jrseek:人工智能在病毒中遇到果冻卷折叠分类,杰森·E·桑切斯(Jason E. Sanchez)1,温汉·朱2(Wenhan Guo 2),丘奇安格李3,林李3 *,chuan xiao 2 * 1计算科学系,德克萨斯大学El Paso,El Paso,El Paso,El Paso,TX 2德克萨斯大学埃尔帕索分校的物理学,德克萨斯州埃尔帕索 *通信:电子邮件:lli5@utep.edu; cxiao@utep.edu关键字病毒;人工智能;机器学习;果冻卷;病毒结构摘要果冻卷(JR)折叠是病毒的衣壳和核蛋白质中发现的最常见的结构基序。其在许多不同病毒家族的动机中的普遍性开发了一种工具来预测其从序列中的存在。在当前的工作中,在六个不同的大语模型(LLM)嵌入训练的逻辑回归(LR)模型在将JR与非JR序列区分开时表现出超过95%的精度。用于训练和测试的数据集包括来自单个JR病毒,非JR病毒和非病毒免疫球蛋白样β-三明治(IGLBS)蛋白的序列,这些蛋白与JR结构上非常相似。鉴于病毒家族之间的低序列相似性和数据集的平衡性质,高精度尤其显着。同样,模型的准确性与LLM嵌入无关,这表明预测病毒JR折叠的峰精度更多地取决于数据质量和数量,而不是使用所使用的特定数学模型。鉴于许多病毒式衣壳和核素结构尚未解决,因此使用基于序列的LLMS是一种有前途的策略,可以轻松地应用于可用数据。Bert-U100嵌入的主成分分析表明,大多数IGLBS序列和JR和非JR序列的一个子集甚至在应用LR模型之前也可以区分,但是LR模型对于区分更歧义序列的子集是必要的。应用于双JR折叠时,BERT-U100模型能够为某些病毒家族分配JR图案,从而提供了该模型可推广性的证据。对于其他家庭而言,没有观察到这种概括性,激发了未来开发以双JR折叠告知的其他模型的需求。最后,BERT-U100模型还能够预测未分类病毒数据集中的序列是否产生JR倍数。给出了两个示例,JR预测由AlphaFold3证实。总的来说,这项工作表明JR折叠可以从其序列中预测。
快速SARS-COV-2抗原测试卡,用于对SARS-COV-2病毒抗原的定性评估,鼻拭子,鼻咽拭子或口咽拭子标本目录编号:8AL10-020用于体外诊断的Intended Intended使用快速SARS-COV-2抗原测试CODTROMACTY IMMANG ONES ONET ONSTOPRAPTY。它是为在症状发作的前7天内从鼻拭子,鼻咽拭子或口咽拭子中快速定性确定SARS-COV-2病毒抗原抗原的。它旨在专业用来帮助诊断SARS-COV-2感染。快速SARS-COV-2抗原测试卡检测SARS-COV-2核蛋白酶蛋白(N蛋白)。理论上,具有非核素蛋白突变的遗传SARS-COV-2变体不会影响产物性能。总结新型冠状病毒属于β属。COVID-19是一种急性呼吸道传染病。 人们通常很容易受到影响。 目前,新型冠状病毒感染的患者是感染的主要来源。 无症状的感染者也可能是传染性的来源。 基于当前的流行病学研究,孵育周期为1至14天,大部分为3至7天。 主要表现包括发烧,疲劳和干咳嗽。 在少数情况下,发现鼻塞,流鼻涕,喉咙痛,肌痛和腹泻。 原理快速SARS-COV-2抗原测试卡是一种免疫色谱侧流动装置,采用双抗体夹心方法的原理。COVID-19是一种急性呼吸道传染病。人们通常很容易受到影响。目前,新型冠状病毒感染的患者是感染的主要来源。无症状的感染者也可能是传染性的来源。基于当前的流行病学研究,孵育周期为1至14天,大部分为3至7天。主要表现包括发烧,疲劳和干咳嗽。鼻塞,流鼻涕,喉咙痛,肌痛和腹泻。原理快速SARS-COV-2抗原测试卡是一种免疫色谱侧流动装置,采用双抗体夹心方法的原理。胶体金偶联的抗SARS-COV-2抗体在测试装置上干燥。添加样品时,它是通过毛细管扩散通过条迁移的,以使金共轭络合物补充水分。如果以检测的极限为单位,SARS-COV-2病毒抗原将与金缀合物复合物反应形成颗粒,该抗原将继续沿条带迁移,直到测试区(t)被固定化的抗SARS-SARS-COV-2抗体捕获,以形成可见的红线。如果样品中没有SARS-COV-2病毒抗原,则在测试区(t)中不会出现红线。黄金共轭配合物将继续单独迁移,直到在控制区(C)中被固定的抗体捕获以形成红线,这表明测试的有效性。
