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在啮齿动物大脑中，不同细胞类型的分子表征是神经科学中广泛使用且重要的方法。使用rnascope（ACDBIO）对转录本的荧光检测已迅速成为原位杂交（ISH）方法的标准。它的灵敏度和特异性允许单个细胞中的三个和48个低丰度mRNA（即多路复用或hiplexing）同时检测，与其他ISH技术相比，它的执行时间较短。笔录的手动量化是一项费力且耗时的任务，即使对于较大的组织部分的一小部分也是如此。在此，我们提出了一种用于创建高质量图像的协议，以定量大鼠大脑中的rnascope标记神经元。此协议使用开源软件Qupath中的自定义脚本来创建自动化工作流程，以仔细优化和验证单元格检测参数。此外，我们描述了一种使用阴性对照来得出mRNA信号阈值的方法。该方案和自动化工作流可以帮助科学家可靠地准备和分析使用RNASCOPE的细胞类型表征啮齿动物脑组织。
rnascope中基因表达的定量分析 -
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