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World File Search System对接的
AlphaFold3了解了什么是关于抗体和纳米型对接的，什么尚未解决？
适体是单链寡核苷酸，它们结合具有高亲和力和特异性的分子靶标。但是，他们的发现和进化仍被限制在常规的SELEX方法上。在这里，我们提出了一种适体结合语言（可易于使用的）模型，该模型通过将预处理的蛋白质和核酸序列编码与跨注意结构相结合，以捕获适体 - 蛋白结合的决定因素，从而实现跨不同蛋白质靶标的结合相互作用的可靠预测。该模型采用具有多头跨意义机制的基于变压器的结构，优化了序列特定特征和位置嵌入，以学习适体及其蛋白质靶标之间的复杂结合模式，同时维持跨不同适应性库的序列长度多样性。我们跨不同基准测试的广泛评估表明，在概括实验结合曲线方面的现有方法相对于现有方法的优势。可易于观察的蛋白质和产生的适体表现出强烈/有利的概括性。在现实世界中，可易于识别的是几种经过实验验证的CD117 ssDNA Apatamers先前被传统SELEX遗漏的，并产生了一种新型的SSDNA Apatamer，该Aptna Aptamer与APP62与人类CD4共享具有可比的结合曲线。这些结果展示了可捕获捕获适体蛋白结合的分子相互作用的能力。
基于网络药理学和分子对接的
1 韩国庆熙大学生命科学学院生物制药生物技术系，龙仁市 17104；rezaulshimul@khu.ac.kr（MRK）；niajmorshed96@khu.ac.kr（MNM）；safiadorin@khu.ac.kr（SI）；dcyang@khu.ac.kr（DCY） 2 孟加拉国库什蒂亚 7003 伊斯兰大学生物科学学院生物技术和遗传工程系 3 孟加拉国拉杰沙希附属大学瓦伦德拉生物科学研究所微生物学系，纳托尔，拉杰沙希 6400 4 韩国庆熙大学生命科学学院生物技术研究生院，龙仁市 17104；shnwzmohd@yahoo.com（SM）；ramyabinfo@gmail.com（RM）； yeonjukim@khu.ac.kr (YJK) 5 Hanbangbio Inc., Yongin-si 17104, Republic of Republic 6 Department of Veterinary International Medicine, College of Veterinary Medicine, Chungnam National University, Daejeon 34134, Republic of Republic 7 AIBIOME, 6, Jeonmin-ro 30beon-gil, Yuseong-gu 34052, Republic of韩国 * 通讯地址：jh.song@cnu.ac.kr (JHS)； dongukyang82@gmail.com (DUY)
分子对接的艺术和科学
分子对接已成为结构性生物学和药物化学家工具包的重要组成部分。给定分子靶标的化合物和三维结构（例如，蛋白质）将化合物固定在靶标中，预测化合物的结合结构和结合能。对接可以通过筛选大型虚拟复合库来发现目标的新型配体。对接还可以为基于结构的配体优化或研究配体的作用机理提供有用的起点。计算方法的进步，包括基于物理学的和机器学习方法以及互补的实验技术，使对接成为更强大的工具。我们回顾了扩展坞的工作原理以及如何推动药物发现和生物学研究。我们还描述了其当前的局限性和克服它们的持续努力。
基于分子对接的某些抗鼠伤寒沙门氏菌头孢菌素衍生物的虚拟筛选、药物相似性和药代动力学分析
鼠伤寒沙门氏菌是导致非伤寒沙门氏菌病 (NTS) 的沙门氏菌血清型之一。这种感染的主要临床表现是腹部痉挛、腹泻和发烧，这些都是危及生命的全身性疾病，需要紧急抗生素治疗。与发展中国家流行的伤寒不同，NTS 是一种全球性感染。胃肠炎是 NTS 的一种常见形式，其年发病率和死亡率估计分别为 9380 万例和 155,000 例死亡。1 除了胃肠炎外，鼠伤寒沙门氏菌还会引起菌血症和局灶性全身感染，称为侵袭性非伤寒沙门氏菌病 (iNTS)。 2、3 撒哈拉以南非洲地区 iNTS 的年发病率估计为每 100,000 名儿童中有 175 至 388 例，每 100,000 名感染人类免疫缺陷病毒 (HIV) 的成人中有 2000 至 7500 例，感染者的死亡率为 20% 至 25%。4 至 9
设计一个基于跨对接的人道主义供应链
摘要在本研究中，考虑了一个用于设计人道主义供应链网络和车辆路由问题的数学模型，考虑了跨dock的情况，其中使用了非主导的排序遗传算法（NSGAIII），用于在大规模问题中实现所提出的模型。由于在大规模的情况下实现了模型，因此进行了各种灵敏度分析以提取结果。因此，结果表明，成本对第一个目标功能（与总受伤相比）和第二个（短缺）具有更大的影响。与其他两个目标函数相比，对成本函数的影响可以忽略不计。第一个目标功能从供应商到仓库的救济商品/物资的运输成本的影响高于其他目标；但是，与以前的成本相比，这一成本的效果远远超过供应商到分销商的成本，输出对此成本的反应更大。与从供应商到仓库的运输成本不同，从分销商到仓库的运输成本对成本功能的影响较小。然而，结果表明，成本的增加可能导致患者与总受伤和短缺的比率相当大。换句话说，当此参数倾向于增加时，目标函数将恶化。关键字：供应链网络，人道主义救济，车辆路线问题，交叉对接，NSGA（III）
一个集成自动对接的药物重新利用平台...
其他疾病，尤其是在大流行年中引起了人们的关注。基于结构的药物设计，整合了小分子对接，分子动力学（MD）模拟和AI，已证明其在简化新药物开发和重新升级的药物方面具有证据的重要性。非常需要使用所有FDA药物，复杂的编程，准确的药物排名方法和友好的用户界面进行复杂且完全自动化的药物筛查。Results Here we introduce a new web server, DRDOCK, D rug R epurposing DO cking with C onformation-sampling and pose re-ran K ing - refined by MD and statistical models, which integrates small molecular docking and molecular dynamic (MD) simulations for automatic drug screening of 2016 FDA-approved drugs over a user-submitted single-chained target
虚拟现实作为手动航天器对接的培训援助
可以在太空任务期间手动将航天器对接到空间站的能力对于宇航员至关重要。基于计算机的自学习程序6DF是一个抽象的对接模拟，用于习得和维护基础技能，以控制六个自由度。这项复杂任务的困难之一是仅基于二维信息来构建空间中自己位置和方向的心理表示。为了促进这一点，并可能进一步改善了学习过程，测试了该程序的新的三维（3D）立体声范围内显示。这项研究调查了与标准2D呈现相比，3D演示的学习进度是否更快。24个与ESA（AGBRESA）的人工重力床REST研究的参与者参加了6DF对接实验。他们每个人完成了20次培训课程，持续了大约45分钟，每周进行两次。学习计划是自给自足的，并适应了个人学习速度。一半的参与者被呈现基于统一的立体声镜头可视化对接的范围可视化，而另一半则使用了学习程序6DF的标准2D版本。学习进度是作为达到目标任务所需的任务数量的。结果总体表明，使用3D技术时的学习进度略高，但没有长期的性能优势。较小的好处可能无法证明使用价格更高且在操作上限制3D系统的使用是合理的。