A.基因函数分析基于CRISPR的功能筛选(基因敲除或激活)将基因型的变化连接到表型输出,通常用于查找特定实验条件必不可少的基因。在这些测定中,使用了一个合并的慢病毒单导向(SG)RNA库,其中每个SGRNA都通过唯一的条形码识别。典型的屏幕涉及端点读取,其中NGS鉴定出不同实验条件的细胞群中SGRNA频率的变化。使用Illumina简短读取序列进行分析,以识别和量化每个独特的SGRNA的条形码。可以使用PACBIO Revio系统上的长阅读测序进行确认(如果需要),请确认靶向集成。这还将确定引入等位基因特异性CAS9裂解的任何遗传变异,例如单核苷酸变异(SNV)。B.整个基因组测序我们使用短或长读测序提供整个基因组测序能力。简短的读取测序提供更高的深度,通常更便宜,并且仍然是分析特征良好的基因组的有效途径。使用PACBIO Revio进行的长阅读测序提供了鉴定复杂的结构变化(大插入/缺失,反转,重复和重复以及易位)的优势,并且最适合于从头开始基因组组装以及将单核苷酸聚糖(SNP)逐渐变化为单位基因组(SNP)。C.来自细胞,组织或器官的大量基因表达分析大量RNA测序(RNA-SEQ)可以使不同条件之间的基因表达分析。可以使用整个转录组,整个外显子组或有针对性的测序选项。用于差异表达分析,使用短阅读技术对转录本(转换为cDNA)进行测序,以识别和量化RNA表达水平。用于映射全长同工型,以识别转录本的剪接变体或替代性开始点和端点或将SNP分配给特定的同工型,因此使用我们的长读PACBIO REVIO测序仪进行分析。D.在RNA或DNA测序之前,单细胞生物学分离单细胞或单核可以使基因表达,染色质结构和拷贝数改变在混合细胞群体内的单细胞水平上进行评估。也可以使用条形码进行谱系跟踪。NBCC中可用的10倍铬平台是核心技术,可以轻松有效地分配单个细胞映射。E.空间分析我们使用纳米弦的GEOMX数字空间分析器耦合到Illumina测序。剖面区域。通过新授予的CFI授予Wrana和Pelletier,我们将从10倍基因组学获得10倍的Xenium和10倍Xenium和visium HD功能。
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