XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search System多瘤病毒
体内量化影响 BK 多瘤病毒 VP1 基因的 APOBEC3 突变率
摘要：BK 多瘤病毒 (BKPyV) 衣壳突变在肾移植 (KTx) 接受者体内积累，病毒持续复制。这些突变与中和逃逸有关，似乎是由于宿主细胞 APOBEC3A/B 酶使胞嘧啶脱氨而产生的。为了研究患者体内发生的致突变过程，我们扩增了 VP1 基因的分型区，对扩增子进行了 5000-10,000 × 深度测序，并确定了罕见突变，这些突变与 COSMIC 突变特征相吻合。在携带 BKPyV 基因组的质粒的扩增子中确定了背景突变，并与来自法国和越南的 23 名 KTx 接受者的 148 个样本中观察到的突变进行了比较。在尿液、血清和肾脏活检样本中持续观察到三种突变特征，其中两种，SBS2 和 SBS13，与 APOBEC3A/B 活性相对应。此外，在患者样本和体外感染 BKPyV 的细胞中均检测到了第三个病因不明的特征 SBS89。定量上，尿液样本中的 APOBEC3A/B 突变率与尿液病毒载量密切相关，并且似乎因人而异。这些结果证实，APOBEC3A/B 是患者 BKPyV 基因组突变的主要来源，但并非唯一来源。
快速的体外多瘤病毒DNA复制测定
传统上，采用多瘤病毒DNA复制分析的选择性低分子量DNA提取HIRT提取方法，一种多步骤，劳动密集型和耗时的程序。DNA复制结果在复制样品之间通常不一致。为了提高多瘤病毒DNA复制测定法的效率和可重复性，我们使用Qiagen自旋柱技术和HIRT提取技术比较了DNA质量和产量。在转染后第2、4和第6天收集了用SV40 DNA转染的CV-1细胞，并使用Qiagen自旋柱和HIRT提取方法提取DNA。使用32个P线性的全长SV40 DNA探针进行了南部杂交。病毒DNA复制进行定量，并比较了两个程序获得的结果。Southern印迹分析显示，使用Qiagen自旋柱技术恢复了一致和增强的SV40 DNA恢复，并且在6天期间的病毒DNA复制在一式三份样品中可重现。此外，Qiagen自旋柱技术减少了从24小时获得多瘤病毒复制测定的高质量DNA所需的时间。采用这种提取程序将改善多瘤病毒DNA复制活性的确定，同时减少研究者对有毒有机化合物的暴露和处置。©2004 Elsevier B.V.保留所有权利。