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基于XX、XY和YY基因组测序鉴定南方鲶鱼（Silurus meridionalis）的性染色体和性别决定基因
硬骨鱼类是研究性染色体和性别决定 (SD) 基因的重要模型，因为它们呈现出多种性别决定系统。在这里，我们使用 Nanopore 和 Hi-C 技术对 YY 南方鲶鱼 (Silurus meridionalis) 进行高连续性染色体水平基因组组装。组装长 750.0 Mb，其中重叠群 N50 为 15.96 Mb，支架 N50 为 27.22 Mb。我们还测序并组装了一个 XY 雄性基因组，其大小为 727.2 Mb，重叠群 N50 为 13.69 Mb。通过与我们之前组装的 XX 个体进行比较，我们确定了一个候选 SD 基因。通过对雄性和雌性池进行重新测序，我们在 Chr24 上鉴定了一个 2.38 Mb 的性别决定区 (SDR)。读取覆盖度分析和 X 和 Y 染色体序列比较表明，SDR 中有一个 Y 特异性插入（约 500 kb），其中包含 amhr2 的雄性特异性重复（名为 amhr2y）。amhr2y 和 amhr2 在编码区具有相同的核苷酸同一性（81.0%），但在启动子和内含子区域具有相同的核苷酸同一性，但较低。在雄性性腺原基中的独家表达和诱导雄性到雌性性别逆转的功能丧失证实了 amhr2y 在雄性性别决定中的作用。我们的研究为鱼类中 amhr2 作为 SD 基因提供了一个新的实例，并揭示了不同鱼类谱系中性别决定进化背后的 AMH/AMHR2 通路成员重复的趋同进化。
使用合成的同源供体构建体进行 CRISPR 介导的同源重组，为果蝇基因标记提供扩展工具包
摘要 之前，我们描述了大量果蝇菌株，每个菌株都携带一个人工外显子，其中包含一个基于 CRISPR 介导的同源重组插入目标基因内含子中的 T2AGAL4 盒。这些等位基因可用于多种应用，并且已被证明非常有用。最初，基于同源重组的供体构建体具有较长的同源臂（>500 bps），以促进大型构建体（>5 kb）的精确整合。最近，我们表明，供体构建体的体内线性化使得能够使用短同源臂（100-200 bps）将大型人工外显子插入内含子中。较短的同源臂使得商业合成同源供体成为可能，并最大限度地减少了供体构建体生成的克隆步骤。不幸的是，大约 58% 的果蝇基因缺乏适合所有注释异构体中人工外显子的编码内含子整合。在这里，我们报告了新构建体的开发，这些构建体允许用 KozakGAL4 盒替换缺乏合适内含子的基因的编码区，从而产生与目标基因类似地表达 GAL4 的敲除/敲入等位基因。我们还开发了定制载体骨架，以进一步促进和改善转基因。在包含目标基因 sgRNA 的定制质粒骨架中合成同源供体构建体，无需注射单独的 sgRNA 质粒，并显著提高了转基因效率。这些升级将使几乎所有果蝇基因都能靶向，无论外显子-内含子结构如何，成功率为 70-80%。
SIRT1基因SNP RS932658与药物相关...
下颌（MRONJ）与药物相关的骨坏死是一种罕见但严重的不良药物反应。我们以前的全外观测序研究发现SIRT1内含子区域单核苷酸多态性（SNP）RS7896005与静脉内（IV）双磷酸盐治疗的癌症患者中与MRONJ有关。这项研究旨在确定该关联的因果变异。在计算机分析中，SIRT1启动子区域中的三个SNP（rs3758391，rs932658和rs2394443）中的三个SNP处于高链接不平衡（R 2> 0.8）中的SIRT1启动子区域中。为了验证这些SNP和MRONJ之间的关联，我们在104名用IV BPS治疗的欧洲血统的癌症患者（46例和58例对照组）上对这三个SNP进行了基因分型。多变量逻辑回归分析表明，这三个SNP的次要等位基因与MRONJ的几率较低有关。的优势比（95％置信区间）和p值为0.351（0.164–0.751; p = 0.007）rs3758391，0.351，0.164-0.751; p = 0.007）rs932658，0.331（0.331）（0.331）（0.157-0.697; p = 0.157-0.697; p = 0.157-0.697; p = 0.157-0.697; p = 0.157-0.697; P = 0.003 RS2394443。在报告基因测定中，包含具有变异等位基因A的RS932658的构建体具有比参考等位基因更高的荧光素酶活性，而含有SNP RS3758391和/或RS2394443的构建体并未显着影响活性。这些结果表明启动子SNP RS932658调节SIRT1的表达，并且大概可以通过增加SIRT1表达来降低MRONJ的风险。
利用“全内”技术在肝细胞中进行离体/体内基因编辑...
