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植物系统生物学研究工具箱 - NSF-PAR
“系统”和“合成生物学”这两个术语经常一起使用，大多数科学家在这两个领域之间徘徊，而不是坚持单一的领域。科学家也常常希望了解一个系统，以便为设计基因回路提供信息，从而赋予它新功能。然而，这不一定是研究的进展，因为合成结构可以帮助我们提高对系统的理解。在这里，我们回顾了合成生物学工具包，这些工具包有可能克服植物的多效性、补偿机制和冗余。结合组学技术，这些工具可以揭示有关植物生长和发育的新见解，鉴于气候变化对作物生产力的影响，这一目标再次变得紧迫。
motiq：一个开源工具箱，用于量化单元运动
细胞的追踪 ，2017年；巴黎和阿尔。 ，2018年； Basil等。 ，2019年；太阳和al。 ，2019年），71细胞的追踪，2017年；巴黎和阿尔。，2018年； Basil等。，2019年；太阳和al。，2019年），71
QuTiP：Python 中的量子工具箱
2 安装 7 2.1 快速入门 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9 2.4.1 PEP 517 源代码构建 . . . . . . . . . . . . . . . . 9 2.4.2 直接 Setuptools 源代码构建 . . . . . . . . . . . . . . . . . 9 2.5 在 Windows 上安装 . . . . . . . . . . . . . .................................................................................................................................................................................10 2.6 验证安装....................................................................................................................................................................................10 2.7 检查版本信息....................................................................................................................................................................11
基于 CRISPR/Cas12a 的高效基因组编辑工具箱，用于 Methanococcus maripaludis 的代谢工程
（未经同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可不得重复使用。此预印本的版权所有者此版本于 2022 年 3 月 16 日发布。；https://doi.org/10.1101/2021.12.29.474413 doi：bioRxiv preprint
精准基因组编辑工具箱
1 豆类研究站，SD 农业大学植物病理学系，帕兰普尔 390003，印度；anirudhbhu@sdau.edu.in 2 SD 农业大学 CP 农业学院植物病理学系，帕兰普尔 385505，印度；jyotikap@sdau.edu.in 3 作物改良组，国际遗传工程和生物技术中心，Aruna Asaf Ali Marg，新德里 110067，印度；sahilmehtasm21@gmail.com（SM）；mail4hemangini7@gmail.com（HP）；sangeethak3011995@gmail.com（SK）；rashid.afreen0@gmail.com（AR）； reddy@icgeb.res.in（MKR）4 印度古尔冈 122103 KR Mangalam 大学农业科学学院 5 印度农业研究所 ICAR 植物病理学部，新德里 110012，印度；abalamurugan555@gmail.com（AB）；shilpi.success@gmail.com（SB）；prakashg@iari.res.in（GP）* 通信地址：vmmachary@gmail.com † 这些作者对这项工作做出了同等贡献。
ERDC 的力量 - 规划社区工具箱
我强烈地感觉到，为了实现我们的愿景，我们还需要提升我们的研发计划。我们正在努力扩大我们的研发计划，加强与学术机构的合作，以利用我们国家的科学家——他们带来的巨大能力——以便我们能够迎接 21 世纪的挑战。我相信，对研发的投资将帮助我们找到解决当今挑战的解决方案，例如有害藻华、干旱、野火、水库淤积，当然还有自然工程。
FiNN：神经生理网络分析工具箱
方向绝对相干性利用复相干性函数来计算幅度平方相干性 (Carter 等人，1973 年)、相位斜率指数 (Nolte 等人，2008 年) 和虚相干性 (Nolte 等人，2004 年)。这三个指标结合起来，形成一个可靠的相干性测量指标，该指标取自它们各自的优势，而不考虑各自的弱点。该连接性指标是方向性的，可以检测体积传导，并且静态地绑定到 [-1, 1]。
CRISPR-Cas 工具箱和基因编辑技术
CRISPR-Cas系统的出现加速了基因编辑技术的发展，并在生命科学领域得到了广泛的应用。为了提高这些系统的性能，人们设计和开发了各种CRISPR-Cas工具，其靶标范围更广，效率和特异性更高，精度更高。此外，CRISPR-Cas相关技术也已扩展到DNA切割之外，通过引入功能元件来实现精确的基因修饰、控制基因表达、进行表观遗传改变等。在本文中，我们介绍和总结了不同类型的CRISPR-Cas工具的特点和应用，讨论了当前方法的某些局限性以及优化CRISPR-Cas系统的未来前景。
用于人类组织衍生的功能性遗传工具箱...
摘要 人类类器官系统重现了器官的主要特征，为发育生物学和疾病建模提供了平台。组织来源的类器官已被广泛用于研究外在生态位因素对干细胞的影响。然而，由于缺乏有效的基因操作工具，它们很少用于研究内源性基因功能。之前，我们建立了一个人类胎儿肺类器官系统（Nikoli ć 等人，2017 年）。在这里，以这个类器官系统为例，我们系统地开发和优化了一个完整的遗传工具箱，用于组织来源的类器官。这包括“类器官 Easytag”，这是我们通过 CRISPR 介导的同源重组靶向所有类型的基因位点，然后通过流式细胞术富集正确靶向的细胞的有效工作流程。我们的工具箱还结合了使用紧密诱导的 CRISPR 干扰和 CRISPR 激活的条件性基因敲除或过表达，这是这些技术首次有效应用于组织来源的类器官。这些工具将促进组织来源的类器官中的基因扰动研究，促进人类疾病建模，并为许多正在进行的描述性研究（例如人类细胞图谱项目）提供功能对应物。
基于 CRISPR-Cas 系统的微藻 Nanochloropsis oceanica 综合基因组工程工具箱
摘要：微藻可以分别利用大气中的二氧化碳和阳光作为碳源和能量来源，产生工业相关的代谢物。开发用于高通量基因组工程的分子工具可以加速产生具有改良性状的定制菌株。为此，我们开发了一种基于 Cas12a 核糖核蛋白 (RNP) 和同源定向修复 (HDR) 的基因组编辑策略，以产生微藻 Nannochloropsis oceanica 的无疤痕和无标记突变体。我们还开发了一种基于附加质粒的 Cas12a 系统，用于在目标位点有效地引入插入/缺失。此外，我们利用 Cas12a 处理相关 CRISPR 阵列的能力来执行多路复用基因组工程。我们在一次转化中有效地靶向宿主基因组中的三个位点，从而朝着微藻的高通量基因组工程迈出了重要一步。此外，还开发了一种基于 Cas9 和 Cas12a 的 CRISPR 干扰 (CRISPRi) 工具，用于有效下调目标基因。我们观察到在 N. oceanica 中用 dCas9 执行 CRISPRi 后，转录水平降低了 85%。总体而言，这些发展大大加速了 N. oceanica 的基因组工程工作，并可能为改良其他微藻菌株提供通用工具箱。关键词：Nannochloropsis、微藻、基因组编辑、CRISPR-Cas、基因沉默、核糖核蛋白、Cas9、Cas12a ■ 介绍