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广谱 CRISPR-Cas13a 可实现高效的噬菌体基因组编辑
CRISPR-Cas13 蛋白是 RNA 引导的 RNA 核酸酶，通过与互补的靶噬菌体转录本结合，然后进行一般的非特异性 RNA 降解，来防御入侵的 RNA 和 DNA 噬菌体。在这里，我们分析了 Leptotrichia buccalis 的 LbuCas13a 的防御能力，发现它具有强大的抗病毒活性，不受靶噬菌体基因的必要性、基因表达时间或靶序列位置的影响。此外，我们发现 LbuCas13a 的抗病毒活性对各种噬菌体具有广泛效果，方法是将 LbuCas13a 与来自不同系统发育群的九种大肠杆菌噬菌体进行对抗。利用 LbuCas13a 靶向的多功能性和效力，我们将 LbuCas13a 应用于广谱噬菌体编辑。使用两步噬菌体编辑和富集方法，我们在三种不同的噬菌体中实现了七次无标记基因组编辑，效率高达 100%，包括多基因删除和替换单个密码子等编辑。Cas13a 可用作编辑地球上最丰富、最多样化的生物实体的通用工具。
基础设施 36，布特能源 Senedd 塞浦路斯 |气候陈
最近的 IPCC 报告强调，迫切需要以更快的速度和更大的规模采取迅速、有效、务实的行动应对气候变化，以将全球变暖限制在 1.5°C 以内。报告指出，大幅、快速和持续地削减温室气体排放对于避免气候灾难至关重要，而只有加快向清洁能源的过渡并尽快推出新的清洁能源项目，才能实现这一目标。显然，威尔士政府对可再生能源部署目标的承诺将增强投资者信心，为威尔士带来项目，并在能源、专业知识和经济方面创造重要的出口机会。在此背景下，我们认为现在必须将重点转移到交付上：如果我们要实现这一目标以及未来的碳预算，就需要行业和其他利益相关者的快速反应。
分子生物学系
1。中村。您的宪法在三年内发生变化。 Shueisha Shinsho，2023年。（第205页）2。中村。环境和表观基因组 - 身体会根据环境而变化吗？ - 。 Maruzen Publishing，2018年。（第192）3。中村。表观遗传学，标准分子细胞生物学（印刷），Igakushoin，2024。4。Hino Shinjiro。黄素依赖性组蛋白脱甲基酶的脂肪细胞调节，棕色脂肪组织，CMC Publishing，117-122，2024。5。Hino Shinjiro。通过乳酸代谢，肝胆道胰腺癌重新编程胆管癌（特殊特征：从微环境中解释的胆道胰腺癌），88（5）：613-617，2024。6。eto kan，中田Mitsuyoshi。 RNASEQCHEF：自动分析基因表达波动的Web工具，实验医学，41：2307-2313，2023。7。中村。通过代谢和表观基因组控制细胞衰老的机制，生物科学（增强新陈代谢的特殊特征），74：480-481，2023。8。Hino Yuko，Hino Shinjiro，Nakao Mitsuyoshi。通过从线粒体到细胞核的逆行信号的增强剂重塑，医学进度，286：171-172，2023。9。中村。与生活方式有关的疾病：脂肪组织和骨骼肌中的两个代谢表观基因组。途径，饮食和医学，24：21-29，2023。10。Hino Shinjiro。核黄素和黄素蛋白的细胞调节，实验医学补充剂（营养和代谢物信号和食物功能），40（7）：1161-1167，2022。11。KOGA TOMOSHO，Nakao Mitsuyoshi。转录组和表观基因组的综合分析，遗传分析新技术及其应用，Wako Pure Chemical Times，89：10-11，2021。 12。 Hino Shinjiro，Araki Yuki，Nakao Mitsuyoshi。肥胖的环境反应敏感的表观基因组形成和个体差异，实验医学特别版（肥胖研究以了解个体差异），5：139-144，2021。 13。 Hino Shinjiro。营养环境适应中的表观遗传学控制机制，基本老化研究，45（3）：19-24，2021。 14。 Araki Yuki，Hino Shinjiro，Nakao Mitsuyoshi。表观基因组介导的营养感应和维护和代谢稳态，糖尿病和内分泌代谢部，51：315-322，2020。 15。 Anan Kotaro，Nakao Mitsuyoshi。小儿遗传疾病和表观遗传学，遗传医学穆克独立体积（最新的遗传医学研究和遗传咨询），医学DO，48-53，2019。 16。 中村。健康与疾病（DOHAD）和表观遗传学的发展起源，早产儿，如何成长和发育低流血儿童 - 从出生到Aya一代 - 东京Igakusha，198-208，2019。 17。 Anan Kotaro，Hino Shinjiro，Nakao Mitsuyoshi。组蛋白脱甲基LSD1对骨骼肌细胞的代谢重编程，生物化学，91：31-37，2019。 18。 中村。你和我为什么与众不同？物种与遗传科学，日本临床营养协会杂志，34：19-23，2018。KOGA TOMOSHO，Nakao Mitsuyoshi。转录组和表观基因组的综合分析，遗传分析新技术及其应用，Wako Pure Chemical Times，89：10-11，2021。