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SARS-COV-2尖峰蛋白的广谱大环肽抑制剂
。cc-by-nc-nd 4.0国际许可证（未经同行评审证明）获得的是作者/资助者，他授予Biorxiv授予Biorxiv的许可，以永久显示预印本。这是该版本的版权所有，该版本发布于2023年2月28日。 https://doi.org/10.1101/2022.11.11.11.516114 doi：Biorxiv Preprint
纤细的结合口袋：广谱抗病毒药的有吸引力的目标
利用病毒依赖对宿主途径的病毒疾病造成了巨大的个人，社会和经济困扰。艾滋病毒已在全球范围内造成近4000万人死亡，每年融合了一种病毒（IAV），每年造成数十万次呼吸道死亡，近3亿人患有全球丙型肝炎病毒（HCV）。严重的急性呼吸综合症冠状病毒2（SARS-COV-2）是SARS-COV，H1N1 Infuenza病毒，中东呼吸综合征冠状病毒（MERS-COV），MERS-COV（MERS-COV），EBOLA病毒，Ebola病毒和Zika Virus之后，是21世纪的最新严重病毒爆发。许多特有病毒吸引了巨大的投资用于药物开发，其中几种疾病现在可以治疗，艾滋病毒和HCV是特殊的成功案例。然而，零星的研究病毒爆发显示出反应性药物开发管道的失败，在该管道中开发出具有显着滞后的药物。在SARS-COV-2大流行期间，最初的药物开发工作重点是重新利用先前批准的其他微生物和非微生物疾病的药物，其成功有限[2，3]。鉴于新型药物的开发和批准时间，可能已经有十年的时间要在特定的SARS-COV-2靶向小分子疗法之前广泛使用[4]。幸运的是，SARS-COV-2疫苗的快速发展减少了灾难性影响，并最大程度地减少了生命的丧失。然而，疗法的反应性开发不可避免地会导致疫情早期的社会破坏。这种主张向感染前和感染后药物的广泛工具包的主动开发模型过渡，以允许预防性和治疗性干预[5，6]。
一种基于铁蛋白的 COVID-19 纳米颗粒疫苗，可在非人类灵长类动物中引发强效、持久、广谱的中和抗血清
图 1 – DCFHP 设计和验证。(A) DCFHP 示意图以红色显示了将 S∆C-Fer 转化为 DCFHP 所做的修改。受体结合域 (RBD)、N 端域 (NTD)、S1/S2 切割位点、S2' 切割位点、融合肽 (FP)、七肽重复 1 (HR1)，如注释所示。(B) SDS-PAGE 凝胶显示纯化的 DCFHP 以单体形式运行，分子量达到预期的 kDa（梯形图，左侧显示）。(C) 从 SEC-MALS 确定的 UV（黄色）和光散射（灰色）轨迹显示了均匀的纳米颗粒峰，其近似分子量（虚线）为 3.4MDa。(D) DCFHP 的 3D 重建低温电子显微镜密度图，采用八面体对称性细化。 (E) 用 S∆C-Fer 或 DCHFP（由 500 µg 明矾和 20 µg CpG 1826 配制）免疫小鼠后，第 21 天血清对武汉-1 SARS-CoV-2 假病毒具有类似的强效中和作用，单次免疫后即可达到。在表达 ACE2 和 TMPRSS2 的 HeLa 细胞系中评估中和滴度。10 只小鼠的数据以几何平均滴度和标准差表示。测定定量限 (LOQ) 显示为虚线水平线。
广谱 CRISPR-Cas13a 可实现高效的噬菌体基因组编辑
CRISPR-Cas13 蛋白是 RNA 引导的 RNA 核酸酶，通过与互补的靶噬菌体转录本结合，然后进行一般的非特异性 RNA 降解，来防御入侵的 RNA 和 DNA 噬菌体。在这里，我们分析了 Leptotrichia buccalis 的 LbuCas13a 的防御能力，发现它具有强大的抗病毒活性，不受靶噬菌体基因的必要性、基因表达时间或靶序列位置的影响。此外，我们发现 LbuCas13a 的抗病毒活性对各种噬菌体具有广泛效果，方法是将 LbuCas13a 与来自不同系统发育群的九种大肠杆菌噬菌体进行对抗。利用 LbuCas13a 靶向的多功能性和效力，我们将 LbuCas13a 应用于广谱噬菌体编辑。使用两步噬菌体编辑和富集方法，我们在三种不同的噬菌体中实现了七次无标记基因组编辑，效率高达 100%，包括多基因删除和替换单个密码子等编辑。Cas13a 可用作编辑地球上最丰富、最多样化的生物实体的通用工具。
在计算机分析中，用于重新利用SARS-COV-2的多个靶标的广谱抗病毒药物：一种分子对接和ADMET方法
