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EDEM的结构和功能：PDI ERAD检查点复合物 回家：一个新的基因本体学子集，可改善植物基因功能预测 Emlen Funnels中的方向性范围 摘要
。。.N.N.N.N.N.N.N.N.N.N.N。lecce单位。4Qu±云母生物±云母系。II，布宜诺斯艾利斯，CE1428EHA，阿根廷。 II，布宜诺斯艾利斯，CE1428EHA，阿根廷。 。 澳大利亚，澳大利亚，澳大利亚，澳大利亚。II，布宜诺斯艾利斯，CE1428EHA，阿根廷。II，布宜诺斯艾利斯，CE1428EHA，阿根廷。 。 澳大利亚，澳大利亚，澳大利亚，澳大利亚。II，布宜诺斯艾利斯，CE1428EHA，阿根廷。。澳大利亚，澳大利亚，澳大利亚，澳大利亚。
回家：一个新的基因本体学子集，可改善植物基因功能预测
背景：基因功能预测数据集的可用性可帮助研究人员考虑假设生成，候选基因优先次序和许多其他应用的未表征基因的可能功能。许多这样的数据集基于基因本体论（GO）函数图。对于植物而言，这可能是有问题的，因为最具体的GO术语通常是从非植物分类群的生物学中得出的（例如，鉴于植物缺乏神经的神经），似乎不太可能映射到植物生物学过程）。为了平衡功能特异性的需求，同时限制了与植物生物学相关的功能，研究人员通常会限制植物植物子集，但是，通过设计，该子集由非常一般的术语和限制了特定假设产生的实际效用。更糟糕的是，有时研究人员选择与植物生物学无关的术语（而不是遍历GO图以选择与植物生物学兼容的层次结构中最具体的术语）。结果：我们创建了Go Big，一种基因本体学子集类型，以提高分类群特异性生物学应用基因功能预测的生物学相关性。GO大植物子集保留了假设产生的最大功能特异性，同时限制了适用于植物生物学的术语。简要
通过基因组编辑部分抑制基因功能的新技术...
（说明）[背景]试图研究基因的作用时，一种方法是防止基因工作并分析其结果。 CRISPR-CAS9是一种基因组编辑方法之一，被广泛用于停止此类基因的功能。但是，许多生存必不可少的基因很难研究，因为功能障碍可能会产生致命作用。在此类问题的情况下，研究是通过部分抑制基因功能而不是完全停止基因功能来完成的。但是，许多用于此目的的实验方法都是困难且不稳定的，并且希望开发一种简单稳定的方法来抑制基因功能。因此，在这项研究中，我们通过设计CRISPR-CAS9的使用来开发一种简单而稳定的方法，用于产生部分抑制突变体。 [研究含量]基因组DNA是生物生物的蓝图，遵循称为中心教条 *2的基本原理，并产生mRNA和蛋白质以调节细胞的功能。在“真核生物”中，是含有拟南芥 *3的植物，包括人类在当前研究中使用的动物，在从DNA产生mRNA之后，将部分mRNA切除（拼接 *4）形成成熟的mRNA。 DNA包含控制剪接的序列，但是如果在此部分发生异常，则剪接后的mRNA和蛋白质序列将变得异常。 在这项研究中，使用CRISPR-CAS9进行了基因组编辑，以创建这种异常。 CRISPR-CAS9系统旨在针对使用Gene HPY2控制剪接的序列，据报道，该基因在拟南芥中的功能显着降低，据报道，该拟南芥在模型植物的拟南芥中发芽的几天内致死。结果，我们成功地创建了拟南芥，该拟南芥具有一个序列，其中剪接控制顺序按预期去除。此外，我们证实了拟南芥中从HPY2基因产生的成熟mRNA序列比正常生成的成熟mRNA序列略短。与正常的蛋白质相比，由该mRNA产生的蛋白质可能缺乏一些序列。但是，保留了粗糙的结构，表明某些蛋白质的功能可能仍然存在。实际上，本研究中产生的突变体HPY2-CR3能够比完全失去已知HPY2基因的功能并受到致命影响的功能的寿命更长，并且有些人能够成长为可以开花的阶段。
转化相关的重组（TAR）克隆及其在基因功能上的应用；基因组结构和进化；生物技术和生物医学
转化相关的重组（TAR）克隆代表了一种独特的工具，可以选择性，高效地从复杂的基因组（例如动物和植物）和简单基因组（例如细菌和病毒）中恢复给定数百KB的给定染色体片段。该技术利用了酵母菌酿酒酵母中高水平的同源重组。在这篇综述中，我们总结了先前针对复杂基因组开发的开拓性焦油克隆技术的多个应用，用于功能，进化和结构研究，并扩展了经过修改的焦油版本以分离生物合成基因簇（BGC），从微生物中分离出生物合成的属性，这些属性是新型的构造和工业构造的综合构造，并为工具制造了工具以及工具工程，并构成了工程工程的工程，以实现工程的工程，以实现工程的工程，以实现工程的工程构造，以实现工程构造的工具。疫苗。焦油克隆被改编为用于基础研究的合成微生物基因组组装的可靠方法。在这篇综述中，我们还讨论了焦油克隆与HAC（人造染色体）的结合如何以及基于CRISPR的技术可能有助于未来。
基因组生物学的基因功能