12。Hino Shinjiro，Araki Yuki，Nakao Mitsuyoshi。肥胖的环境反应敏感的表观基因组形成和个体差异，实验医学特别版（肥胖研究以了解个体差异），5：139-144，2021。13。Hino Shinjiro。营养环境适应中的表观遗传学控制机制，基本老化研究，45（3）：19-24，2021。14。Araki Yuki，Hino Shinjiro，Nakao Mitsuyoshi。表观基因组介导的营养感应和维护和代谢稳态，糖尿病和内分泌代谢部，51：315-322，2020。15。Anan Kotaro，Nakao Mitsuyoshi。小儿遗传疾病和表观遗传学，遗传医学穆克独立体积（最新的遗传医学研究和遗传咨询），医学DO，48-53，2019。 16。 中村。健康与疾病（DOHAD）和表观遗传学的发展起源，早产儿，如何成长和发育低流血儿童 - 从出生到Aya一代 - 东京Igakusha，198-208，2019。 17。 Anan Kotaro，Hino Shinjiro，Nakao Mitsuyoshi。组蛋白脱甲基LSD1对骨骼肌细胞的代谢重编程，生物化学，91：31-37，2019。 18。 中村。你和我为什么与众不同？物种与遗传科学，日本临床营养协会杂志，34：19-23，2018。Anan Kotaro，Nakao Mitsuyoshi。小儿遗传疾病和表观遗传学，遗传医学穆克独立体积（最新的遗传医学研究和遗传咨询），医学DO，48-53，2019。16。中村。健康与疾病（DOHAD）和表观遗传学的发展起源，早产儿，如何成长和发育低流血儿童 - 从出生到Aya一代 - 东京Igakusha，198-208，2019。17。Anan Kotaro，Hino Shinjiro，Nakao Mitsuyoshi。组蛋白脱甲基LSD1对骨骼肌细胞的代谢重编程，生物化学，91：31-37，2019。 18。 中村。你和我为什么与众不同？物种与遗传科学，日本临床营养协会杂志，34：19-23，2018。Anan Kotaro，Hino Shinjiro，Nakao Mitsuyoshi。组蛋白脱甲基LSD1对骨骼肌细胞的代谢重编程，生物化学，91：31-37，2019。18。中村。你和我为什么与众不同？物种与遗传科学，日本临床营养协会杂志，34：19-23，2018。
1悬挂陈的增强学习算法以优化玩家的战术决策和
摘要： - 本文探讨了排名遗传优化增强学习（RGORL）算法的应用，以优化玩家在网球比赛中的战术决策和圆形计划。利用进化原理和强化学习技术，RGORL提供了一个数据驱动的框架，以增强球场性能。广泛的模拟证明了该算法在改善比赛成果，得分赢得百分比和游戏赢得百分比方面的有效性。结果说明了连续几代人的健身得分的稳步改善，表明RGORL随着时间的推移发展和完善策略的能力。对战术决策的分析揭示了诸如获胜率，得分赢得百分比和游戏赢得百分比的策略的优势。通过广泛的模拟，RGORL证明了匹配结果的显着改善，获胜率最大提高了13％。对战术决策的分析揭示了赢得百分比的积分的显着增强，在各种策略中，高达34％的人（尤其是“净方法”）提高了34％。此外，该算法在游戏中取得了可观的收益，赢得了百分比，记录的算法最高可增长25％。
广谱冠状病毒抗病毒药物和可用药宿主靶点
摘要 已获许可药物组成的药物库代表了调节人类生理过程的大量分子，为发现针对宿主的抗病毒药物提供了独特的机会。我们筛选了包含约 12,000 个分子的 Repurposing、Focused Rescue 和 Accelerated Medchem (ReFRAME) 药物库，以寻找广谱冠状病毒抗病毒药物，并发现了 134 种抑制 α 冠状病毒的化合物，并映射到 58 个分子靶标类别。主要靶标包括 5-羟色胺受体、多巴胺受体和细胞周期蛋白依赖性激酶。敲除这些药物的宿主靶标，包括组织蛋白酶 B 和 L（CTSB/L；VBY-825）、芳烃受体（AHR；Phortress）、法呢基二磷酸法呢基转移酶 1（FDFT1；P-3622）和 kelch 样 ECH 相关蛋白 1（KEAP1；Omaveloxolone），显著调节了 HCoV-229E 感染，证明这些化合物通过作用于各自的宿主靶标来抑制病毒。对所有 134 种主要化合物候选物与 SARS-CoV-2 进行反向筛选，并在原代细胞中进行验证，确定了 Phortress（一种 AHR 激活配体）、P-3622 靶向 FDFT1 和 Omaveloxolone（一种通过将 NFE2 样 bZIP 转录因子 2 (NFE2L2) 从其内源性抑制剂 KEAP1 中释放出来而激活 NFE2 样 bZIP 转录因子 2 (NFE2L2)）作为 Alpha 和 Betacor 病毒的抗病毒候选物。本研究概述了 HCoV-229E 重新利用候选物，并揭示了被各种冠状病毒劫持的新型潜在可用药病毒宿主依赖因子。
广约罗伯特·桑（Robert Sang） - 公司神经祖父
