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春季2025年 - 植物病理学 - 佛罗里达大学
2个学时课程描述植物病理学实用研究应用的生物信息学培训。分析有关病毒，真菌和卵形植物病原体的OMICS数据，开发了用于大型数据集分析的定制管道，并得到了实际案例研究的支持。先决条件假设对生物学和遗传学的基本理解，尤其是在植物病原体和宿主分子相互作用的背景下。虽然对介绍性生物信息学概念和unix/linux命令行的知识很有帮助，但这并不是严格的要求。提取前培训的学生参加与集群，文件传输，基本UNIX命令和Slurm提交脚本的连通性的小型讲习班。（https://help.rc.ufl.edu/doc/training）。完成本课程后的课程目标，学生将能够：
SAP单登录实施指南的安全登录
。SAP加密库支持X.509和Kerberos技术。•安全的登录服务器中央服务，向用户和应用程序服务器提供X.509V3证书（开箱即用的PKI）。安全登录Web客户端是一个附加功能。它还使基于Web的客户在身份提供商处使用安全性断言标记语言（SAML）2.0在身份提供商处使用证书。安全的登录服务器还为商店地板上的售货亭PC的用户提供快速的RFID标识（请参阅相关链接）。•安全登录库安全登录库是一个包含用于安全登录的工具集的库。它包含用于证书生命周期的SAPSLSCLI命令行工具。
EdiTyper：一种用于分析基因组编辑实验中的靶向测序数据的高通量工具
基因组编辑实验正在生成越来越多的靶向测序数据，其中的特定突变模式表明实验的成功和克隆细胞系的基因型。我们介绍了 EdiTyper，这是一种高通量命令行工具，专门用于分析来自 CRISPR 基因编辑的多克隆和单克隆细胞群的测序数据。它只需要简单输入测序数据和参考序列，并提供全面的输出，包括汇总统计数据、图表和 SAM/BAM 比对。模拟数据分析表明，EdiTyper 在检测单核苷酸突变和插入缺失方面非常准确，对测序错误具有很强的鲁棒性，并且速度快且可扩展到大型实验批次。EdiTyper 可在 github（https://github.com/LappalainenLab/edityper）上根据 MIT 许可证获得。
#stopransomware：Bianlian数据勒索组
（2024年11月20日更新）Bianlian集团演员自2022年6月以来一直影响美国多个关键基础设施部门的组织。除了专业服务和房地产开发外，他们还针对澳大利亚关键基础设施部门。该小组通过有效的远程桌面协议（RDP）凭据，使用开源工具和命令行脚本进行发现和凭据收获，并通过文件传输协议（FTP），RCLONE或MEGA删除受害者数据。bianlian然后通过威胁要释放数据，勒索金钱。Bianlian Group最初采用了双重贬义模型，在该模型中，他们在删除数据后对受害者的系统进行了加密；但是，他们主要转移到2023年1月左右的基于渗透的勒索，并在2024年1月左右转移到完全基于脱落的勒索。
阿鲁巴 AP-504、AP-505、AP-514、AP-515、AP-534、AP-535 ...
