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微生物组和代谢组学产品
在所有地理区域中，某些DNA Genotek产品可能不可用。†Omnigene TM•肠道（OM-200）标记为体外诊断使用，在美国不可出售。Omnigene TM•肠道（OMR-200），Omnigene TM•口服（OMR-110/120），Omnigene TM•阴道，综合TM•Saliva（OMR-610）和Omnigene TM•皮肤仅用于研究，不适用于诊断过程。Omnigene，Omnimet和DNA Genotek是DNA Genotek Inc.专利的商标（www.dnagenotek.com/legalnotices）©2023 DNA Genotek Inc.是Orasure Technologies，Inc.，Inc.，Inc。，保留所有权利。MK-01281第3/2023-01号
集成的转录组和代谢组分析...
©作者2025。Open Access本文在创意共享属性下获得许可 - 非商业 - 非洲毒素4.0国际许可证，该许可允许以任何中等或格式的任何非商业用途，共享，分发和复制，只要您与原始作者提供适当的信誉，并为您提供了符合创造性共识许可的链接，并提供了持有货物的启动材料。您没有根据本许可证的许可来共享本文或部分内容的适用材料。本文中的图像或其他第三方材料包含在文章的创意共享许可中，除非在信用额度中另有说明。如果本文的创意共享许可中未包含材料，并且您的预期用途不受法定法规的允许或超过允许的用途，则您需要直接从版权所有者那里获得许可。要查看此许可证的副本，请访问h t p：//c r e a t i v e c o m m o ns。or g/l i c e n s e s/b y-n c-n c-n c-n d/4。0/。
肠道微生物组和代谢组签名...
研究亮点•肠道微生物营养不良与肝硬化进展显着加剧，这是特定微生物和代谢产物的同时发生的变化。有趣的是，肝硬化诱导的肠道和代谢产物的转移增加与与肝硬化相关的临床标记密切相关。这项研究扩大了针对特定肝硬化相关并发症的肝硬化生物标志物的范围。此外，这项研究高点肝硬化患者的粪便微生物和代谢标志物的相关性与临床标志物紧密相关，例如MELD和CTP评分，以及AST，ALT，ALT，ALT，胆红素和γ-GT水平。这些发现增强了我们对肝硬化中肠道微生物组的理解及其与相关的微生物物种和代谢产物的联系。
lfqratio：一种标准化方法，用于破译微生物共培养系统中的定量蛋白质组变化
摘要：合成微生物群落在生物技术中的价值因其承担比单一培养更复杂的代谢任务的能力而受到关注。但是，通常需要对应变相互作用，生产率和稳定性进行彻底的了解，以优化生长并扩大培养。定量蛋白质组学可以为微生物菌株如何适应生物制造的变化条件提供宝贵的见解。但是，当前的工作流和方法不适用于应变比是动态的简单人工共培养系统。在这里，我们使用包含两个成员Azotobacter Vinelandii和Synechococcus Elongatus的示例系统建立了共培养蛋白质组学的工作流程。研究了影响共培养蛋白质组学定量准确性的因素，包括肽物理化学特征，例如分子量，等电点，疏水性和动态范围，以及与蛋白质鉴定有关的因素，例如蛋白质体大小和种群之间的共享肽。在蛋白质和细胞水平上评估了基于光谱计数和强度的不同定量方法。我们提出了一种名为“ LFQRATIO”的新归一化方法，以反映两种不同细胞类型的相对贡献，这些细胞类型从共培养过程中出现的细胞比率变化出现。lfqratio可以应用于实际共培养蛋白质组学实验，从而为每个菌株中定量蛋白质组变化提供准确的见解。关键字：微生物共培养，定量蛋白质组学，无标签定量，synechococcus，Azotobacter■简介
“与人类一起进化的下一代人工智能相关的技术开发项目”...
・Osaka University ・University of Electro-Communications ・ChiCaRo Inc. ■Development of an online language-learning support AI system that grows with people ・Waseda University ■White-boxing deep learning using a modular model ・Tokyo Institute of Technology ・GE Healthcare Japan, Inc. ①-3 Development of fundamental technologies for AI that learns by understanding human intentions and knowledge ■Development of a platform to support the creation of interactive story-type content ・Keio University ・Future University Hakodate ・Tezuka Productions Co., Ltd. ・University of Electro-Communications ・University of Tokyo ・Historia Inc. ・Rikkyo Gakuin ・Ales Inc. ■Research and development of human-centered artificial intelligence technology embedded in the real world ・National Institute of Advanced Industrial Science and Technology ■Development of fundamental technologies for human-collaborative AI that supports the actualization and transfer of experts' tacit knowledge ・Kyoto University ・National Institute of Advanced Industrial Science and Technology ・Mitsubishi Electric Corporation ■Research and development of explainable autonomous interaction AI and its application to childcare and developmental support (※Spanning ①-2 themes) ・Osaka University ・University of Electro-Communications ・ChiCaRo Inc. ■AI that evolves with people・株式会社英语：在线教育平台的开发・认知研究实验室，・京都大学■开发语义创作平台，以提高人类与AI o oki oki oki oki oki oki oki oki oki oki oki oki tohoku tohoku tohoku University ・ nagoya nagoya技术Tokai国家高等教育和研究系统・那高雅大学，Tokai国家高等教育和研究系统■使用AI和VR ・ Kansai大学的分子机器人共同创造环境的研究和开发・分子机器人Institute Co.，Ltd.建立产品信息数据库的研究和开发■建立产品信息数据库的研究和开发・ Arthur D. Little Japan Inc. ・软银公司・软银银行公司，Panasonic Connect Co.工业科学技术
“与人类共同进化的下一代人工智能技术开发项目”……
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人工智能和机器人将共同进化，实现自主学习和行动。
①至③都是以AI与机器人融合、共同进化为目标的研发，我们将在充分合作的同时，进行AI基础技术、机器人技术等的研发。 此外，我们还将推进旨在实现我们目标的研究和开发，整合各种知识和想法，并设置评估阶段的门槛。 此外，从研究成果顺利落地到社会的角度来看，我们将考虑建立一个允许各个领域的研究人员参与解决伦理、法律和社会问题的制度。 （3）实现目标的研发方向 ○2030年 ①开发出一种在一定规则下协同工作、并且90%以上的人不会感到不舒服的人工智能机器人。 ② 开发旨在自动发现特定问题的科学原理和解决方案的人工智能机器人。 ③ 开发在特定情况下在人类监督下自主运行的人工智能机器人。 ○ 2050年 ①开发出不会让人感到不舒服、具有与人类同等或更强的身体能力、与人一起成长的人工智能机器人。 ②在自然科学领域，开发自主思考、自主行动、自动发现科学原理和解决方案的人工智能机器人系统。 ③ 开发能够自主决策、自行行动、能够在人类难以发挥作用的环境中生长的人工智能机器人。为了在2050年创造出能够自主学习、行动和成长的机器人，需要开发技术要素，并通过它们的融合和共同进化来实现模块化和系统化。为了快速实现这些目标，有效的方法是聚集被认为有前景的技术要素，以实现服务场所和行业对机器人技术和机器人功能的需求，促进研究和开发以将它们融合和共同进化，并构建一个平台来确认它们的功能。图 3 显示了通过实现这一研发理念所实现的登月目标。
枳果梗多糖调节谷氨酸代谢和紧密连接蛋白表达改善酒精 ...
