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解码靶向整合的复杂性：使用纳米孔测序表征 CRISPR-Cas9 靶位点的 DNA 插入
考虑到纳米孔测序的~5%测序错误（主要是插入和缺失）和供体片段的部分截断整合，我们在分配数据时基于预期的完美插入大小将间隔扩大±20%。然后，我们用正向骨架插入（Bf）、反向骨架插入（Br）、正向F8盒式插入（F8f）和反向F8盒式插入（F8r）的grepseqs分析了9个数据集特定长度范围内的数据。最后，我们计算出F8盒式插入和骨架整合的比例，分别为40.24%和44.47%。有趣的是，完全供体整合占总插入事件的14.16%，而其余的插入涉及两个相同的片段和三个片段的整合（图5B）。
使用CRISPR/CAS9系统对I型粘多糖含量的潜在脱靶位点的硅胶分析：对人群特异性治疗的影响
粘多糖含量I型（MPS I）是由IDUA基因编码的α-l-二维罗苷酶缺乏引起的。用CRISPR/CAS9的治疗正在开发用于治疗，但是必须对脱靶效应进行详细研究。本研究旨在评估旨在纠正MPS I患者最常见变体的SGRNA的可能脱离目标（P.TRP402 *）。在至少一个人群中，在这些序列中鉴定了共272个势靶序列，并在这些序列中鉴定出84个聚形态位点，其频率等于或大于1％。在大多数情况下，多态性位点减少了脱靶裂解的机会，并创建了新的PAM，这表明了这种分析的重要性。这项研究强调了使用I型粘二糖化病在人群特定环境中筛选靶点的重要性，作为与所有治疗治疗有关的问题的一个例子。我们的结果可以为已经在临床上使用的其他目标提供更广泛的应用，因为它们可能会影响CRISPR/CAS9的安全性和效率。
CRISPR-Cas9 在体内诱导靶位点和非靶位点的大结构变异，这些变异会在几代之间分离
。CC-BY-NC 4.0 国际许可，根据 （未经同行评审认证）提供，是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者，此版本于 2021 年 10 月 5 日发布。；https://doi.org/10.1101/2021.10.05.463186 doi：bioRxiv 预印本
一种通用且快速的 CRISPR 脱靶位点检测工具
背景：II 型成簇的规律间隔短回文重复序列 (CRISPR) 和 CRISPR 相关蛋白 (Cas) 是一种强大的基因组编辑技术，在基因功能分析中越来越受欢迎。在 CRISPR/Cas 中，RNA 引导 Cas 核酸酶到靶位点进行 DNA 修饰。结果：CRISPR/Cas 的性能取决于精心设计的单向导 RNA (sgRNA)。然而，sgRNA 的脱靶效应会导致基因组中出现不良突变，从而限制了 CRISPR/Cas 的使用。在此，我们介绍了一种通用且快速的 CRISPR 脱靶检测工具 OffScan。结论：OffScan 不受错配数量的限制，并允许自定义原型间隔区相邻基序 (PAM)，这是 Cas 蛋白的靶位点。此外，OffScan 采用 FM 索引，可有效提高查询速度并减少内存消耗。