Nature Neuroscience, Nature Computational Science, Nature Communications, eLife, Journal of Neuroscience, PLOS Computational Biology, Current Opinion in Neu- robiology, Neural Networks, Chaos, Frontiers in Neuroscience, JMLR (Journal of Machine Learning Research), NeurIPS (Conference on Neural Information Processing Systems), ICLR (International Conference on Learning Representations), ICML (In- ternational Conference on Machine Learning), Cosyne （计算和系统神经科学），CCN（认知计算神经科学会议），CNS（计算神经科学组织）
纤细的结合口袋：广谱抗病毒药的有吸引力的目标
利用病毒依赖对宿主途径的病毒疾病造成了巨大的个人，社会和经济困扰。艾滋病毒已在全球范围内造成近4000万人死亡，每年融合了一种病毒（IAV），每年造成数十万次呼吸道死亡，近3亿人患有全球丙型肝炎病毒（HCV）。严重的急性呼吸综合症冠状病毒2（SARS-COV-2）是SARS-COV，H1N1 Infuenza病毒，中东呼吸综合征冠状病毒（MERS-COV），MERS-COV（MERS-COV），EBOLA病毒，Ebola病毒和Zika Virus之后，是21世纪的最新严重病毒爆发。许多特有病毒吸引了巨大的投资用于药物开发，其中几种疾病现在可以治疗，艾滋病毒和HCV是特殊的成功案例。然而，零星的研究病毒爆发显示出反应性药物开发管道的失败，在该管道中开发出具有显着滞后的药物。在SARS-COV-2大流行期间，最初的药物开发工作重点是重新利用先前批准的其他微生物和非微生物疾病的药物，其成功有限[2，3]。鉴于新型药物的开发和批准时间，可能已经有十年的时间要在特定的SARS-COV-2靶向小分子疗法之前广泛使用[4]。幸运的是，SARS-COV-2疫苗的快速发展减少了灾难性影响，并最大程度地减少了生命的丧失。然而，疗法的反应性开发不可避免地会导致疫情早期的社会破坏。这种主张向感染前和感染后药物的广泛工具包的主动开发模型过渡，以允许预防性和治疗性干预[5，6]。
广谱抗CRISPR蛋白促进水平基因转移
CRISPR-Cas 适应性免疫系统保护细菌和古细菌免受入侵的遗传寄生虫（包括噬菌体/病毒和质粒）的侵害。为了应对这种免疫力，许多噬菌体都具有抑制 CRISPR-Cas 靶向的抗 CRISPR (Acr) 蛋白。迄今为止，抗 CRISPR 基因主要在噬菌体或原噬菌体基因组中发现。在这里，我们使用李斯特菌 acrIIA1 基因作为标记，发现了厚壁菌中存在的质粒和其他接合元件上的 acr 基因座。在李斯特菌、肠球菌、链球菌和葡萄球菌基因组中发现的四个已识别基因可以抑制 II-A 型 SpyCas9 或 SauCas9，因此被命名为 acrIIA16-19。在粪肠球菌中，Cas9 靶向质粒的结合通过源自肠球菌结合元件的抗 CRISPR 得到增强，凸显了 Acrs 在质粒传播中的作用。相互共免疫沉淀表明，每个 Acr 蛋白
植物免疫受体的定向进化以实现广谱效应物识别
。CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可证（未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者此版本于 2025 年 2 月 4 日发布。；https://doi.org/10.1101/2024.09.30.614878 doi：bioRxiv 预印本
来自D型葡萄糖的合成碳纳米的广谱抗菌活性
摘要：碳纳米植物是一类碳纳米 - 合金支出，已通过来自各种前体的不同途径和方法合成。所选的前体，合成方法和条件可以强烈改变所得材料及其预期应用的理化特性。在此，通过将热解和化学氧化方法结合使用D-葡萄糖从D-葡萄糖中合成碳纳米植物（CND）。在产物和量子产率上研究了热解温度，氧化剂的等效物和回流时间的影响。在最佳条件下（300°C的热解温度，4.41等于H 2 O 2，90分钟的回流）CNDS分别获得了40％和3.6％的产品和量子收率。获得的CND被负电荷（ζ - -potential = - 32 mV），非常分散在水中，平均直径为2.2 nm。此外，在CNDS合成过程中，引入了氢氧化铵（NH 4 OH）作为脱水和/或钝化剂，导致产物和量子产率的显着提高约为1.5和3.76倍。合成的CND显示出针对不同革兰氏阳性和革兰氏阴性细菌菌株的广泛抗菌活性。两个合成的CND都会导致高度菌落形成单位还原（CFU），大多数测试细菌菌株的范围从98％至99.99％。然而，在没有NH 4 OH的情况下合成的CND，由于充满氧化基团的负电荷的表面，在区域抑制和最小抑制浓度方面表现更好。含有高氧纳米模型的抗菌活性升高与其ROS形成能力直接相关。关键字：D-葡萄糖，热解，氧化，细菌感染，最小抑制浓度，CFU降低■简介