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用于神经退行性实验模型的人工智能
图 1 人类与非人类物种之间共享的基因。系统发育树标注了每个物种中具有 1:1 直系同源物的人类基因百分比（以数字和每个圆圈的填充比例显示）。与人类共享的 1:1 直系同源物的绝对数量绘制为每个圆圈的颜色。使用 orthogene R 包构建。92 关键词：Anolis carolinensis，绿变色蜥；Bos taurus，牛；Caenorhabditis elegans，蛔虫；Canis lupus familiaris，狗；Danio rerio，斑马鱼；Drosophila melanogaster，果蝇；Equus caballus，马；Felis catus，猫；Gallus gallus，鸡；Homo sapiens，人类；Macaca mulatta，恒河猴；Monodelphis domestica，灰色短尾负鼠；小家鼠 (Mus musculus)，家鼠；鸭嘴兽 (Ornithorhynchus anatinus)，鸭嘴兽；黑猩猩 (Pan troglodytes)，黑猩猩；褐家鼠 (Rattus norvegicus)，褐家鼠；酿酒酵母 (Saccharomyces cerevisiae)，面包酵母；粟酒裂殖酵母 (Schizosaccharomyces pombe)，裂殖酵母；野猪 (Sus scrofa)，猪；热带爪蟾 (Xenopustropicalis)，西方爪蟾。
系统基因组学分析恢复了一大批... - NSF-PAR
尽管对形态学、分子学和组合数据集进行了多次分析，但鱿鱼和乌贼（头足纲：十足目）之间的系统发育关系几十年来一直难以明确。最近，对完整线粒体基因组和数百个核基因座的分析也得出了类似的模棱两可的结果。在本研究中，我们通过增加分类学广度和利用几个分类群的更高质量的基因组和转录组数据，重新评估十足目关系的假设。我们还采用分析方法来 (1) 识别转录组数据中的污染，(2) 更好地评估模型的充分性，以及 (3) 考虑潜在的偏差。使用这个更大的数据集，我们一致地恢复了一个由 Myopsida（闭眼鱿鱼）、Sepiida（乌贼）和 Oegopsida（睁眼鱿鱼）组成的演化支，它是 Sepiolida（短尾和瓶尾鱿鱼）演化支的姐妹。 Idiosepiida（小鱿鱼）一直被认为是所有采样的十足目谱系的姊妹群。此外，将加权的 Shimodaira-Hasegawa 检验应用于我们的一个较大的数据矩阵，拒绝了这些序数级关系的所有替代方案。目前，可用的核基因组规模数据支持体型相对较大的十足目头足类的嵌套进化枝，但小鱿鱼除外，但需要改进分类单元采样和额外的基因组数据来严格测试这些新假设。
章节：藻毒素检测的化学方法：HPLC 和 LC/MS/MS
1 码头调查研究所。Unidad Asociada de Fitoplancton Tóxico (CSIC-IEO)。Vigo 2 Laboratorio de Sanidad 外观。领土政治和公共行政部。Vigo pilar.riobo@vi.ieo.es 目录 1.摘要 2.亲水性毒素：2.1。PSP 毒素：STX 2.2 组。ASP 毒素：多莫酸 3.亲脂性毒素 3.1 一般提取程序 3.2 DSP 毒素：冈田酸组 3.3 AZP：Azaspiracids 3.4 海葵毒素 3.5 雪卡毒素 3.6 NSP：短藻毒素 4. div>尚未证实对人类有影响的脂溶性毒素 4.1 YTX 组 4.2 PTX 组 4.3 环状亚胺组：Espirolids、Gymnodimines、Pinnatoxins 和 Pteriatoxins 5.结论 6.< div> 致谢 7.参考文献 1.摘要 藻毒素是海洋生物合成的天然产物微藻，尤其是属于甲藻类的微藻。目前已知约有 20 种甲藻和少量硅藻会产生藻毒素，这些藻类占所有微藻种类的不到 2%。众所周知，它们会在从热带到极地纬度的整个食物链中产生中毒综合症 (Hallegraeff, 1993)。海洋生物毒素是结构差异很大的非蛋白质化合物，其分子量介于250-3500道尔顿。它们的物理化学性质根据其极性、亲脂性、热稳定性、对pH、氧气和光的敏感性等而变化。生物毒素中毒的危险对人类的影响在于其急性和慢性影响。食用受海洋生物毒素污染的海鲜可能会导致严重疾病，影响：麻痹性贝类中毒 (PSP) 中的神经系统、腹泻性贝类中毒 (DSP) 中的肠道系统以及失忆性贝类中的记忆丧失中毒（ASP）。在多个国家的海鲜中发现的其他知名毒素是短尾藻毒素 (BTX)、雪卡毒素 (CTX)、海葵毒素 (PLTX) 和河豚毒素 (TTX)。它们的作用方式尚不清楚，（Hu 等人，2001；Miles 等人，
2024 年加拿大苏必利尔国家森林山猫 DNA 监测摘要
