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个人简历 - 结构化纳米光子学组
专业参与编辑 2024 结构光专题特邀编辑——光子学研究。 2024-国际极限制造杂志青年编辑委员会成员。 2022-2023 APL 光子学早期职业编辑顾问委员会。 领导力 2025 ANZOS 理事会秘书。 2024-2026 OPTICA 光子超材料技术组主席。 2021/2022 OPTICA (前身为 OSA) 悉尼地方分会秘书。 2020 OSA 光子超材料技术组活动官员。 会议/研讨会组织/主持 2025 “平面光学” 2025 Optica 设计与制造大会（项目委员会）。 2025 PIERS 会议重点会议（联合主席）。 2024 PIERS 会议重点会议（联合主席）。 2023 ANZCOP 结构光重点会议（联合主席）。2023 CLEO US（3 个专题会议主持人）。2023 Optica 先进光子学大会（新型材料小组委员会）。2022 iCANX 演讲小组成员。2022 光子材料 3D 打印研讨会（AIP 会议）。2022 OPTICA（前身为 OSA）拉丁美洲光学和光子学会议。2021 WILEY 光子学与先进智能系统国际会议。2021 MQ 光子学研讨会（联合主席）。2021 ANZCOP 会议。2018 CUDOS 纳米等离子体前沿研讨会。2017 RMIT 大学塞尔比公开讲座。定期评审 顶级国际期刊的审稿人，包括 Nature、Science Advances、Nature Photonics、Nature Nanotechnology、Nature Communications、Nature Electronics、Physical Review Letters、Light Science & Applications、Communications Physics、eLight、Optica、Advanced Materials、Nano Letters、ACS Photonics、ACS Applied Nano Materials、APL Photonics 和 Nanophotonics 等。 会员资格
人工智能应用于肝病组学数据
生物技术的快速发展导致了大量多组学数据的产生，这需要生物信息学和人工智能的进步，以实现计算建模来诊断和预测临床结果。传统的机器学习和新的深度学习算法都会公正地筛选现有数据以发现模式并创建可用于指导临床决策的模型。我们总结了已发表的文献，这些文献介绍了使用在组学数据集上训练的人工智能模型（包含和不包含临床数据）来诊断、风险分层和预测非恶性肝病患者的生存能力。在选定的研究中，总共测试了 20 种不同的模型。通常，将组学数据添加到常规临床参数或单个生物标志物中可以提高人工智能模型的性能。例如，使用 NAFLD 纤维化评分来区分 F0-F2 与 F3-F4 纤维化阶段，曲线下面积 (AUC) 为 0.87。当通过 GMLVQ 模型整合代谢组学数据时，AUC 大幅提高至 0.99。在另一项研究中，使用 RF 对多组学和临床数据预测 NAFLD 进展为 NASH 的结果为 0.84，而仅使用临床数据时的结果为 0.82。使用 RF、SVM 和 kNN 模型对基因组学数据进行分类以对慢性乙型肝炎的免疫耐受期进行分类的结果为 0.8793–0.8838，而使用各种血清生物标志物时的结果为 0.6759–0.7276。总体而言，与仅基于临床参数建立的模型相比，整合组学可以提高预测性能，表明个性化医疗在临床环境中具有潜在用途。
基因组和转录组学表征揭示...
