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World File Search System高通量
通过汇集主要编辑对人类遗传变异进行高通量筛选
。CC-BY 4.0 国际许可，可在未经同行评审认证的情况下使用）是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者（此版本于 2024 年 4 月 1 日发布。；https://doi.org/10.1101/2024.04.01.587366 doi：bioRxiv 预印本
nelisa：高通量，高质量平台可实现秘密对象的定量分析
摘要我们介绍了Nelisa，这是一个微型，高通量和高保真蛋白质分析平台。DNA寡核苷酸用于在光谱编码的微粒上预启动抗体对，并执行位移介导的检测，同时确保在非同源抗体对之间的空间分离。使用流式细胞术在高通量上进行成本效益，并在高通量上进行。我们组装了一个由191个目标组成的炎症面板，这些炎症面板多重地多路复用，而没有交叉反应性或对性能与1 plex信号的影响，其灵敏度低至0.1pg/ml，并且在平台上的测量值跨越8个幅度。然后，我们进行了一个大规模的PBMC分泌组筛选，具有细胞因子为肌扰动物和读出，测量了7,392个样品，一周不到一周的时间生成约1.5m蛋白质数据标记，与其他高度多重的免疫仪相比，吞吐量的显着进展。我们发现了447个显着的细胞因子反应，包括多个推测的细胞因子反应，这些反应在供体中保守和刺激条件。我们还验证了其在表型筛查中的用途，并提出了Nelisa在药物发现中的应用。
通过转录重编程发现抗癌药物的高通量策略
转录重编程是癌症进展和复发的因素，然而肿瘤转录重编程机制不甚明了，导致有效药物的研发十分困难，而基因表达特征有助于将遗传信息与药物治疗联系起来。到目前为止，基于基因表达特征的高通量药物发现方法有两种：L1000（测量 978 个“标志性”基因的 mRNA 转录本丰度）和基于高通量测序的高通量筛选（HTS 2），适用于针对转录重编程的抗癌药物发现。L1000 利用连接介导的扩增和与 Luminex 珠子的杂交，通过检测珠子颜色和藻红蛋白信号的荧光强度来突出显示基因表达变化。HTS 2 利用 RNA 介导的寡核苷酸退火、选择和连接以及高通量测序，通过直接测量基因序列来量化基因表达变化。本文综述了L1000和HTS 2 的技术原理和应用，并讨论了它们在抗癌药物研发中的优势和局限性。
CRI-SPA：酵母库系统遗传编辑的高通量方法
私营部门。因此，链接FSC也不能免疫这种放缓（Reardon等，2020）。由于运动的豁免以及导致客户恐慌购买和储存行为的谣言，因此，观察到对货架稳定的食品的需求显着增加，因此，这些产品的储备（Kamble and Mor，2021; Troskie; Troskie，2020年）。印度社会一部分收入的损失也赞成这种态度，因此，食品价格急剧上涨。政府机构和一些非政府组织不断努力弥补这一损失，并定期供应这些主要必要产品。印度政府已将170万印度卢比的人释放给不同州，为贫困和移民工人寻求资金（Ranjith and Varma，2020年）。印度粮食经济占85％，取决于微型，中小型企业（MSMES），由202020年5月12日的印度荣誉总理宣布了2000万印度卢比的200万印度卢比的巨型救济经济包（约10％的印度GDP）。此包装支持相关的农业食品农民，劳动者，家庭手工业和中产阶级人士。农业和粮食安全存在很大的风险，因为消费的食品中有92％是从FSC购买的，并通过私营部门提供给消费者。需要适当的FSC规划和管理，以避免由于19020年的粮食危机而避免粮食危机（Reardon等，2020； Stauffer等，2018； Zurayk，2020； Ivanov和Dolgui，2020； Carberry and Padhee，2020）。
用于评估 PD-1 受体占有率的高通量流式细胞术检测：配备高通量采样器 (HTS) 选项的 BD FACSCelesta™ 流式细胞仪的药物发现应用
PMBCs 用 10 µg/mL 固定化 BD Pharmingen™ 纯化 NA/LE 小鼠抗人 CD3 刺激过夜或单独在培养基中培养（未刺激细胞）。未刺激和抗 CD3 刺激的细胞与 BD Pharmingen™ 人 BD Fc Block™ 预孵育，并用 BD Horizon™ BV421 抗人 CD3、BD Horizon™ BUV395 抗人 CD4 和连续两倍稀释液（范围从 0.15 µg/mL 到 10 µg/mL）的 BD Pharmingen™ PE 小鼠抗人 CD279 (PD-1)、克隆 EH12.1 (PE-EH12.1) 染色。结果：A. 来自一位供体的代表性数据显示淋巴细胞上 PD-1 和 CD3 的表达（使用前向和侧向散射进行门控，未显示）。 B. 条形图表示来自六名供体的样本中 CD4⁺（橙色）和 CD8⁺（蓝色）T 细胞亚群中 PD-1⁺ T 细胞的百分比，这些样本用抗 CD3 刺激或未刺激。C. 滴定曲线显示 PE-EH12.1（1.25 µg/mL）的最佳浓度在不同培养条件下对 CD4⁺ 和 CD8⁺ T 细胞亚群产生最高的染色指数。总体而言，结果表明抗 CD3 刺激增加了 CD4⁺ T 和 CD8⁺ T 细胞亚群中表达 PD-1 的 T 细胞百分比，且 CD8⁺ T 细胞上的 PD-1 表达更高。
高通量计算筛选具有单斜对称性的新型硅同素异形体
