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World File Search System菌群失调
代谢不健康肥胖相关的菌群失调
肥胖对数百万美国成年人造成不利影响，使他们面临重大健康风险和进一步并发症。肥胖分为两类：代谢健康和代谢不健康。与代谢健康的人相比，代谢不健康的肥胖者表现出代谢综合征的典型症状（如高血压、血脂异常、高血糖、腹部肥胖）。胃食管反流病 (GERD) 常见于所有肥胖人群，不良饮食习惯也是如此。质子泵抑制剂 (PPI) 因其广泛可用，最常用于治疗 GERD 相关的胃灼热和其他症状。在本文中，我们回顾了不良饮食以及短期和长期使用 PPI 如何对胃肠道微生物群产生不利影响并导致菌群失调的证据。与 PPI 使用相关的菌群失调引起的代谢性不健康肥胖 (MUO) 的主要症状包括“肠漏”、全身性低度炎症以及促进代谢健康的短链脂肪酸 (SCFA)（如丁酸）含量减少。本文还讨论了使用益生菌缓解 PPI 引起的菌群失调和 MUO 的好处。
肠道菌群失调及其与儿童慢性疾病的关系
摘要 人体内寄生着多种对生理功能至关重要的微生物，这些微生物的失衡可导致肠道菌群失调，在胃肠道中尤为明显。在生命的最初几年，儿童的肠道微生物群会发生重要变化。肥胖症和糖尿病等慢性疾病会影响成人和儿童，并且可能与菌群失调有关。本次综合文献综述在 BVS、Medline 和 Lilacs 等书目存储库中进行，目的是找出与患有慢性疾病的儿童肠道菌群失调相关的研究，重点关注其患病率和主要影响。研究结果表明，菌群失调与慢性病儿童的胃肠道症状相关，诊断基于临床症状。吸收不良、滥用泻药和饮食不当等因素会导致微生物群失衡。最佳治疗从改变饮食开始，例如补充谷氨酰胺，并可能涉及使用特定的益生菌和抗生素，强调了综合方法管理肠道健康和预防慢性疾病的重要性。因此，结论是，所审查的研究表明，肠道微生物群在多种儿科疾病（如 IBD、T1D、CD、呼吸系统和肝脏疾病、功能性便秘和 CF）的发展和进展中起着至关重要的作用，凸显了肠道菌群失调的重要性和益生菌的治疗潜力，此外还强调需要进一步研究以确定有效的治疗和饮食策略来改善儿童健康。关键词：肠道菌群失调；泻药；微生物组；幼稚。摘要 人体内寄生着多种对生理功能至关重要的微生物，这些微生物的失衡可导致肠道菌群失调，在胃肠道中尤为明显。在生命的最初几年，儿童的肠道微生物群会发生重要变化。肥胖症和糖尿病等慢性疾病会影响成人和儿童，并且可能与菌群失调有关。本次综合文献综述是在 VHL、Medline 和 Lilacs 等书目存储库中进行的，目的是找出与儿童肠道菌群失调与慢性疾病相关的研究，重点关注其患病率和主要影响。研究结果表明，菌群失调与慢性病儿童的胃肠道症状相关，诊断主要基于临床症状。吸收不良、滥用泻药和饮食不当等因素会导致微生物群失衡。最佳治疗始于饮食改变，例如补充谷氨酰胺，并可能涉及使用特定的益生菌和抗生素，强调了采用综合方法管理肠道健康和预防慢性疾病的重要性。因此，结论是，所审查的研究表明，肠道微生物群在几种儿科疾病（如 IBD、T1D、CD、呼吸系统和肝脏疾病、功能性便秘和 CF）的发展和进展中起着至关重要的作用，突出了肠道菌群失调的重要性和益生菌的治疗潜力，此外还强调需要进行更多研究以确定有效的治疗和饮食策略来改善儿童健康。关键词：肠道菌群失调；泻药；微生物群；儿童。
标题：肠道菌群脑瘤诱导的肠道菌群失调调节1
体细胞变体检测是癌症基因组学分析的组成部分。尽管大多数方法都集中在短阅读测序上，但长阅读技术现在在重复映射和变体相位方面具有潜在的优势。我们提出了一种深度学习方法，一种深度学习方法，用于从短读和长阅读数据中检测体细胞SNV，插入和缺失（indels），具有用于全基因组和外显子组测序的模式，并且能够以肿瘤正常，唯一的肿瘤正常，ffpe pppe的样本进行运行。为了帮助解决公共可用培训的缺乏和基准测试数据以进行体细胞变体检测，我们生成并公开提供了一个与Illumina，Pacbio Hifi和Oxford Nanopore Technologies的五个匹配的肿瘤正常细胞线对的数据集，以及基准的变体。在样本和技术（短读和长阅读）中，深度态度始终优于现有呼叫者，特别是对于Indels而言。
