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World File Search System管家基因
PDF 530.32 K - 微生物与传染病
背景：粪肠球菌 (E. faecalis) 是伊拉克和全世界泌尿道感染 (UTI) 的病原体，尽管它是人类和动物肠道中的共生菌。由于它能够产生各种致病因子，因此可导致不同的疾病。成孔毒素 (溶细胞素) 是这种细菌中毒性最强的因子。目的：本研究旨在从分子水平上研究从 UTI 中分离出的粪肠球菌中溶细胞素毒素的频率。方法：从被诊断患有 UTI 的女性身上采集了 180 份尿液样本。使用传统的实验室和分子方法进行细菌鉴定，并使用改进的 DNA 提取方法进行毒素检测。结果：利用聚合酶链式反应（PCR）技术针对管家基因（ddI）进行特异性引物分析，结果显示27.7%（50\180）的UTI病原体为粪肠球菌。大多数分离株含有溶细胞毒素基因（cylL L ），频率为92%（46\50）。结论：UTI中溶细胞毒素阳性分离株的患病率很高，令人担忧，这表明UTI中毒性菌株的广泛传播。改进的基因检测DNA提取方法成功扩增了管家基因（ddI）和毒力基因（cylL L ），可用于溶细胞毒素检测，该方法可用于医疗和研究目的的快速细菌鉴定和基因检测，样本量大，时间短，成本低。
基因组背景 - Moazed 实验室
多梳抑制复合物 1 和 2 (PRC1 和 2) 是发育基因可遗传抑制所必需的。导致哺乳动物多梳抑制表观遗传的顺式和反式因子尚不完全清楚。本文表明，在人类细胞中，异位诱导的最初活跃的发育基因的多梳沉默，而不是普遍表达的管家基因附近，在许多细胞分裂中是可遗传的。出乎意料的是，沉默在 PRC2 的胚胎外胚层发育 (EED) 亚基的 H3K27me3 结合口袋发生突变的细胞中是可遗传的，已知突变会破坏 H3K27me3 识别并导致 H3K27me3 丢失。这种遗传模式不太稳定，需要完整的 PRC2 和 PRC1 对 H2AK119ub1 的识别。我们的研究结果表明，Polycomb 沉默的维持对局部基因组环境敏感，并且可以由 PRC1 依赖的 H2AK119ub1 和 PRC2 介导，而不依赖于 H3K27me3 识别。
人类增强子和启动子序列的兼容性规则
它们的活性如何结合起来控制 RNA 表达仍不清楚。在这里，我们设计了一种高通量报告基因检测方法，称为 ExP STARR-seq（增强子 x 启动子自转录活性调控区测序），并用它来检查人类 K562 细胞中 1,000 个增强子和 1,000 个启动子序列的组合兼容性。我们确定了增强子-启动子兼容性的简单规则：大多数增强子以相似的量激活所有启动子，并且内在增强子和启动子活性相乘地结合起来决定 RNA 输出（R 2 =0.82）。此外，两类增强子和启动子显示出微妙的优先效应。管家基因的启动子含有内置的激活基序，例如 GABPA 和 YY1 等因子，这降低了启动子对远端增强子的反应性。可变表达基因的启动子缺乏这些基序，对增强子表现出更强的反应性。总之，对增强子-启动子兼容性的系统评估表明，通过增强子和启动子类别调整的乘法模型可以控制人类基因组中的基因转录。
一种定量PCR测定法，用于检测和定量开发术，这是意大利开心果叶点的因果因子
