XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search System组氨酸
PRPE，一种来自枯草芽孢杆菌的PPP蛋白磷酸酶，具有异常的底物
蛋白质磷酸化或去磷酸化是在所有生物体中发现的信号传递的重要机制。多年来，蛋白激酶和磷酸酶的性质被认为在原核生物和真核生物中是不同的。证明主要发生在组氨酸和天冬氨酸残基上，而相反，通常在丝氨酸，苏氨酸或酪氨酸残基上修饰真核蛋白。然而，近年来在细菌中报道了真核样蛋白激酶和磷酸酶，相反，在真核生物中发现了原核性蛋白质的ASP酶的同源物（有关评论，请参见[1-7]）。这些研究表明，真核生物和原核生物可能具有所有类型的信号转导的相似机制。蛋白磷酸酶可以根据其酶特异性（即促磷酸酶和Tyr磷酸酶）分为两组[8,9]。ser} THR磷酸酶在ITRO中显示出广泛的特异性，并已分为四类：PP1，PP2A，PP2B和PP2C，根据保守的基序，它们对抑制剂和离子的抑制剂和离子需求的敏感性[9-11]。氨基酸序列比较表明PP1，PP2A和PP2B是同一PPP家族的成员[10]。PPP家族代表了较高的真核生物中蛋白质ser}的最大蛋白质ser} [12]。这些酶还与对称的折断氨酸四磷酸酶具有序列相似性[13]。被识别的PPP家族的第一个原核生物是噬菌体λ221的乘积[14]。目前，几个成员在ARCHEA和细菌中均已详细介绍[15-19]。但是，关于生理学的数据很少
耐链霉素结核分枝杆菌的全基因组 DNA 甲基化、转录组和蛋白质组概况
耐链霉素（SM）的结核分枝杆菌（ M . tuberculosis ）是结核病（TB）治疗中关注的焦点，但其具体的耐药机制尚不清楚。本研究主要通过多基因组学的联合分析，对链霉素耐药相关基因进行初步筛选。通过全基因组甲基化、转录组和蛋白质组分析，阐明结核分枝杆菌H37Rv中特定基因与链霉素耐药性的关联。甲基化分析显示，SM耐药组与正常组之间有188个基因存在差异甲基化，其中89个基因为高甲基化，99个基因为低甲基化。功能分析显示，这188个差异甲基化基因富集在74条通路中，多数富集在代谢途径中。转录组分析显示耐药组与正常组之间有516个差异表达基因，其中显著上调和下调的基因分别有263和253个。KEGG分析表明这516个基因富集在79条通路上，大多数基因富集在组氨酸代谢途径，甲基化水平与mRNA丰度呈负相关。蛋白质组分析发现56个差异表达蛋白，其中14个上调，42个下调。此外，通过综合分析获得了3个枢纽基因（coaE、fadE5和mprA）。本研究结果提示，整合的DNA甲基化、转录组和蛋白质组分析可为SM耐药结核分枝杆菌H37Rv的表观遗传学研究提供重要资源。
双 pH 响应和肿瘤靶向纳米粒子 - ...
目的：为突破各级生物屏障，提高siRNA的递送效率，通过组氨酸、胆固醇修饰的羧甲基壳聚糖与抗EGFR抗体（CHCE）自组装，制备了一种多功能siRNA递送系统（CHCE/siRNA纳米粒）。方法：通过动态光散射和扫描电镜检测CHCE/siRNA NPs的形貌；体外通过流式细胞术和共聚焦激光扫描显微镜评估其肿瘤靶向性、细胞摄取和内体逃逸能力，证实了CHCE/siRNA NPs的基因沉默和细胞杀伤能力；体内通过IVIS成像系统检测CHCE/siRNA NPs的生物分布，并证实了NPs在裸鼠肿瘤模型中的治疗效果。结果：CHCE/siRNA NPs呈纳米球形，粒径分布窄。体外实验中，CHCE/siRNA NPs 兼具肿瘤靶向性和 pH 响应性的双重功能，能够促进细胞结合、细胞摄取和内体逃逸，可有效沉默血管内皮生长因子 A (VEGFA)，引起细胞凋亡并抑制增殖。体内实验中，CHCE/siRNA NPs 可靶向肿瘤部位，敲低 VEGFA，达到更好的抗肿瘤效果。结论：成功制备了一种兼具肿瘤靶向性和 pH 响应性的新型 siRNA 递送系统，该系统可突破生物学屏障，深入肿瘤，达到更好的肿瘤治疗效果，为 siRNA 提供了一种新的理想递送平台。关键词：多功能羧甲基壳聚糖，靶向递送，内体逃逸，基因沉默，抗肿瘤治疗
裸露的二氧化硅作为亲和纯化的替代基质/...