肝脏是细胞和基因治疗以及基因编辑的首选器官，因为遗传性疾病众多且常常危及生命。已证明酪氨酸血症小鼠作为模型生物的 HDR 可以纠正该疾病，尽管不诱导 DSB 的同源重组效率非常低（Paulk 等人，2010 年；Junge 等人，2018 年）。在类似的小鼠模型中，通过流体动力学 DNA 注射（Yin 等人，2014 年）和非病毒 Cas9 mRNA 与腺相关病毒 (AAV) 载体介导的 HDR 模板递送相结合（Yin 等人，2016 年）证明了 CRISPR/Cas9 介导的表型拯救。AAV 载体已成为肝脏的基因递送载体，据报道在人体临床试验中具有令人印象深刻的治疗效果（Nathwani 等人，2014 年）。最近，在一个载体上编码化脓性链球菌 Cas9 (SpCas9) 表达盒，在另一个载体上编码引导 RNA (gRNA) 和修复模板的双 AAV 载体系统的应用，逆转了新生小鼠鸟氨酸转氨甲酰酶基因的突变 ( Yang et al., 2016 )。这种体内基因编辑工具在两个载体上的分段归因于 AAV 的拟议包装尺寸限制，即 4.9 kb ( Grieger and Samulski, 2005 ) 至 5 kb ( Wu et al., 2010 )。两种不同的 AAV 载体共同递送是可行的，每种载体编码所需成分的一部分，这些成分在细胞内通过转剪、同源重组或内含肽重新结合（ Truong 等人， 2015 ），但在体内发生率较低（ Xu 等人， 2004 ）。
npl 报告 ir 2 - 英国核电站所用程序的比较...
英国核电站对潜在受污染或活化材料进行伽马射线测定所用程序的比较 Julian Dean 生活质量部门 摘要 国家物理实验室 (NPL) 进行了一项比较练习，其中一个 200 L 的圆桶（内含掺有低活度 241 Am、137 Cs 和 60 Co 混合物的“软废物”模拟物，所有混合物均可追溯到国家放射性标准）被分发到 16 个英国核电站的 18 个小组进行无损测定。练习之后是一个研讨会，讨论结果，之后一些参与者提交了补充或替换数据和其他信息。本报告总结了练习的背景、圆桶的准备和标准化方式、练习的进行、NPL 使用的数据分析方法、研讨会的成果以及获得的最终结果。所有提交的数据（包括参与者后来修改的任何原始数据）都制成表格，并给出了任何更改的原因。在提交的最终 88 个结果中，51 个与 NPL 值一致。其余 37 个结果中的 24 个要么由相关参与者解释，要么由参与者修改以提供补充值，但仍有 13 个结果明显不一致或值得怀疑。该练习突出了使用“ISOCS”来模拟其样品检测效率的实验室之间的差异，并促进了这些实验室之间的模型交流。该练习强调了在检测效率建模中对样品有充分了解的重要性。引用了广泛的不确定性，表明需要在编制预算时提供指导。一些参与者引用了一种或多种放射性核素的 MDA 值，其中一些低于实际存在的活性浓度。计划进行第二次比较，基于具有异质活性分布的样本。
使俄罗斯战略叙事有意义。拉脱维亚的年轻俄罗斯说话者的情感和接待
本文探讨了拉脱维亚讲俄罗斯的青年中俄罗斯战略叙事的接受。将媒体和传播研究，国际关系和波罗的海研究汇总在一起，从文化的角度探讨了叙事说服力及其接收。这项研究的主要数据包括12个焦点小组和13个个人后续访谈，与2021年至2022年之间的69名在里加（Riga），Daugavpils和Liepāja的俄罗斯年轻说话者进行了访谈。在战略叙事的概念框架上，与历史有关，言论自由和语言有关的叙述在俄罗斯外交政策文件，新闻发布会和人造卫星拉脱维亚媒体文本中得到了识别和分析。使用主题分析对这些叙述进行了预测和收到的媒体生态学，重点是参与者的媒体使用和对新闻的看法，作为接受叙事的社会和文化背景。使用卡罗琳·米歇尔（Carolyn Michelle）的接收模型，分析了参与者对这些叙述的感觉，并在含义的含义水平上进行了分析。通过调整米歇尔的模型，这项研究增加了影响叙事文本接受的因素。它证明了影响会增加叙事说服力的力量，促使参与者跳过含义的意义，并直接移至内含水平。这也是一支可以将读者推向中介模式并因其情感内容而变得批评文本的力量。增强或减少的影响会促进转移。现实介于两者之间。的发现表明，拉脱维亚的年轻俄罗斯说话者远非同质群体。通常，他们既不是俄罗斯战略叙事，也不是毫不因为务的心。因此，该研究项目将审查制度，“我们与他们”思考以及两极分化越来越多地接管公众话语的情况。
高效的多重编辑：8x烟熏本尼亚和12倍拟南芥突变体的单发生成