摘 要 ： 目的：本研究旨在明确枳椇果梗多糖（ HDPs ）对酒精暴露所致的小鼠神经行为异常的改善效果，并探究谷 氨酸代谢和紧密连接蛋白表达在其中的作用。方法：雄性 C57BL/6 小鼠按 114 μL/20 g 剂量连续酒精灌胃 14 d ，建 立酒精暴露模型，同时设置干预组进行 HDPs 干预（ 114 μL/20 g 酒精 +100 mg/kg HDPs ）。应用行为学实验（旷场 实验、高架十字迷宫实验）评估神经行为学变化，采用气相色谱法测定小鼠血液中乙醇浓度， γ -H2AX 荧光检测小 鼠脑海马组织 DNA 损伤，免疫组化分析检测小鼠脑组织中紧密连接蛋白 Claudin-1 和 ZO-1 的表达，并通过超高 效液相色谱 - 四级杆飞行时间质谱法（ UPLC-Q-TOF-MS ）代谢组学技术对小鼠脑组织代谢物进行分析。结果： HDPs 可有效降低酒精暴露小鼠血液乙醇浓度，由 4.69±0.29 g/L 降至 1.64±0.104 g/L ；改善酒精暴露所致的小鼠神 经行为异常，旷场实验中，与酒精组相比， HDPs 干预组总路程显着提升至 27340±3304 cm （ P <0.05 ），平均速度 显着提升至 67.4±13.4 cm/s （ P <0.05 ），不动时间缩短 29% （ P <0.05 ）；高架十字迷宫实验中，与酒精组相比， HDPs 干预组闭臂停留时间显着减少至 195.6±10.3 s （ P <0.05 ），开放臂进入次数显着增加 26% （ P <0.05 ））；还 可降低酒精诱导的脑组织氧化应激与 DNA 损伤水平， ROS 、 MDA 分别降低 5.4% 、 29.5% （ P <0.05 ）， T-AOC 提 高 10.9% ，上调脑海马组织中 Claudin-1 （ 2.2 倍）和 ZO-1 （ 0.1 倍）蛋白的表达；并调节脑组织谷氨酸代谢通路， 提高甘氨酸（ 19.7% ）、谷光甘肽（ 25% ）、琥珀酸（ 22.6% ）等代谢物水平。结论： HDPs 可有效改善酒精对小鼠 神经行为的影响，其机制或可能通过抗氧化、保护紧密连接蛋白和调节谷氨酸代谢通路发挥作用，研究结果可为 扩展枳椇资源在食品领域中的应用提供理论依据。
组异质性
尽管有几种备受瞩目的最先进的方法可用，但分析批量RNA-Seq数据仍在面临重大挑战。最近的研究的证据表明，流行的差异表达（DE）工具（例如EDGER和DESEQ2）容易受到惊人的错误发现率（FDR）的影响。这些研究表明，在这些模型中观察到的FDR通货膨胀可能归因于诸如违反参数假设的问题或无法有效处理数据中的异常值。在这里，我们认为群体异质性也可以促进这一提升的FDR，这一现象在很大程度上被研究界忽略了。我们介绍了一种新型的统计模型Robseq，该模型旨在在差异分析中有效的每种功能建模，当时是当群均均一的假设未得到满足时。Robseq利用了稳健的统计文献中建立的统计机制，包括M估计量来稳健地估计基因表达水平变化和Huber-Cameron方差估计器来计算异性设置中的鲁棒标准误差。此外，出于推理目的，它还结合了Welch T统计量的自由度调整，有效地解决了RNA-Seq差异表达中FDR通胀的问题。通过详细的模拟和全面的基准测试，我们表明Robseq成功地将错误的发现和I型错误率保持在名义级别，同时与众所周知的DE方法相比保留了高统计能力。对种群级RNA-seq数据的分析进一步表明，Robseq能够鉴定出与复杂人类疾病有关的具有生物学上重要的信号和途径，这些信号和途径涉及复杂的人类疾病，否则这些信号和途径否则无法通过已发表的方法揭示。Robseq的实现可在https://github.com/schatterjee30/robseq上公开提供。