基于低成本、储量丰富且环保的亲和基质的“绿色”蛋白质纯化/固定工艺非常可取。未改性的二氧化硅基质非常适合这些需求。由于富含组氨酸的二氧化硅结合肽经常在生物淘选实验中分离，因此这项工作旨在评估使用裸露二氧化硅作为纯化/固定 His 标记蛋白质的替代基质的可行性。对纯化的 His6 标记 EGFP 进行的吸附和解吸研究表明，在测试条件下，不同大小和孔隙率的裸露二氧化硅颗粒会结合，并且可以使用含有 L-精氨酸/L-赖氨酸的环保洗脱液进行洗脱。未标记的 EGFP 不会与这些基质结合。小规模批量纯化方案使用 Davisil 643 或 646 级硅胶作为亲和基质，Tris 缓冲盐水洗脱液中含有 0.5 M L-精氨酸 (pH 8.5)，仅经过一个洗脱步骤，便可从大肠杆菌裂解物中纯化出纯度高达 96% 的 His6-EGFP，回收率约为 70%。用二氧化硅结合肽 Car9 标记的 EGFP 以类似的纯度和产量回收。其他 His 标记蛋白也可以纯化到类似的纯度水平。该批量纯化方案的规模被证明是可扩展的。这些结果表明，未改性的二氧化硅基质可用于有效纯化 His 标记蛋白。由于双标记 His6-EGFP-Car9 的回收率仅为 30 – 55%，因此标签组合对于固定化目的而言是有利的。
利用 CRISPR 介导的全基因组筛选鉴定转录因子 Miz1 是白喉毒素生物合成的重要调节因子
白喉酰胺是一种独特的翻译后修饰组氨酸残基（所有哺乳动物中的 His 715），仅存在于真核生物延伸因子 2 (eEF-2) 中。白喉酰胺的生物合成是最复杂的修饰之一，由从酵母到人类都保留的蛋白质因子执行。白喉酰胺不仅对正常生理学至关重要（例如确保 mRNA 翻译的保真度），而且还被细菌 ADP 核糖基化毒素（例如白喉毒素）用作其发病机制中的分子靶点。利用白喉酰胺生物合成缺陷的细胞对 ADP 核糖基化毒素具有抗性的观察结果，在过去的四十年中，已鉴定出七个白喉酰胺生物合成必需基因（Dph1 至 Dph7）。这些技术上不饱和的筛选提出了一个问题，即白喉酰胺生物合成是否需要其他基因。在本研究中，我们在人类细胞中进行了两次独立的、饱和的、全基因组 CRISPR 敲除筛选。这些筛选确定了所有以前已知的 Dph 基因，并进一步确定了含有 BTB/POZ 结构域的转录因子 Miz1。我们发现 Miz1 是白喉毒素生物合成所必需的，因为它在 Dph1 表达的转录调控中起着作用。从机制上讲，Miz1 通过进化保守的共识结合位点与 Dph1 近端启动子结合以激活 Dph1 转录。因此，这项工作表明 Dph1-7 以及新发现的 Miz1 转录因子很可能代表了 eEF2 上白喉毒素修饰所需的必需蛋白质因子。
CUTR和肌动蛋白在分泌应力反应中的作用的证据M145
收到2023年5月19日； 2023年6月20日接受；于2023年7月7日出版了作者分支：1分子微生物学系，约翰·英恩斯中心，诺里奇，诺里奇研究园，NR4 7UH，英国； 2部门生物化学和代谢，蛋白质组学设施，约翰·英恩斯中心，诺里奇，诺里奇研究园，NR4 7UH，英国。*信函：巴里·威尔金森（Barrie Wilkinson），巴里（Barrie）。 Matthew I. Hutchings，Matt。Hutchings@jic。Ac。UKUK关键词：链霉菌；抗生素； actinorhodin;分泌压力；两个组件系统；蛋白质分泌；蛋白质组学。缩写：BGC，生物合成基因簇； DH2O，去离子水； DNA，Difco营养琼脂； DNAD，Difco营养琼脂，补充了D-葡萄糖； NEB，新英格兰Biolabs； QRT-PCR，定量逆转录聚合酶链反应； RR，响应调节器； Sccutrs，S。CoelicolorCutrs； SEC，综合分泌途径； Sgrna，合成指南RNA； SK，传感器组氨酸激酶； Svcutrs，委内瑞拉·卡特斯； TCS，两个组件系统； TMT，串联质量标记； VKOR，维生素K环氧还原酶。芯片SEQ数据登录号= GSE225370（GEO）。TMT蛋白质组学登录号= PXD040579（Pride）。†这些作者对这项工作也同样贡献了本文的在线版本提供补充表。001358©2023作者