通过RNA引导的核酸酶（例如SP Cas9）编辑的基因组编辑，已用于许多不同的植物特种中。然而，尚未得到充分记录在多大程度上可以通过多重独立基因座对准。在这里，我们基于高度内含器优化的ZCAS9I基因开发了一个工具包，该基因允许组装核酸酶构建体，该核酸酶构建体表达高达32个单导RNA（SGRNA）。我们使用此工具包探索了两个主要模型物种中多路复用的限制，并报告了无基因八个八个八杆的分离（8 3）Nicotiana Benthamiana和Duodecuple（12 3）拟南芥Thaliana thaliana突变线（分别是T 1和T 2，分别是T 1和T 2）。我们开发了新的本坦氏菌（N. benthamiana）的新颖的反式标记，最重要的是SL -Fast2，可与良好的拟南芥种子植物植物标记物和FCY-upp相当，并基于在存在先例的情况下产生有毒的5-氟中性含量。用九个不同的sgrNA靶向八个基因，并依靠fcy-upp选择非转基因t 1，我们确定了n。benthamiana突变型的n。benthamiana突变线，并具有惊人的高效效率：所有ana-属于所有基因的植物（大约112/11/11/11 target serited）。此外，我们在A. thaliana的24个sgrnas阵列获得了12个基因。效率在a中的显着较低。thaliana，我们的结果表明CAS9的可用性是这种高阶多路复用应用程序中的限制因素。我们通过表型筛选和扩增子测序的结合来识别十二指肠突变系。所呈现的资源和结果为如何使用多路复用来生成复杂的基因型或在功能上询问候选基因的基团。
ullrich
简化剪接机制的示意图。（a）由三个外显子（E1，E2和E3）组成的前MRNA的通用图以及具有外显子和内含剪接调节元件（ESE，ESS，ISE，ISE和ISS）的两个内含子（外显子之间）。剪接因子（SF）识别调节元件，然后将内含子插入，并产生连续的编码mRNA序列。（b）包含外显子11和12（E11和E12）和内含子11的Col6a1前MRNA段。内含子11的侧面是5'剪接供体（SD）和3'剪接受体（SA）位点。在正常条件下，在没有改变剪接的变体的情况下，内含子11被剪接，并且E11和E12在结果的转录本中连接在一起。（c）用C.930+189c> t变体（RNA中的C> u）从COL6A1基因转录的Pre-MRNA。该变体创建了一个新颖的5'SD位点，并激活了一个先前休眠的3'SA位点，位于新型SD位点上游的72个核苷酸（NT）。如果这两个新站点被剪接体识别，则在成熟的mRNA中将72 nt长的伪外exon（PE）插入E11和E12之间。只有确认新颖的5'SD位点时，将其上游的72 nt长PE和115 nt长的区域都插入成熟的mRNA中。但是，后一个成绩单不超过框架，而不会被翻译而降级。当两个新地点都没有识别出来时，会产生野生型成熟的转录本。（d）剪接切换ASOS在空间上阻止剪接体识别新颖的5'SD位点，并从成熟的转录本中从整个内含子11中获得正确的剪接
SDS REPORT SDS 报告
(a) Preparation hazards and classification 产品的危害和分类 No harm at the normal use. When the battery is in extreme pressure deformation, high-temperature environment, overload, short-circuit condition, or disassemble the battery, an explosion of fire and chemical burn hazards may occur. 正常使用没有危害。当电池在挤压变形、高温环境、过载、短路状态 , 或拆卸电池 , 都有可 能引发火灾和化学烧伤 (b) Primary Route(s) of Exposure 主要的接触途径 These chemicals are contained in a sealed stainless steel enclosure or a sealed aluminums foil pocket. Risk of exposure occurs only if the cell is mechanically, thermally or electrically abused to the point of compromising the enclosure. If this occurs, exposure to the electrolyte solution contained within can occur by inhalation, ingestion, eye contact and skin contact. 