背景：在严重的急性呼吸综合症冠状病毒-2（SARS-COV-2）引起的第二波COVID-19引起的大流行中，世界遭受了破坏，并导致数百万具有致命毒力潜力的人死亡。与类似的病毒暴发相比，例如严重的急性呼吸综合征冠状病毒（SARS COV）和中东呼吸综合征冠状病毒（MERS COV），Covid-19导致严重的发病率和死亡率。对抗SARS-COV-2感染的各种治疗性干预措施已积极研究，但尚无针对SARS-COV-2病毒具有高抗病毒疗效的特定药物。目前的工作是代表52种广谱抗病毒药物作为抑制SARS-COV-2感染的潜在铅分子的有希望的治疗功效。这些药物已经对几种病毒感染显示了潜在的功效。本文通过使用分子对接方法评估受体 - 配体相互作用来讨论可用广谱抗病毒药物的治疗功效的比较分析。
使用广谱治疗方法解决难治性乳腺癌的异质性
摘要 肿瘤异质性可能导致癌症（包括晚期乳腺癌）产生治疗耐药性。哈利法克斯项目的目标是通过发现可以针对癌症特征的治疗组合（而不是专注于单个基因产物）来确定通过肿瘤异质性解决治疗耐药性机制的新疗法。一个由 180 名癌症研究人员组成的工作组使用分子分析来突出导致每种癌症特征的关键靶点，然后找到可用于达到这些靶点且毒性有限的现有治疗剂。在许多情况下，天然保健产品和再利用药物被确定为潜在药物。因此，通过将肿瘤的分子分析与针对癌症标志性特征的治疗方法相结合，可以解决晚期乳腺癌的异质性问题。
RNA靶向CRISPR-Cas13提供广谱噬菌体免疫
。CC-BY-ND 4.0 国际许可下可用（未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者此版本于 2022 年 3 月 26 日发布。；https://doi.org/10.1101/2022.03.25.485874 doi：bioRxiv 预印本
广谱抗CRISPR蛋白促进水平基因转移
CRISPR-Cas 适应性免疫系统保护细菌和古细菌免受入侵的遗传寄生虫（包括噬菌体/病毒和质粒）的侵害。为了应对这种免疫力，许多噬菌体都具有抑制 CRISPR-Cas 靶向的抗 CRISPR (Acr) 蛋白。迄今为止，抗 CRISPR 基因主要在噬菌体或原噬菌体基因组中发现。在这里，我们使用李斯特菌 acrIIA1 基因作为标记，发现了厚壁菌中存在的质粒和其他接合元件上的 acr 基因座。在李斯特菌、肠球菌、链球菌和葡萄球菌基因组中发现的四个已识别基因可以抑制 II-A 型 SpyCas9 或 SauCas9，因此被命名为 acrIIA16-19。在粪肠球菌中，Cas9 靶向质粒的结合通过源自肠球菌结合元件的抗 CRISPR 得到增强，凸显了 Acrs 在质粒传播中的作用。相互共免疫沉淀表明，每个 Acr 蛋白
针对 DHODH（嘧啶从头生物合成中的限速酶）的新型强效抑制剂，可广谱抗 RNA 病毒，包括新出现的冠状病毒 SARS-CoV-2
熊瑞 2, † , 张雷克 3, † , 李世良 2, † , 孙元 3 , 丁敏一 2 , 王勇 1 , 赵永亮 1 , 吴艳 3 , 尚伟娟 3 , 蒋夏明 3 , 单继伟 2 , 沉子豪 2 , 童一 2 , 徐柳新 2 , 陈宇 1 , 英乐刘 1 , 邹刚 4 , Dimitri Lavillete 4 , 赵振江 2 , 王锐 2 , 朱丽丽 2 , 肖耕夫 3 , 兰柯 1 , 李洪林 2,* , 徐克 1,4,* 1 武汉大学生命科学学院病毒学国家重点实验室,
超广谱 β-内毒素的体外敏感性模式...
背景：如果治疗不当，超广谱 β-内酰胺酶 (ESBL) 正在成为常见的院内病原体，并且是导致死亡和发病的重要原因。当务之急是找到有效的治疗方案来对付产生 ESBL 的细菌。本研究旨在评估超广谱 β-内酰胺酶的产菌对四环素类药物的体外敏感性模式。方法：这项描述性横断面研究在拉瓦尔品第国立科技大学陆军医学院微生物学系进行了 6 个月。本研究纳入了 78 个非重复分离株。使用 Jarlier 等人的方法进行 ESBL 检测。然后使用改良的 Kirby Bauer 纸片扩散法测试四环素类药物（如四环素、强力霉素、米诺环素和替加环素）的体外敏感性。在孵育期结束后测量抑菌圈，并根据 CLSI 和 FDA 指南进行解释。结果：分离株中大肠杆菌约占56.4%，肺炎克雷伯菌约占28.2%，肠杆菌属约占10.26%，产酸克雷伯菌和不动杆菌属各占2.6%。ESBLs对替加环素最敏感，对米诺环素的敏感性次之，对强力霉素和四环素的敏感性最差。结论：在四环素类中，替加环素对产ESBL的革兰氏阴性杆菌体外敏感性最好。关键词：超广谱β-内酰胺酶（ESBLs），四环素，敏感性