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World File Search System磷酸肽
定量磷酸蛋白质组学分析提供了甘氨酸最大碳酸氢钠反应性
摘要：由Nahco 3引起的碳酸氢钠应激是全球最严重的非生物胁迫之一。然而，很少关注植物对碳酸氢钠应激的反应的分子机制。了解碳酸氢钠应激触发的信号通路中的磷酸化事件，在50 mM NaHCO 3处理下，对大豆叶和根组织进行了基于TMT标记的定量磷酸蛋白质学分析。在本研究中，从培养的大豆中鉴定了总共7856种磷酸肽（甘氨酸最大L.merr。），代表3468个磷蛋白基团，其中2427个磷酸蛋白基团被新鉴定。这些磷酸蛋白基含有6326个独特的高磷光材料（UHPS），其中77.2％是新近识别的，当前的大豆磷材料数据库大小增加了43.4％。在这项研究中发现的磷酸肽中，我们从叶片组织中确定了67种磷酸肽（代表63种磷酸蛋白基团）和554种来自根组织的磷酸肽（代表487个磷酸蛋白基团），这些根组织显示出在双磷酸钠下的磷酸化水平有显着变化的磷酸化含量变化的磷酸含量变化，折叠press prance 5 prandy 5 pranse 5> 1.2或<0.8330 per> 1.83，相应地变化。定位预测表明，大多数磷酸蛋白都定位在叶子和根组织的细胞核中。go和kegg富集分析显示，叶片和根组织之间的富集功能术语截然不同，并且在根组织中比在叶片组织中富集了更多的途径。此外，从差异表达的磷酸蛋白（DEPS）中鉴定出总共53种不同的蛋白激酶和7种蛋白磷酸酶。蛋白激酶/磷酸酶相互作用的分析表明，相互作用的蛋白主要参与/与转运蛋白/膜传递，转录水平调节，蛋白质水平调节，信号/应激反应和其他功能。本研究中提出的结果揭示了对植物对碳酸氢钠应激的植物反应中翻译后修饰功能的见解。
和心脏成纤维细胞的磷酸化 - 磷酸化 - la trobe
心肌细胞和成纤维细胞蛋白质组景观的抽象病理重编程驱动心脏纤维化的起始和进展。尽管功能障碍性心肌细胞的分泌成为病理成纤维细胞重编程的重要驱动力，但我们对下游分子娱乐体的理解仍然有限。在这里，我们表明心脏成纤维细胞激活（αSMA +）和由TGFβ刺激的心肌细胞的分泌介导的氧化应激与其蛋白质组和磷酸蛋白酶景观的深刻重新编码有关。在成纤维细胞全局蛋白质组中，蛋白质的失调引起的失调与细胞外基质，蛋白质定位/代谢，KEAP1-NFE2L2途径，溶酶体，碳水化合物，碳水化合物的代谢和转录调节。激酶底物富集分析磷酸肽在此重塑过程中激酶（CK2，CDK2，PKC，GSK3B）的潜在作用。 我们验证了酪蛋白激酶2（CK2）在分泌理论治疗的成纤维细胞中的上调活性，药理学CK2抑制剂TBB（4,5,6,7-四氢苯甲酰苯二唑）显着消除了纤维细胞激活和氧化应激。 我们的数据提供了对心肌细胞对心脏成纤维细胞串扰的分子见解，以及CK2在调节心脏成纤维细胞激活和氧化应激中的潜在作用。激酶底物富集分析磷酸肽在此重塑过程中激酶（CK2，CDK2，PKC，GSK3B）的潜在作用。我们验证了酪蛋白激酶2（CK2）在分泌理论治疗的成纤维细胞中的上调活性，药理学CK2抑制剂TBB（4,5,6,7-四氢苯甲酰苯二唑）显着消除了纤维细胞激活和氧化应激。我们的数据提供了对心肌细胞对心脏成纤维细胞串扰的分子见解，以及CK2在调节心脏成纤维细胞激活和氧化应激中的潜在作用。
依赖 PLL2 的伤口反应激活使系统素与其他免疫信号通路区分开来
然后，我们对磷酸肽丰度谱进行了 k 均值聚类，以比较两种细胞培养物之间蛋白质磷酸化的动态变化（图 1d，扩展数据图 2a）。在簇 2 和簇 3 中观察到了最大的差异，其特征是在系统素处理后 1 分钟内磷酸化迅速且短暂地下降。这些簇中不到 20%（198）的肽来自 syr1，而来自系统素反应野生型的肽则超过 80%（1036）（图 1c）。然后，我们检查了这 1036 个肽在 syr1 细胞中是否显示出随时间变化的磷酸化变化，如果是，它们属于哪个簇。我们在除 2 和 3 之外的所有簇中都发现了它们；它们都没有在处理后 1 分钟显示出系统素诱导的丰度下降（图 1e）。数据表明，SYR1 介导的系统素反应以细胞蛋白质快速、瞬时去磷酸化为特征，这意味着蛋白磷酸酶在系统素信号传导早期就被激活。
