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使用图神经网络和接触图预测药物-靶标亲和力
计算机的高性能使得它们可以为药物设计中的实验室实验提供帮助。1因此计算机辅助药物设计在过去的几十年里得到了发展，充分利用高性能计算机，可以快速模拟药物设计中的诸多步骤，各种应用也逐渐发展起来。例如，NAMD (NAnoscale Molecular Dynamics)2、GROMACS3和Amber4提供了相对精确的分子动力学模拟手段，可以模拟分子体系在特定条件下的自然运动。分子对接可以探索不同分子之间的结合构象空间，帮助研究人员找到最佳的对接构象。许多专注于分子对接的方法包括DOCK、5AutoDock、6GOLD7等。随着深度学习在各个领域的卓越成就，基于深度学习的药物设计应用和模型不断涌现。Preuer等人。构建了一个前馈神经网络，并提出了一个名为 DeepSynergy 8 的模型来预测抗癌药物的协同作用。DeepTox 9 由一个深度神经网络组成，被提出用于毒性预测，并在 Tox21 挑战数据集中表现良好。10 BSite-pro 11 使用随机森林分类器仅基于序列来预测蛋白质结合位点。Lenselink 等人证明深度神经网络的表现优于生物活性基准集。12 Ciriano 等人总结了最近基于机器翻译的蛋白质化学计量建模
空间耦合LDPC码的分层译码算法
图 5 给出了所提 LSWD 算法和 SWD 算法在不同 迭代次数时的比特错误概率 (Bit Error Ratio, BER) 曲线，其中最大迭代次数分别取为 5 和 10 。 图 6 给出 了两种算法的译码性能与最大迭代次数的关系，其 中信噪比分别为 2.5 dB, 4.0 dB 。综合分析 图 5 和 图 6 的仿真结果，可以看出： (1) 所提算法和现有文献 的 SWD 算法的误码性能曲线都有明显的瀑布区。 (2) 当迭代次数相同时，所提算法的性能优于 SWD 算法。如，当译码迭代为 50 次、译码窗长度为 9 时，为达到 10 –6 BER ，所提算法所需的信噪比值 为 3.9 dB ，而目前常用的 SWD 算法则需要 4.2 dB ， 所提算法约有 0.3 dB 的性能优势。 (3) 在译码性能 基本相同时，与 SWD 算法相比，所提算法可以明 显减少译码迭代次数。例如，当信噪比为 2.5 dB 时，为了获得 10 –3 的 BER ，所提算法和 SWD 算法所 需的迭代次数分别为 7 和 11 ；当信噪比为 4.0 dB 时，为了达到 10 –5 的 BER ，所提算法和 SWD 算法所 需的迭代次数分别为 12 和 20 ，此时所提算法的迭代
基于图嵌入和图挖掘的计算药物-靶标相互作用预测
阿卜杜拉国王科技大学 (KAUST)，计算生物科学研究中心 (CBRC)，沙特阿拉伯图瓦尔 vladimir.bajic@kaust.edu.sa 摘要 识别药物和蛋白质的相互作用是药物发现早期阶段和寻找新药用途的重要步骤。传统的实验识别和验证这些相互作用仍然耗时、昂贵，并且成功率不高。为了改进这种识别过程，开发计算方法以最小错误率预测和排序可能的药物-靶标相互作用 (DTI) 将大有帮助。在这项工作中，我们提出了一种使用图嵌入和图挖掘进行药物-靶标相互作用预测的计算方法 DTiGEM。DTiGEM 模型将新型 DTI 识别为通过整合三个网络构建的异构图中的链接预测问题，即：药物-药物相似性、靶标-靶标相似性和已知 DTI。 DTiGEM 结合了不同的技术，包括图嵌入（例如 node2vec）、图挖掘（例如药物和目标之间的路径得分）和机器学习（例如不同的分类器）。与其他最先进的方法相比，DTiGEM 在四个基准数据集上对 DTI 进行计算预测时，在精确召回曲线下面积 (AUPR) 方面的预测性能有所提高。具体而言，我们证明，基于所有基准数据集的平均 AUPR 得分，DTiGEM 实现了最高平均 AUPR 值 (0.831)，从而相对于比较中表现第二好的方法将预测误差降低了 22.4%。
因果回路Feynman图和定向无环形图的变异量子量表
