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World File Search System梭菌属
双质粒诱导型 CRISPR-Cas9 系统在拜氏梭菌中的改造及应用
CRISPR 技术的最新发展为改进梭菌属专用的基因组编辑工具开辟了新的可能性。在本研究中，我们改进了基于该技术的双质粒工具，以便对产生丙酮/丁醇/乙醇 (ABE) 或异丙醇/丁醇/乙醇 (IBE) 混合溶剂的两种拜氏梭菌参考菌株的基因组进行无瘢痕修饰。在 NCIMB 8052 ABE 生产菌株中，SpoIIE 孢子形成因子编码基因的失活导致孢子形成缺陷的突变体，并且通过用功能性 spoIIE 基因补充突变菌株可以恢复此表型。此外，将真菌纤维素酶编码 celA 基因插入拜氏梭菌 NCIMB 8052 染色体中，产生具有内切葡聚糖酶活性的突变体。接下来，我们采用类似的双质粒方法对天然 IBE 产生菌株 C. beijerinckii DSM 6423 的基因组进行编辑，该菌株此前从未进行过基因工程改造。首先，删除赋予甲砜霉素抗性的 catB 基因，使该菌株与我们的双质粒编辑系统兼容。作为概念验证，我们在 C. beijerinckii DSM 6423 Δ catB 中使用了我们的双质粒系统，以去除内源性 pNF2 质粒，从而大幅提高转化效率。
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第 33 章 益生菌对商业肉鸡坏死性肠炎的潜力 Muhammad Muneeb 1*、Ehsaan Ullah Khan 1、Sohail Ahmad 2、Sa
摘要坏死性肠炎 (NE) 是一种具有重大经济影响的家禽肠道疾病，由 A、C 和 G 型产气荚膜梭菌 (C. perfringens) 产毒菌株引起。世界范围内限制在牲畜中使用抗生素生长促进剂 (AGP) 的努力导致鸡、尤其是肉鸡群中 NE 的发病率上升。在迄今为止研究的各种非抗生素 NE 干预措施中，益生菌提供了一种潜在的解决方案。本章重点介绍评估不同益生菌菌株对产气荚膜梭菌增殖和 NE 发病率影响的研究。已经在鸡中研究了来自乳酸杆菌、芽孢杆菌、肠球菌、拟杆菌和一些酵母菌等细菌属的各种益生菌菌株，以评估它们在预防 NE 发生方面的有效性。益生菌可以通过调节微生物平衡、紧密连接蛋白表达和降低炎性细胞因子来改善肠道健康。总之，这些特点表明益生菌可能是 AGP 降低 NE 的合适替代品。因此，需要进一步研究以确定益生菌在预防商业肉鸡农场 NE 方面的有效性。关键词坏死性肠炎；产气荚膜梭菌；肉鸡；益生菌
emblaveo-USPI-ASTREONAM和AVIBACTAM-CLEAN-2-7-25
梭状芽胞杆菌艰难梭菌 - 相关的腹泻（CDAD）据报道，包括emblaveo在内的几乎所有全身性抗菌药物（包括Emblaveo），从轻度腹泻到致命结肠炎的严重程度可能范围。用抗菌药物的治疗改变了结肠的正常菌群，可能会使艰难梭菌过度生长。艰难梭菌会产生毒素A和B，这有助于CDAD的发展。催眠毒素产生的艰难梭菌菌株会增加发病率和死亡率，因为这些感染可能对抗菌治疗难治性，并且可能需要结肠切除术。CDAD。需要仔细的病史，因为据报道CDAD发生在抗菌药物给药后2个月以上。如果怀疑或确认CDAD，则可能需要停止针对艰难梭菌的抗菌药物。在适当的情况下管理液体和电解质水平，补充蛋白质摄入量，监测艰难梭菌的抗菌治疗以及临床表明的研究。
非甾体类抗炎药将上皮细胞敏感到梭状芽胞杆菌毒素介导的线粒体损伤
