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从计算机模拟到体外：验证生物信息学结果的综合指南
索引词——生物信息学、实验验证、基因表达、蛋白质-蛋白质相互作用、CRISPR、下一代测序、人工智能、多组学、计算预测摘要——生物信息学预测和实验验证的结合在推动生物学研究中起着关键作用，从理解分子机制到制定治疗策略。生物信息学工具和方法为预测基因功能、蛋白质相互作用和调控网络提供了强有力的手段，但这些预测必须通过实验方法来验证，以确保其生物学相关性。本综述探讨了用于实验验证的各种方法和技术，包括基因表达分析、蛋白质-蛋白质相互作用验证和通路验证。我们还讨论了将计算预测转化为实验环境所面临的挑战，并强调了生物信息学与实验研究合作的重要性。最后，CRISPR 基因编辑、下一代测序和人工智能等新兴技术正在塑造生物信息学验证的未来，并推动更准确、更高效的生物学发现。
从硅中到体外：验证生物信息学发现的综合指南
索引术语 - 生物信息学，实验验证，基因表达，蛋白质 - 蛋白质相互作用，CRISPR，下一代测序，人工智能，多摩学，计算预测摘要 - 从了解生物学预测和实验验证在促进生物学的策略方面扮演生物信息信息预测和实验验证的作用。生物信息学工具和方法为预测基因功能，蛋白质相互作用和调节网络提供了有力的手段，但是必须通过实验方法来验证这些预测以确保其生物学相关性。本综述探讨了用于实验验证的各种方法和技术，包括基因表达分析，蛋白质 - 蛋白质相互作用验证和途径验证。我们还讨论了将计算预测转化为实验环境的挑战，并强调了生物启发性和实验研究之间协作的重要性。最后，新兴技术，例如CRISPR基因编辑，下一代测序和人工智能，正在塑造生物信息学验证的未来，并推动更准确，更加精确的生物学发现。
开发人体体外血液 - 脑肿瘤屏障模型的弥漫性内在刺激性胶质瘤，以更好地了解化学抗性
摘要背景：小儿弥漫性内在的庞然神经胶质瘤（DIPG）代表了中位生存期为12个月的儿童中最具破坏性和致命的脑肿瘤之一。高死亡率可以通过患者对手术切除的无能为力来解释，这是由于肿瘤的扩散生长模式和中线定位。不幸的是，虽然治疗策略具有姑息性，但怀疑血脑屏障（BBB）对治疗效率低下负责。位于脑毛细血管内皮细胞（EC），BBB具有特定的特性，可以严格控制和限制分子进入脑实质，包括化学治疗量。但是，这些BBB特异性特性可以在病理环境中进行修饰，从而调节大脑暴露于治疗药物中。因此，这项研究旨在开发一种合成性人体脑肿瘤屏障模型，以了解DIPG的存在如何影响脑毛细血管EC的结构和功能。方法：一种由人类（ECS）（ECS）（与CD34 +茎细胞区分开），周细胞和星形胶质细胞组成的人类合成性BBB模型。曾经通过BBB表型验证，该模型可以通过通过DIPG -007，-013和-014细胞代替针对儿科DIPG的血脑肿瘤屏障（BBTB）模型。分析了BBTB EC的物理和代谢特性，并将其与BBB ECS进行了比较。评估了两种模型对化学化合物的渗透性。结果：根据临床观察，BBTB EC的完整性一直保持完整，直到孵育7天。dipg的存在并未强烈改变外排转运蛋白的转录表达和活性。EC对化学治疗药物的渗透性不受DIPG环境的影响。结论：这种原始的人类BBTB模型可以更好地理解DIPG对BBTB ECS表型的影响。我们的数据表明，针对DIPG所述的化学抗性不是来自“ Super BBB”的发展。这些结果，通过缺乏通过BBTB EC的药物转运的修饰来验证，点
问题-答案-实施-医疗设备-体外...
