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学术论文（同行评审）
Orita，A。Mukai，H。Tomita，S。Tomita，K。Bamagishi，H。Ebi，Y。Tamada，K。Kamada，H。Woo，F。Ishida，E。Takada，H。 /div;Orita，A。Mukai，H。Tomita，S。Tomita，K。Bamagishi，H。Ebi，Y。Tamada，K。Kamada，H。Woo，F。Ishida，E。Takada，H。 /div;
核糖测序、免疫肽组学和蛋白质组学能告诉我们有关非规范蛋白质组的哪些信息？
核糖体分析 (Ribo-Seq) 揭示了目前注释的编码序列 (CDS) 之外的数千个非规范核糖体翻译位点，从而改变了我们对人类基因组和蛋白质组的理解。保守估计至少有 7000 个非规范 ORF 被翻译，乍一看，这有可能将人类蛋白质 CDS 的数量扩大 30%，从约 19,500 个注释的 CDS 增加到超过 26,000 个注释的 CDS。然而，对这些 ORF 的进一步审查提出了许多问题，即它们中有多少部分真正产生了蛋白质产物，又有多少部分可以根据对该术语的传统理解理解为蛋白质。进一步复杂化的是，已发表的非规范 ORF 估计值相差约 30 倍，从几千到几十万。这项研究的总结让基因组学和蛋白质组学界既对人类基因组中新编码区域的前景感到兴奋，又在寻找如何继续的指导。在这里，我们讨论了非规范 ORF 研究、数据库和解释的现状，重点是如何评估给定的 ORF 是否可以说是“蛋白质编码”。
SPAMTP：空间代谢组学和转录组学数据的综合统计分析和可视化
摘要：宿主细胞蛋白（HCP）是可能影响生物治疗剂的安全性，功效和质量的关键质量属性。标记 - 游离shot弹枪蛋白质组学是HCP监测的至关重要方法，但是选择串联质谱（MS/MS）搜索算法直接影响识别深度和定量可靠性。在这项研究中，六种突出的MS/MS搜索工具（Mascot，Maxquant，Experromine，Fragpipe，byos和Peaks）是系统上基准的，因为它们在与中国仓鼠卵巢细胞的同位素标记的蛋白质上的复杂样品上的性能进行了基准测试，该蛋白质是使用羊毛hamster卵巢细胞的，使用了诱捕的离子移动性表述和平行的仿制模式，并依赖于数据划分，并逐渐划分。关键性能指标，包括肽和蛋白质识别，数据提取精度，变化精度，线性和测量真实。使用Hamiltonian Monte Carlo采样的贝叶斯建模框架可通过后验概率校准以及局部错误的发现率来稳健地估计折叠式均值和方差。通过预期效用最大化实施的贝叶斯决策理论用于平衡准确性与后部不确定性，从而对每个工具的性能进行了概率评估。通过这种累积分析，可以观察到跨工具的变异性：一些在识别敏感性和蛋白质覆盖范围方面表现出色，有些在定量准确性方面具有最小的偏见，并且有一些在跨指标之间提供了平衡的性能。这项研究建立了一个严格的数据驱动框架，用于工具基准测试，为选择适合HCP监测生物制药开发中的HCP监视的MS/MS工具提供了见解。
蛋白质组学国际实验室
Proteomics International Laboratories (ASX: PIQ) 是一家生物科技公司，正在开发精准诊断医学测试，通过血液样本识别蛋白质生物标志物，从而识别医学指征。该公司准备在 CY25 上半年 (1H25) 将其中三种产品商业化 - 用于糖尿病肾病 (DKD) 的 PromarkerD、用于子宫内膜异位症的 PromarkerEndo 和用于食道癌的 PromarkerEso - 所有这些产品都以开发这些测试的 Promarker 平台命名。PIQ 的测试可以带来显著的改变这三种测试都提供了更简单、更具成本效益的诊断，有可能实现更早的干预和更有效的治疗。此外，根据迄今为止所做的工作，该公司未来可以开发多种指征的测试。即使投资者没有意识到，公司的状况也比以前更好未来 12 个月对于 PIQ 来说将是关键的。 2025 年上半年，该公司打算在美国、澳大利亚和欧洲推出 PromarkerD。投资者似乎对 PIQ 的雄心持怀疑态度，因为该公司与 Sonic Healthcare USA 签订了独家许可协议，在美国将 PromarkerD 商业化用于 DKD，但 PIQ 在 2024 年 9 月终止了这笔交易，因为很明显这笔交易不会带来公司想要的结果。该公司现在打算使用多种上市策略，而不是授权给任何一家公司。这可能会导致公司获得比没有这种情况更高的收入。每股估值 2.19-3.31 美元