Septoria Leaf Spot是影响地中海地区国家的开心果（Pistacia Vera）最广泛的疾病之一。septoria pistaciarum最近被证实是意大利这种疾病的因果因素。目前，检测s。小动物依赖于隔离技术。这些需要大量的劳动和完成时间。此外，除形态观察外，还需要至少两个管家基因进行测序。准确检测存在并量化s。开心果组织中的开枪，需要分子工具。我们设计了适用的引物，可以可靠地扩增β-微管蛋白基因。目标DNA的扩增效率高，成功率为100％，并且该测定能够检测到纯真菌DNA的100 fg/rxn。在植物和病原体DNA的人工混合物中进行测试时，该测定能够以1 pg/ rxn的限制始终检测病原体。该测定也有效地识别自然感染样品中的病原体，从而在所有有症状的标本中快速检测。所得的QPCR分析是改进的检测工具，可准确诊断s。手枪，也可以更好地了解果园病原体的种群动态。
核糖体 DNA 与转座因子之间的动态相互作用：基因组学和细胞遗传学的视角
尽管核糖体 DNA 和转座因子都是基因组的显著特征，但乍一看，它们都是没有太多共同点的遗传因子：核糖体 DNA 主要被视为管家基因，支持所有主要基因组功能，而转座因子通常被描绘成自私和破坏性的。这些对立的特征也反映在其他属性中：串联组织（核糖体 DNA）与分散组织（转座因子）；协同进化（核糖体 DNA）与多样化进化（转座因子）；延长基因组稳定性的活动（核糖体 DNA）与缩短基因组稳定性的活动（转座因子）。回顾已报道的核糖体 DNA-转座因子相互作用的相关实例，我们注意到两种重复类型至少具有四个结构和功能特征：（1）它们是在进化时间尺度上塑造基因组的重复 DNA，（2）它们交换结构基序并可以进入共同进化过程，（3）它们是严格控制的基因组应激传感器，在衰老/老化中发挥关键作用，以及（4）它们具有共同的表观遗传标记，例如 DNA 甲基化和组蛋白修饰。在这里，我们概述了核糖体 DNA 和转座因子的结构、功能和进化特征，讨论了它们的作用和相互作用，并强调了我们在理解核糖体 DNA-转座因子关联方面的趋势和未来方向。
FXN 通过间接效应表达
弗里德赖希共济失调是一种无法治愈的疾病，由 frataxin (FXN) 蛋白缺乏引起，主要由 FXN 基因内含子 1 中的 GAA 重复扩增引起。在这里，我们鉴定了与 FXN 前 mRNA 第一个内含子内的两个区域互补的反义寡核苷酸 (ASO)，它可以使患者成纤维细胞中的 FXN mRNA 增加约 2 倍。通过在每个区域鉴定多个重叠的 FXN 激活 ASO、两个独立的 RNA 定量分析和多个管家基因的标准化，证实了 FXN mRNA 的增加。对删除 ASO 结合位点的细胞进行的实验表明，ASO 诱导的 FXN 激活是由间接效应驱动的。 RNA 测序分析表明，两种 ASO 诱导了相似的转录组范围变化，与野生型细胞的转录组不同。这种 RNA 测序分析未识别出 ASO 之间共有的直接碱基配对脱靶基因。错配研究确定了 ASO 中 FXN 激活所需的两个富含鸟苷酸的基序 (CCGG 和 G 4 )。我们的 ASO 的磷二酰胺吗啉寡聚体类似物不会激活 FXN，这表明存在 PS 骨架介导的效应。我们的研究表明，在采用基因激活等新机制的寡核苷酸研究中，多个详细的对照实验和靶标验证非常重要。
根际杆菌杆菌的生物活性与抗生素抗生素抗生素抗生素
这项研究的重点是从巴格达市的根际土壤中分离出的鲍曼尼杆菌产生和纯化的铁载体，并与所选抗生素进行独立和结合评估其生物活性。使用Chrom琼脂，生化和生理测试进行细菌鉴定，并通过PCR扩增16S rDNA管家基因确认。在培养琥珀酸酯肉汤中的细菌后，使用乙酸乙酯提取铁载体，并通过HPLC纯化，在403 nm的波长下检测到。从下呼吸道感染中获得了总共38种细菌分离株，包括大肠杆菌，肺炎克雷伯氏菌，铜绿假单胞菌，铜绿杆菌，baumanniii，金黄色葡萄球菌，金黄色葡萄球菌和塞拉蒂亚和srratia marcesencens。用13种抗生素进行的抗生素敏感性测试显示，氨苄西林（65.7％）和头孢曲松（63.1％）的抗性率最高，而使用amikacin（15.7％）观察到最低的耐药性。对铁载体的协同活性与头孢曲松，头孢嗪和庆大霉素相结合，以针对多剂量抗性（MDR）分离株进行了测试。通过铁载体和庆大霉素与金黄色葡萄球菌的结合观察到了最显着的抗菌活性，而对鲍曼尼曲霉的效果最小。总之，从下呼吸道感染中成功鉴定出38种细菌分离株。铁酚与庆大霉素的结合表现出对金黄色葡萄球菌的显着抗菌活性，但对鲍曼尼曲霉的作用无效。
