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CRISPR/Cas9 解锁大白菜对 TuMV 的抗性
有报道指出，eIF(iso)4E 基因与芸苔属植物的隐性抗性基因紧密相关，因此，该基因可能是芸苔属植物基因组编辑 TuMV 抗性的合适靶标。鉴于 CRISPR/Cas9 已成功通过编辑不同植物中的 eIF 基因来产生对各种病毒的抗性，针对 eIF(iso)4E 基因开发 TuMV 抗性芸苔属植物的潜力是进一步研究的有力途径。
利用Ichip技术从泥炭土壤微生物组中发现新型抗生素，以打击抗菌抗性
抗菌素抵抗（AMR）构成了关键的全球健康威胁，使全球感染管理变得复杂。关于世界卫生组织（WHO）在2019年释放的抗生素抗药性患病率的数据导致127万人死亡（Murray等，2022； Who，2023）。此外，世界银行估计，到2050年，AMR的经济影响可能会损失高达1万亿美元的医疗保健费用，而到2030年，国内生产总值（GDP）损失了3.4万亿美元（Jonas等人，2017年）。迫切需要发现新药替代耐药性抗生素已变得越来越重要。最大的新抗生素生产商来源之一来自土壤，其中99％的微生物物种。抗菌化合物是由土壤中的微生物产生的，由于传统培养技术的局限性，这些化合物在实验室中通常仍然无法培养，而传统培养技术无法复制微生物的自然栖息地（Choi等，2015； Bhattacharjee，2022222）。具有获取新抗生素剂的巨大潜力的土壤类型是泥炭土（Kujala等，2018； Liu等，2022； Atapattu等，2023）。泥炭土包含富含养分的有机沉积物，这些养分支持微生物生长和多样性（Nawan and Wasito，2020）。必须利用泥炭土中丰富的微生物含量来开发新的抗生素。当前的微生物培养技术通常仅限于微生物的一部分，从而限制了二级代谢产物的分离。克服这些局限性需要创新的方法来培养产生抗生素的微生物，这些微生物在实验室条件下仍然无法养活。未经培养的土壤技术（UST）或原位孵育是最新的发展之一，涉及使用环境中存在的自然生长因子进行培养（Berdy等，2017； Chaudhary等，2019）。
与精英大麦繁殖种群中与斑点抗性相关的基因组区域
抽象斑点斑点（SB）是一种普遍的大麦叶子疾病，是由半野生真菌病原体索罗基尼亚人引起的。主要发生在全球潮湿的生长区域中，SB可能导致高达30％的收益率损失。遗传抗性仍然是疾病管理的最有效策略；然而，尽管先前鉴定出主要的抗性基因座，但大多数澳大利亚大麦品种都表现出敏感性。这项研究调查了澳大利亚大麦育种计划中的遗传结构潜在的斑点斑点抗性。连续两年使用单个分生孢子（SB61）在幼苗和成人生长阶段进行了抗药性。总共将337条大麦线与16,824个多态性飞镖seq™标记物一起键入。采用了两种映射方法：全基因组关联研究（GWAS）和基于单倍型的局部基因组估计值（局部GEBV）方法。两种方法都鉴定出在3H和7H铬的两个主要抗性相关区域，在跨生长阶段有效。此外，基于单倍型的局部GEBV方法揭示了GWAS未检测到的1H，3H和6H的抗性相关区域。单倍型堆叠分析强调了7H区域与其他抗药性单倍型相结合时，7H区域对成人植物抗性的批评作用，表明by-Gene的相互作用显着，并突出了斑点斑点耐药性的复杂，定量性质。这项研究证实了澳大利亚大麦繁殖种群中关键阻力基因座的存在，为斑点抗性抗性的遗传结构提供了新的见解，并强调了通过单倍型堆叠和全基因组预测方法增强抵抗力的潜力。
用于网络入侵检测的对抗性机器学习
一些研究论文研究了基于 ML 的 IDS 面对对抗性攻击的脆弱性，但其中大多数集中在基于深度学习的分类器上。与它们不同，本文更加关注浅层分类器，由于它们的成熟度和实现的简单性，它们仍然广泛用于基于 ML 的 IDS。更详细地，我们评估了 7 种基于浅层 ML 的 NIDS 的鲁棒性，包括 Adaboost、Bagging、梯度提升 (GB)、逻辑回归 (LR)、决策树 (DT)、随机森林 (RF)、支持向量分类器 (SVC) 以及深度学习网络，以抵御几种在最先进技术 (SOA) 中广泛使用的对抗性攻击。此外，我们应用高斯数据增强防御技术并测量其对提高分类器鲁棒性的贡献。我们使用 NSL-KDD 基准数据集 [5] 和 UNSW-NB 15 数据集 [50] 在不同的场景中进行了广泛的实验。结果表明，攻击对所有分类器的影响并不相同，分类器的稳健性取决于攻击，并且必须根据网络入侵检测场景考虑性能和稳健性之间的权衡。
巴氏抗性akkmansia粘膜可改善小鼠肠易激综合征症状和相关行为障碍
