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World File Search System转座子
核CRISPR相关的转座子的宏基因组发现
摘要CRISPR相关的转座子（铸造）CAS基因用于RNA引导的转座。在基因组数据库中极为罕见。最近的调查报道了类似TN7样的转座子，该座子选择了I型I-F，I-B和V-K CRISPR效应子。在这里，我们通过对元基因组数据库的生物信息学搜索扩展了报告的铸造系统的多样性。我们发现了所有已知铸件的新架构，包括级联效应器的新布置，新的自动定位方式和最小的V-K系统。我们还描述了采用I型I-C和IV型CRISPR-CAS系统的新型演员群。我们对非TN7铸造的搜索确定了对水平基因转移的合作候选者。这些新系统阐明了CRISPR系统如何与转座酶一起进化并扩展可编程基因编辑工具包。
审查Piggybac转座子在干细胞中基因组操纵的文章应用
简单的摘要：母体提供的mRNA和蛋白质（称为母体因素）由斑马鱼中的14,000多个编码基因产生。他们在控制卵母细胞的形成和早期胚胎的发展方面扮演着独家角色。这些母体因素还可以补偿其相应的二胞基因产物功能的丧失。因此，消除母体和二氏基因产物对于阐明超过一半的斑马鱼基因的功能至关重要。但是，灭活母体因素总是具有挑战性的，因为传统的遗传方法在技术上要求或耗时。我们最近的工作建立了一种快速的条件敲除方法，以产生一个鱼类中产生母体或母体和鸡叶突变体。在这里，我们进一步测试了这种方法的可行性，以同时淘汰具有功能性冗余的两个母体基因。作为原理的证明，我们第一次成功地为DVL2和DVL3A基因生成了双母体突变体胚胎。通过这种方法获得的突变胚胎中的细胞运动缺陷模仿了在先前报道的镶嵌策略之后进行了几个月耗时筛查后产生的真正突变胚胎。因此，该方法有可能加快寄生虫基因的功能研究。
无脊椎动物免疫，自然移植免疫，体细胞和生殖细胞寄生虫以及转座子防御
摘要：虽然脊椎动物免疫系统由先天和适应性分支组成，但无脊椎动物只有先天的免疫力。此功能使它们成为研究先天免疫的细胞和分子机制的理想模型系统，而没有适应性免疫的互惠干扰。尽管无脊椎动物的免疫在进化上是较老的，并且是脊椎动物免疫的先兆，但它远非简单。尽管缺乏淋巴细胞和功能性免疫球蛋白，但无脊椎动物免疫系统具有许多复杂的机制和特征，例如长期免疫记忆，几十年来，它仅归因于适应性免疫。在这篇综述中，我们描述了无脊椎动物免疫的细胞和分子方面，包括先天记忆的表观遗传基础，免疫的跨代遗传，针对入侵转座子的遗传免疫，自我识别机制，自然识别机制，自然移植以及生物/躯体细胞/躯体细胞寄生虫。
“控制者”的力量：转座子介导的重复基因向新功能化进化
自从 Barbara McClintock 博士发现第一个转座子以来，转座因子 (TE) 的普遍性和多样性逐渐被人们认识到。作为基本的遗传成分，TE 不仅通过贡献功能序列（例如，调控元件或 McClintock 博士所说的“控制者”）而且通过改组基因组序列来推动生物体的进化。在后一种方面，TE 介导的基因复制促进了新基因的产生并引起了广泛的兴趣。为了顺应这一领域的发展，我们在此尝试通过关注不同类型的 TE 产生的复制中出现的共同规则来提供 TE 介导的复制的概述。具体而言，尽管不同 TE 的转座机制差异很大，但我们发现各种 TE 介导的复制机制有三个共同特点，包括末端绕行、模板转换和复发性转座。这三个特征导致一个共同的功能结果，即 TE 介导的重复倾向于发生外显子改组和新功能化。因此，突变机制的内在特性限制了这些重复的进化轨迹。我们最后讨论了该领域的未来，包括深入描述 TE 介导的重复的复制机制和功能。版权所有 © 2023，作者。中国科学院遗传与发育生物学研究所和中国遗传学会。由 Elsevier Limited 和科学出版社出版。这是一篇根据 CC BY-NC-ND 许可协议开放获取的文章（http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/）。
转座子是水稻种群中选择下基因表达变异性的重要因素
抽象转座元素（TES）是基因组变异性的重要来源。在这里，我们通过使用来自Oryza Sativa SSP的208个品种的表达数据来分析了它们对水稻基因表达变异性的贡献。indica和O. sativa ssp。Japonica亚种。我们的数据表明，插入与许多已知是水稻驯化和育种靶标的表达的变化有关。这些插入的重要部分已经存在于大米野生群中，并且在Indica和Japonica水稻种群中被差异化。总的来说，我们的结果表明，由TE诱导的信号转导基因中的表达变化很小，伴随着水稻种群的驯化和适应。
基因组网络动态重新布线的自发，条形码转座系统
在细菌中，天然转座子动员可以驱动自适应基因组重排。在这里，我们以这种能力为基础，并开发了一个可诱导的，自传播的转座子平台，用于整个基因组诱变和细菌中基因网络的动态重新布线。我们首先使用该平台研究转座子功能对平行大肠杆菌种群进化对各种碳源利用和抗生素耐药性表型的影响。然后，我们开发了一个模块化，组合装配管道，用于用合成或内源基因调节元素（例如，诱导型启动子）以及DNA条形码的转座子功能化。我们可以在交替的碳源上进行平行的发展，并证明了诱导性，多基因表型的出现，并且可以持续地跟踪条形码的转座子的易于性，以识别基因网络的致病性重新旋转。这项工作建立了一个合成的转座子平台，可用于优化工业和治疗应用的菌株，例如，通过重新布置基因网络来改善各种原料的增长，并有助于解决有关已雕刻出了极端基因网络的动态过程的基本问题。
广泛的IS200/IS605转座子家族编码多样的可编程RNA引导的核酶
ISCB蛋白是在IS200/IS605转座子的不同家族中编码的推定核酸酶，可能是RNA引导的核酸内切酶Cas9的祖先，但是ISCB的功能及其与任何RNA的相互作用仍然没有特征。使用进化分析，RNA测序和生化实验，我们从IS200/IS605转座子中重建了CRISPR-CAS9系统的演变。我们发现ISCB使用单个非编码RNA进行双链DNA的RNA引导的切割，并且可以利用人类细胞中的基因组编辑。我们还展示了TNPB的RNA引导的核酸酶活性，另一种IS200/IS605转座子编码的蛋白质以及Cas12核酸内切核酸酶的祖先。这项工作揭示了一类广泛的转座子编码的RNA引导的核酸酶，我们将其命名为Omega（强制性移动元件 - 引导活动），具有强大的生物技术发展潜力。t