核酸的研究合成第6节(主席:Kathie Seley-Radtk E)9:35-9:50 OP4 - Malgorzata Honcharenko,Karolinska Institutet一种新颖的方法,是一种合成寡核苷酸多核苷酸多核苷酸的新方法Peyrottes,蒙彼利埃大学,CNRS碳碳和氯核苷磷酸类似物作为恶性疟原虫抑制疟原虫的新型化学型10:15-10:30 OP6 - Robert Britton,Robert Britton,Simon Fraser University,快速,灵活,柔性,可稳定的,可伸缩的核心合成,the tea coffee teacoy 10:30:30:30:55 55 55 55 55 55(55 55) Asanuma)10:55-11:20 IL8 - 塞奇·范·卡伦伯格(Serge van Calenbergh),根特大学结核素类似物与重要的Human and Fivestock疾病相似的原生动物病原体11:25-11:40 OP7 - Nicholas Chim,Nicholas Chim,加利福尼亚大学,最大程度地融合了最有效的TRYMASE TRYMASE TRYMASE TRYMASE TRYMASE TRIMPSINGS TRIMPTIONT, 11:45-12:00 OP8 - Michal Hocek,捷克科学学院酶合成基础改性RNA与工程DNA聚合酶基础修饰的RNA 12:00-13:30午餐,海报II II次,第8届海报(主席:FUMI NAGATSUGI:FUMI NAGATSUGI)13:30-13:30-13:55 IL9 - ROGERSTRASES基于Rogerstrified Artrins on Artnified Artnifirent on strutt on strutt on strutt rocority rogation intriptiation寡核苷酸ES 14:00-14:15 OP9 - 加利福尼亚大学的Dong Wang,圣地亚哥分校的结构基础,是通过Cel-lular RNA聚合酶14:20-14:20-14:35 OP10-Michiko Kimoto,Xenolis Pte的转录遗传字母识别的遗传字母。Ltd. Six-Letter DNA Aptamer Generation as an Antibody Alternative 14:40-16:00 Coffee, tea Recruitment/Discussion session Session 9 (Chair: Ramon Erit ja) 16:00-16:25 IL10 – Kazuo Nagasawa, Tokyo University of Agriculture and Technology Control of functions of dynamically formed high-order nucleic acids by polyoxazole compounds 16:30-16:45 OP11 – M. Carmen Galan, University of Bristol Small molecule G-quadruplex ligands are antibacterial candidates for Gram- nega- tive bacteria 16:50-17:05 OP12 – Shigeori Takenaka, Kyushu Institute of Technology Double-strand structuring of oligo-thymine by cyclic bis-naphthalene diimide Session 10 (主席:Takehiko Wada)17:10-17:25 OP13 - Vyacheslav V. Massey University University结构的结构引导抑制癌症DNA-Mutating酶Apobec 3A 17:30-17:30-17:55 IL11 - Zlatko Janeba,Iocb purague pare