神经醇，UMR 1107 INSERM，克莱蒙·奥弗尼大学（Clermont Auvergne），法国克莱蒙·费德兰（Clermont-Ferrand）； B M2ish，UMR 1071 Inserm，UMR1382Inraé，Clermont Auvergne大学，法国Clermont-Ferrand； C荷兰瓦格宁根瓦格宁根大学微生物学实验室； d人类微生物组研究计划，赫尔辛基大学医学院，芬兰赫尔辛基大学； e比利时蒙特 - 圣吉伯特的Akkermansia Company™； F代谢和营养研究小组，Louvain药物研究所（LDRI），UCLOUVAIN，UCTORICETURIQUE DE LOUVAIN大学，布鲁塞尔，比利时； G Welbio-Walloon生命科学与生物技术卓越，WELBIO部门，WEL研究所，比利时WELBIO研究所； h实验与临床研究研究所（IREC），UCLOUVAIN，CATHOLICEDE DE LOVAVAIN，BRUSSELS，BELGIUM
resfinderfg v2.0：通过功能宏基因组学获得的抗生素抗性基因数据库
宏基因组学可用于监测抗生素耐药基因的扩散（ARGS）。args在诸如分解和纸牌原理等数据库中发现的源自可培养和致病性细菌，而来自不可培养和非病原细菌的ARG仍然研究了。功能元素基于表型基因的选择，并且可以从具有与已知ARGS共享的潜在低认同性的不可培养的Bacteria中识别出ARG。在2016年，创建了ResfinderFG V1.0数据库，以从功能性研究中收集ARG。在这里，我们介绍了数据库Resfinderfg v2.0的第二个范围，该v2.0可在基因组流行语Web服务器中心（https：//cge.food.dtu.dtu.dk/ services/ resfinderfg/）中获得。它包括3913 ARG，由50个精心策划的数据集的功能性宏基因组学鉴定。我们评估了与肠道，土壤和水（海洋 +淡水）全球微型基因目录（https://gmgc.embl.de）相比，我们评估了其检测ARG的潜力。res- finderfg v2.0允许检测未检测到使用其他数据库检测的ARG。这些包括对β-甲酰胺，环素，苯酚，糖肽 /环烯烯和甲氧苄啶 /磺胺酰胺的抗性。因此，ResfinderFG v2.0可用于识别与常规数据库中发现的ARG，从而改善了抗抗性的描述。
探索拮抗性内生细菌的潜力...
摘要：药用植物拥有各种具有巨大经济价值的内生微生物。因此，本研究的重点是分离和鉴定来自阿拉什（埃及）干旱地区的药用植物的细菌内生菌，及其作为增强番茄植物生长的生物调节剂的潜在作用。在这项研究中，八个内生细菌分离株显示了对测试真菌的直接广泛拮抗作用。根据拮抗活性，研究了这些分离株，以根据其16S rRNA基因序列进行识别，例如lysinibacillus fusiformis，pumilus pumilus，siamensis，siamensis，paenibacillus peoriae，paenib，paenib。polymyxa，铜绿假单胞菌A，Brevundimonas diminuta和Providencia vermicola。筛选菌株的各种植物生长促进（PGP）属性，包括吲哚-3-乙酸（IAA），氨，铁载体，磷酸酶，水解酶产生和磷酸盐溶解。孤立的细菌菌株具有可变的植物生长促进活性。评估了两种选择的内生细菌菌株，其生物控制潜力针对由氧气孢子菌和溶孢菌引起的番茄真菌根腐病疾病，以进一步评估其在温室条件下的PGP能力。在温室下，B。bumilusnaw4和铜绿假单胞菌A NAW6被证明有效地赋予在压力下以及在正常生长条件下的西红柿上带来积极的好处。
fmo-4促进了ER的寿命和压力抗性。
含摘要黄素单加氧酶（FMO）是一种保守的异种生物酶家族，包括多种寿命干预措施，包括线虫和小鼠模型。以前的工作支持秀丽隐杆线虫FMO-2通过重新布线内源代谢来促进寿命，抗压力和健康状态。但是，有五个秀丽隐杆线虫FMO和五个哺乳动物FMO，尚不清楚促进长寿和健康益处是否是该基因家族的保守作用。在这里，我们报告说，秀丽隐杆线虫FMO-4的表达促进了饮食限制和MTOR抑制下游的寿命延伸和偏花应力抗性。我们发现，仅皮下注射中FMO-4的过表达就足以容纳这些好处，并且该表达显着修饰了转录组。通过分析基因表达的变化，我们发现与钙信号相关的基因被显着改变了FMO-4的下游。强调了钙稳态在该途径中的重要性，FMO-4过表达的动物对Thapsigargin敏感，Thapsigargin是一种ER胁迫，可抑制从细胞质到ER腔的钙通量。这种钙/ FMO-4的相互作用通过数据巩固，表明用小分子或遗传学调节细胞内钙可以改变FMO-4的表达和/或与FMO-4相互作用，以影响寿命和抗压力。进一步的分析支持一条途径，其中FMO-4调节激活转录因子-6（ATF-6）下游的钙稳态（ATF-6），其敲低引起并需要FMO-4表达。一起，我们的数据将FMO-4识别为延长的基因，其作用与已知的寿命途径和钙稳态相互作用。
