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保守的DNA甲基转移酶：细菌表观遗传调节基本机制的窗口
越来越多的研究报告说，细菌DNA甲基化具有重要的功能，超出了其在限制性修饰系统中的作用，包括影响临床相关的表型，例如毒力，宿主定殖，孢子孢子，生物膜形成等。尽管有洞察力，但此类研究在很大程度上具有临时的性质，并且将从系统的策略中受益，从而实现微生物学界对细菌甲基瘤的联合功能表征。在这种意见中，我们建议高度保守的DNA甲基转移酶（MTases）代表了细菌表观基因组学研究的独特机会。这些MTases在细菌中很常见，跨越各种分类法，并且存在于多种人类病原体中。除了具有良好特征的核心DNA MTase，例如来自Vibrio Cholera，Salmonella Enterica，梭状芽胞杆菌艰难梭菌或化脓性链球菌的核心MTase，在许多人类病原体中也发现了多个高度保守的DNA MTase，其中包括属于Burkholderia属的人和阿科氏菌。我们讨论了为什么以及如何优先考虑这些MTase，以使社区范围内的综合方法进行功能基氏症研究。最终，我们讨论了一些高度保守的DNA MTases如何成为开发新型表观遗传抑制剂以用于生物医学应用的有希望的靶标。
新发现的机制可以通过结合DNA和RNA表观遗传学
在杂志杂志的出版物中，由弗朗索瓦·福克斯（FrançoisFuks），癌症表观遗传学实验室，ULB医学学院，ULB-癌症研究中心和H.U.B. Jules Bordet Institute领导的研究人员。表明，实际上，DNA和RNA表观遗传学可能比以前想象的更相互联系。研究人员发现他们形成了互补的调节系统，其中DNA表观遗传学组织可用的基因和RNA表观遗传学会动态调节其使用。
1跟踪健康和衰老的表观遗传生物标志物...
性别肯定激素治疗（GAHT）是许多跨性别者的必要治疗方法，并且至关重要的是进一步改善治疗经验并减轻可能的风险。在这里，我们调查了GAHT第一年的健康和衰老的DNA甲基化（DNAM）生物标志物是否经过修饰，并且这些生物标志物是否因治疗类型而变化。队列由13名跨性别女性和13位男性组成。采样发生在基线（前GAHT），在6个月和12个月的随访中进行。我们跟踪了三个表观遗传钟（Horvath，Hannum，Phenoage），基于DNA甲基化的端粒长度（DNAMTL）和Dunedinpace的纵向动力学。在基线时，Horvath和Hannum表现出加速的表观遗传衰老，尤其是在跨性别者之间发音，而在两组中，现场和Dunedinpace的衰老均显示出较低的衰老速度。这种差异可能反映出少数族裔压力在原本健康的队列中的可能影响。尽管Gaht不影响这三个时钟，但DNAMTL和DunedInpace显示出特定的治疗模式，但在轨迹中具有显着的个体间差异。跨性别妇女增加了人民平台（估计= 0.057，p = 0.002）和轻微的DNAMTL增益（估计= 0.024，ns）；跨性别者表现出稳定的Dunedinpace（估算= -0.013，ns）的稳定下降，DNAMTL的减少（估计= -0.057，p = 0.037）。明显的异质性表示对治疗的个性化反应，并突出了将这种生物标志物纳入全面健康监测的潜在价值。我们的发现强调了对更大的长期研究的必要性，以优化性别肯定医疗保健的个性化策略。
全球变化时期作物改善的表观遗传学
1分子生命科学系，慕尼黑技术大学，Liesel-Beckmann-STR。2，85354德国弗莱明； i.kakoulidou@tum.de（i.k.）; frank@johanneslab.org（F.J.）2森林遗传学和生物技术实验室，地中海森林生态系统研究所，希腊农业组织 - 迪米特拉（Elgo-dimitra），11528年，希腊雅典，希腊； avramidou@fria.gr 3园艺学院，孟德勒姆 - 遗传学，遗传学，孟德尔大学的遗传学，valtická334，69144，捷克共和国莱德尼斯； baranek@mendelu.cz 4 Umr 950 Ecophysiologievégétale，Agronomie et Nutritions N，C，S，Unicaen，Inrae，Inrae，Normandie Université，Cedex，F-14032 Caen，法国； sophie.brunel-muguet@inrae.fr 5植物和农业科学中心，爱尔兰国立大学（NUI）Galway瑞安研究所，爱尔兰H91 TK33 Galway； sara.farrona@nuigalway.ie 6 Lichtenberg Str。