1美国麻省理工学院和哈佛大学，美国马萨诸塞州剑桥市02142，美国。2美国马萨诸塞州剑桥市艺术与科学学院有机和进化生物学系，美国马萨诸塞州02138，美国。3美国霍华德·休斯医学研究所，美国医学博士20815，美国。4 Harvard-Mit健康科学与技术计划，美国马萨诸塞州剑桥市02139，美国。 5哈佛/麻省理工学院MD-PHD计划，美国马萨诸塞州波士顿，美国02115。 6系统，合成和定量生物学博士学位课程，系统生物学系，哈佛医学院，马萨诸塞州波士顿，美国马萨诸塞州02115。 7英国爱丁堡大学生态与进化研究所。 8 Fathom信息设计，马萨诸塞州波士顿，美国92114，美国9马萨诸塞州公共卫生部，马萨诸塞州波士顿，马萨诸塞州02108，美国。 10免疫学和传染病系，哈佛T.H. Chan公共卫生学院，哈佛大学，波士顿，马萨诸塞州02115，美国。 11马萨诸塞州病原体准备的联盟，哈佛大学，哈佛大学，波士顿，马萨诸塞州，美国02115，美国。 12计算机科学系，工程与应用科学学院，哈佛大学，波士顿，马萨诸塞州02134，美国。 †函数：ispecht@broadinstitute.org，pvarilly@broadinstitute.org。 抽象传播重建 - 对谁感染了疾病暴发中的人的推论 - 对病原体如何扩散和为目标控制措施提供机会的关键见解。 杜松的中心是下一代测序观察到的主机内变体频率的统计模型，我们在超过160,000多个深入序列的SARS-COV-2基因组的数据集上验证了该模型。4 Harvard-Mit健康科学与技术计划，美国马萨诸塞州剑桥市02139，美国。5哈佛/麻省理工学院MD-PHD计划，美国马萨诸塞州波士顿，美国02115。6系统，合成和定量生物学博士学位课程，系统生物学系，哈佛医学院，马萨诸塞州波士顿，美国马萨诸塞州02115。7英国爱丁堡大学生态与进化研究所。8 Fathom信息设计，马萨诸塞州波士顿，美国92114，美国9马萨诸塞州公共卫生部，马萨诸塞州波士顿，马萨诸塞州02108，美国。10免疫学和传染病系，哈佛T.H. Chan公共卫生学院，哈佛大学，波士顿，马萨诸塞州02115，美国。 11马萨诸塞州病原体准备的联盟，哈佛大学，哈佛大学，波士顿，马萨诸塞州，美国02115，美国。 12计算机科学系，工程与应用科学学院，哈佛大学，波士顿，马萨诸塞州02134，美国。 †函数：ispecht@broadinstitute.org，pvarilly@broadinstitute.org。 抽象传播重建 - 对谁感染了疾病暴发中的人的推论 - 对病原体如何扩散和为目标控制措施提供机会的关键见解。 杜松的中心是下一代测序观察到的主机内变体频率的统计模型，我们在超过160,000多个深入序列的SARS-COV-2基因组的数据集上验证了该模型。10免疫学和传染病系，哈佛T.H.Chan公共卫生学院，哈佛大学，波士顿，马萨诸塞州02115，美国。 11马萨诸塞州病原体准备的联盟，哈佛大学，哈佛大学，波士顿，马萨诸塞州，美国02115，美国。 12计算机科学系，工程与应用科学学院，哈佛大学，波士顿，马萨诸塞州02134，美国。 †函数：ispecht@broadinstitute.org，pvarilly@broadinstitute.org。 抽象传播重建 - 对谁感染了疾病暴发中的人的推论 - 对病原体如何扩散和为目标控制措施提供机会的关键见解。 杜松的中心是下一代测序观察到的主机内变体频率的统计模型，我们在超过160,000多个深入序列的SARS-COV-2基因组的数据集上验证了该模型。Chan公共卫生学院，哈佛大学，波士顿，马萨诸塞州02115，美国。11马萨诸塞州病原体准备的联盟，哈佛大学，哈佛大学，波士顿，马萨诸塞州，美国02115，美国。12计算机科学系，工程与应用科学学院，哈佛大学，波士顿，马萨诸塞州02134，美国。 †函数：ispecht@broadinstitute.org，pvarilly@broadinstitute.org。 抽象传播重建 - 对谁感染了疾病暴发中的人的推论 - 对病原体如何扩散和为目标控制措施提供机会的关键见解。 杜松的中心是下一代测序观察到的主机内变体频率的统计模型，我们在超过160,000多个深入序列的SARS-COV-2基因组的数据集上验证了该模型。12计算机科学系，工程与应用科学学院，哈佛大学，波士顿，马萨诸塞州02134，美国。†函数：ispecht@broadinstitute.org，pvarilly@broadinstitute.org。抽象传播重建 - 对谁感染了疾病暴发中的人的推论 - 对病原体如何扩散和为目标控制措施提供机会的关键见解。杜松的中心是下一代测序观察到的主机内变体频率的统计模型，我们在超过160,000多个深入序列的SARS-COV-2基因组的数据集上验证了该模型。我们开发了杜松（系统发育和流行病学重建的关节基础网络推断），这是一种高度估计的病原体爆发重建工具，结合了host内变化，不完全采样和算法平行化。将这种内部内部变化模型与人口水平的进化模型结合在一起，我们开发了一种同时推断系统发育和传播树的方法。我们在计算机生成的爆发和实际爆发中对杜松进行了基准测试，其中传输链接已知或在流行病学上得到证实。我们演示了杜松的