HPV 血清学实验室 SOP 模板
试剂部分 # 5X 洗涤缓冲液 10 1X 洗涤缓冲液 11 HPV 包被缓冲液 12 DPBS 和 0.2% TWEEN® 20 (DPBS_0.2T) 13 2N H 2 SO 4 14 0.36NH 2 SO 4 15 柠檬黄溶液 16 293TT 解冻培养基 (293TT TM) 17 293TT 维持培养基 (293TT MM) 18 293TT 冷冻培养基 (293TT FM) 19 70% 乙醇 20 293TT VLP/PsV 转染培养基 (DMEM-TF/DMEM-10A) 21 293TT VLP 转染混合培养基 (DMEM 2%) 用于 Transporter 5 22 293TT VLP 转染混合培养基 (DMEM SF) 用于 PEI 23 DPBS-MGCl 2 10mM A/A (DPBS_MgCl_AA) 24 10% Brij58 25 DPBS/0.8M 盐缓冲液 (DPBS_0.8M) 26 46% OptiPrep 27 27% OptiPrep 28 33% OptiPrep 29 39% OptiPrep 30 293TT 假病毒中和试验培养基 (PBNA_M) 31 1M 硫酸铵 32 HPV VLP 转染裂解缓冲液 33 HPV 假病毒 (PsV) 转染裂解缓冲液 34 DPBS+1%BSA (稀释剂) 35 10% TWEEN® 20 (10_T20) 36 PBS+0.05% TWEEN® 20 (PBS_0.05T) 37 PEI 含5% 葡萄糖 (PEI) 38 DPBS/0.5M 盐缓冲液 (DPBS_0.5M) 39 50 MG Sulfo-NHS 40 DPBS+1% Triton X-100 (DPBS_1%TX) 41 50mM MES 42 组氨酸储存缓冲液 43 鞘液 44 PBST-BSA 缓冲液 (PBST_BSA_PAK) 使用干粉包 45 PBST-BSA 缓冲液 (PBST_BSA) 46 PBS+0.05% TWEEN® 20 (Luminex_Wash) 47 板涂层 48 封闭缓冲液 49 Luminex 珠储存缓冲液 50
新发现的金黄色葡萄球菌丝氨酸水解酶探针和药物靶点
抗生素耐药性是公共卫生面临的一大挑战，过去的一年里这一问题愈演愈烈 [1, 2]。对于由细菌病原体金黄色葡萄球菌引起的感染尤其如此，这种感染是导致死亡的主要原因，通常与社区获得性耐药菌株 (MRSA) 有关 [3]。这就迫切需要找到新的解决方案，以便有效地诊断和治疗，克服耐药性，避免抗生素库的耗尽。需要金黄色葡萄球菌内的新蛋白质靶点来开发有效的诊断探针，既可用于成像应用，也可用于治疗策略，以阻断细菌的生产性感染，而不会迫使生物体选择耐药突变体。基于氟膦酸酯的活性探针在促进生物膜生长的条件下，鉴定出金黄色葡萄球菌中十种以前未鉴定的活性丝氨酸水解酶，这可以满足这一需求。这些酶被命名为氟膦酸酯结合水解酶 (Fphs)，每个酶的字母顺序取决于其预测大小 (52 kD FphA – 22 kD FphJ) [4]。