使用蛋白质组学方法
IL-5失调与多种过敏性疾病有关，包括2型/嗜酸性哮喘性哮喘，表征了嗜酸性炎性炎症。 IL-5是一种细胞因子，在分化，动员，存活和嗜酸性粒细胞中起关键作用。 IL-5抑制剂与IL-5结合，以防止其与嗜酸性粒细胞上IL-5α受体的结合，从而导致炎症减少。 批准的IL-5拮抗剂mepolizumab和Reslizumab是人源化的IgG单克隆抗体，对IL-5具有很高的亲和力。 嗜酸性粒细胞性哮喘的当前和最佳原发性PD生物标志物是外周血嗜酸性粒细胞的变化。 其他探索性候选者是嗜酸性粒细胞阳离子蛋白和嗜酸性粒细胞衍生的神经毒素。 但是，这些候选人的数据有限，并且水平差异很大。 本研究提出了评估血浆蛋白质组学的初步结果，用于鉴定IL-5抑制剂产品的新PD生物标志物IL-5失调与多种过敏性疾病有关，包括2型/嗜酸性哮喘性哮喘，表征了嗜酸性炎性炎症。IL-5是一种细胞因子，在分化，动员，存活和嗜酸性粒细胞中起关键作用。 IL-5抑制剂与IL-5结合，以防止其与嗜酸性粒细胞上IL-5α受体的结合，从而导致炎症减少。 批准的IL-5拮抗剂mepolizumab和Reslizumab是人源化的IgG单克隆抗体，对IL-5具有很高的亲和力。 嗜酸性粒细胞性哮喘的当前和最佳原发性PD生物标志物是外周血嗜酸性粒细胞的变化。 其他探索性候选者是嗜酸性粒细胞阳离子蛋白和嗜酸性粒细胞衍生的神经毒素。 但是，这些候选人的数据有限，并且水平差异很大。 本研究提出了评估血浆蛋白质组学的初步结果，用于鉴定IL-5抑制剂产品的新PD生物标志物IL-5是一种细胞因子，在分化，动员，存活和嗜酸性粒细胞中起关键作用。IL-5抑制剂与IL-5结合，以防止其与嗜酸性粒细胞上IL-5α受体的结合，从而导致炎症减少。 批准的IL-5拮抗剂mepolizumab和Reslizumab是人源化的IgG单克隆抗体，对IL-5具有很高的亲和力。 嗜酸性粒细胞性哮喘的当前和最佳原发性PD生物标志物是外周血嗜酸性粒细胞的变化。 其他探索性候选者是嗜酸性粒细胞阳离子蛋白和嗜酸性粒细胞衍生的神经毒素。 但是，这些候选人的数据有限，并且水平差异很大。 本研究提出了评估血浆蛋白质组学的初步结果，用于鉴定IL-5抑制剂产品的新PD生物标志物IL-5抑制剂与IL-5结合，以防止其与嗜酸性粒细胞上IL-5α受体的结合，从而导致炎症减少。批准的IL-5拮抗剂mepolizumab和Reslizumab是人源化的IgG单克隆抗体，对IL-5具有很高的亲和力。嗜酸性粒细胞性哮喘的当前和最佳原发性PD生物标志物是外周血嗜酸性粒细胞的变化。其他探索性候选者是嗜酸性粒细胞阳离子蛋白和嗜酸性粒细胞衍生的神经毒素。但是，这些候选人的数据有限，并且水平差异很大。本研究提出了评估血浆蛋白质组学的初步结果，用于鉴定IL-5抑制剂产品的新PD生物标志物
蛋白质组学分析揭示了
Xujia Zhou 1，Mina Azimi 1，Niklas Handin 2，Andrew Riselli 1，Bianca Vora 1，Eden Chun 1，Sook Wah Yee 1，Per Artursson 2，Kathleen M Giacomini 1*隶属1*隶属关系：加利福尼亚大学加利福尼亚州加利福尼亚大学的加利福尼亚大学生物工程和治疗科学系。 2。 瑞典乌普萨拉大学的药学系，瑞典。 *信件：kathy.giacomini@ucsf.edu加利福尼亚大学加利福尼亚州加利福尼亚大学的加利福尼亚大学生物工程和治疗科学系。2。瑞典乌普萨拉大学的药学系，瑞典。*信件：kathy.giacomini@ucsf.edu
欧洲的空间组学研究