2.1. 何时我的医疗器械被视为与药品形成一个整体产品？2024 年 5 月修订 ............................................................................................................. 7 2.2. 第 117 条是什么？它对药品意味着什么？2025 年 1 月修订 ............................................................................................................. 8 2.3. 我在 MAA 的哪个阶段需要提交公告机构意见？2024 年 5 月修订 ............................................................................................................................. 9 2.4. 我是否可以提供公告机构意见或 MAH 的 I 类 GSPR 合规声明，得出部分符合 GSPR 的结论？公告机构意见的范围是什么？2025 年 1 月新版 ............................................................................................. 9 2.5. MDR 第 117 条如何影响 MDD 授权的 iDDC？2024 年 5 月修订 ............................................................................................................. 10 2.6.如果在整体 DDC 首次获得营销授权后，器械（或器械部件）发生变化，我是否需要提供由公告机构颁发的（新的或更新的）欧盟符合性声明/符合性证书/公告机构意见？2025 年 1 月修订 ........................................................................................................................... 11 2.7. 在器械（或器械部件）发生变化后，我应如何提交对整体 DDC 营销授权条款的微小更改？2025 年 1 月修订 ........................................................................................................... 13 2.8. 对于与整体药械组合中的药品相关的变更（例如适应症扩大、新规格、新药剂型），我是否需要提供新的/更新的公告机构意见或 MAH 的 GSPR 合规声明？2025 年 1 月修订 ........................................................................................................................... 15 2.9.是否可以提交根据指令（90/385/EEC 或 93/42/EEC）颁发的公告机构证书以遵守第 117 条？2024 年 5 月修订 ......................................... 16 2.10. 公告机构意见或 MAH 的 GSPR 合规声明将如何反映在欧洲公共评估报告（EPAR）中？2025 年 1 月修订 ........................................... 16 2.11. MDR 和第 117 条对 2021 年 5 月 26 日或之后提交的互认程序上的 iDDC 营销授权申请有何影响？2025 年 1 月修订 ........................................................................................................... 17 2.12. MDR 第 117 条的要求是否也适用于在欧盟以外使用的药品申请（第 58 条或 EU-M4all）？ 2021 年 6 月修订.......................................................................................................................... 17 2.13. UDI（唯一设备标识符）的要求是否适用于将医疗器械作为组成部分的药品？ 2024 年 5 月修订 ................ 17
校正：体外声学冲击波治疗多甲基丙烯酸酯的并发症
Mario Goisis等人撰写的“体外声学冲击波以治疗多甲基甲基丙烯酸酯的并发症”最初是在Springer Science的独家许可下出版的吗？Business Media，LLC，Springer Nature和国际美学整形外科学会的一部分。由于随后决定在“开放访问模型”下发布该文章的结果，该文章的版权通知于2025年1月16日更改给作者2024年，并且该文章现在在创意共享署名CC下进行了分配。此许可证允许使用，重复，适应，分发和复制任何媒介或格式，只要给予原始作者提供适当的信用，并提供了源，并提供了与Creative Commons许可证的链接，并指示任何更改。请阅读完整的许可证
从决明子茎皮乙酸乙酯提取物中分离的新型三萜衍生物的抗菌活性：体外和计算机模拟
随着全球范围内抗生素耐药性的增加，细菌感染的标准治疗方法变得越来越无效。由于抗生素的过度使用，耐多药细菌已成为 21 世纪的严重危害和全球主要医疗保健问题。传统的开发新型抗菌药物的方法不足以满足现有的需求，因此正在开发抗菌发现领域的新策略。决明子 (C.fistula) 是豆科植物的一种，天然具有抗菌特性。这种植物用于治疗皮肤病、肝脏问题、结核腺体、呕血、瘙痒、白斑和糖尿病。因此，除抗生素之外的有效抗菌治疗至关重要。这种植物含有多种次级代谢产物，包括单宁、萜类化合物、生物碱、黄酮类化合物和糖苷，它们都具有抗菌特性。萜烯和萜类化合物可有效对抗细菌、真菌、病毒和原生动物。萜烯的作用方式涉及亲脂性化学物质破坏膜。添加甲基以增加贝壳杉烯二萜的亲水性会显著降低其抗菌效果。在这项研究中，对金黄色葡萄球菌和肺炎克雷伯菌的抗菌筛选试验表明，从 C.fistula 的乙酸乙酯提取物中分离出的一种新化学物质比阳性对照具有更宽的抑制区。用这种新化学物质处理后，处理过的培养物的基因组 DNA 图谱保持不变。这种新化学物质抑制了蛋白质合成，导致两种菌株处理过的培养物中的蛋白质含量降低，证实了其杀菌作用。需要进一步进行免疫印迹分析以确认特定的蛋白质。研究一种可降低药物负荷和耐药性风险以及治疗成本的新型三萜类化合物，可以为治疗与糖尿病相关的继发性尿路感染提供有希望的治疗选择。
建立简单的体外动脉模型并评估脉冲流对高强度聚焦超声消融的影响
C. Cilleros、A. Dupré、J. Vincenot、D. Melodelima。开发简单的体外动脉模型并评估脉冲流对高强度聚焦超声消融的影响。生物医学工程创新与研究，2021 年，42 (2)，第 112-119 页。�10.1016/j.irbm.2020.11.004�。�hal-04745056�
在计算机中，体外和体内机器学习合成...