梭状芽胞杆菌艰难梭菌通过两种有效的外毒素的作用损害了结肠粘膜。塑造艰难梭菌发病机理的因素未完全理解，但可能是由于胃肠道生态系统，粘膜免疫反应和环境因素的生态因素所致。对艰难梭菌感染（CDI）中药物的作用知之甚少，但最近的研究表明，非甾体类抗炎药（NSAIDS）恶化了CDI。这种现象的基础机制尚不清楚。在这里，我们表明，NSAID通过破坏结肠上皮细胞（CEC）并使细胞对艰难梭菌毒素的敏感性加剧CDI - 介导的损伤与抑制环氧酶（COX）酶的规范作用无关。值得注意的是，我们发现NSAID和艰难梭菌毒素靶向CEC的线粒体并增强艰难梭菌毒素 - 介导的损伤。我们的结果表明，NSAID通过与艰难梭菌毒素协同损害宿主细胞线粒体来加剧CDI。一起，这项工作突出了NSAID在结肠中加剧微生物感染中的作用。
苯基咪唑抑制梭状芽胞杆菌艰难梭菌enoyl-ACP还原酶II（FABK）的体内评估揭示了令人鼓舞
抽象的梭状芽胞杆菌艰难梭菌感染（CDI）是医院获得性腹泻的主要原因，这通常是由于广谱抗生素破坏了肠道菌群的破坏。抗生素耐药性艰难梭菌菌株的患病率不断增加，加上最近抗生素候选物的令人失望的临床试验结果，强调了对新型CDI抗生素的迫切需求。为此，我们研究了艰难梭菌Enoyl ACP还原酶（CD Fabk），这是一种从头脂肪酸合成中的至关重要的酶，是用于抗微生物组抗生素的药物靶标。为了测试这一概念，我们评估了苯基咪唑类似物296的活性的功效和体内谱，该光谱已验证以抑制细胞内CD Fabk。的抑制浓度最小（MIC 90）为2 µg/ml，与Vanymoncin（1 µg/mL）相当，这是一种护理抗生素标准。此外，有296个达到了高结肠浓缩，并在CDI结肠炎中显示出剂量依赖性疗效。给出了296个对艰难梭菌的定殖耐药性，并具有与未处理的小鼠相似的微生物组。相反，万古霉素和虚拟霉素都以与先前的报道一致的方式对小鼠微生物组诱导了显着变化。CD Fabk代表了占微生物组的CDI抗生素的潜在靶标，而苯基咪唑为设计这种剂提供了一个很好的化学起点。
拜氏梭菌中组氨酸激酶的代谢工程用于提高丁醇产量
拜氏梭菌 (Clostridium beijerinckii) 是一种很有前途的丁醇工业生产微生物，但其丁醇产量低且缺乏高效的基因工程工具包。一些负责 Spo0A 磷酸化的组氨酸激酶 (HK) 已被证实是调控溶剂型梭菌 (如丙酮丁醇梭菌) 丁醇生物合成的重要功能组分，但尚未在拜氏梭菌中进行有关 HK 的研究。本研究通过序列比对，筛选出 6 个已注释但尚未鉴定的候选 HK 基因，这些基因与丙酮丁醇梭菌的基因具有部分同源性（不低于 30%）。利用基于 CRISPR-Cas9n 的基因组编辑技术删除这些 HK 基因的编码区。 cbei2073 和 cbei4484 的缺失导致丁醇生物合成发生显著变化，与野生型相比，丁醇产量分别增加了 40.8% 和 17.3% (13.8 g/L 和 11.5 g/L vs. 9.8 g/L)。观察到丁醇生产速率更快，丁醇生产率分别大幅提高了 40.0% 和 20.0%，表明这两个 HK 在调节 C. beijerinckii 细胞代谢中起重要作用。此外，两个 HKs 失活菌株的孢子形成频率分别降低了 96.9% 和 77.4%。与野生型相比，另外四个 HK 缺失突变菌株（包括 cbei2087、cbei2435、cbei4925 和 cbei1553）表现出的表型变化很小。本研究揭示了HKs在拜氏梭菌中孢子形成和溶剂生成中的作用，并提供了一种新的HKs工程化策略来提高代谢物的产量。本研究产生的高丁醇生产菌株在工业生物丁醇生产中具有巨大的潜力。
弧菌属
