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冠状病毒主要蛋白酶的酶动力学模型，包括二聚和配体结合
图1：酶动力学模型的示意图。蛋白显示为单体（M）的橙色矩形或二聚体（D）的一对重叠的绿色圆形矩形。在水平或倾斜箭头上方的物种被添加向右/移除向左移动。在垂直箭头右侧的物种向下添加/去除。平衡常数（k）是导致更复杂物种的方向前进的，k d用于二聚化，k i用于抑制剂结合，而k s则用于底物结合。速率常数K CAT取决于二聚化和配体结合。
“多靶点”的定义：通过载体分析识别潜在的多靶点和选择性配体
多靶点药物的设计是药物化学领域的一个重要的研究领域，因为它们已被提议作为治疗复杂疾病的潜在疗法。然而，定义一种多靶点药物并不是一件容易的事。在这项工作中，我们提出了一种矢量分析来测量和定义“多靶点性”。我们开发了诸如配体的顺序和力等术语，最终得出两个参数：多靶点指数 1 和 2。这两个指数的组合可以区分多靶点药物。我们构建了几个训练集来测试这些指数的实用性：一个具有实际亲和力的实验训练集、一个在理论值范围内的对接训练集和一个广泛的数据库训练集。这些指数被证明是有用的，因为它们在计算机和实验数据中独立使用，在大多数训练集中识别出实际的多靶点化合物甚至选择性配体。然后，我们应用这些指标来评估与多发性硬化症相关的靶标的潜在配体虚拟库，根据其在计算机中的行为确定了 10 种可能成为多靶点药物开发先导的化合物。通过这项工作，我们在定义多靶点和药物设计方面树立了新的里程碑。
配体构象偏差驱动 Hsp90 上表面暴露赖氨酸的对映选择性修饰
摘要：由于表面暴露的赖氨酸的固有反应性低且在整个蛋白质组中普遍存在，因此对其进行靶向共价修饰具有挑战性。优化可逆结合抑制剂 ( k inact ) 共价键形成速率的策略通常涉及提高亲电试剂的反应性，这会增加离靶修饰的风险。在这里，我们采用了一种替代方法来提高赖氨酸靶向共价 Hsp90 抑制剂的 k inact ，而不依赖于可逆结合亲电性 ( K i ) 或固有亲电性。从非共价配体开始，我们附加了一个手性、构象受限的连接体，它使芳基磺酰氟与 Hsp90 表面的 Lys58 快速且对映选择性地发生反应。共价和非共价配体/Hsp90 复合物的生化实验和高分辨率晶体结构提供了有关配体构象在观察到的对映选择性中的作用的机制见解。最后，我们展示了细胞 Hsp90 的选择性共价靶向，尽管共价配体/Hsp90 复合物同时降解，但仍会导致热休克反应延长。我们的工作突出了设计配体构象约束的潜力，可以大大加速蛋白质靶标表面远端、亲核性较差的赖氨酸的共价修饰。■ 简介共价抑制剂作为药物、细胞生物学工具和化学蛋白质组学探针具有广泛的用途。不可逆的共价修饰导致药物-靶标停留时间与靶蛋白的寿命相匹配，通常与药物清除率无关。 1、2 此外，共价抑制剂可以通过与配体结合位点内或附近的非保守亲核氨基酸反应来区分密切相关的旁系同源物。3 − 8 目标亲核试剂的选择性修饰由两步反应机制决定，其中配体的可逆结合先于共价修饰。可逆结合亲和力和最初形成的非共价复合物内共价键形成的速率 ( k inact ) 都会影响共价抑制剂的效力。9 增加 k inact 的一个明显方法是增强亲电试剂的固有反应性。这种方法的缺点是它增加了发生不良的脱靶反应的可能性。因此，共价抑制剂的优化主要依赖于最大化非共价识别元素的可逆结合亲和力。 10,11 迄今为止，快速作用、高选择性共价配体的设计主要集中在半胱氨酸上，部分原因是其高内在反应性允许使用相对不活泼的亲电试剂（例如丙烯酰胺）。12 − 14 然而，半胱氨酸是蛋白质组中最不常见的氨基酸之一，许多配体结合位点缺乏近端半胱氨酸。
重新定位靶向刺突糖蛋白的配体作为抗 SARS-CoV-2 的潜在药物
从构象上看，刺突糖蛋白以同源三聚体的形式排列在病毒表面 [29]。当 RBM 被隐藏时，构象称为向下（受体不可接近）（见图 1C）。然而，同源三聚体是不对称的，因为它们不断进行结构重排（向上构象），以将病毒膜与宿主细胞膜融合 [13]。当两个 RBD 结构域被隐藏（受体不可接近）时，一个 RBD 结构域暴露（受体可接近），称为向上构象（见图 1D）。这是因为 S1 的 RBD 经历了铰链状运动 [32]。在 SARS-CoV 中，有两个铰链位点被鉴定（铰链 1 位点（354-361）和铰链 2 位点（552-563），它们负责上下切换
配体锚定聚合物对结肠疾病治疗中药物靶向作用的意义