电池应该包含在一个密封的不锈钢外壳里或一个密封的铝箔口袋。只有当电芯被机械地、 过热地或电气地破坏的情况下，才发生暴露的风险。如果发生这种情况，暴露的电解质溶 液可能会有吸入，摄入，与眼睛接触和皮肤接触等危险 (c) Potential Health Effects 潜在的健康影响 : ACUTE (short term) 急性 ( 短期 ): See section 8 for exposure controls In the event that this battery has been ruptured, the electrolyte solution contained within the battery would be corrosive and can cause burns. 参考第 8 节的接触控制，在电池已破裂的情况下，电池内含有的电解质溶液是腐蚀性的， 可导致灼伤。 Inhalation 吸入 : A battery volatilizes no gas unless it was damaged. Damaged battery will volatilize little gas that may stimulate the respiratory tract or cause an anaphylaxis in serious condition. 电池不挥发气体 , 除非它被破坏。损坏的电池会挥发少量气体，会刺激呼吸道或引起过敏 反应。 Ingestion 摄入 : Swallowing battery will be damaged to the respiratory tract and cause chemical burns to the stomach; inserious conditions it will cause permanent damage. 吞食电池会损坏呼吸道，引起化学性灼伤，严重时会造成永久性损伤。 Skin 皮肤 : In normal condition, contact between the battery and skin will not cause any harms. Contact with a damaged battery may cause skin allergies or chemical burns. 正常情况下 , 电池和皮肤接触不会造成任何危害。接触损坏的电池可能导致皮肤过敏或化 学烧伤。 Eye 眼睛 : In normal condition, contact between the battery and eyes will not cause any harms. However, the gas volatilize from a damaged battery may be harmful to eyes. 正常情况下 , 电池不会对眼睛造成任何危害。然而 , 从损坏的电池里面挥发出来的气体可能 会对眼睛有害。
验证机器学习模型以跨机构检测淀粉样蛋白病理
像建立阿尔茨海默病登记处的联盟 (CERAD) 这样的半定量评分方案是阿尔茨海默病 (AD) 神经病理学实践中最常用的方法。基于机器学习的计算方法最近为全幻灯片图像 (WSI) 生成了定量分数，这些分数与人类衍生的阿尔茨海默病病理半定量分数（例如 CERAD 的分数）高度相关。然而，此类模型的稳健性尚未在不同的队列中进行测试。为了验证以前发布的使用卷积神经网络 (CNN) 的机器学习算法并确定病理异质性是否会改变算法得出的测量值，对来自 Goizueta Emory 阿尔茨海默病中心脑库的 40 个病例进行了评估，这些病例显示了一系列病理诊断（包括有和没有路易体疾病 (LBD) 的 AD，和/或 TDP-43 阳性内含体）和 A β 病理水平。此外，为了提供更深入的表型分析，我们比较了灰质和整个组织中的淀粉样蛋白负担，两者的定量 CNN 评分与 CERAD 样评分显着相关。定量评分还显示出基于 AD 病理的清晰分层，包括有或没有其他诊断（包括 LBD 和 TDP-43 内含物）与没有显着神经变性的病例（对照病例）以及 NIA Reagan 评分标准。具体而言，AD + TDP-43 的伴随诊断组显示核心斑块的 CNN 评分明显高于 AD 组。最后，我们报告说，与关注病理最密集的视野中的计算评分相比，整个组织计算评分与 CERAD 样类别的相关性更好，这是根据 CERAD 指南进行神经病理学评估的实践标准。这些发现共同验证并扩展了 CNN 模型，使其对队列变化具有稳健性，并为未来将机器学习算法纳入神经病理学实践的研究提供了额外的概念验证。