lants在不适合传统农作物的土地上具有生产力，并且这些植物有可能作为燃料和化学物质的可再生原料的替代来源发挥重要作用。植物科学家和育种者认识到，通过利用多组学方法，系统生物学和计算生物学来更好地了解分子水平的关键植物过程的调节，可以在此类作物中实现生产率和可持续性的更大增长。然而，由于几个独特的特征，例如分段和整个基因组副本，繁殖方式差异和驯化，理解分子功能仍然是植物中的挑战。为了克服这些障碍，美国能源部的生物学和环境研究（BER）计划在2022财政年度中选择了11个项目，目的是（1）了解控制植物基因表达的调节元素，（2）开发方法，以了解生物学机制，以了解导致Gene家族不同成员的不同基因表达的生物学机制，并理解了多个家族和（3）多种多样的构图和构图。该奖项由BER的基因组科学计划（GSP）赞助。
诱导性多能干细胞和基因组编辑工具在确定基因功能和治疗遗传性视网膜疾病中的应用
摘要：遗传性视网膜疾病（IRD）影响着全球数百万人，是导致不可逆失明的主要原因。基于药物、基因增强或移植方法的治疗方法已被广泛研究和提出。在视网膜退行性疾病的基因疗法中，快速发展的基因组编辑 CRISPR/Cas 技术已成为一种新的潜在治疗方法。CRISPR/Cas 系统已成为眼科研究中强大的基因组编辑工具，不仅已应用于体内基因治疗的原理证明，而且还已广泛应用于培养皿中疾病模型的基础研究中。事实上，CRISPR/Cas 技术已被用于基因改造人类诱导多能干细胞（iPSC），以体外模拟视网膜疾病，测试体外药物和疗法并为自体移植提供细胞来源。在这篇综述中，我们将重点关注基于 iPSC 的细胞重编程和基因编辑技术的技术进步，以创建准确重现 IRD 机制的人类体外模型，从而开发治疗视网膜退行性疾病的方法。
基因组缺失可克服利什曼原虫基因功能的定向丧失
随着被忽视的热带疾病利什曼病在全球范围的蔓延，再加上治疗方法有限，且这些治疗方法都存在耐药性、成本、毒性和/或给药问题，在病原昆虫媒介原生动物利什曼原虫中验证新药物靶点比以往任何时候都更加重要。在 2015 年引入 CRISPR Cas9 技术之前，新靶点的基因验证主要通过同源重组进行靶向基因敲除，其中大多数靶向基因（约 70%）被视为非必需基因。在本研究中，我们利用现成的全基因组测序技术重新分析了这些历史细胞系之一，即 L. major 敲除丝氨酸棕榈酰转移酶 (LCB2) 催化亚基，这会导致鞘脂生物合成完全丧失，但仍具有活力和感染性。结果发现了许多单核苷酸多态性，但也揭示了几个编码区的完全丢失，包括一个编码假定的 ABC3A 直系同源物（假定的固醇转运蛋白）的基因。假设这种转运蛋白的缺失可能促进了 LCB2 催化亚基的定向敲除和从头鞘脂生物合成的完全丧失，我们重新检查了 L. mexicana 品系中的 LCB2，该品系经过工程改造，可直接通过 CRISPR Cas9 定向操作。令人惊讶的是，LCB2 无法被敲除，表明其是必需的。然而，同时删除 LCB2 和假定的 ABC3A 是可能的。这表明假定的 ABC3A 的缺失促进了利什曼原虫中鞘脂生物合成的丧失，并表明我们应该重新检查许多其他基因被视为非必需的利什曼原虫敲除品系。
用于恶性疟原虫基因功能研究的无泄漏诱导型 CRISPRi/a 系统
摘要 通过将催化失活的 Cas9 (dCas9) 与组蛋白脱乙酰酶 (Sir2a) 或乙酰转移酶 (GCN5) 的活性域融合，该 CRISPR 干扰/激活 (CRISPRi/a) 系统允许在转录水平上进行基因调控，而不会导致寄生虫基因组发生永久性变化。然而，dCas9 的组成性表达对研究必需基因构成了挑战，这可能会导致寄生虫的适应性变化，掩盖真正的表型。在这里，我们开发了一种无泄漏诱导型 CRISPRi/a 系统，通过整合 DiCre/loxP 调节子，允许在雷帕霉素瞬时诱导下表达 dCas9-GCN5/-Sir2a，这允许通过引入针对其转录起始区的向导 RNA 来方便地转录调控感兴趣的基因。利用在无性红细胞发育过程中处于沉默状态或从低水平到高水平表达的八种基因，我们评估了该系统在无性寄生虫中的稳健性和多功能性。对于大多数分析的基因，这种可诱导的 CRISPRi/a 系统导致目标基因在 mRNA 水平上上调或下调 1.5 到 3 倍。PfK13 和 PfMYST 表达的改变导致对青蒿素的敏感性改变。对于自噬相关蛋白 18（与青蒿素抗性相关的必需基因），通过可诱导的 CRISPRi/a 获得了 0.2 倍的上调或下调，导致生长迟缓。对于配子发生的主要调节器 PfAP2-G，通过 CRISPRa 获得了 0.10 倍的 PfAP2-G 转录本增加，导致。诱导寄生虫的配子体血症高出 4 倍。此外，可诱导的 CRISPRi/a 还可以调节配子体中的基因表达。这种可诱导的表观遗传调控系统为研究恶性疟原虫的基因功能提供了一种快速方法。