化学和解决方案。氯化镁(MGCL 2),碳酸氢铵(NH 4 HCO 3),L-甘氨酸,Trizma®碱基,Tween-20,乙醇胺(EA),N-(3-二甲基氨基氨基丙基)-N'-乙基甲基二二二二二二二二二二二二二二二二二二二二二二二二酰基(EDC) bovine serum albumin (BSA), sodium hydroxide, sodium chloride, 4-morpholineethanesulfonic acid monohydrate (MES), hydrochloric acid, formic acid (FA), streptavidin-alkaline phosphatase from Streptomyces avidinii conjugate (Strep-ALP) and lysozyme from chicken egg white were purchased from Merck (意大利米兰)。磷酸钾(KH 2 PO 4),二氯磷酸二硫酸氢钾(K 2 HPO 4),磷酸钠二迪巴斯二硫酸二硫代十二碳水化酸盐(Na 2 HPO 4·12H 2 O),氯化钾和无rnase含水量和无RNase水的含量是从Carlo Erba(Cornaredo Erba(Cornaredo)(Cornaredo)(Cornaredo)(Cornaredo)(Cornaredo),Milan,Milan,Milan,Milan,Milan,Italan,Italan,Italy。氢喹酮双磷酸(HQDP)由Metrohm Italiana(Origgio,意大利Varese)提供。通过Milli-Q Element A10系统(Millipore,旧金山,加利福尼亚州,美国)获得了去离子水,并用于缓冲溶液制备。缓冲溶液的组成如下。无RNase缓冲液用于所有RNA适体的实验中。单链DNA序列购自Biomers.net(德国ULM),而C80RNA序列是从代替(Carlo Erba,Carlo Erba,Milan,意大利)。所有的寡核酸均处于干燥状态,适当地等分以避免反复的冻结/解冻周期。在Milli-Q水中以DNA寡核素进行了冻干等分试样的重悬,而C80RNA的无RNase水中的水则达到了供应商建议的100μM终浓度。库存溶液存储在-20°C。MES缓冲液:25毫米ME(pH 5.0); Tris缓冲液:0.1 MTrizma®基础,5 mm MGCL 2(pH 7.4); TRIS-T缓冲液:0.1 MTrizma®基础,5 mm MGCL 2,0.05%w/vtween®20(pH 7.4); TRIS盐水缓冲液:20 mMTrizma®基础,5 mM MGCL 2,0.1 M NaCl(pH 7.4);含镁离子(PBS-MG 2+)的磷酸盐缓冲盐盐水:1.5 mm kH 2 PO 4,8 mm Na 2 HPO 4,137 mm NaCl,2.7 mm KCl,1 mm MGCL 2(pH 7.4);从Thermo Fisher Scientific(美国马萨诸塞州沃尔瑟姆)购买磷酸盐缓冲盐水(PBS)作为干燥粉末,其溶解后具有以下成分:0.1 m Na 2 HPO 4,0.15 m NaCl(pH 7.2); Tris甘氨酸钾(TGK)缓冲液:25 mMTrizma®基础,192 mm L-甘氨酸,5 mm K 2 HPO 4(pH 8.3)。
