详细内容或原文请订阅后点击阅览
斯坦福大学利用人工智能减少 DNA 测序时间
斯坦福大学领导的研究团队利用人工智能加快工作流程,创下了最快的 DNA 测序技术的新吉尼斯世界纪录。
来源:Robogeek新闻频道(关于机器人技术的俄罗斯与世界新闻)斯坦福大学领导的研究团队利用人工智能加快工作流程,创下了最快的 DNA 测序技术的新吉尼斯世界纪录。
这项研究由斯坦福大学医学院医学、遗传学和生物医学数据科学教授 Ewan Ashley 博士领导,与 Nvidia、Oxford Nanopore Technologies、Google、贝勒医学院和加州大学合作,仅需5小时2分钟即可完成测序。此前的纪录是14小时,属于拉迪儿童基因组医学研究所。
这项研究发表在《新英格兰医学杂志》上,涉及通过使用新技术加快基因组测序过程的每一步。其中包括在 Oxford Nanopore 的 PromethION 流动池上使用纳米孔测序每小时生成超过 100 GB 的数据,并通过 Google Cloud 使用 Nvidia GPU 来加速碱基提取和变异识别过程。
新英格兰医学杂志“我们必须彻底重新思考和重建我们的数据管道和存储系统,”阿什利说。
为了加快基因组诊断速度,研究人员还使用了 Nvidia Clara Parabricks GPU 加速的基因组学框架。
“这是那些令人惊叹的时刻之一,合适的人突然聚集在一起,实现了令人惊叹的目标,”阿什利说,“感觉我们已经达到了一个新的里程碑。”
作为研究的一部分,研究小组在斯坦福医院重症监护病房的未确诊患者身上测试了一种加速基因组测序的方法。共有 12 名患者参与了该研究。其中,五名患者获得了快速基因诊断结果。在一个案例中,只花了五小时零两分钟。