该协议详细介绍了海洋大藻类组织的高分子量DNA提取。海洋大量藻类包含各种独特的细胞壁成分,包括硫酸化的多糖和多酚。这些成分通常与高分子量(HMW)DNA共同流行,并导致文库准备和测序结果减少。该方案融合了聚乙烯 - 丙烯吡啶酮(PVPP)和β-莫咖啡乙醇(BME),以减少多酚污染,并以乙酸钾(KOAC)(KOAC)的早期盐盐措施来解决多糖。该方案在很大程度上是从牛津纳米孔HMW DNA从拟南芥叶片中提取的,该叶子叶结合了QIAGEN血液和细胞培养DNA MIDI KIT进行柱清洁。DNA产品通常需要在洗脱后进行额外的清理,我们建议所有HMW应用的Bluepippin 15KB尺寸选择。
Cian Cummins,Alberto Alvarez-Fernandez,Ahmed Bentaleb,Georges Hadziioannou,Virginie Pon-Sinet等。Langmuir,2020,36(46),pp.13872-13880。10.1021/acs.langmuir.0c02261。hal-03033202
数十亿美元致力于推进测序技术。这导致了通过数量级的顺序和基于测序的应用程序爆炸的降低。但是,样品制备过程仍然是一个重要的瓶颈。手动处理样品时,样本质量,费力的协议和高样本成本仍然是可伸缩性和一致性的重要障碍。自动化液体处理程序可实现更高的吞吐量,但实施的重大障碍持续存在:昂贵的方法开发,高资本支出,对多重
开发非模型物种的高分子量 (HMW) 基因组 DNA (gDNA) 提取方案对于充分利用长读测序技术以生成有助于解答有关这些生物的复杂问题的基因组组装至关重要。获取足够的高质量 HMW gDNA 对这些物种来说可能具有挑战性,尤其是对于富含多糖的组织,例如来自葡萄藻属内物种的生物质。基于柱式 DNA 提取和生化裂解试剂盒的现有方案效率低下,并且由于生物质多糖含量的变化可能没有用。我们开发了一种优化的方案,用于从葡萄藻生物质中有效提取 HMW gDNA,以用于长读测序技术。该方案利用山梨糖醇作为初始洗涤步骤去除多糖,并产生浓度高达 220 ng/μL 的高纯度 HMW gDNA。然后,我们证明了从该方案中分离出的 HMW gDNA 适用于在 Oxford Nanopore PromethION 平台上对三种葡萄藻进行长读测序。我们的方案可用作在富含多糖的微藻中高效提取 HMW gDNA 的标准,并可适用于其他具有挑战性的物种。
摘要:Polylactide(PLA)是具有不同商业应用的生物基合成聚酯。然而,由于PLA的加工性约束,抗性性和生物降解性,PLA被认为是不利的。因此,这项研究旨在基于高性手性对映射D-乳酸(D-LA)的聚酯(称为poly [d-la-co-(r)-3-羟基丁酸(3hb)](LAHB)(LAHB)的新型可生物降解修饰剂,以改善PLA的物理特性。高分子重量(HMW)LAHB是从大量的化学自动营养性杯状囊泡中合成的。通过使用含有葡萄糖的最小培养基并在C. necator中保留3HB均聚物的固有合成途径,从而实现了LAHB的量身定制过量生产,该培养基的固有合成途径可产生最高的产率,达到27 g/l/48 h。 LAHB的分子量实质上升高至1.1×10 6 g/mol,称为超高分子量(UHMW)LAHB。通过乳酸脱氢酶和丙酰基辅酶A转移酶变体的协同优化组合以及通过D-LA逃生途径的有效关闭来调节LAHB中的LA派系。PLA和两个选定的可生物降解的UHMW-/HMW-LAHB作为需求的可生物降解修饰符的组合允许提高PLA的加工性和影响抗性,同时保持透明度。LAHB的这些好处与传统生物基修饰剂(包括3HB基聚合物)的好处。关键字:杯状固定剂,聚乳酸,聚酯酸,聚羟基烷酸,LAHB,PLA,工程生物学,合成生物学■简介
聚合物材料在我们生活的各个方面发挥着重要作用。它们大多数都是固体,因此,此类聚合物材料的关键重要性在于其多功能性、轻便性、经济性、耐用性和强度、耐腐蚀性、电绝缘性和热绝缘性(导电聚合物除外)、身体和医疗器械之间的适当界面以及设计灵活性。一般来说,聚合物材料的重要性在于其多功能性、成本效益和在汽车、航空航天、电子、医疗保健、建筑、包装等各种行业的适用性。这篇小评论的目的是鼓励未来的作者在未来几年提交与聚合物材料的各个方面和前沿相关的杰出贡献。
结直肠癌(CRC)是全球第二大癌症死亡原因1。手术根治性切除联合辅助化疗仍然是CRC的主要治疗选择,但术后5年生存率仅为60%左右,约三分之一的CRC患者在手术后2年内复发2。幸运的是,高通量测序的变革加速了精准医疗的发展。例如,KRAS突变提示CRC对抗表皮生长因子受体(EGFR)靶向治疗产生耐药性3。此外,分子引导的个体化治疗在主要临床领域和挑战中带来了新的希望,例如预测微卫星稳定(MSS)CRC对免疫治疗敏感性和耐药性的新型生物标志物。因此,通过分子检测确定更多潜在靶点以改善CRC患者的分层并实现CRC的精准治疗至关重要。从这个角度出发,我们基于以往的研究和经验,讨论了分子检测指导的 CRC 靶向和免疫治疗的现状和未来发展方向。我们还简要概述了在大型癌症中心进行分子检测的基本方面(图 1)。
我们建议使用Qubit®DSDNABR分析(Q32850; Thermofisher Scientific)确定HMW DNA浓度。该测定法使用超敏感的荧光核酸染色来用标准的荧光计和荧光素激发和发射波长来量化双链DNA(dsDNA)。建议从顶部,中部和底部进行多次测量。
长阅读测序技术的最新进展使从端粒到端粒的真核基因组的完整组装得以通过允许重复的区域进行完全测序和组装,从而填补了以前的简短阅读测序方法所留下的空白。此外,长阅读测序还可以帮助表征结构变异,并在基因组进化或癌症基因组领域中应用。对于许多生物体,对序列长读数的主要瓶颈仍然缺乏获得高分子重量(HMW)DNA的强大方法。为此,我们开发了一种优化的方案,可以根据CTAB/苯酚提取,提取适合于单细胞绿色藻层reinhardtii的长阅读测序的DNA,然后是长DNA分子的尺寸选择步骤。我们为提取方案提供验证结果,以及牛津纳米孔技术测序获得的统计数据。
结直肠癌(CRC)是全球与癌症相关死亡的第二大原因1。进行辅助化疗的手术自由基切除仍然是CRC的主要治疗方法,但术后5年的生存率仅约60%,大约三分之一的CRC经验患者在手术后的2年内复发。幸运的是,高通量测序的转化加速了精密医学的发展。例如,KRAS突变表明CRC 3中对抗皮肤生长因子受体(EGFR)靶向的疗法的抗性。此外,分子引导的个性化疗法在主要的临床领域和挑战中带来了新的希望,例如,新型生物标志物可以预测对微卫星稳定(MSS)CRC的敏感性和抗性免疫疗法。因此,必须通过分子测试来改善CRC患者的分层并实现CRC的精确治疗,这是必不可少的。从这个角度来看,根据我们以前的研究和经验,我们讨论了CRC的分子测试引导和免疫学疗法的当前状态和未来方向。我们还简要概述了大型癌症中心进行分子测试的基本方面(图1)。