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World File Search System原位杂交
由于 t(14;18) 易位的存在，淋巴瘤细胞核基因组组织的改变
摘要：染色体重排已被证实会改变基因组结构，从而影响基因表达。对某些类型白血病的研究表明，由于染色体易位引起的融合基因核定位改变，基因表达可能会加剧。然而，迄今为止，对淋巴瘤的研究非常有限。本研究的范围是探索携带已知会导致 BCL2 基因过度表达的 t(14;18)(q32;q21) 重排的淋巴瘤细胞中的基因组结构。为了实现这一目标，我们使用荧光原位杂交技术仔细绘制了淋巴瘤衍生细胞系 Pfeiffer 中整个染色体区域和参与易位的单个基因的定位。我们的数据显示，尽管整个染色体区域的定位没有明显改变，但易位基因可能会占据任一野生型基因的核定位。此外，BCL2 基因在发生 t(14;18) 易位的一定比例细胞核中形成环状，但在没有易位的对照细胞核中则没有形成环状，这表明染色体环状可能是淋巴瘤细胞中 BCL2 表达的重要机制。
8p12 染色体上的肿瘤抑制基因 LncRNA（TSLNC8）
8p12 染色体上的肿瘤抑制因子长链非编码 RNA (TSLNC8) 是一种 RNA 基因，可产生从两条链间转录的长链非编码 RNA。近年来，它在人类恶性肿瘤中的重要作用引起了广泛关注。已使用各种技术在组织标本和细胞系中对 TSLNC8 的表达进行了分析，包括逆转录定量聚合酶链反应 (RT-qPCR)、原位杂交 (ISH) 和微阵列分析。此外，还进行了涉及细胞和动物模型中 TSLNC8 功能丧失和/或获得的功能研究。这些研究突出了 TSLNC8 对关键肿瘤相关过程的影响，包括迁移、侵袭和转移。此外，TSLNC8 已成为一种能够调节关键信号通路（如 Hippo、STAT3、WNT/β-catenin 和 MAPK 通路）的调节剂。在这篇综述中，我们综合了体外和体内研究的结果以及对临床样本进行的分析，以全面了解 TSLNC8 作为有前途的肿瘤生物标志物和治疗干预的潜在靶点的多方面作用。
ALK 重排 NSCLC 简介
非小细胞肺癌（NSCLC）中的致癌基因成瘾具有深远的诊断和治疗意义。在未经选择的 NSCLC 样本中，分别约有 2-7%、1-2% 和 0.2% 发现 ALK 、ROS1 和 NTRK 重排；然而，在组织学为腺癌的年轻和从不吸烟的患者中，它们的频率明显更高。此外，ALK 、ROS1 和 NTRK 重排通常与 NSCLC 中其他已知的驱动改变互相排斥。由于频率如此之低，使用免疫组织化学等准确而廉价的技术进行诊断筛查对于识别阳性病例很有用；然而，由于特异性更高，通常需要使用荧光原位杂交或下一代测序进行确认。在 ALK 重排的 NSCLC 中，使用第二代和第三代酪氨酸激酶抑制剂进行序贯治疗可实现持久的疾病控制，大多数患者在转移性疾病的情况下存活超过 5 年。对于 ROS1 重排的 NSCLC，一线治疗采用克唑替尼或恩曲替尼，后续治疗采用
胚胎横纹肌肉瘤中的 ERBB2（HER2）扩增：罕见病例中的潜在治疗目标？
图 1 两例 ERBB2 扩增的横纹肌肉瘤 (RMS) 的形态学、免疫组织化学 (IHC) 和遗传特征。 (A) 病例 1 中 ERBB2 扩增子范围的全基因组视图 (顶部) 和详细视图 (底部)。 (B) Circos 图描绘了 17 号染色体 (病例 1) 中的结构变异。请注意 17q 染色体臂中两个扩增子之间的交换。17q 中的两个扩增子以红色注释。 (C) IHC 显示病例 1 (左) 和病例 2 (右) 中 HER2 (ERBB2) 蛋白的细胞质表达强烈。 (D) 17 例儿童 RMS 中 ERBB2 的 mRNA 表达水平；两例 ERBB2 扩增的病例的表达值比无扩增的 RMS 高 50 倍以上。y 轴显示 log2 转换中的表达值。 （E）对病例 1 的培养细胞的间期细胞核进行荧光原位杂交 (FISH)，表明扩增的序列被组织成双微体 (dmin)
聚合酶参与线粒体DNA维持...