npr1样基因可可瘤：进化洞察力和增强对植物含量的抗性性的潜力
与发病机理相关1（NPR1）的非XPRessor对于通过信号分子水杨酸（SA）激活植物免疫系统至关重要，这会触发拟南芥的全身性获得性（SAR）。在这项研究中，已经在Cacao的基因组中鉴定出了三个与NPR1相关的假定基因，即TCNPR1，TCNPR2和TCNPR3，这表明这三个基因实体之间的功能多样化表明。系统发育分析表明，TCNPR1和TCNPR2与它们的拟南芥直系同源物NPR1和NPR2一起分支，表明这些基因在不同物种的SA信号传导途径中保持了保守的作用。相比之下，TCNPR3存在于单独的进化枝中，表明了独特的功能作用和进化差异。对这些TCNPR的生理化学特性的比较分析显示出不同的亚细胞定位，因为TCNPR1在细胞质中持续存在，而TCNPR3在细胞核中发现，与其在SA信号传导和转录性调节中的作用保持一致。此外，我们确定了针对TCNPR3的microRNA，这表明P. Megakarya可能会利用转录调节网络绕过植物防御激活。通过RNA干扰介导的基因沉默对TCNPR基因的瞬时过表达或抑制可能足以研究对其他分子的产生的影响，例如SA，某些PR蛋白表达以及对巨疟原虫的抗性。由TCNPRS编码的蛋白质与P. megakarya的细胞蛋白质之间的相互作用将提供有关Patho Gen是否操纵宿主防御的洞察力。最后，P。Megakarya响应感染TCNPR基因的表达提供了有关防御反应过程中时间和空间激活的有价值的信息。
氟康唑抗性的解脂耶氏酵母临床分离株 CBS 18115 的基因组序列草图
arrowia lipolytica 属于子囊菌门、酿酒菌亚门和双足菌科 (1)。除了工业用途 (2) 之外，Y. lipolytica 还广泛存在于食品、环境和动物中 (1)。由于其能够在 32°C 以上不稳定地生长，因此通常认为该菌种可安全用于工业用途 (1)。Yarrowia lipolytica 是一种机会性病原体，可引起侵袭性念珠菌病 (3)。在体外，该菌种被认为对氟康唑敏感 (4)。第一个 Y. lipolytica 基因组 (CLIB122) 于 2004 年发布 (5)。我们报告了对氟康唑有抗性的 Y. lipolytica 临床分离株的基因组草图，该分离株是从溃疡性结肠炎手术后的血培养中采集的。有趣的是，尽管之前曾接触过唑类药物，但使用梯度浓度试纸法（Etest；bioMérieux），该菌株的氟康唑 MIC 为 0.256 mg/mL。患者成功地用卡泊芬净治疗。该菌株在 35°C 的显色琼脂平板（CAN2；bioMérieux）上生长，并使用 Vitek 基质辅助激光解吸电离 - 飞行时间质谱 (MALDI-TOF MS) 仪器（bioMérieux）进行鉴定。在溶菌酶细胞壁消化后，使用 QIAmp DNA minikit（Qiagen）提取基因组 DNA。使用 Illumina DNA 制备标记试剂盒（Illumina）构建文库。简而言之，使用珠状转座子技术和集成 DNA 技术 (IDT) 的 Illumina DNA/RNA 独特双重 (UD) 索引集将 30 ng 总 DNA 片段化并进行索引。使用 Qubit 高灵敏度试剂盒 (Thermo Fisher Scienti ) 对文库进行扩增、纯化和定量。最后，将 9 pM 汇集和变性文库放入 2 250-bp v2 试剂盒 (Illumina) 中，并使用 MiSeq 仪器 (Illumina) 进行测序。使用 CLC Genomics Workbench v22.0 (Qiagen) 中的 Trim Reads v2.5 和 De Novo Assembly v1.5 工具对原始读取进行修剪、组装成重叠群并进行搭建。使用覆盖率与长度图丢弃覆盖率为 , 10 且长度为 , 500 bp 的重叠群 (6)。使用 QUAST v5.0.2 对最终的 scaffold 集进行质量分析 (7)。总基因组大小为 20,255,408 bp，分布在 521 个 scaffold 上（覆盖率为 100 ），N 50 值为 105 kbp（最长 scaffold，397 kbp），GC 含量为 49.03%。AUGUSTUS v3.4.0 (8) 使用白色念珠菌训练数据集预测了 6,151 个蛋白质编码基因，使用 tRNAscan-SE 2.0 检测到了 484 个 tRNA 基因 (9)。使用 BUSCO v5.3.2 和 saccharomycetes_odb10 谱系数据集 (10) 估计基因组完整性为 95.3%。平均核苷酸同一性 (ANI) 计算