摘要 欧洲研究界通过欧洲航天局 (ESA) 的太空飞行机会，对我们目前对太空生物学的理解做出了重大贡献。最近的分子生物学实验包括“组学”分析，它提供了对表型适应机制的整体和系统水平的理解。尽管人们对空间组学研究兴趣浓厚，并从中获得了大量的生物信息，但由于最近组学方法在太空中的应用呈指数级增长，以及对已有记录的搜索能力有限，因此对 ESA 相关空间组学工作作为一个整体的知识仍然定义不清。因此，有必要回顾这些贡献，以澄清和促进 ESA 和 ESA 成员国之间的空间组学发展。为了解决这一差距，在这篇评论中，我们 i）确定并总结了由欧洲研究人员领导的组学工作，ii）从地理上描述了这些组学工作，以及 iii）强调了 ESA 成员国之间复杂的资金情景中可能存在的注意事项。
NOAA 组学战略计划
组学描述了一套用于分析 DNA、RNA、蛋白质或代谢物的尖端工具。许多组学方法比传统方法更快、侵入性更小、更全面。组学的进步彻底改变了生物学研究，使公共卫生、医学、农业和保护等许多领域受益。对于 NOAA 来说，可以利用高通量 DNA 测序和随后的生物信息学分析等技术来造福众多国家优先事项，包括渔业管理、水产养殖发展、食品和水安全、物种和栖息地保护、海鲜消费者保护、生物多样性监测和天然产品发现。NOAA 内部对组学的持续投资将有助于提高运营效率、生态系统评估和预测以及美国蓝色经济（生物经济）。
COPD中的代谢组学
MR，Crystal RG，SS。血清代谢物生物标志物将健康吸烟者与COPD吸烟者区分开。PLOS ONE。 2015; 10：E0143937。 17。 Nassan FL，Wang C，Kelly RS，Lasky-Su JA，Vokonas PS，Koutrakis P等。 环境PM2.5物种和超颗粒的暴露及其差异代谢组特征。 vocuntion int。 2021; 151：106447。 18。 Jin L，Godri Pollitt KJ，Liew Z，Rosen Vollmar AK，Vasiliou V，Johnson CH等。 使用PLOS ONE。2015; 10：E0143937。 17。 Nassan FL，Wang C，Kelly RS，Lasky-Su JA，Vokonas PS，Koutrakis P等。 环境PM2.5物种和超颗粒的暴露及其差异代谢组特征。 vocuntion int。 2021; 151：106447。 18。 Jin L，Godri Pollitt KJ，Liew Z，Rosen Vollmar AK，Vasiliou V，Johnson CH等。 使用2015; 10：E0143937。17。Nassan FL，Wang C，Kelly RS，Lasky-Su JA，Vokonas PS，Koutrakis P等。 环境PM2.5物种和超颗粒的暴露及其差异代谢组特征。 vocuntion int。 2021; 151：106447。 18。 Jin L，Godri Pollitt KJ，Liew Z，Rosen Vollmar AK，Vasiliou V，Johnson CH等。 使用Nassan FL，Wang C，Kelly RS，Lasky-Su JA，Vokonas PS，Koutrakis P等。环境PM2.5物种和超颗粒的暴露及其差异代谢组特征。vocuntion int。2021; 151：106447。18。Jin L，Godri Pollitt KJ，Liew Z，Rosen Vollmar AK，Vasiliou V，Johnson CH等。 使用Jin L，Godri Pollitt KJ，Liew Z，Rosen Vollmar AK，Vasiliou V，Johnson CH等。使用
使用基于13C的蛋白质组学
交叉进食是微生物群落多样性和功能的基础。但是，由于代谢和生物合成中间体的普遍性，跨食式元标志的识别通常是具有挑战性的。在这里，我们在肽中使用13 C同位素追踪来阐明酿酒酵母和乳酸乳酸乳酸菌的共培养中的跨食代谢产物。社区是在乳糖上种植的，作为主要碳源，其分子的葡萄糖或半乳糖分数为13C。数据分析允许可能产生数百种肽的大量偏移，我们可以为这两种物种分配具有认同性的物种和标记程度。标记模式表明，酵母菌利用半乳糖，在较小程度上，乳酸乳杆菌作为碳源共有的乳酸。虽然酵母正如预期的那样向细菌提供必需的氨基酸，但数据还发现了复杂的氨基酸交换模式。在共培养上清液中的代谢产物标记进一步支持了交叉喂养的代谢产物的身份，并且通过社区中半乳糖阴性酵母突变体的适应性降低。一起，我们的结果证明了13 C基于微生物相互作用的13 C蛋白质组学的实用性。