2A，85748 Garching，德国7分子，细胞与系统生物学研究所，医学，兽医与生命科学学院，鲍尔大厦，格拉斯哥大学，格拉斯哥大学，格拉斯哥G12 8QQ，英国； eirini.kaiserli@glasgow.ac.uk 8植物科学研究所，农业研究组织，火山中心，里尚·莱齐恩（Rishon Lezion）7505101，以色列； Michall@volcani.agri.gov.il 9佛罗伦萨大学生物学系，意大利Sesto Fiorentino 50019； federico.martinelli@uni.it。10农业学院，诺维·萨德大学 Georgi Bonchev Str。，Bldg。 21，1113 Sofifa，保加利亚； valyavassileva@bio21.bas.bg 13 Laboratoire de Biologie des Ligneux et des Grandes Cultures，Inrae，ea1207 USC1328，Universitéd'Orléans，F-45067Orlléans，F-45067Orléans，法国电话。2A，85748 Garching，德国7分子，细胞与系统生物学研究所，医学，兽医与生命科学学院，鲍尔大厦，格拉斯哥大学，格拉斯哥大学，格拉斯哥G12 8QQ，英国； eirini.kaiserli@glasgow.ac.uk 8植物科学研究所，农业研究组织，火山中心，里尚·莱齐恩（Rishon Lezion）7505101，以色列； Michall@volcani.agri.gov.il 9佛罗伦萨大学生物学系，意大利Sesto Fiorentino 50019； federico.martinelli@uni.it。10农业学院，诺维·萨德大学Georgi Bonchev Str。，Bldg。21，1113 Sofifa，保加利亚； valyavassileva@bio21.bas.bg 13 Laboratoire de Biologie des Ligneux et des Grandes Cultures，Inrae，ea1207 USC1328，Universitéd'Orléans，F-45067Orlléans，F-45067Orléans，法国电话。21，1113 Sofifa，保加利亚； valyavassileva@bio21.bas.bg 13 Laboratoire de Biologie des Ligneux et des Grandes Cultures，Inrae，ea1207 USC1328，Universitéd'Orléans，F-45067Orlléans，F-45067Orléans，法国电话。dositeobradaviôca8，11波伦。科学，植物植物学院。： +33-28-41-70-22
脑衍生的神经营养因子（BDNF）表观基因组...
脑源性神经营养因子（BDNF）基因的表观基因组修饰已被认为是神经发育，精神病和神经学条件的发病机理的基础。 这项系统评价总结了当前研究BDNF表观基因组修饰（DNA甲基化，非编码RNA，组蛋白修饰）与脑相关表型中的证据。 新颖的贡献是我们创建了开放访问Web的应用程序BDNF DNA甲基化图，以交互可视化在所有可用数据的研究中研究的CPG站点的特定位置。 直到2021年9月27日，我们对四个数据库的文献搜索返回了1,701篇文章，其中153篇符合纳入标准。 我们的审查显示方法学方法中的异质性异质，从而阻碍了稳定和/或复制结果的清晰模式的识别。 我们总结了关键发现，并为将来的表观基因组研究提供了建议。 现有文献似乎仍处于起步阶段，需要进行额外的严格研究，以满足其与大脑相关疾病相关的BDNF连接风险的潜力，并提高了我们对其发病机理背后的分子机制的理解。