我们提出了一种差异量子本素（VQE）算法，用于在循环树二元性中有效地引导多链feynman图的因果表示，或等效地，在有线图中选择了acyclic配置。基于描述多核拓扑的邻接矩阵的循环hamiltonian，其不同的能级对应于循环的数量，而VQE则将其最小化以识别因果或无环构型。该算法已改编成选择多个退化的最小值，从而达到更高的检测率。详细讨论了与基于Grover的算法的性能比较。，VQE方法通常需要更少的量子和较短的电路来实施，尽管成功率较小。
全脑血管图：图学习和神经科学的数据集和基准（VesselGraph）
生物神经网络定义了人类和其他哺乳动物的大脑功能和智力，并形成了超大的空间结构图。它们的神经元组织与大脑微血管的空间组织紧密相连，微血管为神经元提供氧气并构建互补的空间图。这种血管（或血管结构）在神经科学中起着重要作用；例如，血管结构的组织（和变化）可以代表各种病理的早期迹象，如阿尔茨海默病或中风。最近，组织透明化的进展使得全脑成像和小鼠大脑血管整体分割成为可能。基于这些成像方面的进展，我们将基于特定的成像协议提供可扩展的全脑血管图数据集。具体来说，我们使用一种利用体积渲染引擎 Voreen 的改进图形提取方案来提取血管图，并通过 OGB 和 PyTorch Geometric 数据加载器以可访问且适应性强的形式提供它们。此外，我们使用引入的血管图数据集对许多最先进的图学习算法在血管预测和血管分类的生物学相关任务上进行了基准测试。我们的工作为推进图学习研究进入神经科学领域铺平了道路。作为补充，所呈现的数据集为机器学习社区提出了具有挑战性的图学习研究问题，包括将生物学先验纳入学习算法，或扩展这些算法以处理具有数百万个节点和边的稀疏空间图。1
图 2：当前机场周边覆盖图 - 巴拉瑞特市
虽然保留 18/36 号跑道的延伸部分被视为战略上的明智之举，但本总体规划和之前的 2004-2014 年总体规划建议，跑道延伸部分不应使跑道总长度超过 1800 米。将跑道长度限制在 1800 米或以下的主要原因是确保跑道不会从 3 级跑道变为 4 级跑道，因为这会引发许多其他变化，包括将整个跑道加宽至 45 米（成本高昂）并改变障碍物限制面 (OLS) 的特性。对 OLS 的重要变化包括将进近面的坡度降低至 2%，并将进近面的起始处加宽至 300 米。没有必要建造长度超过 1800 米的跑道，因为这个长度可以满足在可预见的未来预计运行的所有飞机的需求，包括中型 RPT 喷气式飞机的有限使用。
仪表进近图 - ROSA P
本报告记录了以用户为中心的调查和访谈工作，旨在分析当前仪表进近图 (IAP) 的信息内容。在对进近图信息需求的飞行员意见调查中，受访者表明了他们对进近信息的偏好以及他们希望在进近的哪个阶段看到这些信息。精密和非精密 IAP 格式都进行了检查。除了调查之外，还对代表从主要国内航空公司到通用航空公司的全方位运营 IAP 用户社区的飞行员进行了重点访谈。
CMF 11 进度图
*超过 30% 的 11C SSG 和 50% 的 11C SFC 要求在生成部队中，担任这些职位的士兵必须满足严格的资格标准，而大多数 MOS 11C NCO 都不符合这些标准。担任这些职位的步兵是从作战部队的关键领导职位中抽调出来的，然后他们才能达到被视为“最”或“高度”合格的时间标准，并且不得受到选拔和晋升委员会的惩罚。这些 NCO 应该被公认为比他们的同龄人更有资格或高度合格，因为他们有能力适应、学习和应用在这些具有挑战性/高风险任务中超越所需的技能。与那些职业生涯大部分时间留在作战部队的人相比，这些 NCO 更适合担任高级职务。
塔尔图大学理工学院...
3 方法 14 3.1 要求和约束 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14 3.1.4 固件 . . . . . . . . . . . . . . . . . 15 3.2 元件选择 . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15 3.3 开发板 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ...