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2020 年末出现多种影响 677 位氨基酸的 SARS-CoV-2 刺突蛋白变体谱系
摘要。严重急性呼吸综合征冠状病毒 2 (SARS-CoV-2) 刺突蛋白 (S) 在宿主细胞进入中起着关键作用。影响 S 的非同义替换并不罕见，并且已在许多 SARS-CoV-2 谱系中固定下来。这些突变的一部分能够逃避中和抗体，或被认为通过增加对细胞进入受体血管紧张素转换酶 2 (ACE2) 的亲和力等机制增强传播。新墨西哥州和路易斯安那州的独立基因组监测计划同时检测到大量 20G 分支（谱系 B.1.2）感染的快速增加，这些感染携带 S 中的 Q677P 替换。该变体于 10 月 23 日首次在美国发现，但在 2020 年 12 月 1 日至 2021 年 1 月 19 日期间，它分别占路易斯安那州和新墨西哥州测序的所有 SARS-CoV-2 基因组的 27.8% 和 11.3%。 Q677P 病例主要在美国中南部和西南部发现；截至 2021 年 2 月 3 日，GISAID 数据显示美国有 499 个该变体的病毒序列。系统发育分析显示至少六个不同的 Q677H 亚谱系独立进化和传播，首次采集日期从 2020 年 8 月中旬到 11 月下旬不等。来自 20G（B.1.2）、20A（B.1.234）和 20B（B.1.1.220 和 B.1.1.222）分支的四个 677H 分支每个分支包含大约 100 个或更少的测序病例，而一对不同的 20G 分支簇分别由 754 个和 298 个病例代表。尽管采样偏差和奠基者效应可能导致了 S:677 多态性变体的出现，但该位置与 S1/S2 边界的多碱基裂解位点的接近性与其在细胞进入过程中的潜在功能相关性一致，表明可能赋予传播或传播优势的特征的平行进化。总之，我们的研究结果表明了同步趋同进化，从而推动了进一步评估 S:677 多态性对蛋白水解加工、细胞趋向性和传递性的影响。
作者更正：通过结构模仿大氨基酸的碳量子点对小鼠进行靶向肿瘤治疗诊断
在本文最初发表的版本中，图 4a 中 A549 细胞和图 6b 中 NH 2 -null LAAM TC-CQDs 组显微照片的设置存在错误。原始图片和更正后的图片如下所示。我们还被告知补充信息中的几张图片存在错误。特别是，我们在补充图 20 中意外地使用了几组重复的 RWPE-1、HL-7702、CCC-HPE-2 和 CCC-HIE-2 细胞系图像，在补充图 29 中体内荧光图像下的小鼠图像（一些图像从补充图 56 中重复；在此图中，我们还为 TPTC 组的 0 小时时间点和 TPTC/LAAM TC-CQDs 的 6 小时时间点选择了不正确的图像），在补充图 30 中切除的小鼠器官（一些图像从补充图 38 中重复），以及在补充图 61 中 TPTC/LAAM TC-CQDs 组的心脏和脾脏图像（两张显微照片与盐水组的有重叠）。这些补充图的原始版本和更正版本也在下面重现。所有这些错误都是在从我们使用的核心设施中获取、处理和存储的大量图像数据集中选择代表性图像时发生的。
氨基酸定向形成准零维钙钛矿
使用时间相关单光子计数 (TCSPC) 装置获取时间分辨的 PL 衰减。PL 衰减曲线使用指数方程拟合：I (t)= A exp(-t/τ)，其中 A 是指数项的振幅，τ 是 PL 寿命。I 代表归一化 PL 强度，t 是时间。PLQY 定义为辐射复合速率常数 (Kr) 与辐射和非辐射复合速率常数 (Knr) 之和的比率，由公式给出
通过节肢动物sp。增强了cAMP生物合成的内源性氨基酸和能量代谢水平。 CCTCC 2013431，柠檬酸盐作为cosubstrate
g/l-broth柠檬酸钠在24小时内确定为在奶昔瓶中进行的cAMP发酵液的最佳操纵条件（Li等人。2018）。为了研究代谢机制，在7 L搅拌罐生物反应器中进行了具有最佳状态的批处理发酵。如图1，由于与对照组相比，葡萄糖的最终cAMP浓度和葡萄糖的转化率分别达到4.34 g/l和0.076 g/g，分别提高了30.7％和29.8％（不加柠檬酸盐）。在24小时内，营地内容和合成率明显提高，并保持在控制水平的水平上，这表明柠檬酸盐添加确实加速了营地的产量。用柠檬酸盐发酵的最终OD 600和葡萄糖消耗量
高度特异性的L型氨基酸转运蛋白1抑制JPH203作为潜在的Pan-Canter处理
1帕迪哈丹大学/帕达哈丹大学/核医学学院核医学和分子治疗学系/印度尼西亚万伦敦40161的Hasan Sadikin综合医院； A.ACHMAD@UNPAD.AC.ID 2肿瘤学和干细胞工作组，印度尼西亚帕迪哈丹大学医学院，医学院； bashari@unpad.ac.ID 3印度尼西亚Padjadjaran University的药学学院药学分析与药物化学系，印度尼西亚45363； shinta16002@mail.unpad.ac.id（S.L.）; holis@unpad.ac.id（H.A.H.）; driyanti.rahayu@unpad.ac.id（d.r。）4印度尼西亚帕德哈迪兰大学医学院基础医学科学系药理学和治疗系，印度尼西亚50161，帕德哈丹大学/帕德贾省大学/哈斯南·萨迪金大学医学院，医学院ahmad.faried@unpad.ac.id *通信：hussein2017@unpad.ac.id†同等贡献。