冠状病毒疾病2019(Covid-19)引起了高度感染力的严重急性呼吸道综合征2(SARS-COV-2),继续是前所未有的全球健康危机[1]。其相关的发病率和死亡率导致了当前正在使用的不同SARS-COV-2疫苗的快速发展,而其他人仍在开发或处于临床试验的不同阶段。截至2021年3月18日,大约13次Covid-19-19疫苗已被批准在不同的国家使用,而其他几个疫苗正处于随机临床试验的不同阶段[2]。有趣的是,更多的人仍在出现,以提高功效,尤其是针对SARS-COV-2的新兴变体[3]。目前,尚无公认的共同治疗方法,因此,疫苗仍然是预防疾病的最重要的支点[4,5]。与许多其他疫苗一样,Covid-19疫苗的作用机理是基于主动免疫(例如活衰减,病毒载体和DNA/RNA疫苗)或被动免疫(例如单克隆/多克隆抗体)[6]。尽管在疫苗开发中取得了重大进展,但对安全性和有效性的担忧仍然是需要进一步研究的挑战。Irwin和Nkengasong的报告表明,所有人类中有70%必须被接种以消除Covid-19 [7]。在尼日利亚,尼日利亚疾病控制中心(NCDC)旨在接种尼日利亚人口的40%,并希望在2022年底之前取得70%的疫苗接种阈值,以消除Covid-19 [8]。截至2022年6月7日,全球总共服用了11,854,673,610个胶水剂量[9]。在尼日利亚,截至2022年5月29日,尼日利亚人约30,680,510(占人口的14.9%)至少服用了1剂,而20,096,868(占人口9.7%的人口的9.7%)服用了2剂2剂,因此已完全疫苗接种[10]。因此,尼日利亚的Covid-19疫苗的摄取仍然很低。关于宿主免疫反应对Covid-19的报告的雪崩及分子技术的进步促进了COVID-19-19S疫苗的快速开发。但是,缺乏有关SARS-COV-2感染引起的免疫力和疫苗诱导的免疫力之间可能差异的信息。因此,确定接种和未接种疫苗的个体的抗体反应以确定获得牛群免疫的可能性是临床重要性的。天然SARS-COV-2感染期间抗体产生的主要抗原是峰值(S)和核素蛋白(N)蛋白[11]。在感染SARS-COV-2之后;幼稚的B细胞通过抗原识别和CD4 + T细胞激活激活。这种激活导致一系列事件导致抗体和记忆B细胞的产生。可用的报告显示,大多数SARS-COV-2患者在患有病毒特异性IgG,IgA和IgM症状发作后不久同时发育[12-16]。但是,这种血清转化可能分阶段发生。 IGM血清转换早于IgG,IgG血清转化早于IgM和IgM和IgG的同步血清转换[12,17,18]。此外,血清转化的中位时间也有所不同[19]。Iyer等。 [17]和Long等。 [12]报告说,血清转化的中位时间在囊肿后11到13天之间(PSO)。 另外,Roéltgen等人。 [18]报告说,抗S受体结合结构域(RBD)IGM,IgG和IgA的住院患者的血清转化率达到了最大Iyer等。[17]和Long等。[12]报告说,血清转化的中位时间在囊肿后11到13天之间(PSO)。另外,Roéltgen等人。[18]报告说,抗S受体结合结构域(RBD)IGM,IgG和IgA的住院患者的血清转化率达到了最大
2021 年 3 月,诺华宣布了 177 Lu-PSMA-617 放射性配体疗法 (RLT) 的随机 III 期 VISION 研究的两个主要终点均取得了积极结果。与单独使用最佳标准治疗相比,177 Lu-PSMA-617 RLT 和最佳标准治疗可改善已接受紫杉烷类化疗和新型雄激素轴药物治疗的转移性去势抵抗性前列腺癌 (mCRPC) 患者的总体和放射学无进展生存期。VISION 的成功可能是过去几十年核医学领域最重要的事件,也是转移性前列腺癌治疗的重大进步。新型治疗诊断学的愿景是如何变成现实的?自 1990 年代末以来,欧洲研究人员就成功应用了放射性标记的生长抑素受体 (SSTR) 配体。几十年后,一项国际随机 III 期研究证明了 SSTR 导向的肽受体放射性核素治疗 (PRRT) 对转移性神经内分泌肿瘤具有前所未有的疗效 ( 1 )。受 PRRT 早期临床成功的推动,约翰霍普金斯大学和海德堡大学的研究人员开发了 PSMA 导向的治疗诊断探针,其中 68 Ga-PSMA-11 和 177 Lu-PSMA-617 分别用于 PET 成像和放射性配体治疗 ( 2 )。早在 VISION 成为现实之前,学术界在患者的支持下就形成了 PSMA 治疗诊断的愿景。欧洲和澳大利亚的核医学团队通过临床试验或同情用药启动了 PSMA RLT 的使用。