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World File Search System菌群失调
标题：肠道菌群脑瘤诱导的肠道菌群失调调节1
体细胞变体检测是癌症基因组学分析的组成部分。尽管大多数方法都集中在短阅读测序上，但长阅读技术现在在重复映射和变体相位方面具有潜在的优势。我们提出了一种深度学习方法，一种深度学习方法，用于从短读和长阅读数据中检测体细胞SNV，插入和缺失（indels），具有用于全基因组和外显子组测序的模式，并且能够以肿瘤正常，唯一的肿瘤正常，ffpe pppe的样本进行运行。为了帮助解决公共可用培训的缺乏和基准测试数据以进行体细胞变体检测，我们生成并公开提供了一个与Illumina，Pacbio Hifi和Oxford Nanopore Technologies的五个匹配的肿瘤正常细胞线对的数据集，以及基准的变体。在样本和技术（短读和长阅读）中，深度态度始终优于现有呼叫者，特别是对于Indels而言。
通过肠道感染的鼠肠道微生物菌群失调调节异物对远端生物材料植入物的反应
肠道菌群影响系统性免疫和远端组织的功能，包括大脑，肝脏，皮肤，肺和肌肉。然而，肠道菌群在异物反应（FBR）和医疗植入物周围的纤维化的作用在很大程度上没有探索。为了调查这种联系，我们通过肠毒素菌群Fragilis（ETBF）感染了鼠肠菌群的稳态，并将合成聚合物聚合物多己酮（PCL）植入远端肌肉损伤。ETBF感染导致嗜中性粒细胞和γδT细胞浸润升高到PCL植入部位。ETBF感染单独促进了血液，脾和骨髓中嗜中性粒细胞水平的增加。在PCL植入物位置，我们发现分类成纤维细胞的转录组发生了显着变化，但在6周后没有观察到纤维化水平的总ETBF诱导的差异。这些结果证明了肠道菌群介导长距离作用的能力，例如对远端生物材料植入物的免疫和基质反应。
肠道菌群失调及其与儿童慢性疾病的关系
摘要 人体内寄生着多种对生理功能至关重要的微生物，这些微生物的失衡可导致肠道菌群失调，在胃肠道中尤为明显。在生命的最初几年，儿童的肠道微生物群会发生重要变化。肥胖症和糖尿病等慢性疾病会影响成人和儿童，并且可能与菌群失调有关。本次综合文献综述在 BVS、Medline 和 Lilacs 等书目存储库中进行，目的是找出与患有慢性疾病的儿童肠道菌群失调相关的研究，重点关注其患病率和主要影响。研究结果表明，菌群失调与慢性病儿童的胃肠道症状相关，诊断基于临床症状。吸收不良、滥用泻药和饮食不当等因素会导致微生物群失衡。最佳治疗从改变饮食开始，例如补充谷氨酰胺，并可能涉及使用特定的益生菌和抗生素，强调了综合方法管理肠道健康和预防慢性疾病的重要性。因此，结论是，所审查的研究表明，肠道微生物群在多种儿科疾病（如 IBD、T1D、CD、呼吸系统和肝脏疾病、功能性便秘和 CF）的发展和进展中起着至关重要的作用，凸显了肠道菌群失调的重要性和益生菌的治疗潜力，此外还强调需要进一步研究以确定有效的治疗和饮食策略来改善儿童健康。关键词：肠道菌群失调；泻药；微生物组；幼稚。摘要 人体内寄生着多种对生理功能至关重要的微生物，这些微生物的失衡可导致肠道菌群失调，在胃肠道中尤为明显。在生命的最初几年，儿童的肠道微生物群会发生重要变化。肥胖症和糖尿病等慢性疾病会影响成人和儿童，并且可能与菌群失调有关。本次综合文献综述是在 VHL、Medline 和 Lilacs 等书目存储库中进行的，目的是找出与儿童肠道菌群失调与慢性疾病相关的研究，重点关注其患病率和主要影响。研究结果表明，菌群失调与慢性病儿童的胃肠道症状相关，诊断主要基于临床症状。吸收不良、滥用泻药和饮食不当等因素会导致微生物群失衡。最佳治疗始于饮食改变，例如补充谷氨酰胺，并可能涉及使用特定的益生菌和抗生素，强调了采用综合方法管理肠道健康和预防慢性疾病的重要性。因此，结论是，所审查的研究表明，肠道微生物群在几种儿科疾病（如 IBD、T1D、CD、呼吸系统和肝脏疾病、功能性便秘和 CF）的发展和进展中起着至关重要的作用，突出了肠道菌群失调的重要性和益生菌的治疗潜力，此外还强调需要进行更多研究以确定有效的治疗和饮食策略来改善儿童健康。关键词：肠道菌群失调；泻药；微生物群；儿童。