我们已经看到过去几年对使用机器学习进行化学和生物学，合成生物学和代谢工程的兴趣越来越不例外[1]。本文回顾了工程生物系统时使用的三种主要技术。在第2节中，我们介绍了受监督和半监督的机器学习技术的概述，提供了搜索混杂酶活性的示例。在第3节中，我们讨论了通常基于监督学习的主动和强化学习方法，并在迭代过程中直接获得培训集。这些方法对设计构建测试的合成生物学周期尤其可以修改。在预测酶活性，优化代谢途径和进行重新生物合成的背景下提供了示例。生活系统中的工程信息处理设备是一项长期的合成生物学企业。然而，在机器学习中发现的基本操作的工程设备的问题在很大程度上尚未探索。第4节提出试图在体外和体内构造的尝试，这是所有人工神经网络的基本单元。
肿瘤组织切片体外处理作为评估肾癌患者靶向治疗的预测性临床前方法
1 格勒诺布尔阿尔卑斯大学、法国国家健康与医学研究院、CEA、IRIG-癌症和感染生物学、UMR_S 1036、F-38000 格勒诺布尔、法国； caroline.roelants@inovarion.com （CR）; qfranquet@chu-grenoble.fr（QF）; csarrazin1@chu-grenoble.fr （客户服务） nicolas.peilleron@gmail.com （NP）; sofiagiacosa@gmail.com（新加坡）; laurent.guyon@cea.fr （LG）; claude.cochet@cea.fr (CC) 2 Inovarion, 75005 巴黎，法国 3 格勒诺布尔阿尔卑斯大学，INSERM，CEA，IRIG-大规模生物学，UMR 1038，F-38000 格勒诺布尔，法国； catherine.pillet@cea.fr 4 格勒诺布尔阿尔卑斯大学医院，CS 10217，38043 格勒诺布尔 CEDEX 9，法国； lafontanell@chu-grenoble.fr（AF）; g.fiard@ucl.ac.uk （GF）; JALong@chu-grenoble.fr（J.-AL）; jldescotes@chu-grenoble.fr (J.-LD) * 通信地址：odile.filhol-cochet@cea.fr;电话：+ 33-(0)4-38785645；传真：+ 33-(0)4-38785058
体外实验
目的：芹菜素是一种具有抗肿瘤和抗炎特性的黄酮类化合物，目前正在研究其在治疗肝细胞癌 (HCC) 中的潜力。本研究评估了芹菜素对 SNU-449 HCC 细胞系增殖、侵袭和活力的影响。方法：为了评估芹菜素对 HCC 的抗增殖和抗转移作用，我们在 24、48 和 72 小时进行了 MTT 试验，使用了六种芹菜素浓度（2.5-100 µM）。在确定 48 小时的最低有效浓度后，在该剂量下进行了 SRB、菌落形成和伤口愈合试验。所有结果均以中位数（四分位数间距）表示。结果：MTT 试验确定 72 小时时 5 µM 芹菜素为最低有效剂量。 5 µM 芹菜素和未治疗对照组的吸光度分别为 0.581（IQR：0.26）和 0.67（IQR：0.049）（p>0.05）。SRB 测定显示芹菜素治疗组和对照组之间没有显着差异（0.54 [IQR：0.07] vs. 0.381 [IQR：0.365]；p>0.05）。菌落形成测定显示芹菜素治疗组的存活分数略有降低（相对于对照组为 74%）。伤口愈合测定结束时，芹菜素治疗组的伤口面积为 528,366（IQR：691,200）µm²，对照组为 528,861（IQR：523,150）µm²（p>0.05）。芹菜素治疗组和对照组的伤口愈合率相似（59.5 [IQR：36.9]% vs. 59.75 [IQR：15.4]%；p>0.05）。结论：本研究结果表明，芹菜素对肝癌细胞的直接抗增殖和抗转移作用可能有限。进一步研究肿瘤微环境的调节和抗肿瘤免疫反应的诱导可能会提供有价值的见解。关键词：芹菜素、抗转移治疗、抗增殖作用、肝细胞癌、SNU-449 细胞系