树突状细胞1型控制癌症中三级淋巴样结构的形成，维持和功能
酪氨酸磷酸化是一种重要的翻译后修饰，可调节多细胞生物中许多生化信号网络的作品。迄今为止，在人类蛋白质中观察到了46,000种酪氨酸，但对大多数这些位点的功能和调节知之甚少。为了测试磷酸化的作用，主要挑战是产生重组磷酸蛋白。 mu-对酸性氨基酸的标记通常无法复制磷酸化的酪氨酸残基的大小和电荷，而合成氨基酸掺入的成本很高，产量相对较低。 在这里，我们展示了一种方法，灵感来自于如何通过二次焦油互动来发现细胞中的天然玫瑰氨酸激酶，从而增强了酪氨酸激酶的先天催化特异性，而无需过多。 我们设计了用于多种方法的多种方法，用于在大肠杆菌中产生高产量的磷酸蛋白产物。 在这里，我们测试磷酸化作为靶向相互作用（SH3-聚丙烯序列）的函数的函数，该磷酸化是跨不同特异性山脉激酶的不同反应方法。 该系统提出了一种廉价且可拖动的系统，用于产生磷蛋白和磷酸肽，我们演示了如何用于测试EGFR和PD-1靶标的抗体特异性。 这种方法是通过体外反应和共表达方法的灵活性来增强重组蛋白上的重组蛋白的共同作用的一种概括方法。 我们将其称为SISA-KIT，用于信号启发的合成增强激酶工具包。主要挑战是产生重组磷酸蛋白。mu-对酸性氨基酸的标记通常无法复制磷酸化的酪氨酸残基的大小和电荷，而合成氨基酸掺入的成本很高，产量相对较低。在这里，我们展示了一种方法，灵感来自于如何通过二次焦油互动来发现细胞中的天然玫瑰氨酸激酶，从而增强了酪氨酸激酶的先天催化特异性，而无需过多。我们设计了用于多种方法的多种方法，用于在大肠杆菌中产生高产量的磷酸蛋白产物。在这里，我们测试磷酸化作为靶向相互作用（SH3-聚丙烯序列）的函数的函数，该磷酸化是跨不同特异性山脉激酶的不同反应方法。该系统提出了一种廉价且可拖动的系统，用于产生磷蛋白和磷酸肽，我们演示了如何用于测试EGFR和PD-1靶标的抗体特异性。这种方法是通过体外反应和共表达方法的灵活性来增强重组蛋白上的重组蛋白的共同作用的一种概括方法。我们将其称为SISA-KIT，用于信号启发的合成增强激酶工具包。
依赖 PLL2 的伤口反应激活使系统素与其他免疫信号通路区分开来
然后，我们对磷酸肽丰度谱进行了 k 均值聚类，以比较两种细胞培养物之间蛋白质磷酸化的动态变化（图 1d，扩展数据图 2a）。在簇 2 和簇 3 中观察到了最大的差异，其特征是在系统素处理后 1 分钟内磷酸化迅速且短暂地下降。这些簇中不到 20%（198）的肽来自 syr1，而来自系统素反应野生型的肽则超过 80%（1036）（图 1c）。然后，我们检查了这 1036 个肽在 syr1 细胞中是否显示出随时间变化的磷酸化变化，如果是，它们属于哪个簇。我们在除 2 和 3 之外的所有簇中都发现了它们；它们都没有在处理后 1 分钟显示出系统素引起的丰度下降（图 1e）。数据表明，SYR1 介导的系统素反应以细胞蛋白质快速、瞬时去磷酸化为特征，这意味着蛋白磷酸酶在系统素信号传导早期就被激活。
M 带的 α 激酶 3 信号维持横纹肌的肌节完整性和蛋白质稳态
肌肉收缩由肌节的分子机制驱动。由于磷酸化是肌肉功能的关键调节器，因此鉴定调节性激酶对于了解肌节生物学非常重要。α激酶 3 ( ALPK3 ) 的致病变异会导致心肌病和肌肉骨骼疾病，但人们对这种非典型激酶知之甚少。在这里，我们表明 ALPK3 是肌节 M 带的重要组成部分，并定义了 ALPK3 依赖性磷酸化蛋白质组。ALPK3 缺乏会损害人类心脏类器官和携带致病性截短 Alpk3 变异的小鼠心脏的收缩力。ALPK3 依赖性磷酸肽富含 M 带的肌节成分和泛素结合蛋白 sequestosome-1 (SQSTM1)（也称为 p62）。 ALPK3 相互作用组分析证实了其与 M 带蛋白（包括 SQSTM1）的结合。在模拟心肌病 ALPK3 突变的人类多能干细胞衍生心肌细胞中，SQSTM1 的肌节组织和 M 带定位异常，这表明该机制可能是疾病发病机制的基础。
在全反触手酸酸诱导的神经元分化
