Compressed data technique enables pangenomics at scale
加州大学的工程师开发了一种新的数据结构和压缩技术,使泛基因组学领域能够处理前所未有的遗传信息规模。该团队由加州大学圣地亚哥分校电气和计算机工程教授 Yatish Turakhia 领导,在 Nature Genetics 上描述了他们的压缩泛基因组学方法。
医学上重要的 Androctonus 物种毒液的酶学表征和蛋白质组学分析摘要 Androctonus 属(Buthidae)的埃及蝎子由于其神经毒性毒液而产生危及生命的蜇伤。然而,它们的毒液的成分和酶活性仍然知之甚少:我们使用电泳分析了从三个 Androctonus 物种(Androctonus amoreuxi、Androctonus australis 和 Androctonus bicolor)收集的毒液的蛋白质成分。进行质谱分析来表征这些毒液中存在的肽。检查毒液的磷脂酶 A2 (PLA2)、透明质酸酶和蛋白酶活性,以评估它们对毒液毒性的潜在贡献。最后,评估了毒液的抗菌和溶血活性。三种毒
Aletris medogensis W.B.Ju, Y.L.Qiu & Bo Xu,in X. Li, Qiu, J.-T. Li, Xu, Yu et Ju, 2026. 墨脱粉条儿菜 || DOI:doi.org/10.1002/ece3.72654摘要Aletris L. 属(Nartheciaceae)包含分布在东亚和北美的大约 21-24 个物种,但由于密切相关的物种之间形态特征的重叠,分类学上的模糊性仍然存在。在中国西藏东南部的田野调查中,发现了一种形态独特的候选物种,Aletris medogensis。为了验证其分类地位并探索东亚 Aletris 内的进化关系,我们将详细的形
通过原位“分类基因组学”揭示巴西大西洋森林中寄生活板门蜘蛛的一种新紫菌属(Ophiocordycipitaceae)真菌及其相关微生物组摘要我们的星球上栖息着估计 250 万种真菌,其中只有不到 10% 得到了科学描述。一些研究最多但引人注目的真菌物种是那些能够寄生节肢动物,特别是昆虫和蜘蛛的真菌物种。在这里,我们在世界上生物多样性最丰富但受威胁的生物群落之一——大西洋森林中,探索了一种攻击蜘蛛的(蜘蛛致病性)真菌及其相关微生物组的隐藏多样性。我们采用基于现场的“分类基因组”方法,包括经典真菌分类学和样本内源性、相关性和附带 DNA 的基因组表征的整合。我们在现场获得的数据揭示了一种属于 P.
Proteomic and biochemical characterization of Bothrops pubescens (Serpentes: Viperidae) venom
毛蝰蛇(蛇类:蝰蛇科)毒液的蛋白质组学和生化特征摘要毛蝰蛇是乌拉圭临床上重要的蝰蛇科蛇种,每年与松蝰蛇一起造成 60 多例人类中毒事件。以前被归入新维迪双翅目(Bothrops neuwiedi)复合体,最近的分类学修订现在将其分布范围限制在南里奥格兰德州(巴西)和乌拉圭。该物种并不十分健壮,体长为 22 至 92 厘米,并显示出独特的背外侧图案,每侧均由深棕色梯形斑点组成。 毛毛B. pubescens的毒液表现出Bothrops属的典型毒理学特性,包括凝血障碍和严重的局部组织损伤,在极端情况下可能导致截肢。与其他Bothrops物种一样,金属蛋白酶是最丰富的毒素,并伴有高水平的磷脂酶A2、
作者:Mvshreeram - 自己的作品,CC BY-SA 4.0,https://commons.wikimedia.org/w/index.php?curid=93624499印度西北部临床重要的 Echis carinatus sochureki 的毒液蛋白质组和免疫识别概况强调了对区域特异性抗蛇毒血清的需求摘要锯鳞毒蛇 Echis carinatus,印度蛇咬伤的“四大”原因之一,从斯里兰卡到伊拉克东部都有发现。为了调查有关印度多价抗蛇毒血清 (IPAV) 对印度西北部 Echis carinatus sochureki (ECS) 毒害作用有限的临床报告,我们从拉贾斯坦邦的三个地点
从蝎子 Centruroides hirsutipalpus(蝎目;Buthidae)分离的 Beta 毒素影响哺乳动物钠通道的功能摘要蝎毒毒素是重要的肽,正在研究其临床意义。这些肽通过与神经细胞膜中的离子通道结合而发挥作用,引起与蝎子螫伤(蝎子中毒)相关的症状。它们主要影响电压门控钠通道 (Nav) 的功能,对于研究离子通道很有价值。蝎子科的蝎子含有影响钠通道的毒素,并且与哺乳动物通道具有高亲和力。在这项研究中,从蝎子(蝎子科)的毒液中分离出两种钠毒素,被鉴定为属于 β 型亚科。使用分子排斥、阳离子交换和反相色谱技术从全毒液中纯化这些毒素。它们的分子量是通过质谱法测定的,而它们的氨基酸序列是
Exploring Spiders Without Venom as New Sources of Peptidase Inhibitors
探索没有毒液的蜘蛛作为肽酶抑制剂的新来源摘要肽酶构成生物体中至少 2% 的基因,并参与生命形式的几乎所有生理过程。相反,肽酶抑制剂对于调节蛋白水解活性至关重要,并且已被广泛应用。目前,将新型肽酶抑制剂来源的高通量测序与分子建模和药物设计相结合代表了开发新分子的有效策略。有毒蜘蛛的毒液和消化系统中含有多种肽酶抑制剂。然而,对无毒蜘蛛(Uloboridae)的生化和转录组学研究仍然是近期且稀缺的。在这里,对 Uloboridae 蜘蛛 Zosis geniculata 消化中肠憩室 (MD) 的转录组和生化分析表明,该物种表现出与其他蜘蛛相似的消化酶谱。此外,MD 转录组鉴定了属于 6 个抑制剂家
转录组和蛋白质组综合分析揭示疣蛛科(Araneae:Sparassidae)毒液成分的多样性摘要疣蛛是一种大型夜行性游走蜘蛛,是农林害虫的重要天敌,其毒液在捕获猎物中发挥着关键作用。然而,对其毒液成分的系统研究仍然很少。在本研究中,我们利用高通量转录组测序结合定量蛋白质组学对毒腺和毒液样本进行了综合分析。转录组产生了43,244个具有代表性的unigene序列,其中通过功能注释鉴定出102个类毒素序列,涵盖13个肽毒素超家族和7个蛋白质毒素家族。蛋白质组学分析鉴定出 35 种毒液成分,其中包括 14 种肽毒素和 21 种功能蛋白。表达最丰富的毒素家族,超家族 IX 和 VII,在转录组和蛋白质
AI in Biotech: Benefits, Real-World Applications & Use Cases
探索人工智能如何利用现实世界的用例和优势来改变生物技术——从药物发现和基因组学到诊断和可持续性。