根据 Illumina 无细胞 DNA 富集制备用户指南中的详细说明,从碎片化的 FFPE DNA 或 cfDNA 制备 Illumina 无细胞 DNA 富集制备文库。对于 FFPE DNA,超声处理后,将 45 μl 碎片 DNA(~40 ng)转移到 96 孔 PCR 板中以进行最终修复反应。对于 ctDNA 样本,将 20 ng DNA 输入文库制备中。对“浓缩索引文库”步骤进行了更改,按质量而不是体积进行汇集,以适应在本研究期间测试的单个文库制备中的 1 重、4 重和 12 重文库汇集。使用 Qubit dsDNA BR 检测(Thermo Fisher Scientific,目录号 Q32853)对文库进行量化。为了适应更大的体积,每个文库汇集了 250 ng,并对协议进行了一些修改。富集是使用定制的 79 基因探针面板进行的,如 Illumina 无细胞 DNA 富集准备用户指南中所述。