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基因功能的细菌CRISPR筛选
细菌基因组组件的指数增加以及研究细菌寿命的全部多样性的越来越重要，导致人们对功能基因组方法的关注越来越大。通过将基因组规模的遗传扰动与高通量表型测定法结合起来，功能基因组学系统地定义了基因 - 表型关系，从而可以对未知功能的基因进行功能推断。存在用于扰动基因功能的几种高吞吐量方法，包括基于转座的方法，例如TN-SEQ和TRADIS，敲除收集和CRISPR方法。这些方法具有独特的优势和劣势，并且通常以互补的方式部署。然而，我们对CRISPR的理解，DNA合成成本的降低以及新的CRISPR模式的进步导致CRISPR广泛采用了整个细菌领域的功能基因组学研究。
细菌 CRISPR 筛选基因功能
细菌基因组组装的指数级增长以及研究细菌生命多样性的重要性日益增加，导致人们越来越关注功能基因组学方法。通过将基因组规模的遗传扰动与高通量表型分析相结合，功能基因组学系统地定义了基因-表型关系，从而可以推断未知功能基因的功能。存在几种用于扰动基因功能的高通量方法，包括基于转座子的方法（例如 Tn-seq 和 TraDIS）、敲除收集和 CRISPR 方法。这些方法各有优缺点，并且通常以互补的方式部署。然而，我们对 CRISPR 理解的进步、DNA 合成成本的降低以及新的 CRISPR 模式已导致 CRISPR 被广泛用于整个细菌领域的功能基因组学研究。
1 验证关键生物能源基因功能的途径...
事件摘要确定基因功能是主要生物能源作物高粱 (L.) Moench 的一个重要目标，特别是与其显著的非生物胁迫耐受性相关的基因。然而，对与这些性状相关的基因的详细分子理解有限。我们对高粱进行的深入转录组研究表明了这一点，研究表明其近 50% 的转录组尚未注释。在本报告中，我们描述了转化高粱所需的全套工具，以便验证和注释基因。我们首先努力修改一种转化方法，该方法使用形态发生基因 Baby Boom 和 Wuschel2（胚珠发育蛋白 2）来加快转化速度并扩大适宜的基因型。根据我们的经验，转化不含形态发生基因的 RTx430 需要约 18 到 21 周，而使用含有形态发生基因的方法生成 T 0 植物则需要约 10 到 12 周。利用形态发生基因还可以转化几种以前未转化或历史上难以转化的高粱基因型，即快速循环 SC187、保绿 BTx642、BTx623 和甜高粱 Ramada。为了通过工程验证候选基因，同时引入形态发生基因，开发了一种称为利他转化的共转化策略。为了完成对目标基因（八氢番茄红素去饱和酶）的编辑，我们创建了新的构建体，其中也包括形态发生基因。为了能够全面表征转化植物，我们采用了技术来确定高通量水平的拷贝数和事件的独立性。通过这些努力，我们创建了一条从农杆菌感染到高通量分子基因分型的完整途径，可用于确定基因功能并加快这种广泛种植的生物能源作物植物的基础遗传研究。