摘要：Gibellula属（Cordycipitaceae：Shotopeales）包括蜘蛛宿主的致病性和特异性物种。在这里，我们报告了一种新型物种，该物种感染了不列颠群岛的元元（Tetragnathidae）的洞穴式蜘蛛。新物种，Gibellula Attenboroughii进行了描述和说明，并讨论了其生态。得出的结论是，感染的蜘蛛表现出与僵尸蚂蚁报道的行为变化。基于Fungarium Records和文献搜索，不列颠群岛中Gibellula属的隐藏多样性进一步强调。两种先前分配给Torrubiella属的蜘蛛病原体现在根据其颗粒稳定性的形态转移到Gibellula属，并根据一个真菌 - 一名名称的主动性：Gibellula Albolanata comb。nov。和g。aranicida梳子。nov。
患者环境附近被确定为高接触场所的纺织品和硬表面上的潜在污染源
医院环境是通过手部与硬表面和纺织品的直接和间接接触传播医疗保健相关感染的重要介质。在本研究中，使用微生物培养方法和 16S rDNA 测序对瑞典两个护理病房中频繁接触部位（包括纺织品和硬表面）的细菌进行了鉴定。在一项横断面研究中，鉴定了 176 个频繁接触的硬表面和纺织品，并使用微生物培养进一步分析以量化总需氧菌、金黄色葡萄球菌、艰难梭菌和肠杆菌。使用 16S rDNA 测序进一步分析了 26 个样本的细菌种群结构。研究显示，与硬表面（每小时 2.2 次）相比，手部与纺织品直接接触的频率更高（每小时 36 次）。硬表面符合需氧菌 5 CFU/cm 2 和链球菌 1 CFU/cm 2 的推荐标准。金黄色葡萄球菌（分别为53%和35%）的发生率高于纺织品（分别为19%和30%）（P=0.0488）。纺织品上的细菌属数量高于硬表面。纺织品中最具代表性的菌属是葡萄球菌（30.4%）和棒状杆菌（10.9%），而硬表面中最具代表性的菌属是链球菌（13.3%）。很大一部分纺织品不符合清洁度标准，再加上与硬表面相比细菌多样性更高，这些都表明纺织品是细菌的储存器和细菌传播的潜在风险媒介。然而，由于研究中发现的大多数细菌属于正常菌群，因此不能得出纺织品和硬表面是医院相关感染来源的结论。
梭状芽胞杆菌艰难梭菌PCR核糖型046的整个基因组测序表明猪与人之间的传播
梭状芽胞杆菌艰难梭菌（以前是艰难梭菌）是抗生素 - 腹泻腹泻的常见原因，它会导致严重的死亡率和发病率以及医疗保健系统的高成本[1，2]。在千年开始时，PCR核糖型（RT）027在医疗保健环境中的传播将焦点放在c上。艰难梭菌感染（CDI）作为医生疾病[3]。近年来，已经观察到与社区相关的CDI发生率的升高[4]。C的流行病学研究最常见的方法。艰难梭菌，例如PCR核分型和多焦点序列分型（MLST），仅提供适度的分辨率，不足以进行爆发研究[5]。使用核心基因组MLST（CGMLST）或单核苷酸多态性（SNP）分析来分析由整个基因组测序（WGS）产生的数据[6]，并且揭示了医疗保健系统中仅考虑CDI病例的一小部分的传播。这表明无症状的运输或环境源在C的传播中起着重要作用。艰难梭菌[7]。梭状芽胞杆菌艰难梭菌也可以由猪和其他牲畜携带[8]，并已成为新生小猪搜查的原因[9]。使用WGS [10，11]中描述了活股和人之间的潜在传播，尤其是RT078被认为具有人畜共患潜力[12]。2011年，这与瑞典南部的一次基于医院的暴发有关[15]。簇，该RT是2009 - 2013年瑞典人类中最常孤立的RT之一[15]。在同一时间，这是瑞典中部多种繁殖农场的小猪中唯一发现的RT [16]。尚未为RT046建立人畜共患关系，并且克隆多样性，农场内随时间变化，或者目前已知与人类分离株的关系。这项研究的目的是检测瑞典养猪场和人类CDI病例之间RT046的传播，并使用WGS研究猪群中的RT046多样性。使用两个CGMLST方案和一项SNP分析进行了多个分析策略。