结果 TP53 和 DNMT3A 突变是最常见的突变。在我们队列中检测到了在 HGESS（ ZC3H7B- BCOR 和 NUTM2B-YWHAE ）和 LGESS（ JAZF1-SUZ12 ）中常见的经典融合。CCND1 在 HGESS 中显著上调，而编码雌激素受体 (ER) 和孕激素受体 (PR) 的 GPER1 和 PGR 的表达在 HGESS 和 LGESS 之间没有显著差异。60% 的 HGESS 患者检测到了富集同源重组修复、细胞周期和磷酸肌醇 3-激酶/AKT/哺乳动物雷帕霉素靶蛋白途径的可操作突变。HGESS 中上调表达的基因在 5 个免疫相关途径中显著富集。大多数 HGESS 患者（85.7%）具有免疫治疗疗效的阳性预测因子。免疫微环境分析显示HGESS具有较高的免疫浸润程度，其中ZC3H7B-BCOR融合的HGESS患者免疫浸润程度相对高于NUTM2B-YWHAE融合的患者。
基因组蛋白质组学分子测试
• Satellite DNA (low complexity DNA) is ubiquitous and in some Eucharistic species it represents up to 50% of the total DNA • The minisatellites consist of repeated units of up to 50 times: their use for the genotyping of the primates dates back to the 70s (Smith, Science, 1976) • The microsatellites were used for the genotyping of the live since 1993 （Thomas and Scott，Tag，1993）
从液体活检到新组学技术
摘要：内皮具有多种功能，包括维持血管稳态和为组织提供营养和氧气，在不利条件下引起炎症并决定内皮屏障破坏，从而导致功能障碍。内皮功能障碍是一种常见疾病，与心血管系统所有疾病以及人体所有其他系统疾病的发病机制有关，包括脓毒症、急性呼吸窘迫综合征和 COVID-19 呼吸窘迫。这些证据有助于确定潜在的生物标志物和治疗靶点，通过及时治疗内皮功能障碍来保持、恢复或恢复内皮的完整性和功能。本文探讨了一些实现这些目标的策略，尽管存在各种挑战，需要大量基础工作和更多临床研究。
高通量代谢组学预测药物
化学探针是了解生物系统的重要工具。然而，由于靶标和潜在化合物的组合空间巨大，传统的化学筛选无法系统地应用于寻找所有可能的药物靶标的探针。在这里，我们展示了一个克服这一挑战的新概念，即利用高通量代谢组学和过表达来预测药物-靶标相互作用。收集了用来自化学库的 1,280 种化合物处理的酵母的代谢组谱，并将其与可诱导的酵母膜蛋白过表达菌株的代谢组谱进行比较。通过匹配代谢组谱，我们预测了哪些小分子靶向哪些信号系统并恢复了已知的相互作用。在所研究的 86 个基因中生成了药物-靶标预测，包括难以研究的膜蛋白。测试和验证了这些预测的一个子集，包括布洛芬对 GPR 1 信号的新靶向。这些结果证明了使用高通量代谢组学预测真核蛋白的药物-靶标关系的可行性。
epizoic seisonidea的基因组学和转录组学（...
背景：Seisonidea（也是Seisonacea或Seisonidae）是一群生活在海洋甲壳动物（Nebalia Spec。）到目前为止仅描述了四个物种。它的单系起源是主要是自由活动的轮动物（单核，bdelloidea）和内寄生虫棘手的蠕虫（acanthocephala）。然而，rotifera-acanthocephala进化枝（rotifera sensu lato或syndermata）内部的系统发育关系受到持续的争论，这是我们对基因组和生活方式如何发展的理解的后果。为了获得新的见解，我们分析了基因组和主要分类单元Seisonidea的转录组的初稿。结果：对GDNA-SEQ和mRNA-SEQ数据的分析发现了法国通道海岸附近的塞森·尼巴里亚·格鲁伯（Seison Nebaliae Grube）的两个遗传学谱系。尽管基因顺序相同，但他们的线粒体单倍型仅具有82％的序列身份。在核基因组中，不同基因紧凑性，GC含量和密码子的用法反映了不同的弦。单倍体核基因组跨越大约。46 MB，其中96％被重建。根据约23,000个超级转录，S。nebaliae中的基因编号应在rotifera-acanthocephala的其他成员发布的范围内。与此相一致，在nebaliae基因组组装中的后唑核直系同源物和ANTP型转录调节基因在所分析的其他组件中相应数量之间。我们还提供了证据表明，旋转 - acanthocephala中seisonidea的基础分支可以反映出对外组的吸引力。因此，通过重建的祖先序列生根，导致了Hemirotifera（bdelloidea+Pararotatoria）内的单系寄生虫（Seisonidea+acanthocephala）。
肿瘤免疫疫苗组学的艺术
图 2. 癌症免疫治疗策略的发展和进展。第一代癌症免疫疗法包括但不限于免疫刺激细胞因子，旨在激活免疫系统，从而促进同时发生的抗肿瘤反应。第二代癌症免疫疗法包括但不限于 CAR-T 细胞、免疫原性细胞死亡 (ICD) 诱导剂和 ICP 抑制剂，旨在阻断特殊的免疫抑制分子、诱导精确的细胞过程或针对特定的肿瘤细胞，从而诱导可控的抗肿瘤反应。第三代癌症免疫疗法包括但不限于 TIME 和 ICP 的共同靶向，旨在同时阻断负免疫调节的各个方面，从而产生安全有效的抗肿瘤反应 [10]。摧毁体内的癌前或恶性细胞。简而言之，免疫监视