合，从而产生新兴的微系统。
psilocybe Zapotecorum的培养，化学和基因组
psilocybe Zapotecorum是一种强烈的蓝色粉刷psilocybin蘑菇，由墨西哥东南部及其他地区的土著群体使用。该物种具有丰富的礼仪使用史，但对其化学和遗传学的研究受到限制。在此，我们报告了蘑菇形态，培养基参数，化学作品和Zapotecorum的完整基因组序列。首先，我们详细介绍了简单且可再现的生长和克隆方法。与高分辨率显微镜分析结合使用，通过DNA条形码来鉴定菌株，并确定识别菌株。完整的基因组测序揭示了p. Zapotecorum中psilocybin基因簇的结构，并且可以用作psilocybe进化枝的参考基因组I。Characterization of the tryptamine pro fi le revealed a psilocybin concentration of 17.9 ± 1.7 mg/g, with a range of 10.6 – 25.7 mg/g ( n 5 7), and similar tryptamines (psilocin, baeocystin, norbaeocystin, norpsilocin, aeruginascin, and 4-HO-tryptamine) in lesser concentrations for a combined色氨酸浓度为22.5±3.2 mg/g。这些结果表明Zapotecorum是一种有效且化学上可变的psilocybe蘑菇。化学效果，遗传分析和培养有助于神秘化这些蘑菇。作为psilocybin增益牵引力的临床研究，了解psilocybe的多样性将对话扩展到分子之外。
最初发表于：库尔特，法比安； Leventhal，Gabriel E； Spalinger，Marianne Rebecca；劳拉（Laura）的Anthamatten； Rogalla von Bieber- Stein，Philipp；我
摘要粪便微生物群移植（FMT）的成功提供了微生物组疗法的必要概念概念。然而，基于粪便的疗法具有许多相关的风险和不确定性，因此定义了以靶向方式修改微生物组的微生物伴侣，已成为FMT的有希望的更安全的替代品。这种实时生物治疗产品的开发面临着重要的挑战，包括选择适当的菌株以及根据大规模控制财团的生产。在这里，我们报告了一种基于生态和生物技术的微生物财团结构的方法，该方法克服了这些问题。我们选择了九种菌株，这些菌株构成了一个财团来模仿健康人肠道菌群中碳水化合物发酵的中央代谢途径。连续共培养细菌会产生一个稳定且可再现的联盟，其生长和代谢活性与单独培养的菌株的等效混合不同。此外，我们表明我们的基于功能的财团在急性结肠炎的葡聚糖硫酸钠小鼠模型中应对营养不良，而菌株的菌株混合不匹配FMT。最后，我们通过设计和产生其他稳定组成的财团来表现出鲁棒性和方法的鲁棒性和一般适用性。我们建议将自下而上的功能设计与连续共培养相结合是一种强大的策略，可以生成功能强大的功能设计合成财团，以供治疗使用。
skada bench：对无监督的域适应方法进行基准测试，并对多种方式进行现实验证
无监督的域适应性（DA）包括适应在标记的源域上训练的模型，以在未标记的目标域上表现良好，并具有某些数据分布变化。虽然文献中提出了许多方法，但公平和现实的评估仍然是一个悬而未决的问题，尤其是由于方法学困难在无监督环境中选择超参数。在Skada Bench的情况下，我们提出了一个框架，以评估DA方法的不同方式，除了在文献中很大程度上探讨的计算机视觉任务之外。我们对现有浅层算法进行了完整而公平的评估，包括重新加权，映射和子空间对齐。现实的超参数选择是通过嵌套的交叉验证和各种无监督的模型选择得分进行的，这两个模拟数据集都具有受控的偏移和现实世界数据集的不同模式，例如图像，文本，生物医学和表格数据。我们的基准强调了现实验证的重要性，并为现实生活中的应用提供了实用的指导，并对模型选择方法的选择和影响有了重要的见解。Skada-Bench是开源的，可再现的，可以通过新颖的DA方法，数据集和模型选择标准轻松扩展，而无需重新评估竞争对手。Skada-Bench可在https://github.com/scikit-adaptation/skada-bench上在github上获得。
减轻tofacitinib诱导的难治性食管地衣
可再现的内窥镜检查结果，例如粘膜剥离，撕裂和气管化，以及诸如带状T-Cell浸润，粘膜脱位，上皮细胞凋亡以及dys或多杀伤性等组织学因素。ELP的临床表现包括广泛的范围，从无症状的课程到轻度至重度吞咽困难，在极端情况下，胃肠道出血。未经治疗的慢性ELP会导致食管远端狭窄，并可以用作食管鳞状细胞癌的原始性。到目前为止，还没有既定的ELP疗法。类维生素类别是治疗皮肤LP的标准品，在ELP中不会表现出积极影响。虽然局部糖皮质菌 - 经常在食管炎症中产生有利的反应，但某些情况证明是顽固或难治性的。在这种情况下，已经尝试了各种免疫抑制疗法，并取得了可变的成功。本报告详细介绍了一个严重的ELP病例，该病例表明对泼尼松蛋白，阿西他蛋白，阿利替诺蛋白，阿达木单抗，他的他的酸性，羟基氯喹加霉酚酸酯Mofetil和cyclophophophamide。JAK抑制剂Tofacitib的启动引起了令人印象深刻的临床，内窥镜和组织学缓解。在我们对这种疾病的免疫介导的发病机理的不断发展的背景下，讨论了对JAK抑制剂的积极反应。
polishclr：用于抛光PACBIO CLR基因组组件的NextFlow工作流程
长阅读测序已彻底改变了基因组组装，产生了高度连续的染色体水平重叠群。但是，来自某些第三代长读技术的组件，例如太平洋生物科学（PACBIO）连续长读（CLR）具有很高的错误率。可以通过称为抛光的过程来纠正此类错误。尽管脊椎动物基因组项目（VGP）组装社区最近描述了抛光非模型的新型基因组组件的最佳实践，但需要在常规的高性能计算环境下轻松实施并运行公开可再现的工作流程。在这里，我们描述了polishclr（https：//github.com/isugifnf/polishclr），这是一种可复制的NextFlow工作流程，可实现CLR数据制成的抛光组件的最佳实践。可以从将最佳实践扩展到次优案例的几种输入选项中启动。它还在几个关键过程中提供了重新输入点，包括识别Purge_Dups中的重复单倍型，如果有数据可用，请降低脚手架的休息，以及在多个回合的抛光和评估中，用箭头和freebayes进行评估。polishclr已被集装箱和公开可用于更大的集会社区，作为从现有的，易错的长阅读数据中填写组件的工具。