脑源性神经营养因子（BDNF）基因的表观基因组修饰已被认为是神经发育，精神病和神经学条件的发病机理的基础。这项系统评价总结了当前研究BDNF表观基因组修饰（DNA甲基化，非编码RNA，组蛋白修饰）与脑相关表型中的证据。新颖的贡献是我们创建了开放访问Web的应用程序BDNF DNA甲基化图，以交互可视化在所有可用数据的研究中研究的CPG站点的特定位置。直到2021年9月27日，我们对四个数据库的文献搜索返回了1,701篇文章，其中153篇符合纳入标准。我们的审查显示方法学方法中的异质性异质，从而阻碍了稳定和/或复制结果的清晰模式的识别。我们总结了关键发现，并为将来的表观基因组研究提供了建议。现有文献似乎仍处于起步阶段，需要进行额外的严格研究，以满足其与大脑相关疾病相关的BDNF连接风险的潜力，并提高了我们对其发病机理背后的分子机制的理解。
靶向MYC与表观遗传调节剂结合使用，在MLLR白血病中诱导协同的抗白血病作用，并同时提高免疫力
mll重排（MLL R）白血病与预后不良和对常规疗法的反应有限有关。此外，化学疗法会导致严重的侧面影响，并严重受到免疫系统的损害。因此，必须识别新型治疗策略。最近，我们通过使用簇状的定期插入的短篇小学重复序列（CRISPR）/cas9在CD34 +细胞中诱导CD34 +细胞中的染色体重排，开发了人类MLL RR白血病模型。该MLL R模型的真实性模仿患者白血病细胞，可用作新型治疗策略的平台。我们模型的 RNA测序揭示了MYC是促进造成发生的最重要的关键驱动因素之一。 然而，在临床试验中，BRD4抑制剂JQ-1导致间接阻断MYC途径仅显示适度的活动。 我们和其他人以前报道说，靶向MAT2A或PRMT5的表观遗传药物促进了MLL R细胞中的细胞死亡。 因此，我们将这些药物与JQ-1结合使用，从而增强了抗白血病效应。 更重要的是，我们发现T，NK和INKT细胞的激活，免疫调节细胞因子的释放以及抑制剂治疗后PD-1/PD-L1轴的下调导致细胞毒性提高。 总而言之，MYC和MAT2A或PRMT5的抑制作用驱动了MLL RL白血病的强大协同抗白血病活性。 此外，在组合抑制剂治疗后同时激活免疫系统，从而进一步提高了治疗效率。RNA测序揭示了MYC是促进造成发生的最重要的关键驱动因素之一。然而，在临床试验中，BRD4抑制剂JQ-1导致间接阻断MYC途径仅显示适度的活动。我们和其他人以前报道说，靶向MAT2A或PRMT5的表观遗传药物促进了MLL R细胞中的细胞死亡。因此，我们将这些药物与JQ-1结合使用，从而增强了抗白血病效应。更重要的是，我们发现T，NK和INKT细胞的激活，免疫调节细胞因子的释放以及抑制剂治疗后PD-1/PD-L1轴的下调导致细胞毒性提高。总而言之，MYC和MAT2A或PRMT5的抑制作用驱动了MLL RL白血病的强大协同抗白血病活性。此外，在组合抑制剂治疗后同时激活免疫系统，从而进一步提高了治疗效率。
重编程和多能性的表观遗传调节
多能干细胞（PSC）具有分化为多种细胞类型的非凡能力。这种能力受到表观遗传机制，尤其是组蛋白修饰的严格调节。此外，将体细胞或命运的细胞重编程为诱导的多能干细胞（IPSC）在很大程度上取决于这些修饰，例如组蛋白甲基化和组蛋白的乙酰化。虽然已经利用小鼠模型进行了广泛的研究，但是人IPSC中组蛋白修饰的重要性正在越来越多地识别。最近的研究强调了表观遗传调节剂在癌症干细胞（CSC）的重编程过程和调节中的重要性，这些（CSC）在肿瘤启动和治疗耐药性的发展中至关重要。本综述阐明了影响重编程的组蛋白修饰的动态变化，并强调了在激活和抑制标记之间保持平衡的必要性。这些表观遗传标记受诸如DNA甲基转移酶（DNMT）和组蛋白脱乙酰基酶（HDACS）等酶的影响。此外，本综述探讨了旨在针对这些表观遗传修饰以增强癌症治疗功效的治疗策略，同时促进对多能性和重编程的理解。尽管在创建用于调整组蛋白改良酶的抑制剂方面有希望的发展，但诸如抗选择性和抗治疗性等挑战仍在构成重大障碍。因此，未来的努力必须优先考虑生物标志物驱动的方法和基因编辑技术，以优化表观遗传疗法的功效。
淋巴结细胞毒性周围T细胞淋巴瘤经常发生在免疫调节的临床环境中，与复发性表观遗传学改变有关
