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使用低覆盖基因组测序和MIMI脚本
使用低覆盖的基因组测序和Mimi Spraceabstractracthabitat碎片化和计划外的城市扩张越来越威胁着生物多样性的微卫星发展（Araneae：theridiidae），却对关节脚架的遗传影响不足，因此遗传上的遗传影响不足。在这里，我们使用了低覆盖的基因组测序和生物信息学管道来开发多态性的微卫星标记，以示为Evexum，这是一种带有城市和天然种群的热带蜘蛛。为了增加从T. evexum等小蜘蛛提取的DNA的产率，我们还优化了溴化甲基三甲基铵（CTAB）DNA提取方案。我们使用Illumina Novaseq 6000上的配对末端测序对八个个体进行了测序。使用多个个人微卫星识别（MIMI）Python管道对读数进行清洁和处理。 MIMI总共生产了3999个推定的微卫星。过滤具有大于三个等位基因丰富度的多态性基因座后，在8个测序个体中至少有5个，鉴定了34个最终标记。这34个标记中有13个的实验验证表明，10个基因座是多态性的，至少有3个可检测的等位基因，一个基因座是单态的，两个基因座没有产生PCR产物。这些标记将可以更好地评估该蜘蛛种群中城市破碎和隔离的影响。此外，
来源:Arácnido栖息地破碎和计划外的城市扩张日益威胁到生物多样性，但是由于缺乏合适的分子制造商，对节肢动物，尤其是蜘蛛的遗传影响仍然被研究不足。在这里，我们使用了低覆盖的基因组测序和生物信息学管道来开发多态性的微卫星标记，以示为Evexum，这是一种带有城市和天然种群的热带蜘蛛。为了增加从T. evexum等小蜘蛛提取的DNA的产率，我们还优化了溴化甲基三甲基铵（CTAB）DNA提取方案。我们使用Illumina Novaseq 6000上的配对末端测序对八个个体进行了测序。使用多个个人微卫星识别（MIMI）Python管道对读数进行清洁和处理。 MIMI总共生产了3999个推定的微卫星。过滤具有大于三个等位基因丰富度的多态性基因座后，在8个测序个体中至少有5个，鉴定了34个最终标记。这34个标记中有13个的实验验证表明，10个基因座是多态性的，至少有3个可检测的等位基因，一个基因座是单态的，两个基因座没有产生PCR产物。这些标记将可以更好地评估该蜘蛛种群中城市破碎和隔离的影响。此外，使用低覆盖的下一代测序（NGS）和生物信息学方案开发标记，为揭示微卫星标记物以降低的其他热带物种的成本降低提供了一种有价值的方法，从而扩大了热带地区分子生态研究的范围。
theridion evexum T. evexumMadrigal-Brenes R，Barrantes G，Sandoval L，Fuchs EJ（2025）使用低覆盖基因组测序和MIMI脚本的Theridion Evexum（Araneaee：theridiidae）的微卫星发育。 PLOS ONE 20（9）：E0331200。 https://doi.org/10.1371/journal.pone.0331200
https://doi.org/10.1371/journal.pone.0331200