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World File Search System进化史
paramyxoviral磷酸蛋白基因中共转录编辑的进化史
paramyxoviruses的磷蛋白基因编码多种蛋白质产物。P，V和W蛋白是通过转录滑动产生的。此过程导致在保守的编辑位点将未模拟的鸟苷核苷插入mRNA中。p蛋白是病毒RNA聚合酶的重要组成部分，并且由大多数帕糖病毒中的基因的直接副本编码。但是，在某些情况下，非必需的V蛋白默认编码，并且必须将鸟氨酸插入mRNA中以编码P。插入的鸟氨酸的数量可以通过病毒之间变化的概率分布来描述。在本文中，我们回顾了这些分布的性质，这些分布可以从mRNA测序数据中推断出来，并重建了paramyxovirus家族中共转录编辑的进化历史。我们的模型表明，在整个家庭的已知历史中，系统已从P默认值转换为V默认模式四次。编辑系统的完全丢失已经发生了两次，V蛋白的典型锌纤维结构域已被删除或再次突变两次，W蛋白已经独立演变了三次新型功能。最后，我们通过病毒RNA聚合酶的滑动来回顾共转录编辑的物理机制。
宿主树的进化史放大了生物多样性对森林害虫的稀释作用
au：PleaseconfirmthatalheadinglevelsarerepresentedCorrecty：生物多样性似乎在许多动植物和动物系统中强烈抑制病原体和害虫。然而，这种“稀释效应”并未始终如一地检测到，当存在时可能会在大小上变化。在这里，我们使用来自25,000多个地块（> 110万种采样的树木）的森林库存数据来量化稀释对数十个森林害虫的效果的强度，并阐明为什么某些害虫对生物多样性特别敏感。使用贝叶斯层模型，我们表明，在高度多样化的森林中，害虫患病率通常较低，但是在害虫中这种稀释效应的幅度存在很大的变化。稀释的强度与宿主专业化或害虫耶稣降生没有密切相关。相反，在同时存在的树种与害虫的首选宿主相关的森林中，害虫患病率较低。我们的分析表明，宿主进化的历史和森林组成是了解物种多样性如何稀释树害虫的影响的关键，对预测未来生物多样性的变化如何影响破坏性森林害虫的传播和分布有重要意义。
pangenome分析揭示了疫霉菌和1C进化枝种的起源和进化史
我们研究了1C进化枝中植物疫霉及其近亲的进化史。我们使用了来自1C进化枝中69个植物菌属分离株的整个基因组序列数据，并进行了一系列基因组分析，包括核苷酸介入性评估，最大似然树，网络评估，最新共同祖先和迁移分析的时间。我们始终确定了两种墨西哥植物疫霉菌的明显且后来的分歧，第1页。mirabilis和p。ipomoeae，来自p。Infestans和其他1C进化枝种。phytophthora Infestans与来自南美的其他1C进化枝种类表现出较新的分歧。Andina和p。 betacei。 在1C进化枝中的形成和p的演变。 Infestans发生在安第斯山脉中。 p。 Andina – p。 betacei – p。 Infestans形成了一个物种复合物，具有模糊的物种边界，物种之间的杂交以及与共同血统的短时间。 更重要的是，现代墨西哥和南美p之间的区别。 Infestans证明较少离散，表明随着时间的推移，人群之间的基因流动。 混合分析表明，这些人群之间存在复杂的关系，暗示了这些区域之间的潜在基因流动。 历史p。 从1845 - 1889年收集的 Infestans是第一个与所有其他p分歧的人。 Infestans人群。 现代南美人口下一步，墨西哥人口以后的血统。 Infestans。Andina和p。betacei。在1C进化枝中的形成和p的演变。Infestans发生在安第斯山脉中。p。Andina – p。 betacei – p。 Infestans形成了一个物种复合物，具有模糊的物种边界，物种之间的杂交以及与共同血统的短时间。 更重要的是，现代墨西哥和南美p之间的区别。 Infestans证明较少离散，表明随着时间的推移，人群之间的基因流动。 混合分析表明，这些人群之间存在复杂的关系，暗示了这些区域之间的潜在基因流动。 历史p。 从1845 - 1889年收集的 Infestans是第一个与所有其他p分歧的人。 Infestans人群。 现代南美人口下一步，墨西哥人口以后的血统。 Infestans。Andina – p。betacei – p。Infestans形成了一个物种复合物，具有模糊的物种边界，物种之间的杂交以及与共同血统的短时间。更重要的是，现代墨西哥和南美p之间的区别。