XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search System广谱
广谱 CRISPR-Cas13a 可实现高效的噬菌体基因组编辑
CRISPR-Cas13 蛋白是 RNA 引导的 RNA 核酸酶，通过与互补的靶噬菌体转录本结合，然后进行一般的非特异性 RNA 降解，来防御入侵的 RNA 和 DNA 噬菌体。在这里，我们分析了 Leptotrichia buccalis 的 LbuCas13a 的防御能力，发现它具有强大的抗病毒活性，不受靶噬菌体基因的必要性、基因表达时间或靶序列位置的影响。此外，我们发现 LbuCas13a 的抗病毒活性对各种噬菌体具有广泛效果，方法是将 LbuCas13a 与来自不同系统发育群的九种大肠杆菌噬菌体进行对抗。利用 LbuCas13a 靶向的多功能性和效力，我们将 LbuCas13a 应用于广谱噬菌体编辑。使用两步噬菌体编辑和富集方法，我们在三种不同的噬菌体中实现了七次无标记基因组编辑，效率高达 100%，包括多基因删除和替换单个密码子等编辑。Cas13a 可用作编辑地球上最丰富、最多样化的生物实体的通用工具。
广谱冠状病毒抗病毒药物和可用药宿主靶点
摘要 已获许可药物组成的药物库代表了调节人类生理过程的大量分子，为发现针对宿主的抗病毒药物提供了独特的机会。我们筛选了包含约 12,000 个分子的 Repurposing、Focused Rescue 和 Accelerated Medchem (ReFRAME) 药物库，以寻找广谱冠状病毒抗病毒药物，并发现了 134 种抑制 α 冠状病毒的化合物，并映射到 58 个分子靶标类别。主要靶标包括 5-羟色胺受体、多巴胺受体和细胞周期蛋白依赖性激酶。敲除这些药物的宿主靶标，包括组织蛋白酶 B 和 L（CTSB/L；VBY-825）、芳烃受体（AHR；Phortress）、法呢基二磷酸法呢基转移酶 1（FDFT1；P-3622）和 kelch 样 ECH 相关蛋白 1（KEAP1；Omaveloxolone），显著调节了 HCoV-229E 感染，证明这些化合物通过作用于各自的宿主靶标来抑制病毒。对所有 134 种主要化合物候选物与 SARS-CoV-2 进行反向筛选，并在原代细胞中进行验证，确定了 Phortress（一种 AHR 激活配体）、P-3622 靶向 FDFT1 和 Omaveloxolone（一种通过将 NFE2 样 bZIP 转录因子 2 (NFE2L2) 从其内源性抑制剂 KEAP1 中释放出来而激活 NFE2 样 bZIP 转录因子 2 (NFE2L2)）作为 Alpha 和 Betacor 病毒的抗病毒候选物。本研究概述了 HCoV-229E 重新利用候选物，并揭示了被各种冠状病毒劫持的新型潜在可用药病毒宿主依赖因子。
纤细的结合口袋：广谱抗病毒药的有吸引力的目标
利用病毒依赖对宿主途径的病毒疾病造成了巨大的个人，社会和经济困扰。艾滋病毒已在全球范围内造成近4000万人死亡，每年融合了一种病毒（IAV），每年造成数十万次呼吸道死亡，近3亿人患有全球丙型肝炎病毒（HCV）。严重的急性呼吸综合症冠状病毒2（SARS-COV-2）是SARS-COV，H1N1 Infuenza病毒，中东呼吸综合征冠状病毒（MERS-COV），MERS-COV（MERS-COV），EBOLA病毒，Ebola病毒和Zika Virus之后，是21世纪的最新严重病毒爆发。许多特有病毒吸引了巨大的投资用于药物开发，其中几种疾病现在可以治疗，艾滋病毒和HCV是特殊的成功案例。然而，零星的研究病毒爆发显示出反应性药物开发管道的失败，在该管道中开发出具有显着滞后的药物。在SARS-COV-2大流行期间，最初的药物开发工作重点是重新利用先前批准的其他微生物和非微生物疾病的药物，其成功有限[2，3]。鉴于新型药物的开发和批准时间，可能已经有十年的时间要在特定的SARS-COV-2靶向小分子疗法之前广泛使用[4]。幸运的是，SARS-COV-2疫苗的快速发展减少了灾难性影响，并最大程度地减少了生命的丧失。然而，疗法的反应性开发不可避免地会导致疫情早期的社会破坏。这种主张向感染前和感染后药物的广泛工具包的主动开发模型过渡，以允许预防性和治疗性干预[5，6]。