通过mRNA-LNP量身定制的汽车巨噬细胞的腹膜内编程，以增强癌症免疫疗法 获胜者效应的攻击回路中的多阶段可塑性 Sidelobe抑制了贝塞尔梁的一杆光... 标题：肠道菌群脑瘤诱导的肠道菌群失调调节1 深层：多个测序技术的精确体细胞变体发现 差异相互作用决定了基于RNA的生物分子冷凝水界面的各向异性 连续的，低流和多路复用泵 通过图神经网络在表型预测中利用蛋白质 - 蛋白质相互作用 通过大型语言模型指导的定向演化蛋白质设计
。cc-by-nc-nd 4.0国际许可证（未获得同行评审证书）获得的是作者/资助者，他已授予Biorxiv授予Biorxiv的许可，以永久显示预印本。这是该版本的版权所有，该版本于2024年8月19日发布。 https://doi.org/10.1101/2024.07.30.605730 doi：Biorxiv Preprint
BGMDB：一个将肠道菌群失调与脑部疾病联系起来的精选数据库
肠道微生物群通过调节生理稳态和影响各种疾病的发病机制，在人类健康中发挥着关键作用。最近的研究强调了神经递质与多种脑部疾病的发展和治疗之间的密切关系，神经递质是肠道和大脑之间的通讯介质。尽管取得了这些进展，但在大量生物医学文献中，肠道微生物群与脑部疾病之间错综复杂的相互作用仍未得到充分探索。目前明显缺乏一个专注于肠道微生物群与脑部疾病关联的结构化数据库。我们来介绍一下 BGMDB（脑部疾病肠道微生物群数据库），这是一个精心策划的数据库，旨在提供实验支持的肠道微生物群与脑部疾病之间的联系。BGMDB 的当前版本广泛涵盖了 1,419 个关联，涉及 609 种肠道微生物群和 43 种脑部疾病，包括 184 个特定的关联三元组，将脑部疾病、神经递质和肠道微生物群与六种神经递质联系起来。值得注意的是，BGMDB 整合了 gutMGene 数据库中与肠道微生物群相关的基因数据。引入了脑区和疾病微生物网络，以研究脑部疾病和脑区变化之间潜在的共同遗传关系。BGMDB 中的每个条目都提供了对特定关联的详细见解，包括所涉及的特定脑部疾病、所涉及的肠道微生物群、神经递质以及相关文献参考支持的关系的简明描述。为了方便访问特定脑部疾病的相关信息，BGMDB 提供了增强的图形查询选项，以解决各种生物学相关的查询。此外，用户友好的界面允许用户方便地浏览、检索和下载条目。BGMDB 是研究与人类脑部疾病相关的微生物的宝贵资源。通过 http://43.139.38.118:8080/demo02/ 访问 BGMDB。
代谢不健康肥胖相关的菌群失调
肥胖对数百万美国成年人造成不利影响，使他们面临重大健康风险和进一步并发症。肥胖分为两类：代谢健康和代谢不健康。与代谢健康的人相比，代谢不健康的肥胖者表现出代谢综合征的典型症状（如高血压、血脂异常、高血糖、腹部肥胖）。胃食管反流病 (GERD) 常见于所有肥胖人群，不良饮食习惯也是如此。质子泵抑制剂 (PPI) 因其广泛可用，最常用于治疗 GERD 相关的胃灼热和其他症状。在本文中，我们回顾了不良饮食以及短期和长期使用 PPI 如何对胃肠道微生物群产生不利影响并导致菌群失调的证据。与 PPI 使用相关的菌群失调引起的代谢性不健康肥胖 (MUO) 的主要症状包括“肠漏”、全身性低度炎症以及促进代谢健康的短链脂肪酸 (SCFA)（如丁酸）含量减少。本文还讨论了使用益生菌缓解 PPI 引起的菌群失调和 MUO 的好处。