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尽管对形态学、分子学和组合数据集进行了多次分析，但鱿鱼和乌贼（头足纲：十足目）之间的系统发育关系几十年来一直难以明确。最近，对完整线粒体基因组和数百个核基因座的分析也得出了类似的模棱两可的结果。在本研究中，我们通过增加分类学广度和利用几个分类群的更高质量的基因组和转录组数据，重新评估十足目关系的假设。我们还采用分析方法来 (1) 识别转录组数据中的污染，(2) 更好地评估模型的充分性，以及 (3) 考虑潜在的偏差。使用这个更大的数据集，我们一致地恢复了一个由 Myopsida（闭眼鱿鱼）、Sepiida（乌贼）和 Oegopsida（睁眼鱿鱼）组成的演化支，它是 Sepiolida（短尾和瓶尾鱿鱼）演化支的姐妹。 Idiosepiida（小鱿鱼）一直被认为是所有采样的十足目谱系的姊妹群。此外，将加权的 Shimodaira-Hasegawa 检验应用于我们的一个较大的数据矩阵，拒绝了这些序数级关系的所有替代方案。目前，可用的核基因组规模数据支持体型相对较大的十足目头足类的嵌套进化枝，但小鱿鱼除外，但需要改进分类单元采样和额外的基因组数据来严格测试这些新假设。
系统基因组学分析恢复了一大批... - NSF-PAR
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