采用随机策略结合群论、图论和高通量计算，系统地扫描了共87种新的单斜硅同素异形体。新的同素异形体中，13种具有直接或准直接带隙，12种具有金属特性，其余为间接带隙半导体。这些新型单斜硅同素异形体中有30多种表现出大于或等于80 GPa的体积模量，其中3种表现出比金刚石硅更大的体积模量。只有两种新的硅同素异形体表现出比金刚石硅更大的剪切模量。详细研究了所有87种Si单斜同素异形体的晶体结构、稳定性（弹性常数、声子谱）、力学性能、电子性能、有效载流子质量和光学性能。五种新的同素异形体的电子有效质量ml小于金刚石硅的电子有效质量。所有这些新型单斜硅同素异形体在可见光谱区都表现出强吸收。结合它们的电子带隙结构，这使它们成为光伏应用的有前途的材料。这些研究极大地丰富了目前对硅同素异形体的结构和电子特性的认识。
使用高通量测量值在各种情况下开发紧凑的转录效应子
转录效应子是已知激活或抑制基因表达的蛋白质结构域。但是，缺乏对哪种效应域调节转录的系统性理解。在这里，我们开发了DCAS9介导的高通量募集（HT-RECRUIT），这是一种合并的筛选方法，用于量化内源性靶基因的效应子功能和测试效应子功能，用于包含各种环境的5,092个库中的库。我们还使用较大的文库瓷砖调节剂和转录因子来绘制从未注释的蛋白质区域绘制的效应子的上下文依赖性。我们发现许多效应子取决于目标和DBD上下文，例如可以充当激活因子或阻遏物的HLH域。为了实现有效的扰动，我们选择了包括ZNF705 KRAB在内的上下文固定域，从而改善了CRISPRI工具以使启动子和增强子保持沉默。我们通过结合NCOA3，FOXO3和ZnF473结构域来设计一种称为NFZ的紧凑型人类激活剂，该结构域可以通过更好的病毒递送和对嵌合抗原受体T细胞的诱导控制有效的CRISPRA。
高通量测序对晚期实体癌液体活检的临床影响
1 法国艾克斯-马赛大学马赛公共医院 CHU Timone 早期癌症试验中心 «CLIP2» 部，邮编 13005 马赛，法国； etienne.gouton@gmail.com（埃及）； nausicaa.malissen@ap-hm.fr（新墨西哥州）; nicolas.andre@ap-hm.fr （NA）; arnaud.jeanson@ap-hm.fr （AJ）; annick.pelletier@ap-hm.fr（美联社） albane.testot-ferry@ap-hm.fr (AT-F.)； caroline.gaudy@ap-hm.fr（CG-M.）; laetitia.dahan@ap-hm.fr （LD）; emeline.tabouret@ap-hm.fr（ET）； thomas.chevalier@ap-hm.fr (TC)； laurent.greillier@ap-hm.fr (LG) 2 Dermatology and Skin Cancer Department, Aix Marseille University, APHM, CRCM Inserm U1068, CNRS U7258, CHU Timone, 13005 Marseille, France 3 SMARTc Unit, Cancer Research Center of Marseille, Inserm U1068, Aix Marseille University, 13005 Marseille, France 4 Department of Digestive Oncology, CHU Timone, Assistance Publique Hopitaux de Marseille, Aix-Marseille University, 13005 Marseille, France 5 Institute of Neurophysiopathology, Aix-Marseille University, APHM, CNRS, INP, Neuro-Oncology Department CHU Timone, 13005 Marseille, France 6 Department of Medical Oncology, CHU Timone, Assistance Publique Hopitaux de Marseille, Aix-Marseille University, 13005 Marseille, France 7 Multidisciplinary肿瘤学与治疗创新系，艾克斯马赛大学，CNRS，INSERM，CRCM，APHM，13015 马赛，法国 * 通讯地址：pascale.tomasini@ap-hm.fr
基于第一性原理的高通量筛选耐腐蚀高熵合金的方法
由于合金的成分空间几乎是无限的，因此设计耐腐蚀高熵合金 (CR-HEA) 具有挑战性。为此，需要高效可靠的高通量探索性方法。为此，当前的工作报告了一种基于第一性原理的方法，利用功函数、表面能和耐腐蚀性之间的相关性（即，根据定义，功函数和表面能分别与合金固有的耐腐蚀性成正比和反比）。使用由密度泛函理论 (DFT) 计算得出的离散表面能和功函数，评估了 fcc Co-Cr-Fe-Mn-Mo-Ni 功函数和表面能的两个贝叶斯 CALPHAD 模型（或数据库）。然后使用这些模型对不同的 Co-Cr-Fe-Mn-Mo-Ni 合金成分进行排序。观察发现，排序后的合金具有与之前研究的耐腐蚀合金相似的化学特性，这表明所提出的方法可用于可靠地筛选具有潜在良好固有耐腐蚀性的 HEA。
高通量筛选针对新冠病毒主要蛋白酶的治疗药物
此预印本的版权所有者于 2020 年 1 月 30 日发布此版本。；https://doi.org/10.1101/2020.01.28.922922 doi: bioRxiv preprint