摘要。 Al-Amili ML，Al-Jobori KM。 2025。评估糖glabra glabra glabra和Syzygium芳族提取物对Stre
摘要。al-amili ml，al-jobori km。2025。评估糖果症患者中甘露氏菌glabra和芳族芳香族提取物对链球菌突变基因表达的影响。生物多样性26：418-423。龋齿主要与链球菌突变有关，是最广泛的疾病之一，尤其是在伊拉克等发展中。甘草（Glycyrrhiza glabra）和丁香（Syzygium芳香族）是具有巨大经济价值和抗菌特性的植物，它们有可能作为化学合成抗生素药物的替代品。这项研究旨在通过使用RT-QPCR对GTFB和GTFD的基因表达分析来评估G. glabra和芳香族提取物对链球菌的抗菌活性，并将其与抗生素，漱口水和牙膏的作用进行比较。总共不包括该方法或提供有关子MIC的详细信息，因为它是在另一份期刊上分别作为第二项研究出版的。100个标本是从伊拉克梅桑市的Hay al-Hussein Specialize Center临床诊断的患者临床诊断的患者中收集的。RNA，并反转录为互补DNA（cDNA）。定量聚合酶链反应（QPCR），以使用管家基因16S rRNA作为内部对照来分析GTFB和GTFD基因的表达。分析评估了甘草提取物，丁香提取物，联合提取物，以下抑制浓度（亚MIC）和Lacalut牙膏对链球菌的影响。RT-QPCR结果表明，与其他处理相比，丁香提取物显着降低了GTFB的表达，倍数变化为0.178、0.454和0.191。甘草提取物特别抑制了GTFD表达，分离株74、80和46的倍数变化分别为0.215、0.390和0.003。这些发现表明植物提取物抑制了特定的生物膜相关基因，而不必降低整体细菌生长。因此，这些天然提取物可以作为创新的天然抗扁平剂。
多物种感染期间细菌病原体动态
软腐果杆菌（SRP）收集了30多种细菌物种，通过产生和分泌大量的植物细胞壁降级酶（PCWDES），共同腐烂了广泛的植物。全球马铃薯领域调查在有症状的植物和块茎上确定了15种不同的SRP物种。在空间和时间上观察到的每种物种的丰度都会有所不同，而在爆发过程中驱动物种转移的机制尚不清楚。此外，经常观察到多种物种感染，并且这些共同感染的动力学不充分理解。要了解共同感染的含义，我们建立了16个不同的合成群落的6个SRP菌株的合成群落。每个经过测试的社区中存在的细菌代表了2种不同的物种，每个物种有3种菌株。这些群落被接种在马铃薯块茎或合成介质中，其结果随后进行了扩增和散发性管家基因GAP A GAP A的分化和光明测序。我们还比较了混合物种感染和单物种感染期间马铃薯块茎中疾病的发病率和细菌繁殖。一种无法诱导马铃薯散发性的物种有效地维护，并最终在某些测试的社区中占主导地位，表明作弊可以塑造主导物种。建模表明，PCWDES生产和分泌的成本，马铃薯降解的速度以及降级底物的差异率可能有利于作弊者物种。拮抗相互作用是特定的菌株，而不是物种。在马铃薯块茎和合成培养基之间存在差异的结果，突出了环境条件的驱动效应，在马铃薯块茎中产生了较高的拮抗相互作用。在某些社区中也观察到毒性干扰，从而使菌株保持对有毒化合物的敏感。总体而言，结果表明，次级竞争，通过营养相互作用和毒性干扰的合作有助于维持SRP多样性。讨论了这些过程对流行病学监测的含义。