Infestans证明较少离散，表明随着时间的推移，人群之间的基因流动。混合分析表明，这些人群之间存在复杂的关系，暗示了这些区域之间的潜在基因流动。历史p。Infestans是第一个与所有其他p分歧的人。Infestans人群。现代南美人口下一步，墨西哥人口以后的血统。Infestans。两个人群均来自历史p。基于p的发散时间。来自其最亲密的亲戚的Infestans，p。Andina和p。 Betacei在安第斯山脉地区，我们认为安第斯山脉是p的原产地。 Infestans，现代全球化有助于p之间的混合。 今天来自墨西哥，安第斯山脉和欧洲的人口。Andina和p。Betacei在安第斯山脉地区，我们认为安第斯山脉是p的原产地。 Infestans，现代全球化有助于p之间的混合。 今天来自墨西哥，安第斯山脉和欧洲的人口。Betacei在安第斯山脉地区，我们认为安第斯山脉是p的原产地。Infestans，现代全球化有助于p之间的混合。今天来自墨西哥，安第斯山脉和欧洲的人口。今天来自墨西哥，安第斯山脉和欧洲的人口。
进化史影响了头足类动物中女性共生繁殖器官的微生物
抽象的许多雌鱿鱼和墨鱼具有共生生殖器官，称为辅助性nidamental腺体（ANG），该器是一个与病原体和结垢生物有关的细菌财团。虽然在多个头足动物家族中发现了ANG，但对这些ANG细菌共生体的全球微生物多样性知之甚少。我们使用16S rRNA基因社区分析来表征来自不同头足类物种的ANG微生物组，并评估宿主和共生系统发育之间的关系。从四个家族（超级订购：decapodiformes）的11种头足类动物的ANG微生物组被表征了7个地理位置。在所有物种中都发现了类载脑杆菌，γ死记菌和黄酮菌的细菌，但通过多个距离指标对扩增子序列变异的分析揭示了头足动物家族的Ang微生物组之间存在显着差异（加权/未加重/未加重/未加重的Unifrac unifrac，bray – bray – bray – ccurtis，p = 0.001），P = 0.001。尽管是从广泛不同的地理位置收集的，但sepiolidae（bobtail squid）的成员共享了许多细菌分类群，包括（〜50％）Opitutae（verrucomicrobia）和Ruegeria（ruegeria）和Ruegeria（Alphaproteobacteria）物种。此外，我们测试了系统生物的生物病，发现宿主系统发育距离与细菌群落差异之间存在正相关（Mantel测试r = 0.7）。这些数据表明，与类似细菌分类单元的不同共生体选择密切相关的sepiolids。总体而言，不同头足类物种的ANG具有不同的微生物组，因此为探索抗菌活性和其他功能作用提供了多样化的共生体群落。
Quercus alba的单倍型分辨的参考基因组阐明了橡木的进化史| Biorxiv
（a）Q. Alba基因组组装的HAPA和HAPB之间的结构同步。两个反转超过1 Mb：3染色体上的1.1 Mb反转和染色体上的1.9 Mb反转。35S阵列的位置用红色正方形表示，5S阵列用红色圆圈表示。（b）中期染色体用两对35（绿色）和一对5s（红色）rDNA信号扩散。小型35S信号由白色箭头指示。
DNA在醉酒的Blenny属Scartichthys（Teleostei：Blenniidae）中调和形态和颜色，并为其进化史提供了见解
1 UMR 5554 ISEM（IRD，UM，CNRS，EPHE），UNIV MONZONLIER，PACA EUGENE BATAILON，34095 MONTPELLIER CEDEX 5，法国2，Museum 2 Museum Naturkunde，Leibniz Institute for Evolution and Biovive Science Institute for Invelosity and Bioviverity Science，Invalidstr。 div>43，10115德国柏林3 CEFE，CEFE，UNIV MONTPELLIER，CNRS，EPHE-PPSL大学，IRD，IRD，CNRS校园1919 De Mende，34293 Montpellier Cedex Cedex 5 France 5 France 4次生生态实验室，沿海研究，海洋研究部沿海地区，海洋研究部。 Chile, Santiago, Casilla 114-D, Santiago, Chile 5 Institute of Environmental and Evolutionary Sciences (ICAEV), Universidad Austral de Chile, Valdivia, Chile 6 Ictioplankton Laboratory (Labiti), Institute of Biologist, Faculty of Sciences, University of Valparas of Valparaso, Chile 8 Millennium nucleus for Ecology and Conservation of Temperate中间礁生态系统（Nutme）