摘要：由活性氧（ROS）触发损坏的线粒体DNA（mtDNA），迄今为止了解到MTDNA维持的过程鲜为人知，这些过程与DNA修复，DNA降解和DNA复制之间的复杂相互作用协调。这项研究旨在通过应用特殊的远程PCR，反映MTDNA完整性，以识别MTDNA维持中涉及的蛋白质。在强制氧化磷酸化的条件下，对基于文献的候选者进行了siRNA筛查，揭示了聚合酶的功能群及其中的聚合酶ζ（POLZ）作为最高命中率。因此，Polz敲低引起mtDNA积累，这需要基础切除修复（BER）核酸酶APE1的活性，然后由单细胞线粒体原位杂交方案（MTRIP）确定的代偿性mtDNA复制。线粒体中的活性氧（ROS）揭示了Polz在次要弧区域形成典型缺失的额外的，无ROS的参与。与证明Polz在线粒体中定位的数据一起，我们建议Polz在mtDNA周转率中起着重要作用，尤其是在氧化应激条件下。
rnascope中基因表达的定量分析 -
在啮齿动物大脑中，不同细胞类型的分子表征是神经科学中广泛使用且重要的方法。使用rnascope（ACDBIO）对转录本的荧光检测已迅速成为原位杂交（ISH）方法的标准。它的灵敏度和特异性允许单个细胞中的三个和48个低丰度mRNA（即多路复用或hiplexing）同时检测，与其他ISH技术相比，它的执行时间较短。笔录的手动量化是一项费力且耗时的任务，即使对于较大的组织部分的一小部分也是如此。在此，我们提出了一种用于创建高质量图像的协议，以定量大鼠大脑中的rnascope标记神经元。此协议使用开源软件Qupath中的自定义脚本来创建自动化工作流程，以仔细优化和验证单元格检测参数。此外，我们描述了一种使用阴性对照来得出mRNA信号阈值的方法。该方案和自动化工作流可以帮助科学家可靠地准备和分析使用RNASCOPE的细胞类型表征啮齿动物脑组织。
adavosertib增强了曲妥珠单抗deruxtecan在HER2表达癌症中的抗肿瘤活性
摘要◥目的：Cyclin E（CCNE1）被提议为敏感性Toadavosertib的生物标志物，Toadavosertib是一种WEE1激酶抑制剂，ANDA对HER2靶向治疗的抗性机制。实验设计：分析了来自癌症基因组图集和MD Anderson癌症中心数据库的拷贝数和基因组测序数据，以评估ERBB2和CCNE1表达。通过下一代测序，全异位测序，含量的原位杂交 - IHC评估肿瘤和患者衍生异种移植物（PDX）的分子特征（PDX）。在体外，CCNE1过表达或在HER2三细胞系中击倒，以评估药物组合效率。在体内，携带PDX的NSG小鼠与各种治疗方案进行了联合治疗，然后进行肿瘤生长评估。PDX中的药效标记是由IHC和反相蛋白阵列的特征。 结果：在几种ERBB2癌症中，CCNE1共体得到了鉴定（胃肠道37％，内测原43％和PDX中的药效标记是由IHC和反相蛋白阵列的特征。结果：在几种ERBB2癌症中，CCNE1共体得到了鉴定（胃肠道37％，内测原43％和
通过体外转录实现 DNA 条形码的原位读取和单碱基编辑
唯一识别单个细胞的分子条形码技术受到条形码测量限制的阻碍。通过测序读取不会保留组织中细胞的空间组织，而成像方法保留了空间结构，但对条形码序列不太敏感。在这里，我们介绍了一种基于图像读取短（20bp）DNA条形码的系统。在这个称为Zombie的系统中，噬菌体RNA聚合酶在固定细胞中转录工程条形码。随后通过荧光原位杂交检测所得RNA。使用竞争匹配和错配探针，Zombie可以准确区分条形码中的单核苷酸差异。该方法允许原位读取密集的组合条形码库和由CRISPR碱基编辑器产生的单碱基突变，而无需在活细胞中表达条形码。Zombie可在多种环境中发挥作用，包括细胞培养、鸡胚和成年小鼠脑组织。通过成像灵敏地读取紧凑和多样化的DNA条形码的能力将促进广泛的条形码和基因组记录策略。
高HER2肿瘤内异质性是早期预后不良和局部晚期HER2阳性乳腺癌的预测因素
简单摘要：乳腺癌肿瘤被认为具有肿瘤内以及人表皮生长因子受体2（HER2），异质性。具有高肿瘤内异质性（ITH）的肿瘤表现出治疗性抗性。然而，关于癌症异质性作为乳腺癌预后因素的研究受到限制。因此，我们已经评估了HER2 ITH，这是由HER2荧光原位杂交扩增分布直方图（HER2 FISH分布）和HER2基因拷贝数在肿瘤样品中的形状所表现出来的。我们旨在确定高HER2异质性对于预后不良，因为对原发性乳腺癌中HER2靶向药物的术后辅助治疗的抵抗力是否具有临床意义。实际上，我们在此表明，高HER2异质性与HER2阳性乳腺癌患者的预后较差显着相关。这些结果表明，高HER2异质性是预测HER2阳性乳腺癌患者预后不良的一个因素。我们目前的观察似乎在临床上很重要，因为预计我们的HER2鱼类异质性分布分析可能是一种方便且临床上有用的方法，可用于预测HER2辅助治疗后患者的预测。
长期的非编码RNA Charme通过控制发育中心的细胞分化程序来监督心肌细胞的成熟
抽象的长期非编码RNA（LNCRNA）成为心脏物理学和疾病的关键调节因子，尽管揭示其作用方式的研究仍然仅限于很少的例子。我们最近确定了PCHARME，这是一种与染色质相关的LNCRNA，其在小鼠中的功能敲除导致心脏肌肉的肌生成和形态重塑。在这里，我们结合了基因表达（CAGE），单细胞（SC）RNA测序和整个原位杂交分析的帽盖 - 分析，以研究PCHARME心脏的表达。自心肌生成的早期步骤以来，我们发现lncRNA专门局限于心肌细胞，在那里它有助于形成含有MATR3的特定核冷凝物，以及心脏发育的重要RNA。与这些活性的功能性意义一致，小鼠的PCHARME消融导致心脏囊肿的成熟延迟，这最终导致心室心肌的形态改变。由于心肌的先天异常在人类上与临床相关，并且患者倾向于重大并发症，因此控制心脏形态的新基因的鉴定变得至关重要。我们的研究为促进心肌细胞成熟的新型LNCRNA介导的调节机制提供了独特的见解，并与Charme基因座有关未来的疗法应用。