摘要：人神经母细胞瘤细胞系SH-SY5Y和IMR-32可以通过用全反替酸（ATRA）处理分化为神经元样的表型。分化后，这些细胞系被广泛用作体外模型来研究神经元细胞生物学的各个方面。然而，在ATRA诱导的分化中，SH-SY5Y和IMR-32细胞的蛋白质组和磷酸蛋白质组的时间和定量分析受到限制。在这里，我们在ATRA诱导的分化过程中，在多个时间点对SH-SY5Y和IMR-32细胞的蛋白质组和磷酸蛋白质组进行了相对定量。与随后的基因本体分析的蛋白质和磷酸肽的相对定量表明，包括细胞骨架组织，细胞分裂，伴侣伴侣功能和蛋白质折叠以及单碳代谢在内的几种生物学过程与两种细胞系中ATRA诱导的分化都相关。此外，激酶 - 基底富集分析预测了分化过程中几种激酶的活性改变。其中，CDK5表现出增加的活性，而CDK2的活性降低。提供的数据是研究在ATRA诱导的分化过程中SH-SY5Y和IMR-32细胞中时间蛋白和磷蛋白丰度变化的宝贵资源。
基于蛋白质的靶向蛋白质降解的机遇与挑战
提出了一种令人兴奋的策略来克服这些挑战，因为它通过诱导细胞浆 POI 与细胞内蛋白质降解机制的相互作用来消耗目的蛋白质 (POI)。这种方法使 TPD 能够靶向缺乏有效小分子抑制剂的困难蛋白质，并且由于 TPD 分子的催化性质，可以在亚化学计量比下实现更高的功效。7 在过去的二十年里，各种 TPD 工具，如分子胶降解剂、8,9 蛋白水解靶向嵌合体 (PROTAC)、10-12 特定和非遗传 IAP 依赖性蛋白质擦除器 (SNIPER)、13 降解标签 (dTAG)、14,15 自噬靶向嵌合体 (AUTAC)16 和自噬体束缚化合物 (ATTEC)17 已经得到开发。令人鼓舞的是，沙利度胺（一种在临床上使用数十年的药物）被证明可以作为分子胶降解剂发挥作用；18 其他 PROTAC 和分子胶也已进入临床试验。11,19 所有这些都预示着 TPD 平台具有良好的治疗潜力。尽管取得了这些成功，但挑战依然存在。例如，TPD 平台主要依赖于小分子结合剂和细胞内泛素蛋白酶体系统 (UPS)，这限制了它们的应用范围，这些蛋白质含有胞浆结构域和可用的结合位点。实际上，跨膜蛋白、分泌蛋白和缺乏合适配体结合位点的细胞内蛋白构成了大多数治疗相关靶点。20 创新技术没有使用小分子，而是利用肽、蛋白质和核酸等生物制剂作为具有挑战性的 POI 的靶向结合剂。第一个 PROTAC 分子实际上是一种由 IkBa 磷酸肽（DRHDpSGLDSM）组成的肽基配体，21 而另一种来自缺氧诱导因子 1 亚基 a（HIF1a）的肽也经常用作 E3 连接酶 von Hippel-Lindau（VHL）的结合剂。22,23 最近，更多基于肽的 PROTAC 已被证明可以成功诱导蛋白质的降解，包括 Akt、24 Tau、25a-突触核蛋白、26 PI3K/FRS2a 27 和 X 蛋白。28 核酸也被用作结合剂来开发 TPD 系统，例如转录因子靶向嵌合体（TRAFTAC）、29 基于寡核苷酸的 PROTAC（O'PROTAC）30 和转录因子 PROTAC。 31 还有针对 RNA 结合蛋白的 RNA-PROTAC、针对 G4 结合蛋白的 32 G4-PROTAC 和基于适体的 PROTAC。34 此外，最近出现的 LYTAC、35、36 AbTAC、37 PROTAB 38 和 KineTAC 39 均使用抗体或纳米抗体作为 POI 结合剂，利用溶酶体实现细胞外和跨膜蛋白的靶向降解。即使有了这些最新技术，仍存在一个主要障碍：生物制剂的使用主要限于细胞外或跨膜蛋白，因为生物制剂缺乏渗透细胞的能力。我们最近证明了使用基于细胞渗透性的纳米抗体的降解剂可以降解传统上“无法用药”的细胞内 POI；这项工作描述了一种可能克服这最后一项主要障碍的方法。40
2019 年 9 月/10 月第 44 卷第 5 期 445–556 - Allen Press