300 Ma'alaea Road Ste 211, Wailuku, HI 96793 简介 通过雪地追踪和其他获取基因样本的方法，已经证实加拿大猞猁 ( Lynx canadensis ) 自 2000 年 12 月以来一直存在于明尼苏达州东北部。 2008 年，苏必利尔国家森林 (Superior NF) 建立并继续维护一个经基因确认的加拿大猞猁 (以下简称猞猁) 数据库，以记录它们在明尼苏达州的出现、持续和繁殖。 基因样本（通常是粪便，但也有毛发和组织）主要作为 Superior NF 调查和监测项目的一部分收集。 该数据库还包括在独立基因研究项目、无线电遥测项目、采矿项目调查期间收集的样本，以及从交给资源机构的标本（例如，在车辆碰撞中被捕获、射杀或杀死的动物）中收集的样本。 这些样本被提交给美国农业部林务局落基山研究站的国家野生动物和鱼类保护基因组中心进行检测。使用线粒体 DNA 分析鉴定为猞猁的样本进一步使用核 DNA 分析方法进行评估，以确定性别（Pilgrim 等人，2005 年）和个体身份。进一步的测试用于确定加拿大猞猁-短尾猫（Lynx rufus）的杂交情况（Schwartz 等人，2004 年）。现场观察结合 DNA 分析已用于记录猞猁的繁殖。摘要当前数据库包含 3,267 个已提交进行 DNA 测试的样本。线粒体 DNA 分析已鉴定出其中 3,095 个（94.7%）属于不同物种，2,785 个（90.0%%）为猞猁。核 DNA 分析已确定 659 种独特的猞猁基因型，包括 313 种雌性（47.5%）、344 种雄性（52.2%）和 2 种性别不明的基因型（0.3%）。自 2001 年以来，每年在 Superior NF 上都有繁殖记录。自 2010 年以来，我们已确定至少 95 个家庭群体，共产下 195 只推测的小猫，其中 104 只为雌性（53.3%），91 只为雄性（46.7%）（图 3）。在本调查季节之前确定的 584 只个体中，由于死亡而最初未被发现，其中 177 只（30.3%）已知存活到了第二年。16 只个体存活了 6 年以上，最长的是一只雌性，存活了 10 年以上。
Geny：杀伤细胞免疫球蛋白样受体基因等位基因分解的基因分型工具
自然杀伤 (NK) 细胞是人类先天免疫系统的重要组成部分，是宿主抵御感染、病毒和疾病的第一道防线。这些细胞负责快速应对各种病理挑战，例如病毒感染细胞和癌细胞 ( 1 – 3 )。NK 细胞受细胞表面受体的调节，这些受体与体内各种细胞表面的主要组织相容性复合体 I 类 (MHC-I) 分子相互作用 ( 4 )。这些受体又由杀伤细胞免疫球蛋白样受体 (KIR) 基因编码，该基因位于人类 19 号染色体上白细胞受体复合体 (LRC) 的 150kb 区域内，其表达和相互作用对于区分健康细胞和异常细胞至关重要。由于个体之间存在巨大的遗传多样性，KIR 基因导致个体之间出现各种各样的免疫反应，这也影响疾病易感性 ( 5 )。因此，KIR 基因属于高度多态性基因家族，因此包含大量存在于人类群体中的已知基因相（也称为等位基因，或在某些情况下称为基因型）（ 6 ）。重要的是，这种变异不仅限于编码区，还涵盖指导 KIR 基因表达的调控区。有人提出，这种巨大的遗传多样性可能源于不断进化的病毒带来的进化压力（ 7 ）。这种复杂的遗传结构意味着不到 2% 的无关个体具有相同的 KIR 基因型（ 8 ）。十七 (17) 个 KIR 基因根据其胞外免疫球蛋白样 (lg-like) 结构域（指定为 2D 或 3D）和其胞质尾的长度（标记为 L 表示长胞质尾，标记为 S 表示短胞质尾，标记为 P 表示假基因）命名。一般规则是，短尾 KIR 是激活受体，而长尾 KIR 是抑制受体。基于这些名称，KIR 基因可分为以下几类： (a) 六 (6) 个基因，具有两个结构域和长胞质尾巴（ KIR2DL1 – KIR2DL5B ）， (b) 五 (5) 个基因，具有两个结构域和一个短胞质尾巴（ KIR2DS1 – KIR2DS5 ）， (c) 三 (3) 个基因，具有三个结构域和长尾巴（ KIR3DL1 – KIR3DL3 ）， (d) 一 (1) 个 KIR3DS1 ，其特征是具有三个结构域和一个短尾巴，以及 (e) 两 (2) 个假基因（ KIR2DP1 和 KIR3DP1 ）1. 全区域 KIR 单倍型分为两类：组 B（具有 KIR2DL5 、 KIR2DS1 、 KIR2DS2 、 KIR2DS3 、 KIR2DS5 和 KIR3DS1 之一）和组 A（没有这些基因中的任何一个） （ 7 ） （图 1 ）最后，单个基因等位基因的命名，大致遵循基因注释中使用的星号等位基因命名法（ 9 ， 10 ），其中每个等位基因被分配一个数字来表明其功能（ 8 ）。目前已知的 KIR 等位基因已在 IPD-KIR 数据库中进行了汇编和分类（11）。由于不同的 KIR 等位基因会导致不同的免疫反应，因此有必要对 KIR 基因进行精确的基因分型和分期，以更好地了解这些基因在免疫系统中的作用。一种经济有效的方法是使用高通量测序 (HTS) 技术，该技术已成功用于