BGMDB：一个将肠道菌群失调与脑部疾病联系起来的精选数据库
肠道微生物群通过调节生理稳态和影响各种疾病的发病机制，在人类健康中发挥着关键作用。最近的研究强调了神经递质与多种脑部疾病的发展和治疗之间的密切关系，神经递质是肠道和大脑之间的通讯介质。尽管取得了这些进展，但在大量生物医学文献中，肠道微生物群与脑部疾病之间错综复杂的相互作用仍未得到充分探索。目前明显缺乏一个专注于肠道微生物群与脑部疾病关联的结构化数据库。我们来介绍一下 BGMDB（脑部疾病肠道微生物群数据库），这是一个精心策划的数据库，旨在提供实验支持的肠道微生物群与脑部疾病之间的联系。BGMDB 的当前版本广泛涵盖了 1,419 个关联，涉及 609 种肠道微生物群和 43 种脑部疾病，包括 184 个特定的关联三元组，将脑部疾病、神经递质和肠道微生物群与六种神经递质联系起来。值得注意的是，BGMDB 整合了 gutMGene 数据库中与肠道微生物群相关的基因数据。引入了脑区和疾病微生物网络，以研究脑部疾病和脑区变化之间潜在的共同遗传关系。BGMDB 中的每个条目都提供了对特定关联的详细见解，包括所涉及的特定脑部疾病、所涉及的肠道微生物群、神经递质以及相关文献参考支持的关系的简明描述。为了方便访问特定脑部疾病的相关信息，BGMDB 提供了增强的图形查询选项，以解决各种生物学相关的查询。此外，用户友好的界面允许用户方便地浏览、检索和下载条目。BGMDB 是研究与人类脑部疾病相关的微生物的宝贵资源。通过 http://43.139.38.118:8080/demo02/ 访问 BGMDB。
通过肠道感染的鼠肠道微生物菌群失调调节异物对远端生物材料植入物的反应
肠道菌群影响系统性免疫和远端组织的功能，包括大脑，肝脏，皮肤，肺和肌肉。然而，肠道菌群在异物反应（FBR）和医疗植入物周围的纤维化的作用在很大程度上没有探索。为了调查这种联系，我们通过肠毒素菌群Fragilis（ETBF）感染了鼠肠菌群的稳态，并将合成聚合物聚合物多己酮（PCL）植入远端肌肉损伤。ETBF感染导致嗜中性粒细胞和γδT细胞浸润升高到PCL植入部位。ETBF感染单独促进了血液，脾和骨髓中嗜中性粒细胞水平的增加。在PCL植入物位置，我们发现分类成纤维细胞的转录组发生了显着变化，但在6周后没有观察到纤维化水平的总ETBF诱导的差异。这些结果证明了肠道菌群介导长距离作用的能力，例如对远端生物材料植入物的免疫和基质反应。
髓鞘作为肠道微生物群发育的调节剂......
外周和中枢神经系统的髓鞘形成对于调节运动、感觉和认知功能至关重要。由于髓鞘形成在生命早期迅速发生，新生儿早期定植期间的肠道菌群失调可能会通过失调免疫反应和神经元分化来改变正常的髓鞘形成。尽管儿童中普遍使用抗生素 (Abx)，但新生儿 Abx 诱导的菌群失调对微生物群、肠道、大脑 (MGB) 轴发育（包括髓鞘形成和行为）的影响尚不清楚。我们假设新生儿 Abx 诱导的菌群失调会失调宿主-微生物相互作用，损害大脑髓鞘形成并改变 MGB 轴。从出生后第 7 天 (P7) 到断奶 (P23)，每天用 Abx 混合物 (新霉素、万古霉素、氨苄西林) 或水 (载体) 口服管饲新生儿 C57BL/6 小鼠以诱导肠道菌群失调。在成年小鼠（6-8 周）中进行了行为（认知；焦虑样行为）、微生物群测序和 qPCR（回肠、结肠、海马和前额叶皮质 [PFC]）。新生儿 Abx 给药导致成年期肠道菌群失调、肠道生理受损，同时伴有细菌代谢物紊乱和行为改变（认知缺陷和抗焦虑行为）。在接受 Abx 治疗的小鼠的 PFC 区域中，对少突胶质细胞很重要的髓鞘相关基因（Mag、Mog、Mbp、Mobp、Plp）和转录因子（Sox10、Myrf）的表达显著增加。免疫荧光成像和蛋白质印迹分析证实了髓鞘形成增加，表明与成年期假手术对照组相比，新生儿 Abx 治疗的小鼠的 MBP、SOX10 和 MYRF 表达增加。最后，在完成 Abx 治疗后服用短链脂肪酸丁酸盐可恢复肠道生理、行为和髓鞘形成障碍，表明肠道微生物群在介导这些影响方面发挥着关键作用。总之，我们发现新生儿 Abx 给药对 MGB 轴具有长期影响，特别是对