淋巴结周围T细胞淋巴瘤，没有其他指定（PTCL，NOS）具有细胞毒性表型，总体上很少见，大多数报告来自亚洲。鉴于其难以捉摸的病理生物学，我们对淋巴结中的54例诊断为PTCL，NOS表达细胞毒性分子的西方患者进行了一项临床病理和分子研究。更常见的男性（M/F-2,6/1）受影响60岁的男性。除了淋巴结肿大外，有87％的患者≥1例涉及外道结束。高阶段疾病（III-IV），国际预后指数> 2，B症状，LDH水平和细胞质症（S）。十名患者有B细胞恶性肿瘤的病史，每种骨髓肿瘤，乳腺癌或前列腺癌，另外4例患有潜在的免疫疾病。大多数患者（70％）死亡，主要是疾病，中位总生存期为12.7个月。免疫表型，肿瘤淋巴细胞为T细胞受体（TCR）αβ +（47％），TCR-硅质（44％）或TCRγδ +（10％），通常是CD8 +（45％）或CD4-CD8-（32％）。除了一个以外，所有除了一个活化的细胞毒性方面，并基于CXCR3，TBX21和GATA3表达模式将95％的分类属于PTCL-TBX21亚型。7例（13％）揭示了Eber +肿瘤细胞。靶向的DNA深层（33例）和多重连接依赖性转录 - 转录酶链反应分析（43例）（43例）在表观遗传修饰器中识别出频繁的突变（73％）（73％）（73％）（包括TET2（61％）和DNMT3A（39％），统计局（39％），统计局（39％），并影响了tetcr（36％）（36％）（36％）（36％）（36％）（36％）（36％）（36％）（36％）（36％）和TP53突变（18％）。在6/43例患者中鉴定出涉及VAV1的融合转录本（14％）。患有淋巴结细胞毒性PTCL的患者，NOS具有侵略性行为，并且经常出现在免疫力受损的背景下，尽管与爱泼斯坦 - 巴尔病毒的关联很少见。与细胞因子或TCR信号相关的基因涉及的基因的复发改变表明，表观遗传调节与细胞信号途径的合作在这些淋巴瘤的病原体中起着关键作用。
基因调节和表观遗传学（I002621）
1对真核生物中复杂基因调节网络的见解。2具有有关基因调节在正常生物学1过程中的作用的知识。3有关于在1种疾病期间发生的基因调节障碍和压力反应的知识。4讨论有关表观遗传过程的科学文献。5批判性地分析了有关描述技术的道德方面。
唐氏综合症新生儿主要先天性心脏缺陷的表观基因组签名
抽象背景先天性心脏缺陷（CHD）影响了大约一半的唐氏综合症患者（DS），但是不完全渗透的分子原因是未知的。先前的研究主要集中在识别DS个体中与CHD相关的遗传危险因素，但是缺乏对表观遗传标记的贡献的全面研究。与没有CHD的DS个体相比，我们旨在识别和表征具有主要CHD的DS个体的新生的干血点（NDB）的DNA甲基化差异。方法我们使用了Illumina Epic阵列和全基因组Bisulfite测序（WGB）来定量加利福尼亚生物库计划的86个NDBS样品的DNA甲基化计划：（1）45 DS-CHD（27雌性，18个女性，18个男性）和（2）41 ds non-chd non-chd non-chd non-chd non-chd non-chd（27雌性）。我们分析了全球CPG甲基化，并在DS-CHD与DS非CHD比较（包括性别结合和性别分解）中鉴定出差异化甲基化区域（DMR），以纠正性别，血液收集年龄和细胞类型的性别。chd dmrs在CpG和基因上，染色质状态和基因组坐标的组蛋白修饰中的富集，以及通过基因映射的基因本体论富集。DMR，并将DS与典型发育（TD）WGBS NDBS样品中的甲基化水平进行比较。结果，我们发现DS-CHD雄性中的全球CpG低甲基化与DS非CHD雄性相比，这是归因于成核红细胞水平升高而在女性中看不见的。与DS非CHD个体相比，在DS-CHD的NDB中检测到DNA甲基化的性别特异性特异性。在区域级别，我们在性别组合，仅女性和仅使用男性的58、341和3938 CHD相关的DMR中，以及使用的机器学习算法，以选择19个只能将CHD与非CHD区分开的男性。dMR均富含基因外显子，CpG岛和二价染色质，并映射到与心脏和免疫功能有关的术语中富含的基因。最后，在DS与TD样品中，与背景区域相比，与背景区域相比，与背景区域相比，比背景区域的比例更高。这支持了以下假设：表观遗传学可以反映DS（特别是CHD）中表型的变化。关键词唐氏综合症，先天性心脏缺陷，新生的血液点，DNA甲基化，全基因组甲基硫酸盐测序，表观遗传学，表观基因组全基因组关联研究，差异甲基化区域，NRBC，降压>甲基化