早期的同情用药经常因妨碍批准而受到批评 ( 3 ),实际上它提供了试验设计和跨越 I/II 期研究所急需的回顾性证据。尽管公共资金有限,但仍完成了多项回顾性和前瞻性研究者发起的试验 (IIT)。 Hallmark 试验由墨尔本 Peter MacCallum 癌症中心的研究人员领导。在众多举措中,随机 TheraP 研究最近证明,与卡巴他赛相比,177 Lu-PSMA- 617 在晚期前列腺癌患者中具有更优的前列腺特异性抗原反应率、进展时间和安全性 ( 4 )。VISION 现已证明具有生存益处,为其获得监管部门批准和广泛使用铺平了道路。预期的 177 Lu-PSMA-617 和最近的 68 Ga-PSMA11 获批预示着前列腺癌放射治疗的全球扩张 ( 5 )。更重要的是,PSMA 靶向作为一种平台解决方案,具有 VISION 框架之外的众多化合物和放射性标记物。超过 20 项临床研究使用不同的配体和核素评估了 PSMA 导向的 RLT 在前列腺癌所有相关阶段的疗效。 PSMA RLT 的预期快速扩张给我们的医疗系统,特别是核医学和泌尿肿瘤学界带来了迫在眉睫的挑战和机遇。最近对德国 mCRPC 目标人群的一项研究估计,超过 38 人符合资格。每年有 000 个 PSMA RLT 周期(6)。假设 mCRPC 患病率相同,美国和欧盟的患者合计每年将有资格接受超过 350,000 个 PSMA RLT 应用。放射性药物应用的这种前所未有的扩张将诊所运营和供应链推向甚至超越其容量极限。核医学基础设施需要以超光速的速度加速以满足这一需求。这意味着,拥有强大核医学服务的卫生系统需要重组
大麻素,δ9-四氢大麻酚(THC)和大麻二醇(CBD)是源自大麻植物的植物大麻素(Andre等,2016; Elmes等,2015)。虽然THC是大麻的精神活性组成部分,但CBD是非精神活性的,并且已广泛研究其潜在的治疗益处(Scuderi等,2009)。这些化合物与人类中的内源性大麻素系统相互作用,在调节各种生理过程中起着至关重要的作用,包括疼痛感觉,免疫反应和神经保护作用(Lowe等,2021)。该系统是常见的G蛋白偶联受体。大麻素受体(CBR1和CBR2);以及导致大麻素合成和降解的内源性配体和酶的范围,强调了其在神经药理学中的复杂性和明显性(Keimpmema等,2014; Lu and Mackie,2021)。内源性大麻素系统不限于其两个主要的G蛋白偶联受体CBR1和CBR2。它还包括一个内源性大麻素的网络,例如anandamide和2-蛛网膜烯丙基甘油,以及脂肪酸酰胺水解酶(FAAH)和单酰甘油甘油脂肪酶(MAGL)等酶,它们合成并脱落了这些内核素。这些成分对于调节各种生理过程至关重要(Kilaru和Chapman,2020)。重要的是,大麻素与内源性大麻素系统相互作用,以调节神经传递和神经蛋白的膨胀,神经性疼痛发育和持续性的中心机制(Guindon和Hohmann,2009a; Woodhams et al。,2015)。临床试验显示了降低通过与神经系统中的CBR结合,这些化合物可以抑制神经递质和疼痛信号通路的释放,从而在以慢性疼痛和超痛性为特征的条件下提供潜在的缓解(Finn等,2021; Mlost等,2019a)。这种相互作用还表明在神经保护和神经塑性中起着更广泛的作用,这可能是其在神经性疾病中的治疗益处的基础(Xu和Chen,2015年)。cbr1主要在大脑中发现,并参与调节神经递质释放(Busquets-Garcia等,2018),而CBR2主要在免疫细胞和外围组织中表达,它们调节了障碍过程(Turcotte等人,2016年)。内源性大麻素系统提出了针对神经系统疾病的治疗干预措施的潜力,其中涉及内源性大麻素系统的失调。大麻素的潜在治疗应用延伸到一系列神经系统疾病中,包括神经退行性疾病,例如阿尔茨海默氏病(Benito等,2007),帕金森氏病(Di Filippo等人,2008年),以及亨廷顿病(Pazos et al。,2008年),以及MSORPERS,MSORTE(MS) 2018),癫痫(Kwan Cheung等,2019)和神经病等慢性疼痛状况(Maldonado等,2016)。