广谱抗CRISPR蛋白促进水平基因转移
CRISPR-Cas 适应性免疫系统保护细菌和古细菌免受入侵的遗传寄生虫（包括噬菌体/病毒和质粒）的侵害。为了应对这种免疫力，许多噬菌体都具有抑制 CRISPR-Cas 靶向的抗 CRISPR (Acr) 蛋白。迄今为止，抗 CRISPR 基因主要在噬菌体或原噬菌体基因组中发现。在这里，我们使用李斯特菌 acrIIA1 基因作为标记，发现了厚壁菌中存在的质粒和其他接合元件上的 acr 基因座。在李斯特菌、肠球菌、链球菌和葡萄球菌基因组中发现的四个已识别基因可以抑制 II-A 型 SpyCas9 或 SauCas9，因此被命名为 acrIIA16-19。在粪肠球菌中，Cas9 靶向质粒的结合通过源自肠球菌结合元件的抗 CRISPR 得到增强，凸显了 Acrs 在质粒传播中的作用。相互共免疫沉淀表明，每个 Acr 蛋白
植物免疫受体的定向进化以实现广谱效应物识别
。CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可证（未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者此版本于 2025 年 2 月 4 日发布。；https://doi.org/10.1101/2024.09.30.614878 doi：bioRxiv 预印本
来自D型葡萄糖的合成碳纳米的广谱抗菌活性
摘要：碳纳米植物是一类碳纳米 - 合金支出，已通过来自各种前体的不同途径和方法合成。所选的前体，合成方法和条件可以强烈改变所得材料及其预期应用的理化特性。在此，通过将热解和化学氧化方法结合使用D-葡萄糖从D-葡萄糖中合成碳纳米植物（CND）。在产物和量子产率上研究了热解温度，氧化剂的等效物和回流时间的影响。在最佳条件下（300°C的热解温度，4.41等于H 2 O 2，90分钟的回流）CNDS分别获得了40％和3.6％的产品和量子收率。获得的CND被负电荷（ζ - -potential = - 32 mV），非常分散在水中，平均直径为2.2 nm。此外，在CNDS合成过程中，引入了氢氧化铵（NH 4 OH）作为脱水和/或钝化剂，导致产物和量子产率的显着提高约为1.5和3.76倍。合成的CND显示出针对不同革兰氏阳性和革兰氏阴性细菌菌株的广泛抗菌活性。两个合成的CND都会导致高度菌落形成单位还原（CFU），大多数测试细菌菌株的范围从98％至99.99％。然而，在没有NH 4 OH的情况下合成的CND，由于充满氧化基团的负电荷的表面，在区域抑制和最小抑制浓度方面表现更好。含有高氧纳米模型的抗菌活性升高与其ROS形成能力直接相关。关键字：D-葡萄糖，热解，氧化，细菌感染，最小抑制浓度，CFU降低■简介
使用广谱治疗方法解决难治性乳腺癌的异质性
摘要 肿瘤异质性可能导致癌症（包括晚期乳腺癌）产生治疗耐药性。哈利法克斯项目的目标是通过发现可以针对癌症特征的治疗组合（而不是专注于单个基因产物）来确定通过肿瘤异质性解决治疗耐药性机制的新疗法。一个由 180 名癌症研究人员组成的工作组使用分子分析来突出导致每种癌症特征的关键靶点，然后找到可用于达到这些靶点且毒性有限的现有治疗剂。在许多情况下，天然保健产品和再利用药物被确定为潜在药物。因此，通过将肿瘤的分子分析与针对癌症标志性特征的治疗方法相结合，可以解决晚期乳腺癌的异质性问题。
在暴露于广谱氢氧化铜的烟草生态系统中微生物群落的反应