AES 高级加密标准 AP 接入点 CBC 密码块链接 CLI 命令行界面 CO 加密官 CPSec 控制平面安全保护 CSEC 加拿大通信安全机构 CSP 关键安全参数 ECO 外部加密官 EMC 电磁兼容性 EMI 电磁干扰 FE 快速以太网 GE 千兆以太网 GHz 千兆赫 HMAC 散列消息认证码 Hz 赫兹 IKE 互联网密钥交换 IPsec 互联网协议安全 KAT 已知答案测试 KEK 密钥加密密钥 L2TP 第 2 层隧道协议 LAN 局域网 LED 发光二极管 SHA 安全散列算法 SNMP 简单网络管理协议 SPOE 串行和以太网供电 TEL 防篡改标签 TFTP 简单文件传输协议 WLAN 无线局域网
使用IniLicoseq
动机：元基因组数据集的计算机模拟中的准确性对于基准生物信息学工具以及实验设计至关重要。用户不仅取决于大规模的模拟，不仅是设计实验和新项目，而且还取决于项目中计算需求的准确估计。不幸的是，当前大多数读取模拟器都不适用于过时的宏基因组学，或者记录了相对较差。在本文中，我们描述了Inilicoseq，这是一个软件包，用于模拟宏基因组光明测序数据。Inilicoseq具有简单的命令行接口和广泛的文档。结果：iNilicoseq在Python中实现，能够以具有明智的默认参数的并行方式模拟现实的Illumina（Meta）基因组数据。可用性和实施：源代码和文档可在https://github.com/hadrieng/insilicoseq和https://insilicoseq.readthedocs.io/上获得。联系人：hadrien.gourle@slu.se补充信息：补充数据可从BioInformatics在线获得。
商务部 - 人工智能 (AI) 用例清单 - 2022 年人工智能用例局联络点 (POC) POC 电子邮件说明
随着气候变化继续影响北极海洋哺乳动物，及时处理这些数据对于采取缓解措施至关重要。非特定呼叫类型噪声和声景容忍调查基础设施 (INSTINCT) 是内部开发的命令行软件，用于模型训练、评估和部署机器学习模型，以便在被动声学数据中检测海洋哺乳动物。它还包括用于标记和验证的注释工作流程。INSTINCT 已成功部署在多项分析中，并且需要进一步开发 INSTINCT 中的检测器以用于未来的新研究和自动化。将 AI 方法继续整合到 CAEP 声学小组的现有流程中，需要熟悉 INSTINCT、机器学习和阿拉斯加地区海洋哺乳动物声学曲目的熟练操作员。
smack：语义上有意义的对手音频攻击
Smack是一种对抗性音频攻击，它利用了对韵律属性的操纵来制作对抗性语音示例。我们的工件包括源代码，用于控制语音韵律的生成模型，以及用于攻击测试的自动语音识别（ASR）和扬声器识别（SR）模型。要操作攻击框架工作，用户需要在命令行中运行程序，提供攻击类型（即针对ASR或SR系统）并指定攻击目标（即目标转录或说话者标签）。预期的结果是对抗性音频样本。考虑到SMACK中涉及的语音生成模型的复杂性，建议使用中等CPU和至少8GB VRAM的GPU的机器。请注意，运行时可能会因用户的硬件而异。我们已将所需依赖项的列表汇编成YML配置文件。
应用注释 - puretarget重复扩展面板和HIFI测序的全面基因分型
自定义Puretarget面板没有PACBIO正式支持。用户必须设计和订购其指南RNA并相应地优化其自定义面板。PACBIO可以提供有关指南RNA设计软件和优化自定义面板的策略的有限指导。我们建议在添加新的指南RNA或测试一组自定义指南之前，请首先使用支持的样本类型在Puretarget重复扩展面板上进行成功。添加少量重复扩展目标是相对较低的风险，因为片段的大小与套件（4-5 kb）中提供的面板相似。已显示出多达5对指南的成功，以实现其他重复扩展目标。SMRT链接PuretArget重复扩展分析或带有TRGT的命令行分析可以与包括新坐标的更新目标床文件一起使用。
REINVENT 4：现代人工智能驱动的生成分子...
REINVENT 4 是一个用于设计小分子的现代开源生成 AI 框架。该软件利用循环神经网络和转换器架构来驱动分子生成。这些生成器无缝嵌入到通用机器学习优化算法迁移学习、强化学习和课程学习中。REINVENT 4 支持并促进从头设计、R 基团替换、库设计、连接子设计、支架跳跃和分子优化。本文概述了该软件并描述了其设计。详细讨论了算法及其应用。REINVENT 4 是一个命令行工具，可以读取 TOML 或 JSON 格式的用户配置。此版本的目的是为基于 AI 的分子生成中一些最常见的算法提供参考实现。此次发布的另一个目标是创建一个基于人工智能的分子设计教育和未来创新框架。该软件可从 https://github.com/ MolecularAI/REINVENT4 获得，并根据宽松的 Apache 2.0 许可证发布。