它们都是 α/β 水解酶超家族的成员，其特点是核心由八个 β 链组成，这些 β 链由几个 α 螺旋连接，活性位点为丝氨酸-组氨酸-天冬氨酸或谷氨酸三联体。亲核丝氨酸用于水解底物，小分子可以轻松且特异性地靶向 [5, 6]。一般来说，这些蛋白质在代谢物、肽和脂质的加工中起着重要作用，是控制细胞信号传导和代谢的一种手段；然而，到目前为止，所有 Fphs 的生物学功能仍然未知，只有 FphF 的结构被确定 [6, 7]。它们在生物膜形成条件下的活性状态使它们易于通过化学抑制剂进行修饰，从而开发成探针和药物。这种新化合物
改变了蛋白质动力学和与神经变性相关的UCHL1突变体中的更具反应性催化性半胱氨酸
在早期发作神经退行性患者中检测到的泛素C末端水解酶L1（UCHL1）的突变体UCHL1 R178Q显示出比野生型UCHL1（UCHL1 WT）更高的催化活性。位于活动地点袋中，精氨酸是相互作用网络的一部分，该网络将催化组氨酸保持在不活动的排列中。然而，尚不清楚glutamine取代时酶促激活的结构基础和机制。我们将X射线晶体学，蛋白质核磁共振（NMR）分析，酶动力学，共价抑制分析和生物物理测量结果结合在一起，以描述突变体中的激活因子。虽然UCHL1 R178Q的晶体结构显示出催化残基和活性位点的相同排列，但该突变在化学环境中引起了广泛的变化和30多个残基的动态，有些是距突变部位的15 a远。在HSQC光谱中的主链酰胺谐振的显着拓宽表明，几种残基的主链动力学变化与溶液小角度X-射线散射（SAXS）分析一致，这表明蛋白质动力的总体增加。酶动力学表明，尽管底物的底物略有弱，但激活是由于k猫的效应所致。与此相一致，与野生型酶相比，突变体与底物衍生的不抑制剂UB-VME的反应中显示了更高的二阶速率常数（K INACT /K I），与野生型酶相比，这是一种观察到的，表明在突变剂中具有更复发性的催化性催化性。2024 Elsevier Ltd.保留所有权利。一起，观察结果强调了结构可塑性是促进酶动力学行为的因素，可以通过突变效应调节。
根部代谢物调节有益微生物的模式如何随着不同的放牧压力而变化？
放牧干扰可改变植物根际微生物群落结构，从而改变反馈机制，促进植物生长或诱导植物防御。然而，人们对这种变化在不同放牧压力下如何发生和变化，以及根部代谢物在改变根际微生物群落组成中的作用知之甚少。本研究研究了不同放牧压力对微生物群落组成的影响，并利用代谢组学方法探索了不同放牧压力改变根际微生物组的机制。放牧改变了微生物群落的组成、功能和共表达网络。在轻度放牧（LG）下，一些腐生真菌，如香菇属、Ramichloridium 属、Ascobolus 属。和 Hyphoderma sp. 显著富集，而在重度放牧 (HG) 下，潜在有益的根际细菌，如 Stenotrophomonas sp.、Microbacterium sp. 和 Lysobacter sp. 显著富集。有益的菌根真菌 Schizothecium sp. 在 LG 和 HG 中均显著富集。此外，所有富集的有益微生物都与根系代谢物呈正相关，包括氨基酸 (AA)、短链有机酸 (SCOA) 和生物碱。这表明这些显著富集的根际微生物变化可能是由这些差异性根系代谢物引起的。在放牧压力下，推测根系代谢物，尤其是氨基酸如L-组氨酸，可能调控特定的腐生真菌参与物质转化和能量循环，促进植物生长。此外，为了缓解高放牧压力，提高植物的防御能力，推测根系在放牧干扰下会主动调节这些根系代谢物如氨基酸、中链氨基酸和生物碱的合成，然后分泌它们来促进一些特定的促进植物生长的根际细菌和真菌的生长。总之，禾本科植物可以通过改变根系代谢物的组成来调控有益微生物，在典型的草原生态系统中，不同的放牧压力下，其响应策略也不同。