氢氧化铜是一种广谱铜杀菌剂，通常用于控制作物真菌和细菌性疾病。除了控制靶向病原体外，氢氧化铜还可能影响植物层生态系统中其他非靶向微生物。在施用杀菌剂后的四个时间点（在喷涂之前和5、10和15天之前），通过使用Illumina高通量测序技术和生物学工具研究了患病和健康的烟草微生物微生物对氢氧化铜应激的反应。结果表明，健康群体的微生物组社区比疾病组更受影响，而真菌群落比细菌群落更敏感。疾病组中最常见的属是替代植物，波兰菌，cladosporium，pantoea，ralstonia，pseudomonas和sphinghomonas;在健康组中，这些是替代人，cladosporium，symmetrospora，ralstonia和pantoea。喷涂后，健康和患病组的真菌群落的α多样性在5天后下降，然后显示出越来越多的趋势，健康组在15天时显着增加。健康和患病群体中细菌群落的α多样性在15天时增加，而健康的组有显着差异。在健康和患病的叶片的真菌群落中，替代品和cladosporium的相对丰度降低了，而波动脉症，stagonosporopsis，Symmetroppora，Epicoccum和Phoma的相对丰度则增加。Pantoea的相对丰度首先减少，然后增加，而Ralstonia，Pseudomonas和Sphingomonas的相对丰度首先增加，然后在健康和患病的叶片的细菌群落中减少。虽然氢氧化铜降低了致病真菌替代性和cradosporium的相对丰度，但它也导致有益细菌（例如放线菌和Pantoea）的降低，并增加了潜在的病原体，例如波里米亚和稳定性。用氢氧化铜处理后，患病组的代谢能力得到了改善，而健康组的代谢能力得到了显着抑制，随着应用时间的延长，代谢活性逐渐恢复。结果揭示了在氢氧化铜应激下，微生物群落组成和健康和患病的烟草的代谢功能的变化，为未来对植物层的微生态保护的研究提供了理论基础。
广谱八幡抗噬菌体防御复合物感知基因组完整性
Owen T. Tuck, 1,2,10 Benjamin A. Adler, 2,3,10 Emily G. Armbruster, 4 Arushi Lahiri, 5 Jason J. Hu, 2,5 Julia Zhou, 5 Joe Pogliano, 4 和 Jennifer A. Doudna 1,2,3,5,6,7,8,9,11,* 1 加州大学伯克利分校化学系，美国加利福尼亚州伯克利市 94720 2 加州大学伯克利分校创新基因组学研究所，美国加利福尼亚州伯克利市 94720 3 加州大学伯克利分校加州定量生物科学研究所 (QB3)，美国加利福尼亚州伯克利市 94720 4 加州大学圣地亚哥分校生物科学学院，美国加利福尼亚州拉霍亚市 92093 5 加州大学伯克利分校分子与细胞生物学系， CA 94720，美国 6 加州大学伯克利分校霍华德休斯医学研究所，美国加利福尼亚州伯克利市 94720，美国 7 劳伦斯伯克利国家实验室 MBIB 部门，美国加利福尼亚州伯克利市 94720，美国 8 加州大学旧金山分校格拉德斯通研究所，美国加利福尼亚州旧金山市 94720，美国 9 加州大学伯克利分校生物工程系，美国加利福尼亚州伯克利市 94720，美国 10 这些作者贡献相同 11 主要联系人 *通信地址：doudna@berkeley.edu https://doi.org/10.1016/j.cell.2024.09.020
具有堆叠量子点吸收器的CMOS图像传感器用于广谱成像
近年来，量子点材料作为光子吸收剂引起了人们的注意。它们的出色特性，包括高吸收系数，长载体扩散长度和低温兼容沉积，使其成为适合在多个光谱频段（例如可见的，近乎红外和X射线）中检测光子的合适候选物。这已被利用以开发宽光谱范围的图像传感器。图1显示了在CMOS芯片顶部沉积的量子点层的概念。CMOS过程的顶部金属用作与堆叠的量子点光子吸收器接触的像素底部电极。公共顶部电极由透明的导电层制成。