BPB 报告
艰难梭菌结肠炎是一种医源性感染，主要由革兰氏阳性专性厌氧菌艰难梭菌引起。伪膜性结肠炎和抗生素相关性腹泻也与艰难梭菌感染 (CDI) 有关。这些疾病大多是由菌群失调引起的，菌群失调是由于使用抗生素导致微生物组状态紊乱。除了菌群失调之外，伪膜性结肠炎还包括结肠凸起的黄色斑块和肿胀的体征，因此，伪膜性结肠炎是更严重的 CDI 状态。CDI 的主要症状是腹泻，但偶尔伴有腹痛和发烧。该病可能复发或变得难治，严重时甚至可能致命。此外，还已知该病可由使用抗生素以外的药物（H 2 受体阻滞剂、质子泵抑制剂 (PPI)、硫酸铝）引起，1）有报道称 PPI 尤其会加剧 CDI。2）因此，CDI 通常由药物治疗引起，并被视为药物不良事件。在美国，CDI 被称为最重要的医院相关感染，3）据报道，抗生素管理计划可显著控制抗生素相关性腹泻的发病率。4）在美国，其发病率为每 1000 名住院患者 6.9，而在日本发病率相对较低，为每 1000 名住院患者 0.3-5.5。5）这种发病率的差异可能导致
健康和病理性口腔条件下固定和可拆卸种植体或非种植体支持假牙佩戴者的口腔微生物群特征：叙述性综述
摘要：口腔共生微生物发挥着非常重要的功能，例如有助于宿主的健康。然而，口腔微生物群在各种口腔和全身疾病的发病机制和发展中也发挥着重要作用。口腔微生物群的特点可能是，在使用可拆卸或固定假牙的受试者中，某些微生物的流行率高于其他微生物，这取决于口腔健康状况、使用的假牙材料以及假牙制造不当或口腔卫生不良造成的任何病理状况。可拆卸和固定假牙的生物和非生物表面都很容易被细菌、真菌和病毒定植，这些细菌、真菌和病毒可能成为潜在的病原体。假牙佩戴者的口腔卫生通常不够充分，这可能导致口腔菌群失调，以及微生物从共生菌转变为病原菌。根据本综述的结果，牙齿和植入物上的固定和可拆卸假牙容易被细菌定植，并可能导致菌斑的形成。执行假体产品的日常卫生程序、设计假体以方便患者的家庭口腔卫生习惯以及使用抗牙菌斑积聚或能够减少口腔菌群失调的产品来改善患者的家庭口腔习惯至关重要。因此，本综述主要旨在分析健康和病理性口腔条件下固定和可拆卸种植体或非种植体支持假体佩戴者的口腔微生物组组成。其次，本综述旨在指出相关的牙周自我护理建议，以预防固定和可拆卸种植体或非种植体支持假体佩戴者的口腔菌群失调并维护牙周健康。
肠道稳态-免疫系统轴
类风湿性关节炎是一种广泛流行的自身免疫性骨病，由于其发病率不断上升，给全球医疗系统带来了沉重的负担。近年来，人们的注意力集中在肠道稳态与免疫系统之间的相互作用上，特别是在骨骼健康方面。肠道菌群失调是指肠道菌群组成和功能失衡，它已被证明会通过促炎代谢物的释放、肠道通透性增加和调节性 T 细胞功能受损等机制导致免疫失调。这些因素共同导致免疫系统失衡，促进类风湿性关节炎的发病和进展。肠道菌群失调会诱发局部和全身炎症反应，激活关键的促炎细胞因子，如肿瘤坏死因子-α、白细胞介素-6 和白细胞介素-17，从而加剧关节炎和损伤。在类风湿关节炎发病机制的背景下研究肠道稳态和免疫调节之间的复杂相互作用有望找到新的治疗靶点，揭示疾病进展的新机制，并为临床治疗提供创新策略。
肠道菌群和饮食在结直肠癌和乳腺癌发生和发展中的作用以及两种肿瘤之间的相互联系
摘要 结直肠癌 (CRC) 是全球男女成年人死亡的主要原因之一，而乳腺癌 (BC) 是女性死亡的主要原因之一。除了年龄、性别和遗传倾向外，环境和生活方式因素也发挥着重要作用。包括酒精消费在内的全球饮食是影响 CRC 和 BC 风险的最重要可改变因素之一。西方饮食模式提倡大量摄入食品加工和乙醇中的外来生物，这会增加癌症风险，而地中海饮食通常会导致摄入更多的多酚和纤维，具有保护作用。肠道菌群失调是 CRC 的常见特征，其中通常的微生物群逐渐被机会性病原体取代，肠道代谢组发生改变。微生物群与 BC 之间的关系研究较少。雌激素组是来自可以代谢雌激素的肠道细菌的基因集合。在菌群失调的情况下，微生物的去结合酶可以重新激活结合失活的雌激素，从而增加患乳腺癌的风险。相反，肠道微生物可以增加生物活性并