详细内容或原文请订阅后点击阅览
[鱼类学 • 2025] 全基因组系统发育重塑了我们对深海龙鱼、刚口鱼、蝰鱼及其盟友（Stomiiformes）进化的理解
Stomiiformes phylogenyin Chang, Heiple, Hays, Melendez-Vazquez, Lee, Frable, Pogonoski, Martinez, Betancur-R et Arcila, 2025. DOI: doi.org/10.1186/s12862-025-02453-0 摘要背景：Stomiiformes（深海鱼类的多种目）内的进化关系主导中上层和深中层区域，由于形态学和分子证据相互矛盾，仍然存在争议。这些鱼类由传统上公认的四个科（生殖口科、胸节科、磷鱼科和斯托米科）的 464 个物种组成，表现出显着的适应能力，例如生物发光、超黑色素沉着和极端的下颌形态。它们的全球丰度和生态意义（包括对生物碳泵的贡献）强调了在气候变化和人类活动威胁不断升级的情况下解决其系统发育的必要性。结果：我们对 Stomiiformes 进行了迄今为止最全面的系统发育学分析，整合了来自 60 个物种的 936 个核位点和 135 个物种的扩展数据集，其中包含来自公共存储库（例如生命数据系统条码 (BOLD) 数据库）的线粒体序列。我们使用最大似然法和基于合并的方法来评估家庭单一系和关系，包括广泛的质量控制以解决公共数据库中的污染问题。我们的分析揭示了不稳定的树拓扑和复杂的进化历史，挑战了传统的分类，而 ou
来源:Novataxa | 物种新发现摘要
背景：
Stomiiformes 是一种主宰中层和深海区域的深海鱼类，由于形态学和分子证据相互矛盾，其进化关系仍然存在争议。这些鱼类由传统上公认的四个科（生殖口科、胸节科、磷鱼科和斯托米科）的 464 个物种组成，表现出显着的适应能力，例如生物发光、超黑色素沉着和极端的下颌形态。它们在全球范围内的丰富程度和生态意义，包括对生物碳泵的贡献，强调了在气候变化和人类活动威胁不断升级的情况下解决其系统发育问题的必要性。
结果：
我们对 Stomiiformes 进行了迄今为止最全面的系统发育分析，整合了来自 60 个物种的 936 个核位点和 135 个物种的扩展数据集，其中线粒体序列来自公共存储库，例如生命数据系统条形码 (BOLD) 数据库。我们使用最大似然法和基于合并的方法来评估家庭单一系和关系，包括广泛的质量控制以解决公共数据库中的污染问题。我们的分析揭示了不稳定的树拓扑和复杂的进化历史，对传统分类提出了挑战，而我们的质量控制分析发现 29% 的 BOLD 序列被错误识别或污染，强调对深海类群的严格管理。与最近对 Stomiiformes 的分类学处理一致，Phosichthyidae 和 Gonostomatidae 科分别表现出多系和并系，而 Stomiidae 内的亚科广泛非单系，因此我们建议放弃它们。我们建议识别八个单系科：Vinciguerriidae、Diplophidae、Gonostomatidae、Yarrellidae、Ichthyococcidae、Phosichthyidae、Sternoptychidae 和 Stomiidae，并得到强有力的分子和形态学证据的支持。
结论：