随着这些疾病的越来越多的患病率和现有治疗方法的有限效率(Feigin等,2020),作为新型治疗剂的探索大麻素的探索加速了。临床试验在评估大麻素在治疗这些神经系统疾病中的安全性,效率和作用机制中起着至关重要的作用。大麻素,尤其是THC和CBD,因其管理MS患者的痉挛,神经性疼痛和膀胱功能障碍的能力而受到探索(Baker等,2000; Fontelles andGarcía,2008; Zajicek and Apostu,2011)。sativex是一种包含THC和CBD的眼核喷雾剂,已在多个国家批准用于治疗MS的痉挛(Giacoppo等,2017)。
伯克利地质年代学中心和加州大学伯克利分校的舒斯特实验室 实验室描述 PI Shuster 负责 BGC 和 UCB 的实验室设施,用于样品制备、特性分析、(U-Th)/He 和 4 He/3 He 热年代学以及宇宙成因核素分析。 设施包括: BGC 惰性气体实验室。BGC 惰性气体实验室设有: • 惰性气体热年代学实验室 (NGTL)。该设施设计用于 4 He/3 He 热年代学、40 Ar/39 Ar 热年代学、通过控制热提取表征惰性气体扩散动力学以及宇宙成因 21 Ne 和 3 He 测量。该实验室还可用作传统的 (U-Th)/He 实验室。NGTL 包括 (i) 经过校准的双目显微镜和摄像系统,用于制备和测量样品的几何形状; (ii) 超高真空 NG 提取系统,包括三个带有光束传输光学器件和高温计和热电偶反馈控制的二极管激光系统,在 175-1500 o C 之间提供优于 +/- 10 o C 的精度和准确度;(iii) 气体净化系统,包括 Janis 低温系统和校准标准和气体加标系统;(iv) Pfeiffer 气源四极杆质谱仪,用于使用同位素稀释测量 NG 丰度;(v) 可调收集狭缝 MAP-215-50 扇区场 NG 质谱仪,用于高精度同位素比测量;(vi) 激光烧蚀 ICPMS 实验室(如下所述),用于测量 U 和 Th。NGTL 的初始建设部分由 NSF MRI 拨款 EAR-0618219 资助,授予 PI Shuster,并继续获得 Ann 和 Gordon Getty 基金会的支持。 NGTL 实验室包括第二个可调收集狭缝 MAP-215-50 NG 质谱仪,该质谱仪配备自动稀有气体提取和低温纯化系统,可与上面描述的 NGTL 激光加热系统耦合,并针对宇宙成因 3 He 和 21 Ne 测量进行了优化,最初由 NSF I&F 计划拨款 EAR-1054079 资助给 PI Shuster。BGC U 子实验室。BGC U 子实验室包括一个带有过滤空气供应的温控仪器室,其中设有 LA-ICPMS 设备;一个相邻的 HEPA 过滤清洁化学实验室;以及专用的样品制备设施。• 激光烧蚀 ICPMS 实验室。该设施用于通过同位素稀释和激光烧蚀测量磷灰石和/或锆石中的 U 和 Th 浓度,以进行 (U-Th)/He 测定和 4 He/3 He 热年代学。该设备还用于通过同位素稀释法测量石英中的铀和钍,这对于解释宇宙成因 21 Ne 测量结果必不可少。它由 Thermo Fisher Scientific Neptune Plus 多接收器 ICPMS 组成,配有九个法拉第探测器,带有计算机切换的 10 11 和 10 12 欧姆输入电阻、具有离子计数和高丰度灵敏度离子能量过滤器的离散倍增电极电子倍增器、大容量干式接口泵以及高性能样品和撇取锥。该实验室最初由 NSF MRI 拨款 EAR-0930054 资助给 PI W. Sharp 和 D. Shuster,并继续获得 Ann and Gordon Getty 基金会的支持。UCB 和 BGC 的湿化学实验室。BGC 和附近的加州大学伯克利分校地球和行星科学系的 PI Shuster 可以使用专用的湿化学实验室空间。这些实验室包括标准通风柜(适用于矿物分离、酸蚀样品制备和常规(即非空白限制)石英中的 Be 提取)和一个过滤空气层流下流罩(适用于低空白 Be 提取化学)。