棉花属，鹅及其... -Agritrop
抽象的棉花，棉花属，包括〜50种分布在欧洲以外所有大陆的热带和亚热带地区的物种。在这里，我们提供了一个关于美国同种多倍体物种的山地植物和驯化的进化史的概要，从而整合了基本分类学研究，生物地理，分子遗传学，系统发育分析和考古学的数据。These diverse sources of information provide a temporal and phylogenetic perspective on diversification among the diploids and on polyploid formation, uncover multiple previously cryptic interspecific hybridizations, clarify and contribute to the taxonomy of the genus, and offer a firm foundation for understanding parallel domestications in Mesoamerica and South America, which led to the globally important cotton crop species G. barbadense and G. hirsutum .Gossypium因此提供了一个证明典型的例子，说明了基本植物发现的重要性和实用性，并结合了现代技术能力，以产生对进化史的基因组见解。We also review the current state of our knowledge regarding the archaeological history of cotton domestication and diffusion in the Americas, a seemingly unlikely story entailing parallel domestication origins and parallel directional selection tracing to 8,000 ( G. barbadense ) and 5,500 ( G. hirsutum ) years ago, transforming two geographically isolated wild short-day perennial shrubs having small capsules and seeds covered by short,棕褐色的表皮毛状体进入现代日间长度中的年度，具有丰富，细的白色纤维。几千年后，这种双重驯化是无意的且最近有意间的，随着两种物种在不同半球的初始驯化后接触，这是无意的，最近有意的。因此，重申了物种差异和生物团聚的循环，这次是在多倍体水平上。了解这种进化史对于我们对世界上最重要的纤维植物基因组建筑的理解至关重要，并为我们对一般生物学原理的理解做出了重大贡献。关键词：系统发育学；多倍体，杂交，驯化；考古学;山毛毛； Gossypium barbadense
Fox Cookie，博士 - UCSDFox Cookie，博士 - UCSD