靶向药物输送技术可以治疗各种肠道疾病，如克罗恩病、溃疡性结肠炎、结肠癌、结肠病变以及在靶位点全身输送药物。传统的结肠特异性药物输送系统缺乏特异性，在到达靶位点之前会释放大量药物。因此，确保药物在结肠有效释放的有效药物输送系统仍然是一个备受追捧的研究领域。配体锚定疗法是一种在选择性靶细胞中执行药物输送的强大而有效的方法，既可用于诊断，也可用于治疗。与常规药物相比，这种配体锚定疗法具有毒性最小、副作用少的额外优势。与健康细胞相比，患病细胞上受体表达过高导致了主动药物靶向的出现。此外，耐药性是化疗失败的主要原因之一，也是有效治疗的主要障碍。耐药性背后的原因是由于缺乏特异性的治疗方法，病理细胞/病原体暴露于亚治疗水平的药物。主动靶向，即被靶细胞特异性地吸收，可以保证病理细胞/病原体暴露于靶标的高药物负荷，而不影响非靶细胞，从而最大限度地减少对正常细胞的损害，并最大限度地降低耐药性的可能性。过去几年发现了许多配体，如抗体、适体、肽、叶酸和转铁蛋白。纳米载体的设计可以结合许多不同的功能，从而实现成像和触发细胞内药物释放等功能。本综述文章重点介绍配体锚定疗法的进展及其对靶向纳米载体进展的意义。它还将建立用于治疗结肠疾病的多靶向和多功能纳米载体等新概念。
用于本质上稳定且可扩展的钙岩太阳能电池的多功能半导体配体设计
与当前的技术状态相比，美国能源部（DOE）提议向普渡大学提供联邦资金，以开发具有增强稳定性和电子特性的太阳能钙钛矿细胞。普渡大学将专注于将半导体配体（即与金属原子结合的分子）整合到细胞中。与技术的当前状态相比，配体将覆盖太阳能电池并提高设备内能量交换的能量转换效率和控制能量交换的方面，从而提高稳定性和能源效率。与项目相关的活动包括数据分析，计算机建模，概念设计工作，材料合成，表征，太阳能电池/微型模块制造和性能测试。
大麻素受体2结合位点中的水分子对新型配体的发现至关重要
大麻素受体2（CB 2 R）具有相当大的治疗和科学意义。因此，发现和调节这种回收物的新分子的发现，理想地选择性地对其最接近的相对相对的大麻素受体1，非常重要。在这项研究中，我们旨在发现使用硅离子座屏幕中的大型库来发现针对CB 2 R的新型配体。但是，由于CB 2 R结合位点由于其疏水性而难以针对硅方法，因此我们使用了各种筛选方法，包括将水分子放置在受体结合位点的预测水位位置，以及针对多个停靠设置和受体构象的筛选。我们系统地评估了这些不同的方法，以支持CB 2 R和其他受体的未来筛选。在当前工作中，每个设置都贡献了不同的内在活动的不同配体，与单个屏幕相比，总体上提高了命中率。，一个系列具有先前未描述的脚手架的高亲和力配体。
蛋白质-配体相互作用：从药物开发到细胞信号传导的生物过程和分子编排
蛋白质-配体相互作用是许多生物过程的核心，是支撑从细胞信号传导到药物开发等所有过程的分子编排。了解这些相互作用的复杂性不仅是生物化学的一个基本方面，也是设计针对各种疾病的靶向疗法的关键步骤。蛋白质-配体相互作用，探索其意义、机制和应用。
LP1和LP2：双目标MOPR/DOPR配体作为持续疼痛缓解的药物候选
1药物和健康科学系，加泰尼亚大学药物化学科，Viale A. Doria 6，95125 Catania，意大利2号卡塔尼亚2药物与健康科学系，药理学与毒理学科，卡塔尼亚大学，加泰尼亚大学，Viale A. Doria 6，95125 Catania catania Italy，意大利； cparenti@unict.it 3细胞信号传导和分子药理学实验室，生物科学与应用研究所，国家科学研究中心“ Demokritos” AG。Paraskevi-Attikis，15310年，雅典，希腊； iro@bio.demokritos.gr 4卡塔尼亚毒理学临床药理学研究生院，通过S. 97，95100意大利卡塔尼亚； uni303423@studium.unict.it 5米兰大学麻醉与重症监护室研究生学院，经Francesco Sforza，35，20122222222222222222222222222222222222222222222222222年； emilia.tomarchio@unimi.it *通信：lpasquin@unict.it（l.p。）; rita.turnaturi@unict.it（r.t.）;电话。： +39-095-738-4273（L.P.＆R.T。）
利用 DNA 折纸技术设计配体-药物偶联物用于靶向药物输送
在用于治疗复发性霍奇金淋巴瘤 [5,6] 的 Brentuximab vedotin (Adcetris) 和用于治疗 HER2 + 转移性乳腺癌 [7,8] 的 T-DM1 (Kadcyla) 获得美国食品药品管理局 (FDA) 临床批准的背景下。所谓的“魔弹”最初由 Paul Ehrlich 构想 [9]，旨在将小分子药物的毒性与抗体的靶向能力结合起来，以提高总体疗效和治疗指数。[10–15] 尽管概念简单，但 ADC 的开发面临着若干挑战，包括可控的毒性、均质结合和有限的药物有效载荷能力。对于 ADC 来说，药物抗体比 (DAR) 和靶向能力之间的平衡是必需的，以降低候选药物的损耗率。DAR 非常高的 ADC 可能会降低对靶抗原的识别。 [16–19] 因此，开发具有高最大耐受剂量和高选择性的 ADC 是非常有必要的。[20–22]