社论 445 特邀社论 ST Grennell 临床技术/病例报告 446 在直接 II 类复合树脂修复中使用透明尖端获得紧密的近端接触 V Alonso • M Caserio • IL Darriba 临床研究 452 瓷贴面牙齿的牙龈健康：回顾性评估 R Arif • JB Dennison • D Garcia • P Yaman 459 漂白凝胶储存温度对牙齿颜色和敏感度影响的临床研究 D Hortkoff • B Fortes Bittencourt • J Mendes Nadal • OM Mongruel Gomes • M Rezende • PB de Almeida Farhat 469 含偏磷酸钠的口香糖对咖啡渍的增白效果：安慰剂对照、双盲原位检查 S Makino • C Kawamoto • T Ikeda • T Doi • A Narise • T Tanaka • C Almas • M Hannig • R Carvalho • H Sano 476 简化粘合系统在 2 年随访中对非龋性颈部病变的粘合性能：一项双盲随机临床试验 RF Zanatta • TM Silva • MALR Esper • E Bresciani • SEP Gonçalves • TMF Caneppele 实验室研究 488 使用复合材料分层技术掩盖变色背景：老化后掩盖能力的颜色分析 - 第二部分 BG Perez • LL Miotti • AH Susin • LB Durand 499 CQ 胺和 TPO 的组合增加了聚合收缩应力并且没有改善大块填充复合材料的固化深度 MG Rocha • DCRS de Oliveira • MAC Sinhoreti • JF Roulet • AB Correr 510 通用粘合系统应用于酸蚀冲洗和自酸蚀策略对天然牙本质龋齿的粘合系统 V Hass • AFM Cardenas • FSF Siqueira • RR Pacheco • PMW Zago • DO Silva • MC Bandeca • AD Loguercio 521 一种使用紫光进行牙齿漂白的新方法，使用或不使用美白凝胶：漂白效果研究 MO Gallinari • TC Fagundes • LM da Silva • MB de Almeida Souza • ACS Barboza • ALF Briso 530 传统和酸改性酪蛋白磷酸肽-无定形磷酸钙霜对酸刺激前后牙本质渗透性的影响 K Kijsamanmith • D Banomyong • MF Burrow • P Kanchanasantikul • S Wipawiwat • S Srikam • S Laojarungphesatchakorn 536高透明度树脂基复合材料 YB Piccoli • VP Lima • GR Basso • VE Salgado • GS Lima • RR Moraes 545 热机械循环后自粘树脂水泥与蚀刻玻璃化氧化钇稳定四方氧化锆多晶陶瓷的粘结强度稳定性 EV Maroun • JGA Guimarães • WG de Miranda Jr • LRC Netto • AB Elias • EM da Silva 部门 556 仅在线文章 仅在线文章 E212 使用即时或延迟牙本质封闭粘结的锂二硅酸盐后牙部分冠存活率的前瞻性随机临床试验：对牙齿敏感性和患者满意度的短期结果 C van den Breemer • MMM Gresnigt • M Özcan • W Kerdijk • MS Cune E223 大体积填充和自粘树脂复合材料的水解和生物降解 OFF de Brito • ILM de Oliveira • GQM Monteiro E234 氟化漆防龋功效的体外研究 L Al Dehailan • EA Martinez-Mier • GJ Eckert • F Lippert E244 不同厚度的陶瓷整体系统的机械行为 D Longhini • COM Rocha • LT de Oliveira • NG Olenscki • EA Bonfante • GL Adabo E254 热循环对 CAD/CAM、大体积填充和传统树脂复合材料双轴弯曲强度的影响 EB Benalcázar Jalkh • CM Machado • M贾尼尼·I·贝尔特拉米尼·MMT·皮萨·PG·科埃略·R·平田·EA·邦凡特