碳量子点作为荧光纳米化学传感器用于选择性检测氨基酸
碳量子点 (CD) 是小于 10 纳米的碳纳米粒子，具有吸引人的光致发光特性、良好的水溶性、高稳定性和生物相容性。该名称源于其最重要的特性：荧光，这使它们可以与量子点（荧光半导体纳米粒子）同化。它们与这些的不同之处在于它们主要由碳组成，碳是一种通常无毒的元素，预计这将为它们在生物领域的应用带来显著优势。因此，CD 这个名字反映了发射与入射光不同波长的光的组成和特性。自从 Xu 等人发现它们以来，CD 一直被广泛地用作光的来源。 2004 年，1 圆二色球被应用于不同的基础研究环境和非常技术性的应用，从分子通讯 2-5 到治疗诊断 6，以及用于检测特定分析物 7、8，特别是金属离子。 9-11 此外，正如 Sun 等人所证明的，通过表面钝化，圆二色球荧光产量大大增加。 12 虽然圆二色球荧光的化学-物理机制尚未完全了解，13 但文献中发现，荧光可以通过多种因素进行调节：粒度（量子效应）、表面基团、表面缺陷、具有不同程度 π 共轭的荧光团和位于团簇的 sp 2 碳和基质的 sp 3 碳之间的电子空穴。 14 − 16 最近的研究表明，光学特性会因所用的合成方法、钝化、掺杂和 CD 的尺寸而有很大差异。17 − 22 这表明荧光可能取决于纳米粒子的表面，特别是可能导致某些波长吸收的“表面缺陷”。23 因此，表面的功能化
果蝇中的微生物组 - 肠脑轴对氨基酸缺陷的响应
均衡的大量营养素（蛋白质，碳水化合物和脂肪）对于生物的福祉至关重要。足够的热量摄入量，但蛋白质消耗不足会导致多种疾病，包括kwashiorkor 1。味觉受体（T1R1 -T1R3）2可以检测环境中的氨基酸，而细胞传感器（GCN2和TOR）3监测细胞中氨基酸的水平。当剥夺饮食蛋白时，动物会选择一种食物来源，其中包含更大比例的蛋白质或必需氨基酸（EAAS）4。这表明，在EAA特异性饥饿驱动的反应的帮助下，食物选择旨在实现特定的大量营养素的目标量，这是鲜为人知的。在这里，我们在果蝇中表明，微生物组 - 脑轴轴检测到EAA的不足并刺激EAAS的补偿性食欲。我们发现，在蛋白质剥夺期间，神经肽CNMAMID（CNMA）5在前肠的肠细胞中高度诱导。CNMA-CNMA受体轴的沉默阻止了被剥夺的果蝇中EAA特异性饥饿驱动的反应。此外，带有EAA共生微生物组的gnotobiotic果蝇表现出对EAAS的食欲减少。相比之下，没有产生亮氨酸或其他EAA的突变体微生物组的gnotobiotic果蝇显示出更高的CNMA表达和EAAS的补偿性食欲更大。我们提出肠道肠细胞感知饮食和微生物组衍生的EAA的水平，并通过CNMA将EAA剥夺状态传达给大脑。
与其抑制剂复合的金属蛋白酶中氨基酸残基的质子化态：从头开始分子模拟
可能有助于PDB结构中HIS224和水分子之间的氢[3]。注意到，HIS223的PKA值较低，为5.51，对周围PLN残基没有任何空间障碍，这表明HIS223可以具有HID和HIE质子化状态。因此，我们考虑了HIS223的两个质子化状态，并根据Ab Inli算FMO计算评估的总能量确定了哪些更稳定。此外，我们在这里考虑了GLU141的三种类型的质子化状态，因为该残基位于抑制剂附近，GLU141和抑制剂之间的相互作用可能会受到GLU141质子化状态的变化的显着影响。在金属蛋白酶热蛋白的先前分子模拟[7，8]中，
探索氨基酸和肽转运蛋白作为葡萄球菌中毒力和抗生素耐药性的治疗靶标
氨基酸对于维持细胞完整性和代谢稳态至关重要。除了蛋白质合成之外，氨基酸也是核苷酸，脂质和细胞壁成分生物合成的前体。s。金黄色葡萄球菌可以合成许多此类氨基酸，但通常会从外部环境中转移到细胞中[2]。有限的葡萄糖可用性（例如，脓肿中）代表了一个环境，其中肽或氨基酸的分解代谢对金黄色葡萄球菌的生长很重要[3]。生物启动分析揭示了启用s的几种途径。金黄色葡萄球菌可分解多种氨基酸，进而可以生成关键的中央代谢中间体，例如丙酮酸，草乙酸和2-氧化甲酸酯。反映了氨基酸在代谢中的重要性，s。金黄色葡萄球菌具有多种寡肽磁盘，游离氨基酸转运蛋白和蛋白酶以降解宿主蛋白。分析64 s。金黄色葡萄球菌菌株表明，氨基酸代谢基因与pangenome分别相关[4]，表明靶向与核心氨基酸代谢相关的转运蛋白可能具有针对多样化S的更广泛的治疗潜力。金黄色葡萄球菌分离。氨基酸，肽，渗透剂和核苷摄取系统的多样性和冗余也带来了重大挑战。在USA300_FPR3757基因组中至少有292个基因，预计将编码膜转运蛋白，其中120个似乎与氨基酸，渗透剂或核苷转运有关。从历史上看，细菌膜转运的研究生物信息学工具通常有助于识别和预测固定转运蛋白的功能，但是需要实验性工作来验证按测量值运输的底物及其生理角色。