1。Saiba Varma，Kalindi Vora，Keolu Fox，Suze Berkhout和Tarik Benmarhnia。为什么要求多元化试验人群的呼吁不足。新英格兰医学杂志。（即将到来，2020年）2。Keolu Fox。 lei niho palaoa和数字工具，以防止非法使用古代DNA。 夏威夷考古学。 （即将到来，2020年）3。 Fernando A. Villanea，Emilia Huerta-Sanchez和Keolu Fox。 尼安德特人和丹尼索沃斯人的ABO遗传变异。 （即将到来，2020年）4。 Vicky Cameron，Keolu Fox，Maui Hudson，Jacquelyn Taylor，Veronica Barcelona de Mendoza，Yan V. Sun，Alison Cirino和Gia Mudd-Martin。 心血管基因组学研究的考虑因素与少数群体和土著人口。 循环：基因组和精确医学。 （即将到来，2020年）5。 Keolu Fox。 “我们所有人”的计划和土著人民。 新英格兰医学杂志。 （2020年11月）6。 Keolu Fox。 包容的错觉 - “我们所有人”的研究计划和土著人民的DNA。 新英格兰医学杂志。 （2020年7月）7。 Kelly Blevins，Adele Crane，Christopher Lum，Kanako Furuta，Keolu Fox和Anne Stone。 paci岛麻风分枝杆菌的进化史。 皇家学会的哲学交易B. （接受，2020）Keolu Fox。lei niho palaoa和数字工具，以防止非法使用古代DNA。夏威夷考古学。（即将到来，2020年）3。Fernando A. Villanea，Emilia Huerta-Sanchez和Keolu Fox。尼安德特人和丹尼索沃斯人的ABO遗传变异。（即将到来，2020年）4。Vicky Cameron，Keolu Fox，Maui Hudson，Jacquelyn Taylor，Veronica Barcelona de Mendoza，Yan V. Sun，Alison Cirino和Gia Mudd-Martin。心血管基因组学研究的考虑因素与少数群体和土著人口。循环：基因组和精确医学。（即将到来，2020年）5。Keolu Fox。 “我们所有人”的计划和土著人民。 新英格兰医学杂志。 （2020年11月）6。 Keolu Fox。 包容的错觉 - “我们所有人”的研究计划和土著人民的DNA。 新英格兰医学杂志。 （2020年7月）7。 Kelly Blevins，Adele Crane，Christopher Lum，Kanako Furuta，Keolu Fox和Anne Stone。 paci岛麻风分枝杆菌的进化史。 皇家学会的哲学交易B. （接受，2020）Keolu Fox。“我们所有人”的计划和土著人民。新英格兰医学杂志。（2020年11月）6。Keolu Fox。 包容的错觉 - “我们所有人”的研究计划和土著人民的DNA。 新英格兰医学杂志。 （2020年7月）7。 Kelly Blevins，Adele Crane，Christopher Lum，Kanako Furuta，Keolu Fox和Anne Stone。 paci岛麻风分枝杆菌的进化史。 皇家学会的哲学交易B. （接受，2020）Keolu Fox。包容的错觉 - “我们所有人”的研究计划和土著人民的DNA。新英格兰医学杂志。（2020年7月）7。Kelly Blevins，Adele Crane，Christopher Lum，Kanako Furuta，Keolu Fox和Anne Stone。paci岛麻风分枝杆菌的进化史。皇家学会的哲学交易B.（接受，2020）
通过树结构双重动态编程
动机：从多个组织样品的大量DNA测序中重建肿瘤的进化史仍然是一个具有挑战性的计算问题，需要同时对肿瘤组织的反卷积及其进化史的推论。最近，系统发育重建方法通过将重建问题分为两个部分，从而取得了重大进展：固定拓扑的回归问题和对树空间的搜索。尽管已经为后一种搜索问题开发了有效的技术，但由于缺乏快速，专业的算法，回归问题仍然是方法设计和实施的瓶颈。结果：在这里，我们介绍了FastPPM，这是一种快速工具，可以通过树结构的双动态编程来解决回归问题。FastPPM支持任意可分离的凸损耗函数，包括ℓ2，分段线性，二项式和β-二元损失，并为现有算法提供了ℓ2和分段线性损失的渐近改进。我们发现，FastPPM的表现优于专业和通用回归算法，获得了50-450×加速度，同时提供了与现有方法一样准确的解决方案。将FASTPPM纳入几种系统发育推理算法中，立即产生高达400倍的速度，仅需要对现有软件的程序代码进行少量更改。最后，FASTPPM可以在模拟数据和结直肠癌的患者衍生的小鼠模型中分析低覆盖量的大量DNA测序数据，从精度和运行时都优于最先进的系统发育推断算法。可用性：FastPPM在C ++中实现，并在github.com/elkebir-group/fastppm.git上作为命令行接口和Python库可用。